SAXSdb — 7ndw

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Flavin-dependent thymidylate synthase

Thermotoga maritima

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	;[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2R,3S,4S)-5-[5-methanoyl-7,8-dimethyl-2,4-bis(oxidanylidene)-1H-benzo[g]pteridin-10-yl]-2,3,4-tris(oxidanyl)pentyl] hydrogen phosphate ; × 2 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 7 PHOSPHATE ION × 3 DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	THYX_THEMA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 13–232； UniProt 1–220 作者链 B； PDB构建体 13–232； UniProt 1–220 作者链 C； PDB构建体 13–232； UniProt 1–220 作者链 D； PDB构建体 13–232； UniProt 1–220

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7ndw
沉积日期 deposition_date	2021-02-02
结构标题 title	ThyX-FADH2 soaked with 20 mM Formaldehyde
关键词 keywords	FLAVIN-DEPENDENT THYMIDYLATE SYNTHASE, METHYLENETETRAHYDROFOLATE, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7ndw__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7ndw__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7ndw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.45 Å
Rg（电子密度）	28.07 Å
总 Rg	28.81 Å
原子数	7189
残基数	856
排除体积	128170 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7ndw__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Flavin-dependent thymidylate synthase
分子量 formula_weight	27503.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.148
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	7404

MGSDKIHHHHHHMKIDILDKGFVELVDVMGNDLSAVRAARVSFDMGLKDEERDRHLIEYLMKHGHETPFEHIVFTFHVKAPIFVARQWFRHRIASYNELSGRYSKLSYEFYIPSPERLEGYKTTIPPERVTEKISEIVDKAYRTYLELIESGVPREVARIVLPLNLYTRFFWTVNARSLMNFLNLRADSHAQWEIQQYALAIARIFKEKCPWTFEAFLKYAYKGDILKEVQV

来源 Source

来源生物 organism	Thermotoga maritima
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2336
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2R,3S,4S)-5-[5-methanoyl-7,8-dimethyl-2,4-bis(oxidanylidene)-1H-benzo[g]pteridin-10-yl]-2,3,4-tris(oxidanyl)pentyl] hydrogen phosphate ;
分子量 formula_weight	815.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	787.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	151

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d7ndwd1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.207 — Thymidylate synthase-complementing protein Thy1
超家族 Superfamily superfamily	d.207.1 — Thymidylate synthase-complementing protein Thy1
家族 Family family	d.207.1.1 — Thymidylate synthase-complementing protein Thy1

结构域编号 domain_id	d7ndwd2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

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晶胞边长 a length_a	54.960 Å
晶胞边长 b length_b	116.780 Å
晶胞边长 c length_c	141.060 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	44.980 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2700
R_free r_free	0.3270

ThyX-FADH2 soaked with 20 mM Formaldehyde

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Flavin-dependent thymidylate synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7ndw__assembly_1__model_1

7ndw__assembly_1__model_1 | I(q)

7ndw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

ThyX-FADH2 soaked with 20 mM Formaldehyde

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Flavin-dependent thymidylate synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7ndw__assembly_1__model_1

7ndw__assembly_1__model_1 | I(q)

7ndw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

7. 引用文献 (1)