SAXSdb — 7o54

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Carboxysome assembly protein CcmM

Synechococcus elongatus (strain PCC 7942 / FACHB-805)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–181	未记录	Carbonic anhydrase × 3 （P27134） NI NICKEL (II) ION × 3 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；25% PEG-3350 and 0.1 M HEPES pH 7.5	分辨率 1.63 Å R-free 0.200

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7O54	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6HBA Crystal Structure of the small subunit-like domain 1 of CcmM from Synechococcus elongatus (strain PCC 7942), thiol-oxidized form 提交 2018-08-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 225–313（89 aa）片段：SSUL domain 1	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；277 K；25.5% PEG-3350 and 0.1 M Na-acetate pH 4.5	分辨率 1.65 Å R-free 0.241
6HBA Crystal Structure of the small subunit-like domain 1 of CcmM from Synechococcus elongatus (strain PCC 7942), thiol-oxidized form 提交 2018-08-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 225–313（89 aa）片段：SSUL domain 1	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；277 K；25.5% PEG-3350 and 0.1 M Na-acetate pH 4.5	分辨率 1.65 Å R-free 0.241
6HBB Crystal Structure of the small subunit-like domain 1 of CcmM from Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) 提交 2018-08-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 225–313（89 aa）片段：SSUL domain 1	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；277 K；1.95 M ammonium sulfate and 0.1 M Na-acetate pH 4.5	分辨率 1.20 Å R-free 0.195
6HBB Crystal Structure of the small subunit-like domain 1 of CcmM from Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) 提交 2018-08-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 225–313（89 aa）片段：SSUL domain 1	未记录	SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；277 K；1.95 M ammonium sulfate and 0.1 M Na-acetate pH 4.5	分辨率 1.20 Å R-free 0.195
6HBC Structure of the repeat unit in the network formed by CcmM and Rubisco from Synechococcus elongatus 提交 2018-08-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 A 225–313（89 aa）片段：SSUL domain 1	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；Solutions were made fresh cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 3 seconds before plunging	分辨率 2.78 Å
7D6C Crystal structure of CcmM N-terminal domain in complex with CcmN 提交 2020-09-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 1 1–209（209 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；287.15 K；PEG 8000, N-(2-acetamido) iminodiacetic acid	分辨率 2.89 Å R-free 0.272
7D6C Crystal structure of CcmM N-terminal domain in complex with CcmN 提交 2020-09-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 2 1–209（209 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；287.15 K；PEG 8000, N-(2-acetamido) iminodiacetic acid	分辨率 2.89 Å R-free 0.272
7O4Z Crystal structure of the carbonic anhydrase-like domain of CcmM from Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) 提交 2021-04-07	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–181（181 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 3 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；25% PEG-3350 and 0.1 M HEPES pH 7.5	分辨率 1.67 Å R-free 0.200
9FWV Rubisco in native beta-carboxysomes 提交 2024-07-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：20-meric	链 A 225–310（86 aa）链 B 225–310（86 aa）链 F 225–310（86 aa）链 T 225–310（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å

共 6 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CCMM_SYNE7
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–181； UniProt 1–181

Carbonic anhydrase

Synechococcus elongatus (strain PCC 7942 / FACHB-805)

UniProt P27134

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 256–272	未记录	Carboxysome assembly protein CcmM × 3 （Q03513） NI NICKEL (II) ION × 3 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；25% PEG-3350 and 0.1 M HEPES pH 7.5	分辨率 1.63 Å R-free 0.200

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CYNT_SYNE7
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–17； UniProt 256–272

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7o54
沉积日期 deposition_date	2021-04-07
结构标题 title	Crystal structure of the carbonic anhydrase-like domain of CcmM in complex with the C-terminal 17 residues of CcaA from Synechococcus elongatus (strain PCC 7942)
关键词 keywords	protein binding carboxysome, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.24 Å
零角强度 I(0) i0	7390320.00
分子量 molecular_weight	19563.0 kDa
排除体积 excluded_volume	24345 Å³
包络体积 envelope_volume	26902 Å³
水化壳体积 shell_volume	14715 Å³
包络直径 envelope_diameter	52.8 Å
壳层 Rg shell_rg	21.36 Å
包络 Rg envelope_rg	15.57 Å
形状 Rg shape_rg	15.24 Å
总 Rg total_rg	16.29 Å
总原子数 total_atoms	1378
残基数 n_residues	180
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	55.1 Å
Rg (实空间) rg_real	16.33 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.30 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.3900e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.4040e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.35 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	7390000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8696
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.124
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.366
角度范围 angular_range	— – 0.4850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1270000.0000
实空间数据点数 n_real_points	79
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.769; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.999

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Carboxysome assembly protein CcmM
分子量 formula_weight	19249.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1481

MPSPTTVPVATAGRLAEPYIDPAAQVHAIASIIGDVRIAAGVRVAAGVSIRADEGAPFQVGKESILQEGAVIHGLEYGRVLGDDQADYSVWIGQRVAITHKALIHGPAYLGDDCFVGFRSTVFNARVGAGSVIMMHALVQDVEIPPGRYVPSGAIITTQQQADRLPEVRPEDREFARHIIG

来源 Source

来源生物 organism	Synechococcus elongatus (strain PCC 7942 / FACHB-805)
通用名 common_name	Anacystis nidulans R2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1140
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Carbonic anhydrase
分子量 formula_weight	1976.2 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.1.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GWLAPEQQQRIYRGNAS

来源 Source

来源生物 organism	Synechococcus elongatus (strain PCC 7942 / FACHB-805)
通用名 common_name	Anacystis nidulans R2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1140
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	103

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	89.365 Å
晶胞边长 b length_b	89.365 Å
晶胞边长 c length_c	129.835 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.630 Å
最低分辨率 resolution_low	37.080 Å
R 因子 r_factor	0.1785
R_work r_work	0.1773
R_free r_free	0.1997

fit	/app/data/saxs_computation/o5/7o54/7o54.fit
pddf	/app/data/pr_computation/o5/7o54/7o54.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/o5/7o54/7o54.dat

Crystal structure of the carbonic anhydrase-like domain of CcmM in complex with the C-terminal 17 residues of CcaA from Synechococcus elongatus (strain PCC 7942)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Carboxysome assembly protein CcmM

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Carbonic anhydrase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)