SAXSdb — 7ndx

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DnaJ homolog subfamily B member 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 157–340	未记录	Nuclear migration protein nudC × 2 （Q9Y266） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；298 K；0.1 M of sodium acetate trihydrate and 15% (v/v) of polyethylene glycol 400	分辨率 2.54 Å R-free 0.268

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7NDX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1HDJ HUMAN HSP40 (HDJ-1), NMR 提交 1996-05-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–76（76 aa）片段：J-DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.8；303 K	分辨率未提供
2QLD human Hsp40 Hdj1 提交 2007-07-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 158–340（183 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；295 K；100mM Citric buffer, PEG400 25%, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.70 Å R-free 0.336
3AGX Crystal structure of human Hsp40 Hdj1 peptide-binding domain 提交 2010-04-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 161–340（180 aa）片段：UNP residues 161-340 链 B 161–340（180 aa）片段：UNP residues 161-340	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；13% PEG 3350, 0.1M Na citrate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.85 Å R-free 0.247
3AGY Crystal structure of human Hsp40 Hdj1 peptide-binding domain complexed with a C-terminal peptide of Hsp70 提交 2010-04-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 161–340（180 aa）片段：UNP residues 161-340 链 B 161–340（180 aa）片段：UNP residues 161-340	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；18% PEG 3350, 0.1M Na citrate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.85 Å R-free 0.247
3AGZ Crystal structure of human Hsp40 Hdj1 peptide-binding domain complexed with a C-terminal peptide of Hsp70 提交 2010-04-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 151–340（190 aa）片段：UNP residues 151-340 链 B 151–340（190 aa）片段：UNP residues 151-340	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；277 K；18% PEG 3350, 0.1M CHES, pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.51 Å R-free 0.269
4WB7 Crystal structure of a chimeric fusion of human DnaJ (Hsp40) and cAMP-dependent protein kinase A (catalytic alpha subunit) 提交 2014-09-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–70（69 aa）片段：UNP P25685 residues 2-70,UNP P17612 residues 16-351	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；70mM sodium cacodylate pH 6.5, 150mM magnesium acetate, 20mM zinc chloride, 5% glycerol, 11.5% PEG 8000	分辨率 1.90 Å R-free 0.188
4WB7 Crystal structure of a chimeric fusion of human DnaJ (Hsp40) and cAMP-dependent protein kinase A (catalytic alpha subunit) 提交 2014-09-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–70（69 aa）片段：UNP P25685 residues 2-70,UNP P17612 residues 16-351	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；70mM sodium cacodylate pH 6.5, 150mM magnesium acetate, 20mM zinc chloride, 5% glycerol, 11.5% PEG 8000	分辨率 1.90 Å R-free 0.188
6BYR Structures of the PKA RI alpha holoenzyme with the FLHCC driver J-PKAc alpha or native PKAc alpha 提交 2017-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–70（69 aa）链 C 2–70（69 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM NaCl, 16-18% pentaerythritol propoxylate and 10% dimethyl sulfoxide	分辨率 3.66 Å R-free 0.249
6BYR Structures of the PKA RI alpha holoenzyme with the FLHCC driver J-PKAc alpha or native PKAc alpha 提交 2017-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–70（69 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM NaCl, 16-18% pentaerythritol propoxylate and 10% dimethyl sulfoxide	分辨率 3.66 Å R-free 0.249
6BYR Structures of the PKA RI alpha holoenzyme with the FLHCC driver J-PKAc alpha or native PKAc alpha 提交 2017-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–70（69 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM NaCl, 16-18% pentaerythritol propoxylate and 10% dimethyl sulfoxide	分辨率 3.66 Å R-free 0.249
6WJF PKA RIIbeta holoenzyme with DnaJB1-PKAc fusion in fibrolamellar hepatoceullar carcinoma 提交 2020-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–70（69 aa）链 B 2–70（69 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 5.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.50 Å
6WJG PKA RIIbeta holoenzyme with DnaJB1-PKAc fusion in fibrolamellar hepatoceullar carcinoma 提交 2020-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–70（69 aa）链 B 2–70（69 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 5.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.20 Å
6Z5N DnaJB1 JD-GF 提交 2020-05-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–110（110 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1 NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 1 NMR样品组成 4.0 mM [U-13C; U-15N] DnaJB1 JD-GF, 2.0 mM [U-15N] DnaJB1 JD-GF, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.4 mM [U-15N] DnaJB1 JD-GF, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 2.5 mM [U-13C; U-15N] DnaJB1 JD-GF, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 4.0 mM [U-13C; U-15N] DnaJB1 JD-GF, 2.0 mM [U-15N] DnaJB1 JD-GF, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
8FE2 Structure of J-PKAc chimera complexed with Aplithianine A 提交 2022-12-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–70（69 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	XTI 6-[(6M)-6-(1-methyl-1H-imidazol-5-yl)-2,3-dihydro-4H-1,4-thiazin-4-yl]-9H-purine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；200 mM Lithium sulfate, 100 mM HEPES 7.5, 20% PEG 3350	分辨率 2.34 Å R-free 0.251
8FE2 Structure of J-PKAc chimera complexed with Aplithianine A 提交 2022-12-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–70（69 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	XTI 6-[(6M)-6-(1-methyl-1H-imidazol-5-yl)-2,3-dihydro-4H-1,4-thiazin-4-yl]-9H-purine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；200 mM Lithium sulfate, 100 mM HEPES 7.5, 20% PEG 3350	分辨率 2.34 Å R-free 0.251
8FE5 Structure of J-PKAc chimera complexed with Aplithianine B 提交 2022-12-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–70（69 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	XTT 6-[(6P)-6-(1-methyl-1H-imidazol-5-yl)-2,3-dihydro-4H-1,4-thiazin-4-yl]-7,9-dihydro-8H-purin-8-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；200 mM Lithium Sulfate, 100 mM HEPES 7.5, 25% PEG 3350	分辨率 2.51 Å R-free 0.243
8FE5 Structure of J-PKAc chimera complexed with Aplithianine B 提交 2022-12-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–70（69 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	XTT 6-[(6P)-6-(1-methyl-1H-imidazol-5-yl)-2,3-dihydro-4H-1,4-thiazin-4-yl]-7,9-dihydro-8H-purin-8-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；200 mM Lithium Sulfate, 100 mM HEPES 7.5, 25% PEG 3350	分辨率 2.51 Å R-free 0.243
8FEC Structure of J-PKAc chimera complexed with Aplithianine derivative 提交 2022-12-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–70（69 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	XU0 6-[(6P)-6-(4-bromo-1-methyl-1H-imidazol-5-yl)-2,3-dihydro-4H-1,4-thiazin-4-yl]-7H-purine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；200 mM Lithium sulfate, 100 mM HEPES 7.5, 25% PEG 3350	分辨率 2.70 Å R-free 0.287
8FEC Structure of J-PKAc chimera complexed with Aplithianine derivative 提交 2022-12-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–70（69 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	XU0 6-[(6P)-6-(4-bromo-1-methyl-1H-imidazol-5-yl)-2,3-dihydro-4H-1,4-thiazin-4-yl]-7H-purine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；200 mM Lithium sulfate, 100 mM HEPES 7.5, 25% PEG 3350	分辨率 2.70 Å R-free 0.287
9NFS Structure of J-PKAc chimera in complex with Aplithianine j1 提交 2025-02-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–70（69 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	A1BX1 (4P)-4-[4-(pyrimidin-4-yl)-3,4-dihydro-2H-1,4-thiazin-6-yl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；277.15 K；0.2 M LiCl, 0.1 M hopes, pH 7.6, 25% PEG 3350	分辨率 2.45 Å R-free 0.334
9NFS Structure of J-PKAc chimera in complex with Aplithianine j1 提交 2025-02-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–70（69 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	A1BX1 (4P)-4-[4-(pyrimidin-4-yl)-3,4-dihydro-2H-1,4-thiazin-6-yl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；277.15 K；0.2 M LiCl, 0.1 M hopes, pH 7.6, 25% PEG 3350	分辨率 2.45 Å R-free 0.334

共 14 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DNJB1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–184； UniProt 157–340

Nuclear migration protein nudC

Homo sapiens

UniProt Q9Y266

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 100–141	未记录	DnaJ homolog subfamily B member 1 × 2 （P25685） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；298 K；0.1 M of sodium acetate trihydrate and 15% (v/v) of polyethylene glycol 400	分辨率 2.54 Å R-free 0.268

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7NDX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3QOR Crystal structure of human nuclear migration protein NudC 提交 2011-02-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 158–274（117 aa）片段：residues 158-274	突变：E236A, K129A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；296 K；25% PEG 3350, 0.2M sodium acetate, 0.1M lithium sulfate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 1.75 Å R-free 0.202
3QOR Crystal structure of human nuclear migration protein NudC 提交 2011-02-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 158–274（117 aa）片段：residues 158-274	突变：E236A, K129A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；296 K；25% PEG 3350, 0.2M sodium acetate, 0.1M lithium sulfate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 1.75 Å R-free 0.202
3QOR Crystal structure of human nuclear migration protein NudC 提交 2011-02-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 158–274（117 aa）片段：residues 158-274	突变：E236A, K129A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；296 K；25% PEG 3350, 0.2M sodium acetate, 0.1M lithium sulfate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 1.75 Å R-free 0.202
3QOR Crystal structure of human nuclear migration protein NudC 提交 2011-02-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 158–274（117 aa）片段：residues 158-274	突变：E236A, K129A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；296 K；25% PEG 3350, 0.2M sodium acetate, 0.1M lithium sulfate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 1.75 Å R-free 0.202
3QOR Crystal structure of human nuclear migration protein NudC 提交 2011-02-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 158–274（117 aa）片段：residues 158-274	突变：E236A, K129A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；296 K；25% PEG 3350, 0.2M sodium acetate, 0.1M lithium sulfate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 1.75 Å R-free 0.202

共 1 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NUDC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–42； UniProt 100–141

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7ndx
沉积日期 deposition_date	2021-02-02
结构标题 title	Crystal structure of the human HSP40 DNAJB1-CTDs in complex with a peptide of NudC
关键词 keywords	Chaperones, Protein Complex, CHAPERONE; CHAPERONE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.37 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.28 Å
零角强度 I(0) i0	7289730.00
分子量 molecular_weight	20576.0 kDa
排除体积 excluded_volume	26150 Å³
包络体积 envelope_volume	35739 Å³
水化壳体积 shell_volume	14327 Å³
包络直径 envelope_diameter	97.9 Å
壳层 Rg shell_rg	27.19 Å
包络 Rg envelope_rg	25.16 Å
形状 Rg shape_rg	24.29 Å
总 Rg total_rg	24.73 Å
总原子数 total_atoms	2962
残基数 n_residues	181
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	95.4 Å
Rg (实空间) rg_real	24.92 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.24 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.2900e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2880e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.79 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	7289000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7018
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	19.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.716
峰度 Kurtosis kurtosis	0.029
角度范围 angular_range	— – 0.3250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1329000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.355; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.066; Smooth: 0.989

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DnaJ homolog subfamily B member 1
分子量 formula_weight	20894.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2984

RKKQDPPVTHDLRVSLEEIYSGCTKKMKISHKRLNPDGKSIRNEDKILTIEVKKGWKEGTKITFPKEGDQTSNNIPADIVFVLKDKPHNIFKRDGSDVIYPARISLREALCGCTVNVPTLDGRTIPVVFKDVIRPGMRRKVPGEGLPLPKTPEKRGDLIIEFEVIFPERIPQTSRTVLEQVLPI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Nuclear migration protein nudC
分子量 formula_weight	4668.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SGPQIKELTDEEAERLQLEIDQKKDAENHEAQLKNGSLDSPG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	22

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	7ndxA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	260 — HSP40/DNAj peptide-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Urease metallochaperone UreE, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	7ndxA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	260 — HSP40/DNAj peptide-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Urease metallochaperone UreE, N-terminal domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	41.300 Å
晶胞边长 b length_b	128.264 Å
晶胞边长 c length_c	135.213 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	24
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.541 Å
最低分辨率 resolution_low	46.530 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2328
R_free r_free	0.2681

fit	/app/data/saxs_computation/nd/7ndx/7ndx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nd/7ndx/7ndx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nd/7ndx/7ndx.dat

Crystal structure of the human HSP40 DNAJB1-CTDs in complex with a peptide of NudC

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DnaJ homolog subfamily B member 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Nuclear migration protein nudC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)