7ook

Bacteriophage PRD1 Major Capsid Protein P3 in complex with CPZ

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 88.8 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Major capsid protein P3

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–395 链 B； UniProt 1–395 链 C； UniProt 1–395	未记录	NA SODIUM ION × 5 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 10 Z80 3-(2-chloro-10H-phenothiazin-10-yl)-N,N-dimethylpropan-1-amine × 3 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；please see: PMID: 10499799	分辨率 2.23 Å R-free 0.216

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7OOK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CJD THE BACTERIOPHAGE PRD1 COAT PROTEIN, P3, IS STRUCTURALLY SIMILAR TO HUMAN ADENOVIRUS HEXON 提交 1999-04-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.2；35% (W/V) MPD, 0.2 M NACL, 0.1 M SODIUM ACETATE, PH 4.2	分辨率 1.85 Å R-free 0.205
1GW7 QUASI-ATOMIC RESOLUTION MODEL OF BACTERIOPHAGE PRD1 CAPSID, OBTAINED BY COMBINED CRYO-EM AND X-RAY CRYSTALLOGRAPHY. 提交 2002-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 720 PDB 声明：720-MERIC	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）链 D 1–394（394 aa）链 E 1–394（394 aa）链 F 1–394（394 aa）链 G 1–394（394 aa）链 H 1–394（394 aa）链 I 1–394（394 aa）链 J 1–394（394 aa）链 K 1–394（394 aa）链 L 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 TRIS；pH 7.2；TRIS cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；ETHANE	分辨率 13.50 Å
1GW7 QUASI-ATOMIC RESOLUTION MODEL OF BACTERIOPHAGE PRD1 CAPSID, OBTAINED BY COMBINED CRYO-EM AND X-RAY CRYSTALLOGRAPHY. 提交 2002-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）链 D 1–394（394 aa）链 E 1–394（394 aa）链 F 1–394（394 aa）链 G 1–394（394 aa）链 H 1–394（394 aa）链 I 1–394（394 aa）链 J 1–394（394 aa）链 K 1–394（394 aa）链 L 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 TRIS；pH 7.2；TRIS cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；ETHANE	分辨率 13.50 Å
1GW7 QUASI-ATOMIC RESOLUTION MODEL OF BACTERIOPHAGE PRD1 CAPSID, OBTAINED BY COMBINED CRYO-EM AND X-RAY CRYSTALLOGRAPHY. 提交 2002-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）链 D 1–394（394 aa）链 E 1–394（394 aa）链 F 1–394（394 aa）链 G 1–394（394 aa）链 H 1–394（394 aa）链 I 1–394（394 aa）链 J 1–394（394 aa）链 K 1–394（394 aa）链 L 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 TRIS；pH 7.2；TRIS cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；ETHANE	分辨率 13.50 Å
1GW7 QUASI-ATOMIC RESOLUTION MODEL OF BACTERIOPHAGE PRD1 CAPSID, OBTAINED BY COMBINED CRYO-EM AND X-RAY CRYSTALLOGRAPHY. 提交 2002-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 72 PDB 声明：72-meric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）链 D 1–394（394 aa）链 E 1–394（394 aa）链 F 1–394（394 aa）链 G 1–394（394 aa）链 H 1–394（394 aa）链 I 1–394（394 aa）链 J 1–394（394 aa）链 K 1–394（394 aa）链 L 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 TRIS；pH 7.2；TRIS cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；ETHANE	分辨率 13.50 Å
1GW7 QUASI-ATOMIC RESOLUTION MODEL OF BACTERIOPHAGE PRD1 CAPSID, OBTAINED BY COMBINED CRYO-EM AND X-RAY CRYSTALLOGRAPHY. 提交 2002-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）链 D 1–394（394 aa）链 E 1–394（394 aa）链 F 1–394（394 aa）链 G 1–394（394 aa）链 H 1–394（394 aa）链 I 1–394（394 aa）链 J 1–394（394 aa）链 K 1–394（394 aa）链 L 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 TRIS；pH 7.2；TRIS cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；ETHANE	分辨率 13.50 Å
1GW8 quasi-atomic resolution model of bacteriophage PRD1 sus607 mutant, obtained by combined cryo-EM and X-ray crystallography. 提交 2002-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 720 PDB 声明：720-MERIC	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）链 D 1–394（394 aa）链 E 1–394（394 aa）链 F 1–394（394 aa）链 G 1–394（394 aa）链 H 1–394（394 aa）链 I 1–394（394 aa）链 J 1–394（394 aa）链 K 1–394（394 aa）链 L 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 TRIS；pH 7.2；TRIS cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；ETHANE	分辨率 13.30 Å
1GW8 quasi-atomic resolution model of bacteriophage PRD1 sus607 mutant, obtained by combined cryo-EM and X-ray crystallography. 提交 2002-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）链 D 1–394（394 aa）链 E 1–394（394 aa）链 F 1–394（394 aa）链 G 1–394（394 aa）链 H 1–394（394 aa）链 I 1–394（394 aa）链 J 1–394（394 aa）链 K 1–394（394 aa）链 L 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 TRIS；pH 7.2；TRIS cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；ETHANE	分辨率 13.30 Å
1GW8 quasi-atomic resolution model of bacteriophage PRD1 sus607 mutant, obtained by combined cryo-EM and X-ray crystallography. 提交 2002-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）链 D 1–394（394 aa）链 E 1–394（394 aa）链 F 1–394（394 aa）链 G 1–394（394 aa）链 H 1–394（394 aa）链 I 1–394（394 aa）链 J 1–394（394 aa）链 K 1–394（394 aa）链 L 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 TRIS；pH 7.2；TRIS cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；ETHANE	分辨率 13.30 Å
1GW8 quasi-atomic resolution model of bacteriophage PRD1 sus607 mutant, obtained by combined cryo-EM and X-ray crystallography. 提交 2002-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 72 PDB 声明：72-meric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）链 D 1–394（394 aa）链 E 1–394（394 aa）链 F 1–394（394 aa）链 G 1–394（394 aa）链 H 1–394（394 aa）链 I 1–394（394 aa）链 J 1–394（394 aa）链 K 1–394（394 aa）链 L 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 TRIS；pH 7.2；TRIS cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；ETHANE	分辨率 13.30 Å
1GW8 quasi-atomic resolution model of bacteriophage PRD1 sus607 mutant, obtained by combined cryo-EM and X-ray crystallography. 提交 2002-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）链 D 1–394（394 aa）链 E 1–394（394 aa）链 F 1–394（394 aa）链 G 1–394（394 aa）链 H 1–394（394 aa）链 I 1–394（394 aa）链 J 1–394（394 aa）链 K 1–394（394 aa）链 L 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 TRIS；pH 7.2；TRIS cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；ETHANE	分辨率 13.30 Å
1HB5 quasi-atomic resolution model of bacteriophage PRD1 P3-shell, obtained by combined cryo-EM and X-ray crystallography. 提交 2001-04-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 540 PDB 声明：540-MERIC	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）链 D 1–394（394 aa）链 E 1–394（394 aa）链 F 1–394（394 aa）链 G 1–394（394 aa）链 H 1–394（394 aa）链 I 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；PLUNGE VITRIFICATION	分辨率 12.00 Å
1HB5 quasi-atomic resolution model of bacteriophage PRD1 P3-shell, obtained by combined cryo-EM and X-ray crystallography. 提交 2001-04-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）链 D 1–394（394 aa）链 E 1–394（394 aa）链 F 1–394（394 aa）链 G 1–394（394 aa）链 H 1–394（394 aa）链 I 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；PLUNGE VITRIFICATION	分辨率 12.00 Å
1HB5 quasi-atomic resolution model of bacteriophage PRD1 P3-shell, obtained by combined cryo-EM and X-ray crystallography. 提交 2001-04-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 45 PDB 声明：45-meric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）链 D 1–394（394 aa）链 E 1–394（394 aa）链 F 1–394（394 aa）链 G 1–394（394 aa）链 H 1–394（394 aa）链 I 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；PLUNGE VITRIFICATION	分辨率 12.00 Å
1HB5 quasi-atomic resolution model of bacteriophage PRD1 P3-shell, obtained by combined cryo-EM and X-ray crystallography. 提交 2001-04-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 54 PDB 声明：54-meric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）链 D 1–394（394 aa）链 E 1–394（394 aa）链 F 1–394（394 aa）链 G 1–394（394 aa）链 H 1–394（394 aa）链 I 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；PLUNGE VITRIFICATION	分辨率 12.00 Å
1HB5 quasi-atomic resolution model of bacteriophage PRD1 P3-shell, obtained by combined cryo-EM and X-ray crystallography. 提交 2001-04-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）链 D 1–394（394 aa）链 E 1–394（394 aa）链 F 1–394（394 aa）链 G 1–394（394 aa）链 H 1–394（394 aa）链 I 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；PLUNGE VITRIFICATION	分辨率 12.00 Å
1HB7 quasi-atomic resolution model of bacteriophage PRD1 sus1 mutant, obtained by combined cryo-EM and X-ray crystallography. 提交 2001-04-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 720 PDB 声明：720-MERIC	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）链 D 1–394（394 aa）链 E 1–394（394 aa）链 F 1–394（394 aa）链 G 1–394（394 aa）链 H 1–394（394 aa）链 I 1–394（394 aa）链 J 1–394（394 aa）链 K 1–394（394 aa）链 L 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；PLUNGE VITRIFICATION	分辨率 14.00 Å
1HB7 quasi-atomic resolution model of bacteriophage PRD1 sus1 mutant, obtained by combined cryo-EM and X-ray crystallography. 提交 2001-04-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）链 D 1–394（394 aa）链 E 1–394（394 aa）链 F 1–394（394 aa）链 G 1–394（394 aa）链 H 1–394（394 aa）链 I 1–394（394 aa）链 J 1–394（394 aa）链 K 1–394（394 aa）链 L 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；PLUNGE VITRIFICATION	分辨率 14.00 Å
1HB7 quasi-atomic resolution model of bacteriophage PRD1 sus1 mutant, obtained by combined cryo-EM and X-ray crystallography. 提交 2001-04-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）链 D 1–394（394 aa）链 E 1–394（394 aa）链 F 1–394（394 aa）链 G 1–394（394 aa）链 H 1–394（394 aa）链 I 1–394（394 aa）链 J 1–394（394 aa）链 K 1–394（394 aa）链 L 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；PLUNGE VITRIFICATION	分辨率 14.00 Å
1HB7 quasi-atomic resolution model of bacteriophage PRD1 sus1 mutant, obtained by combined cryo-EM and X-ray crystallography. 提交 2001-04-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 72 PDB 声明：72-meric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）链 D 1–394（394 aa）链 E 1–394（394 aa）链 F 1–394（394 aa）链 G 1–394（394 aa）链 H 1–394（394 aa）链 I 1–394（394 aa）链 J 1–394（394 aa）链 K 1–394（394 aa）链 L 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；PLUNGE VITRIFICATION	分辨率 14.00 Å
1HB7 quasi-atomic resolution model of bacteriophage PRD1 sus1 mutant, obtained by combined cryo-EM and X-ray crystallography. 提交 2001-04-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）链 D 1–394（394 aa）链 E 1–394（394 aa）链 F 1–394（394 aa）链 G 1–394（394 aa）链 H 1–394（394 aa）链 I 1–394（394 aa）链 J 1–394（394 aa）链 K 1–394（394 aa）链 L 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；PLUNGE VITRIFICATION	分辨率 14.00 Å
1HB9 quasi-atomic resolution model of bacteriophage PRD1 wild type virion, obtained by combined cryo-EM and X-ray crystallography. 提交 2001-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 720 PDB 声明：720-MERIC	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）链 D 1–394（394 aa）链 E 1–394（394 aa）链 F 1–394（394 aa）链 G 1–394（394 aa）链 H 1–394（394 aa）链 I 1–394（394 aa）链 J 1–394（394 aa）链 K 1–394（394 aa）链 L 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；PLUNGE VITRIFICATION	分辨率 25.00 Å
1HB9 quasi-atomic resolution model of bacteriophage PRD1 wild type virion, obtained by combined cryo-EM and X-ray crystallography. 提交 2001-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）链 D 1–394（394 aa）链 E 1–394（394 aa）链 F 1–394（394 aa）链 G 1–394（394 aa）链 H 1–394（394 aa）链 I 1–394（394 aa）链 J 1–394（394 aa）链 K 1–394（394 aa）链 L 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；PLUNGE VITRIFICATION	分辨率 25.00 Å
1HB9 quasi-atomic resolution model of bacteriophage PRD1 wild type virion, obtained by combined cryo-EM and X-ray crystallography. 提交 2001-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）链 D 1–394（394 aa）链 E 1–394（394 aa）链 F 1–394（394 aa）链 G 1–394（394 aa）链 H 1–394（394 aa）链 I 1–394（394 aa）链 J 1–394（394 aa）链 K 1–394（394 aa）链 L 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；PLUNGE VITRIFICATION	分辨率 25.00 Å
1HB9 quasi-atomic resolution model of bacteriophage PRD1 wild type virion, obtained by combined cryo-EM and X-ray crystallography. 提交 2001-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 72 PDB 声明：72-meric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）链 D 1–394（394 aa）链 E 1–394（394 aa）链 F 1–394（394 aa）链 G 1–394（394 aa）链 H 1–394（394 aa）链 I 1–394（394 aa）链 J 1–394（394 aa）链 K 1–394（394 aa）链 L 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；PLUNGE VITRIFICATION	分辨率 25.00 Å
1HB9 quasi-atomic resolution model of bacteriophage PRD1 wild type virion, obtained by combined cryo-EM and X-ray crystallography. 提交 2001-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）链 D 1–394（394 aa）链 E 1–394（394 aa）链 F 1–394（394 aa）链 G 1–394（394 aa）链 H 1–394（394 aa）链 I 1–394（394 aa）链 J 1–394（394 aa）链 K 1–394（394 aa）链 L 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；PLUNGE VITRIFICATION	分辨率 25.00 Å
1HQN THE SELENOMETHIONINE DERIVATIVE OF P3, THE MAJOR COAT PROTEIN OF THE LIPID-CONTAINING BACTERIOPHAGE PRD1. 提交 2000-12-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；298 K；30% MPD, 0.2 M NACL, 0.1 M SODIUM ACETATE, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.227
1HX6 P3, THE MAJOR COAT PROTEIN OF THE LIPID-CONTAINING BACTERIOPHAGE PRD1. 提交 2001-01-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 7 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 18	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；298 K；30% MPD, 0.1 M sodium acetate, 0.2 M NaCl, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.65 Å R-free 0.208
1W8X Structural analysis of PRD1 提交 2004-10-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 900 PDB 声明：900-MERIC	链 A 1–395（395 aa）链 B 1–395（395 aa）链 C 1–395（395 aa）链 D 1–395（395 aa）链 E 1–395（395 aa）链 F 1–395（395 aa）链 G 1–395（395 aa）链 H 1–395（395 aa）链 I 1–395（395 aa）链 J 1–395（395 aa）链 K 1–395（395 aa）链 L 1–395（395 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；3.7 W/V PEG 8000, 400 MM NACL 100 MM POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER PH 7.2	分辨率 4.20 Å
1W8X Structural analysis of PRD1 提交 2004-10-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 A 1–395（395 aa）链 B 1–395（395 aa）链 C 1–395（395 aa）链 D 1–395（395 aa）链 E 1–395（395 aa）链 F 1–395（395 aa）链 G 1–395（395 aa）链 H 1–395（395 aa）链 I 1–395（395 aa）链 J 1–395（395 aa）链 K 1–395（395 aa）链 L 1–395（395 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；3.7 W/V PEG 8000, 400 MM NACL 100 MM POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER PH 7.2	分辨率 4.20 Å
1W8X Structural analysis of PRD1 提交 2004-10-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：75-meric	链 A 1–395（395 aa）链 B 1–395（395 aa）链 C 1–395（395 aa）链 D 1–395（395 aa）链 E 1–395（395 aa）链 F 1–395（395 aa）链 G 1–395（395 aa）链 H 1–395（395 aa）链 I 1–395（395 aa）链 J 1–395（395 aa）链 K 1–395（395 aa）链 L 1–395（395 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；3.7 W/V PEG 8000, 400 MM NACL 100 MM POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER PH 7.2	分辨率 4.20 Å
1W8X Structural analysis of PRD1 提交 2004-10-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 90 PDB 声明：90-meric	链 A 1–395（395 aa）链 B 1–395（395 aa）链 C 1–395（395 aa）链 D 1–395（395 aa）链 E 1–395（395 aa）链 F 1–395（395 aa）链 G 1–395（395 aa）链 H 1–395（395 aa）链 I 1–395（395 aa）链 J 1–395（395 aa）链 K 1–395（395 aa）链 L 1–395（395 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；3.7 W/V PEG 8000, 400 MM NACL 100 MM POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER PH 7.2	分辨率 4.20 Å
1W8X Structural analysis of PRD1 提交 2004-10-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 A 1–395（395 aa）链 B 1–395（395 aa）链 C 1–395（395 aa）链 D 1–395（395 aa）链 E 1–395（395 aa）链 F 1–395（395 aa）链 G 1–395（395 aa）链 H 1–395（395 aa）链 I 1–395（395 aa）链 J 1–395（395 aa）链 K 1–395（395 aa）链 L 1–395（395 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；3.7 W/V PEG 8000, 400 MM NACL 100 MM POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER PH 7.2	分辨率 4.20 Å
1W8X Structural analysis of PRD1 提交 2004-10-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 900 PDB 声明：900-meric	链 A 1–395（395 aa）链 B 1–395（395 aa）链 C 1–395（395 aa）链 D 1–395（395 aa）链 E 1–395（395 aa）链 F 1–395（395 aa）链 G 1–395（395 aa）链 H 1–395（395 aa）链 I 1–395（395 aa）链 J 1–395（395 aa）链 K 1–395（395 aa）链 L 1–395（395 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；3.7 W/V PEG 8000, 400 MM NACL 100 MM POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER PH 7.2	分辨率 4.20 Å

共 9 个其他 PDB 条目、34 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CAPSD_BPPRD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395 作者链 B； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395 作者链 C； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7ook
沉积日期 deposition_date	2021-05-27
结构标题 title	Bacteriophage PRD1 Major Capsid Protein P3 in complex with CPZ
关键词 keywords	protein complex, chlorpromazine (CPZ), VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.69 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.25 Å
零角强度 I(0) i0	241266000.00
分子量 molecular_weight	124890.0 kDa
排除体积 excluded_volume	156580 Å³
包络体积 envelope_volume	193720 Å³
水化壳体积 shell_volume	50255 Å³
包络直径 envelope_diameter	97.1 Å
壳层 Rg shell_rg	39.81 Å
包络 Rg envelope_rg	30.11 Å
形状 Rg shape_rg	30.25 Å
总 Rg total_rg	31.10 Å
总原子数 total_atoms	17370
残基数 n_residues	1119
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	88.8 Å
Rg (实空间) rg_real	31.40 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4130e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3960e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.53 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	241300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8400
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	42.6 Å
偏度 Skewness skewness	-0.003
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.606
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	35920000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.976; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Major capsid protein P3
分子量 formula_weight	43477.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,B,A
原子数 atom_count	17977

MAQVQQLTPAQQAALRNQQAMAANLQARQIVLQQSYPVIQQVETQTFDPANRSVFDVTPANVGIVKGFLVKVTAAITNNHATEAVALTDFGPANLVQRVIYYDPDNQRHTETSGWHLHFVNTAKQGAPFLSSMVTDSPIKYGDVMNVIDAPATIAAGATGELTMYYWVPLAYSETDLTGAVLANVPQSKQRLKLEFANNNTAFAAVGANPLEAIYQGAGAADCEFEEISYTVYQSYLDQLPVGQNGYILPLIDLSTLYNLENSAQAGLTPNVDFVVQYANLYRYLSTIAVFDNGGSFNAGTDINYLSQRTANFSDTRKLDPKTWAAQTRRRIATDFPKGVYYCDNRDKPIYTLQYGNVGFVVNPKTVNQNARLLMGYEYFTSRTELVNAGTISTT

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	5

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	3-(2-chloro-10H-phenothiazin-10-yl)-N,N-dimethylpropan-1-amine
分子量 formula_weight	318.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	414

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8. 引用文献 (5)

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晶胞边长 a length_a	116.750 Å
晶胞边长 b length_b	122.750 Å
晶胞边长 c length_c	126.320 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.230 Å
最低分辨率 resolution_low	39.830 Å
R 因子 r_factor	0.1776
R_work r_work	0.1757
R_free r_free	0.2158

fit	/app/data/saxs_computation/oo/7ook/7ook.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oo/7ook/7ook.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oo/7ook/7ook.dat