SAXSdb — 7oj9

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sorting nexin-9

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–64	未记录	EEEV nsP3 peptide × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 ambient NMR样品组成：1 mM [U-13C; U-15N] SNX9 SH3, 1 mM EEEV nsP3 peptide, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7OJ9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2RAI The PX-BAR membrane remodeling unit of Sorting Nexin 9 提交 2007-09-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 204–595（392 aa）片段：C-terminal fragment, residues 214-594 链 B 204–595（392 aa）片段：C-terminal fragment, residues 214-594	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1.3M Ammonium tartrate dibasic, 0.1M BIS-TRIS propane, pH 7.0 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.20 Å R-free 0.301
2RAJ SO4 bound PX-BAR membrane remodeling unit of Sorting Nexin 9 提交 2007-09-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 204–595（392 aa）片段：C-terminal fragment, residues 214-594	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1.3M Ammonium tartrate dibasic, 0.1M BIS-TRIS propane, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.45 Å R-free 0.276
2RAK PI(3)P bound PX-BAR membrane remodeling unit of Sorting Nexin 9 提交 2007-09-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 204–595（392 aa）片段：C-terminal fragment, residues 214-594	未记录	PIB 2-(BUTANOYLOXY)-1-{[(HYDROXY{[2,3,4,6-TETRAHYDROXY-5-(PHOSPHONOOXY)CYCLOHEXYL]OXY}PHOSPHORYL)OXY]METHYL}ETHYL BUTANOATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1.3M Ammonium tartrate dibasic, 0.1M BIS-TRIS propane, pH 7.0 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.293
3DYT Crystal structure of Snx9PX-BAR (230-595), C2221 提交 2008-07-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 230–595（366 aa）片段：UNP residues 230-595	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；1.8M Ammonium sulfate, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 5% PEG 400, 0.05M MgSO4, 15% Xylitol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K	分辨率 2.08 Å R-free 0.245
3DYU Crystal structure of Snx9PX-BAR (230-595), H32 提交 2008-07-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 230–595（366 aa）片段：UNP residues 230-595 链 B 230–595（366 aa）片段：UNP residues 230-595	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；1.8M Ammonium sulfate, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 5% PEG 400, 0.05M MgSO4, 15% Xylitol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K	分辨率 4.10 Å R-free 0.403
3DYU Crystal structure of Snx9PX-BAR (230-595), H32 提交 2008-07-28	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 230–595（366 aa）片段：UNP residues 230-595	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；1.8M Ammonium sulfate, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 5% PEG 400, 0.05M MgSO4, 15% Xylitol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K	分辨率 4.10 Å R-free 0.403
3LGE Crystal structure of rabbit muscle aldolase-SNX9 LC4 complex 提交 2010-01-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 E 152–182（31 aa）片段：UNP residues 152-182 链 F 152–182（31 aa）片段：UNP residues 152-182 链 G 152–182（31 aa）片段：UNP residues 152-182 链 H 152–182（31 aa）片段：UNP residues 152-182	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG-MME 550, MgCl2, pH 7, Vapor Diffusion, Hanging drop, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.189
9R4W Solution NMR structure of SNX9 SH3 in complex with EspF 提交 2025-05-08	实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–64（64 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 ambient NMR样品组成 1.3 mM [U-13C; U-15N] SNX9 SH3, 1.5 mM EspF, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O NMR样品组成 1.9 mM SNX9 SH3, 1.5 mM [U-13C; U-15N] EspF, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O	分辨率未提供

共 7 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SNX9_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–67； UniProt 1–64

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7oj9
沉积日期 deposition_date	2021-05-14
结构标题 title	NMR solution structure of SNX9 SH3 - EEEV nsP3 peptide complex
关键词 keywords	complex, ENDOCYTOSIS; ENDOCYTOSIS
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	14.47 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.01 Å
零角强度 I(0) i0	552218000.00
分子量 molecular_weight	194300.0 kDa
排除体积 excluded_volume	241840 Å³
包络体积 envelope_volume	32131 Å³
水化壳体积 shell_volume	15226 Å³
包络直径 envelope_diameter	61.9 Å
壳层 Rg shell_rg	24.29 Å
包络 Rg envelope_rg	19.70 Å
形状 Rg shape_rg	13.97 Å
总 Rg total_rg	14.42 Å
总原子数 total_atoms	27360
残基数 n_residues	1800
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	38.0 Å
Rg (实空间) rg_real	13.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.05 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.2630e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.2520e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	14.56 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	552200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6836
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	15.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.279
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.337
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	3.4360
最高正则化参数 α highest_alpha	210100.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.002; Oscil: 0.979; Stabil: 0.985; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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描述 description	EEEV nsP3 peptide
分子量 formula_weight	2548.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	27360

描述 description	Sorting nexin-9
分子量 formula_weight	7179.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

fit	/app/data/saxs_computation/oj/7oj9/7oj9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oj/7oj9/7oj9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oj/7oj9/7oj9.dat

NMR solution structure of SNX9 SH3 - EEEV nsP3 peptide complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sorting nexin-9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)