SAXSdb — 7mzt

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Complement C1r subcomponent heavy chain

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 300–463 链 B； UniProt 464–705	未记录	Fibronectin-binding protein BBK32 × 1 （O50835） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Sodium formate, 27.5% Polyethylene glycol 3,350	分辨率 4.07 Å R-free 0.372

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7MZT	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1APQ STRUCTURE OF THE EGF-LIKE MODULE OF HUMAN C1R, NMR, 19 STRUCTURES 提交 1997-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 140–192（53 aa）片段：EGF-LIKE MODULE	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.7；288 K	分辨率未提供
1GPZ THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE ZYMOGEN CATALYTIC DOMAIN OF COMPLEMENT PROTEASE C1R 提交 2001-11-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 307–705（399 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN C1R, RESIDUES 307-705	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；293 K；1.5 M AMMONIUM SULFATE, 0.1M TAPS, PH 8.5, AT 20 DEG C.	分辨率 2.90 Å R-free 0.290
1GPZ THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE ZYMOGEN CATALYTIC DOMAIN OF COMPLEMENT PROTEASE C1R 提交 2001-11-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 307–705（399 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN C1R, RESIDUES 307-705	突变：YES	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；293 K；1.5 M AMMONIUM SULFATE, 0.1M TAPS, PH 8.5, AT 20 DEG C.	分辨率 2.90 Å R-free 0.290
1MD7 Monomeric structure of the zymogen of complement protease C1r 提交 2002-08-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 375–702（328 aa）片段：C-terminal CCP-SP domain	突变：S637A	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；293 K；ammonium sulfate, TAPS, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.20 Å R-free 0.285
1MD8 Monomeric structure of the active catalytic domain of complement protease C1r 提交 2002-08-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 375–703（329 aa）片段：C-terminal CCP-SP domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；293 K；ammonium sulfate, TAPS, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.269
2QY0 Active dimeric structure of the catalytic domain of C1r reveals enzyme-product like contacts 提交 2007-08-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 309–463（155 aa）片段：Sushi-1 and Sushi-2 domains, CCP1-CCP2 链 B 464–705（242 aa）片段：Peptidase S1 domain 链 C 309–463（155 aa）片段：Sushi-1 and Sushi-2 domains, CCP1-CCP2 链 D 464–705（242 aa）片段：Peptidase S1 domain	未记录	GOL GLYCEROL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；288 K；14% (w/v) PEG 6000, 0.2 M NaCl, 10% (v/v) glycerol, 0.1 M Tris HCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 2.60 Å R-free 0.259
6F1C C1rC1s complex 提交 2017-11-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 18–308（291 aa）链 C 18–308（291 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 12 NA SODIUM ION × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；12-18% PEG 8000, 100 mM Imidazole at pH 8.0	分辨率 4.20 Å R-free 0.305
6F1D CUB2 domain of C1r 提交 2017-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 191–307（117 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；50 mM Tris-HCl at pH 8.5 containing 25% PEG-8K, 2 mM CaCl2 and 3% 1,6-diaminohexane	分辨率 1.95 Å R-free 0.202
6F1H C1rC1s complex 提交 2017-11-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–308（291 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 6 NA SODIUM ION × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；12-18% PEG 8000, 100 mM Imidazole at pH 8.0	分辨率 4.50 Å R-free 0.340
6F1H C1rC1s complex 提交 2017-11-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 18–308（291 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 6 NA SODIUM ION × 3 LYS LYSINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；12-18% PEG 8000, 100 mM Imidazole at pH 8.0	分辨率 4.50 Å R-free 0.340
6F39 C1r homodimer CUB1-EGF-CUB2 提交 2017-11-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 22–306（285 aa）链 B 22–306（285 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 6 NA SODIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；12-18% PEG 8000, 100 mM Imidazole at pH 8.0	分辨率 5.80 Å R-free 0.338
9EKD Structure of a C1r Zymogen Fragment Bound to SALO 提交 2024-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 308–705（398 aa）片段：residues 308-705	突变：S654A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M BIS-TRIS (pH 5.6), 0.2 M ammonium sulfate, 20% (w/v) PEG-3350	分辨率 3.28 Å R-free 0.286
9EKD Structure of a C1r Zymogen Fragment Bound to SALO 提交 2024-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 308–705（398 aa）片段：residues 308-705	突变：S654A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M BIS-TRIS (pH 5.6), 0.2 M ammonium sulfate, 20% (w/v) PEG-3350	分辨率 3.28 Å R-free 0.286
9EKE Structure of a C1r Zymogen Fragment Bound to SALO, Y51F Mutant 提交 2024-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 308–705（398 aa）	突变：S654A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M ammonium citrate tribasic (pH 7.0), 20% (w/v) PEG-3350	分辨率 3.10 Å R-free 0.278
9EKE Structure of a C1r Zymogen Fragment Bound to SALO, Y51F Mutant 提交 2024-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 308–705（398 aa）	突变：S654A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M ammonium citrate tribasic (pH 7.0), 20% (w/v) PEG-3350	分辨率 3.10 Å R-free 0.278

共 11 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	C1R_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–164； UniProt 300–463 作者链 B； PDB构建体 1–242； UniProt 464–705

Fibronectin-binding protein BBK32

Borrelia burgdorferi (strain ATCC 35210 / B31 / CIP 102532 / DSM 4680)

UniProt O50835

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 206–348	未记录	Complement C1r subcomponent heavy chain × 1 （P00736） Complement C1r subcomponent light chain × 1 （P00736） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Sodium formate, 27.5% Polyethylene glycol 3,350	分辨率 4.07 Å R-free 0.372

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7MZT	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4PZ5 Crystal structure of the second and third fibronectin F1 modules in complex with a fragment of BBK32 from Borrelia burgdorferi 提交 2014-03-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 175–189（15 aa）片段：BBK32TwL, UNP RESIDUES 175-189	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.9；291 K；1.4 M Na/K phosphate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 1.96 Å R-free 0.199
6N1L The complement inhibitory domain of B. burgdorferi BBK32. 提交 2018-11-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 206–348（143 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；0.1M MES (pH 6.5), 0.2M ammonium sulfate, 30% PEG-MME 5,000	分辨率 1.72 Å R-free 0.236

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O50835_BORBU
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 6–148； UniProt 206–348

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7mzt
沉积日期 deposition_date	2021-05-24
结构标题 title	Borrelia burgdorferi BBK32-C in complex with an autolytic fragment of human C1r at 4.1A
关键词 keywords	Lyme disease spirochete, Borrelia burgdorferi, complement system, classical pathway, protease inhibitor, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.45 Å
零角强度 I(0) i0	55383800.00
分子量 molecular_weight	58576.0 kDa
排除体积 excluded_volume	73366 Å³
包络体积 envelope_volume	100480 Å³
水化壳体积 shell_volume	27778 Å³
包络直径 envelope_diameter	120.2 Å
壳层 Rg shell_rg	35.73 Å
包络 Rg envelope_rg	34.38 Å
形状 Rg shape_rg	33.44 Å
总 Rg total_rg	33.68 Å
总原子数 total_atoms	4120
残基数 n_residues	513
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	114.2 Å
Rg (实空间) rg_real	33.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.09 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.5380e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.8800e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.69 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	55370000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7705
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.623
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.284
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8257000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.667; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.471; Smooth: 0.541

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Complement C1r subcomponent heavy chain
分子量 formula_weight	19210.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4120

LRYTTEIIKCPQPKTLDEFTIIQNLQPQYQFRDYFIATCKQGYQLIEGNQVLHSFTAVCQDDGTWHRAMPRCKIKDCGQPRNLPNGDFRYTTTMGVNTYKARIQYYCHEPYYKMQTRAGSRESEQGVYTCTAQGIWKNEQKGEKIPRCLPVCGKPVNPVEQRQR

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Complement C1r subcomponent light chain
分子量 formula_weight	27125.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

IIGGQKAKMGNFPWQVFTNIHGRGGGALLGDRWILTAAHTLYPKEHEAQSNASLDVFLGHTNVEELMKLGNHPIRRVSVHPDYRQDESYNFEGDIALLELENSVTLGPNLLPICLPDNDTFYDLGLMGYVSGFGVMEEKIAHDLRFVRLPVANPQACENWLRGKNRMDVFSQNMFCAGHPSLKQDACQGDSGGVFAVRDPNTDRWVATGIVSWGIGCSRGYGFYTKVLNYVDWIKKEMEEED

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Fibronectin-binding protein BBK32
分子量 formula_weight	16922.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

GSTGSSNRYQSYLEGVKYNVDSAIQTITKIYNTYTLFSTKLTQMYSTRLDNFAKAKAKEEAAKFTKEDLEKNFKTLLNYIQVSVKTAANFVYINDTHAKRKLENIEAEIKTLIAKIKEQSNLYEAYKAIVTSILLMRDSLKEVQGIID

来源 Source

来源生物 organism	Borrelia burgdorferi (strain ATCC 35210 / B31 / CIP 102532 / DSM 4680)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224326
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	113.619 Å
晶胞边长 b length_b	96.989 Å
晶胞边长 c length_c	108.330 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	4.070 Å
最低分辨率 resolution_low	44.260 Å
R 因子 r_factor	0.3693
R_work r_work	0.3690
R_free r_free	0.3725

fit	/app/data/saxs_computation/mz/7mzt/7mzt.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mz/7mzt/7mzt.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mz/7mzt/7mzt.dat

Borrelia burgdorferi BBK32-C in complex with an autolytic fragment of human C1r at 4.1A

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Complement C1r subcomponent heavy chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Fibronectin-binding protein BBK32

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)