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7oit

Crystal structure of AP2 Mu2 in complex with FCHO2 WxxPhi motif (P3221 crystal form)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 87.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

AP-2 complex subunit mu

Rattus norvegicus

UniProt A0A140TAH5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 AAA； UniProt 157–434 未记录 F-BAR domain only protein 2 × 1 （Q0JRZ9） GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；20mM Sodium formate; 20mM Ammonium acetate; 20mM Sodium citrate tribasic dihydrate; 20mM Sodium potassium tartrate tetrahydrate; 20mM Sodium oxamate, 100mM Imidazole MES monohydrate pH6.5 , 20% v/v Glycerol; 10% w/v PEG 4000 分辨率 1.65 Å R-free 0.202

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A140TAH5_RAT
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 AAA； PDB构建体 8–285； UniProt 157–434

F-BAR domain only protein 2

Homo sapiens

UniProt Q0JRZ9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 BBB； UniProt 422–432 未记录 AP-2 complex subunit mu × 1 （A0A140TAH5） GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；20mM Sodium formate; 20mM Ammonium acetate; 20mM Sodium citrate tribasic dihydrate; 20mM Sodium potassium tartrate tetrahydrate; 20mM Sodium oxamate, 100mM Imidazole MES monohydrate pH6.5 , 20% v/v Glycerol; 10% w/v PEG 4000 分辨率 1.65 Å R-free 0.202

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7OIT Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7OG1 AP2 clathrin adaptor core in complex with cargo peptide and FCHO2 提交 2021-05-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 DDD 314–444（131 aa）
链 GGG 314–444（131 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；Crystals of AP-2 in complex with FCHO2 linker and TGN38 peptide, supplemented with 10mM K Na Tartrate, grew in sitting drops with reservoir 0.1M Mg formate dehydrate, 10% to 15% PEG 3350. The crystals were cryo-protected with 0.1M Mg formate dehydrate, 13% PEG 3350, 18-24% Glycerol and 1mg/ml of peptide.
分辨率 3.25 Å R-free 0.306
7OHO Crystal structure of AP2 FCHO2 chimera 提交 2021-05-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 BBB 358–444（87 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；289 K；18% PEG 12000 0.1M Na/K phosphate pH 6.2 0.2M NaCl 4mM DTT in the presence of 3-fold molar excess of IP6.
分辨率 2.88 Å R-free 0.273
7OHZ Crystal structure of AP2 Mu2 - FCHO2 chimera (His6-tagged) 提交 2021-05-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 316–351（36 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；20% w/v PEG 3,350 0.2 M DL-Malic acid pH 7.0. The crystals were cryo-protected by soaking in mother liquor supplemented with 30-32% glycerol.
分辨率 2.27 Å R-free 0.314
7OHZ Crystal structure of AP2 Mu2 - FCHO2 chimera (His6-tagged) 提交 2021-05-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 316–351（36 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；20% w/v PEG 3,350 0.2 M DL-Malic acid pH 7.0. The crystals were cryo-protected by soaking in mother liquor supplemented with 30-32% glycerol.
分辨率 2.27 Å R-free 0.314
7OI5 Crystal structure of AP2 Mu2 - FCHO2 chimera (GST cleaved) 提交 2021-05-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 316–351（36 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.1；289 K；20% w/v PEG 3350, 0.2 M Sodium phosphate dibasic dehydrate pH 9.1. The crystal was cryo-protected by soaking in mother liquor supplemented with 25% glycerol.
分辨率 2.61 Å R-free 0.297
7OI5 Crystal structure of AP2 Mu2 - FCHO2 chimera (GST cleaved) 提交 2021-05-11 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 316–351（36 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.1；289 K；20% w/v PEG 3350, 0.2 M Sodium phosphate dibasic dehydrate pH 9.1. The crystal was cryo-protected by soaking in mother liquor supplemented with 25% glycerol.
分辨率 2.61 Å R-free 0.297
7OIQ Crystal structure of AP2 Mu2 in complex with FCHO2 WxxPhi motif (C2 crystal form) 提交 2021-05-12 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 DDD 422–432（11 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；30mM Magnesium chloride hexahydrate, 30mM Calcium chloride dihydrate, 100mM Sodium HEPES MOPS (acid) pH 7.5, 20% v/v Ethylene glycol; 10 % w/v PEG 8000
分辨率 1.85 Å R-free 0.209
7OIQ Crystal structure of AP2 Mu2 in complex with FCHO2 WxxPhi motif (C2 crystal form) 提交 2021-05-12 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 CCC 422–432（11 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；30mM Magnesium chloride hexahydrate, 30mM Calcium chloride dihydrate, 100mM Sodium HEPES MOPS (acid) pH 7.5, 20% v/v Ethylene glycol; 10 % w/v PEG 8000
分辨率 1.85 Å R-free 0.209

共 5 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FCHO2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 BBB； PDB构建体 1–11； UniProt 422–432

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7oit

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7oit
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7oit
沉积日期 deposition_date2021-05-12
结构标题 titleCrystal structure of AP2 Mu2 in complex with FCHO2 WxxPhi motif (P3221 crystal form)
关键词 keywordsclathrin-mediated endocytosis (CME), protein recycling, plasma membrane, ENDOCYTOSIS; ENDOCYTOSIS
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.15 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.59 Å
零角强度 I(0) i015512100.00
分子量 molecular_weight30867.0 kDa
排除体积 excluded_volume39218 ų
包络体积 envelope_volume47950 ų
水化壳体积 shell_volume18532 ų
包络直径 envelope_diameter88.5 Å
壳层 Rg shell_rg28.40 Å
包络 Rg envelope_rg24.04 Å
形状 Rg shape_rg23.59 Å
总 Rg total_rg24.27 Å
总原子数 total_atoms2168
残基数 n_residues268
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax87.9 Å
Rg (实空间) rg_real24.47 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.81 Å
I(0) (实空间) i0_real1.5510e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.1430e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.40 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal15510000.0000
解质量估计 total_estimate0.7759
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary22.0 Å
偏度 Skewness skewness0.613
峰度 Kurtosis kurtosis-0.184
角度范围 angular_range— – 0.3300 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4773000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.556; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.454; Smooth: 0.959
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)