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7oum

BDM88855 inhibitor bound to the transmembrane domain of AcrB-R971A

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 150.0 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Multidrug efflux pump subunit AcrB

Escherichia coli

UniProt P31224

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–1049 链 B； UniProt 1–1049 链 C； UniProt 1–1049 未记录 DARPIN × 2 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 7 C14 TETRADECANE × 1 DDQ DECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE × 2 GOL GLYCEROL × 3 1K8 3-chloranyl-2-piperazin-1-yl-quinoline × 2 D10 DECANE × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 17 SO4 SULFATE ION × 2 OCT N-OCTANE × 4 LPX (2S)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-hydroxypropyl hexadecanoate × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；291 K；0.05M ADA, PH 6.6, 0.13-0.2M AMMONIUM SULFATE, 5% GLYCEROL, 8-9% PEG4000, 0.006M BDM88855 分辨率 2.45 Å R-free 0.256

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7OUM Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1IWG Crystal structure of Bacterial Multidrug Efflux transporter AcrB 提交 2002-05-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.1；298 K；PEG 2000, Sodium phosphate, sodium citrate, glycerol, dodecyl maltoside, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 3.50 Å R-free 0.355
1OY6 Structural Basis of the Multiple Binding Capacity of the AcrB Multidrug Efflux Pump 提交 2003-04-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.68 Å R-free 0.330
1OY8 Structural Basis of Multiple Drug Binding Capacity of the AcrB Multidrug Efflux Pump 提交 2003-04-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
未记录 RHQ RHODAMINE 6G × 3 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.63 Å R-free 0.322
1OY9 Structural Basis of Multiple Drug Binding Capacity of the AcrB Multidrug Efflux Pump 提交 2003-04-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
未记录 ET ETHIDIUM × 3 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.80 Å R-free 0.344
1OYD Structural Basis of Multiple Binding Capacity of the AcrB multidrug Efflux Pump 提交 2003-04-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
未记录 DEQ DEQUALINIUM × 3 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.80 Å R-free 0.338
1OYE Structural Basis of Multiple Binding Capacity of the AcrB multidrug Efflux Pump 提交 2003-04-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
未记录 CPF 1-CYCLOPROPYL-6-FLUORO-4-OXO-7-PIPERAZIN-1-YL-1,4-DIHYDROQUINOLINE-3-CARBOXYLIC ACID × 3 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.48 Å R-free 0.323
1T9T Structural Basis of Multidrug transport by the AcrB Multidrug Efflux Pump 提交 2004-05-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
突变：N109A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.23 Å R-free 0.338
1T9U Structural Basis of Multidrug Transport by the AcrB Multidrug Efflux Pump 提交 2004-05-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
突变：N109A CPF 1-CYCLOPROPYL-6-FLUORO-4-OXO-7-PIPERAZIN-1-YL-1,4-DIHYDROQUINOLINE-3-CARBOXYLIC ACID × 6 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.11 Å R-free 0.335
1T9V Structural Basis of Multidrug Transport by the AcrB Multidrug Efflux Pump 提交 2004-05-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
突变：N109A RHQ RHODAMINE 6G × 6 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.80 Å R-free 0.331
1T9W Structural Basis of Multidrug Transport by the AcrB Multidrug Efflux Pump 提交 2004-05-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
突变：N109A NFN 6-[[(2-ETHOXY-1-NAPHTHALENYL)CARBONYL]AMINO]-3,3-DIMETHYL-7-OXO-4-THIA-1-AZABICYCLO[3.2.0]HEPTANE-2-CARBOXYLATE × 6 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.23 Å R-free 0.349
1T9X Structural Basis of Multidrug Transport by the AcrB Multidrug Efflux Pump 提交 2004-05-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
突变：N109A ET ETHIDIUM × 6 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.08 Å R-free 0.359
1T9Y Structural Basis of Multidrug Transport by the AcrB Multidrug Efflux Pump 提交 2004-05-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
突变：N109A MC2 N2-(L-PHENYLALANYL)-N1-(NAPHTHALENYL)-L-ARIGNINAMIDE × 6 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.64 Å R-free 0.340
2DHH Crystal structure of a multidrug transporter reveal a functionally rotating mechanism 提交 2006-03-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；PEG4000, PH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 2.80 Å R-free 0.307
2DR6 Crystal structure of a multidrug transporter reveal a functionally rotating mechanism 提交 2006-06-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 DM2 DOXORUBICIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.1；PEG4000, PH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.359
2DRD Crystal structure of a multidrug transporter reveal a functionally rotating mechanism 提交 2006-06-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 MIY (4S,4AS,5AR,12AS)-4,7-BIS(DIMETHYLAMINO)-3,10,12,12A-TETRAHYDROXY-1,11-DIOXO-1,4,4A,5,5A,6,11,12A-OCTAHYDROTETRACENE-2- CARBOXAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.1；PEG4000, PH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 3.10 Å R-free 0.310
2GIF Asymmetric structure of trimeric AcrB from Escherichia coli 提交 2006-03-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 FLC CITRATE ANION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.6；290 K；5% PEG 400, 16-22% PEG 300, 8-11% glycerol, 70mM sodium citrate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 290K
分辨率 2.90 Å R-free 0.267
2HQC Conformation of the AcrB Multidrug Efflux Pump in Mutants of the Putative Proton Relay Pathway 提交 2006-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
突变：D407A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；pH 5.6, vapor diffusion Hanging-drop, temperature 298K
分辨率 3.56 Å R-free 0.294
2HQD Conformation of the AcrB Multidrug Efflux Pump in Mutants of the Putative Proton Relay Pathway 提交 2006-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
突变：D408A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.65 Å R-free 0.303
2HQF Conformation of the AcrB Multidrug Efflux Pump in Mutants of the Putative Proton Relay Pathway 提交 2006-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
突变：K940A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.38 Å R-free 0.280
2HQG Conformation of the AcrB Multidrug Efflux Pump in Mutants of the Putative Proton Relay Pathway 提交 2006-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
突变：T978A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；pH 5.6, vapor diffusion Hanging drop, temperature 298K
分辨率 3.38 Å R-free 0.275
2HRT Asymmetric structure of trimeric AcrB from Escherichia coli 提交 2006-07-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 FLC CITRATE ANION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.6；290 K；5 % polyethylene glycol 400, 16-22 % polyethylene glycol 300, 8-11 % glycerol, 70 mM Nacitrate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K, pH 4.60
分辨率 3.00 Å R-free 0.274
2HRT Asymmetric structure of trimeric AcrB from Escherichia coli 提交 2006-07-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–1049（1049 aa）
链 E 1–1049（1049 aa）
链 F 1–1049（1049 aa）
未记录 FLC CITRATE ANION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.6；290 K；5 % polyethylene glycol 400, 16-22 % polyethylene glycol 300, 8-11 % glycerol, 70 mM Nacitrate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K, pH 4.60
分辨率 3.00 Å R-free 0.274
2I6W Crystal structure of the multidrug efflux transporter AcrB 提交 2006-08-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 0.1 M Sodium chloride, 0.1 M Lithium sulfate, 12% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 3.10 Å R-free 0.341
2J8S Drug Export Pathway of Multidrug Exporter AcrB Revealed by DARPin Inhibitors 提交 2006-10-27 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 10 LMU DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；50MM ADA PH 6.5, 200MM (NH4)2SO4, 8% PEG4000
分辨率 2.54 Å R-free 0.271
2RDD X-ray crystal structure of AcrB in complex with a novel transmembrane helix. 提交 2007-09-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–1036（1036 aa）
未记录 AIC (2S,5R,6R)-6-{[(2R)-2-AMINO-2-PHENYLETHANOYL]AMINO}-3,3-DIMETHYL-7-OXO-4-THIA-1-AZABICYCLO[3.2.0]HEPTANE-2-CARBOXYLIC ACID × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；14-28% PEG1000 or PEG1500, 0.1M Tris, 0.1M LiSO4, 18mM n-Octyl-beta-D-Thioglucopyranoside and 20% 1,2,3-heptanetriol as an additive, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.50 Å R-free 0.317
2W1B The structure of the efflux pump AcrB in complex with bile acid 提交 2008-10-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
未记录 DXC (3ALPHA,5BETA,12ALPHA)-3,12-DIHYDROXYCHOLAN-24-OIC ACID × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；10% PEG 4000, 0.1 M HEPES PH 7.5, 0.1 M AMMONIUM SULPHATE AND 22% V/V GLYCEROL
分辨率 3.85 Å R-free 0.349
3AOA Structures of the multidrug exporter AcrB reveal a proximal multisite drug-binding pocket 提交 2010-09-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；298 K；20mM sodium phosphate, 100mM NaCl, 14 %(w/v) PEG 4000, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 3.35 Å R-free 0.326
3AOB Structures of the multidrug exporter AcrB reveal a proximal multisite drug-binding pocket 提交 2010-09-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 RFP RIFAMPICIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；298 K；20mM sodium phosphate, 100mM NaCl, 14 %(w/v) PEG 4000, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 3.35 Å R-free 0.326
3AOC Structures of the multidrug exporter AcrB reveal a proximal multisite drug-binding pocket 提交 2010-09-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 ERY ERYTHROMYCIN A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；298 K；220mM sodium phosphate, 100mM NaCl, 14 %(w/v)PEG 4000, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 3.34 Å R-free 0.344
3AOD Structures of the multidrug exporter AcrB reveal a proximal multisite drug-binding pocket 提交 2010-09-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 MIY (4S,4AS,5AR,12AS)-4,7-BIS(DIMETHYLAMINO)-3,10,12,12A-TETRAHYDROXY-1,11-DIOXO-1,4,4A,5,5A,6,11,12A-OCTAHYDROTETRACENE-2- CARBOXAMIDE × 1 RFP RIFAMPICIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；298 K；20mM sodium phosphate, 100mM NaCl, 14 %(w/v) PEG 4000, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 3.30 Å R-free 0.318
3D9B Symmetric structure of E. coli AcrB 提交 2008-05-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
未记录 NI NICKEL (II) ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；293 K；0.1M MES, 31% PEG 400, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.42 Å R-free 0.355
3NOC Designed ankyrin repeat protein (DARPin) binders to AcrB: Plasticity of the Interface 提交 2010-06-25 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；PEG4000, (NH4)2SO4, ADA, pH 6.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K
分辨率 2.70 Å R-free 0.268
3NOG Designed ankyrin repeat protein (DARPin) Binders to AcrB: Plasticity of the Interface 提交 2010-06-25 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；PEG4000, (NH4)2SO4, ADA, pH 6.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K
分辨率 3.34 Å R-free 0.307
3W9H Structural basis for the inhibition of bacterial multidrug exporters 提交 2013-04-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1033（1033 aa） 片段：UNP residues 1-1033
链 B 1–1033（1033 aa） 片段：UNP residues 1-1033
链 C 1–1033（1033 aa） 片段：UNP residues 1-1033
未记录 P9D [{2-[({[(3R)-1-{8-[(4-tert-butyl-1,3-thiazol-2-yl)carbamoyl]-4-oxo-3-[(E)-2-(1H-tetrazol-5-yl)ethenyl]-4H-pyrido[1,2-a]pyrimidin-2-yl}piperidin-3-yl]oxy}carbonyl)amino]ethyl}(dimethyl)ammonio]acetate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；298 K；20mM sodium phosphate, 100mM NaCl, 14% PEG 4000, 32ug/ml ABI-PP, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K
分辨率 3.05 Å R-free 0.317
4C48 Crystal structure of AcrB-AcrZ complex 提交 2013-09-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 1–1047（1047 aa） 片段：RESIDUES 1-1047
未记录 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 27 NI NICKEL (II) ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；CRYSTALLISATION SOLUTION 100 MM HEPES, PH 7.5, 10 MM MGCL2 AND 12% (W/V) PEG 3350. SAMPLE BUFFER 10 MM HEPES PH: 7.5, 50 MM SODIUM CHLORIDE, 0.03% DDM N-DODECYL BETA-D-MALTOPYRANOSIDE
分辨率 3.30 Å R-free 0.322
4CDI Crystal structure of AcrB-AcrZ complex 提交 2013-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–1049（1049 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；THE ACRBZ COMPLEX AT 10 MG ML-1 USING SAMPLE BUFFER. 9 MM N-OCTYL-BETA-D-THIOGLUCOPYRANOSIDE (90 MM) WAS MIXED WITH ACRBZ COMPLEX BEFORE THE CRYSTALLISATION TRIALS. THE ACRBZ CRYSTALS WERE GROWN AT 20 C USING THE HANGING-DROPLET VAPOUR DIFFUSION METHOD BY MIXING 4 MICROLITERS OF ACRBZ COMPLEX WITH 2 MICROLITERS OF RESERVOIR SOLUTION (100 MM TRICINE PH: 7.4, 50 MM LITHIUM SULPHATE, 5 MM CADMIUM CHLORIDE HYDRATE, 7 % PEG 3000, 10% GLYCEROL).
分辨率 3.70 Å R-free 0.361
4DX5 Transport of drugs by the multidrug transporter AcrB involves an access and a deep binding pocket that are separated by a switch-loop 提交 2012-02-27 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 15 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 8 OCT N-OCTANE × 7 D10 DECANE × 6 HEX HEXANE × 5 D12 DODECANE × 4 MIY (4S,4AS,5AR,12AS)-4,7-BIS(DIMETHYLAMINO)-3,10,12,12A-TETRAHYDROXY-1,11-DIOXO-1,4,4A,5,5A,6,11,12A-OCTAHYDROTETRACENE-2- CARBOXAMIDE × 1 C14 TETRADECANE × 1 LMU DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE × 1 DD9 nonane × 1 SO4 SULFATE ION × 1 UND UNDECANE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；290 K；0.05M ADA, pH 6.5, 0.2M ammonium sulfate, 7% PEG 4000, 6% glycerol, 0.002M minocycline, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 1.90 Å R-free 0.231
4DX6 Transport of drugs by the multidrug transporter AcrB involves an access and a deep binding pocket that are separated by a switch-loop 提交 2012-02-27 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；290 K；0.05M ADA, pH 6.5 0.2M ammonium sulfate 9% PEG 4000 6% glycerol , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 2.90 Å R-free 0.270
4DX7 Transport of drugs by the multidrug transporter AcrB involves an access and a deep binding pocket that are separated by a switch-loop 提交 2012-02-27 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 7 DM2 DOXORUBICIN × 3 D12 DODECANE × 4 D10 DECANE × 4 LMU DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE × 1 GOL GLYCEROL × 3 HEX HEXANE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；290 K；0.025M ADA, pH 6.5, 0.2M ammonium sulfate, 7.66% PEG 4000, 8.8% glycerol, 0.004M doxorubicin, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 2.25 Å R-free 0.227
4K7Q Crystal Structure of AcrB Complexed with Linezolid at 3.5 Resolution 提交 2013-04-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
未记录 ZLD N-{[(5S)-3-(3-fluoro-4-morpholin-4-ylphenyl)-2-oxo-1,3-oxazolidin-5-yl]methyl}acetamide × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；298 K；0.1M NaCl 8% PEG 4k 0.1M NaPhosphate pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 3.50 Å R-free 0.304
4U8V Coupling of remote alternating-access transport mechanisms for protons and substrates in the multidrug efflux pump AcrB 提交 2014-08-04 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：Pentameric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
突变：D407N 突变：D407N 突变：D407N LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 5 MIY (4S,4AS,5AR,12AS)-4,7-BIS(DIMETHYLAMINO)-3,10,12,12A-TETRAHYDROXY-1,11-DIOXO-1,4,4A,5,5A,6,11,12A-OCTAHYDROTETRACENE-2- CARBOXAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；290 K；0.05M ADA, pH 6.5, 0.2 M (NH4)2SO4, 8% PEG4000, 10% Glycerol
分辨率 2.30 Å R-free 0.238
4U8Y Coupling of remote alternating-access transport mechanisms for protons and substrates in the multidrug efflux pump AcrB 提交 2014-08-05 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 4 MIY (4S,4AS,5AR,12AS)-4,7-BIS(DIMETHYLAMINO)-3,10,12,12A-TETRAHYDROXY-1,11-DIOXO-1,4,4A,5,5A,6,11,12A-OCTAHYDROTETRACENE-2- CARBOXAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；290 K；0.05M ADA, pH 6.5, 0.2 M (NH4)2SO4, 7% PEG4000, 8% Glycerol
分辨率 2.10 Å R-free 0.236
4U95 Coupling of remote alternating-access transport mechanisms for protons and substrates in the multidrug efflux pump AcrB 提交 2014-08-05 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
突变：K940A 突变：K940A 突变：K940A LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 MIY (4S,4AS,5AR,12AS)-4,7-BIS(DIMETHYLAMINO)-3,10,12,12A-TETRAHYDROXY-1,11-DIOXO-1,4,4A,5,5A,6,11,12A-OCTAHYDROTETRACENE-2- CARBOXAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；0.05M ADA, pH 6.5, 0.2 M (NH4)2SO4, 8% PEG4000, 6% Glycerol
分辨率 2.00 Å R-free 0.237
4U96 Coupling of remote alternating-access transport mechanisms for protons and substrates in the multidrug efflux pump AcrB 提交 2014-08-05 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
突变：R971A 突变：R971A 突变：R971A LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；290 K；0.05M ADA, pH 6.5, 0.2 M (NH4)2SO4, 9% PEG4000, 7.3% Glycerol
分辨率 2.20 Å R-free 0.246
4ZIT Crystal structure of AcrB in P21 space group 提交 2015-04-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 NI NICKEL (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；288 K；0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M MgAc, 10% PEG 3350
分辨率 3.30 Å R-free 0.339
4ZIT Crystal structure of AcrB in P21 space group 提交 2015-04-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–1049（1049 aa）
链 E 1–1049（1049 aa）
链 F 1–1049（1049 aa）
未记录 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 NI NICKEL (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；288 K；0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M MgAc, 10% PEG 3350
分辨率 3.30 Å R-free 0.339
4ZIV Crystal structure of AcrB triple mutant in P21 space group 提交 2015-04-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 NI NICKEL (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；288 K；0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M MgAc, 10% PEG 3350
分辨率 3.16 Å R-free 0.335
4ZIV Crystal structure of AcrB triple mutant in P21 space group 提交 2015-04-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–1049（1049 aa）
链 E 1–1049（1049 aa）
链 F 1–1049（1049 aa）
未记录 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 NI NICKEL (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；288 K；0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M MgAc, 10% PEG 3350
分辨率 3.16 Å R-free 0.335
4ZIW Crystal structure of AcrB deletion mutant in P21 space group 提交 2015-04-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 NI NICKEL (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；288 K；0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M MgAc, 10% PEG 3350
分辨率 3.40 Å R-free 0.349
4ZIW Crystal structure of AcrB deletion mutant in P21 space group 提交 2015-04-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–1049（1049 aa）
链 E 1–1049（1049 aa）
链 F 1–1049（1049 aa）
未记录 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 NI NICKEL (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；288 K；0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M MgAc, 10% PEG 3350
分辨率 3.40 Å R-free 0.349
4ZJL Crystal structure of AcrB in complex with antibiotic in P21 space group 提交 2015-04-29 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 ERY ERYTHROMYCIN A × 1 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 4 NI NICKEL (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；288 K；0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M MgAc, 10% PEG 3350
分辨率 3.47 Å R-free 0.321
4ZJL Crystal structure of AcrB in complex with antibiotic in P21 space group 提交 2015-04-29 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–1049（1049 aa）
链 E 1–1049（1049 aa）
链 F 1–1049（1049 aa）
未记录 ERY ERYTHROMYCIN A × 1 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 4 NI NICKEL (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；288 K；0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M MgAc, 10% PEG 3350
分辨率 3.47 Å R-free 0.321
4ZJO Crystal structure of AcrB triple mutant in complex with antibiotic in P21 space group 提交 2015-04-29 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 ERY ERYTHROMYCIN A × 1 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 4 NI NICKEL (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；288 K；0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M MgAc, 10% PEG 3350
分辨率 3.60 Å R-free 0.307
4ZJO Crystal structure of AcrB triple mutant in complex with antibiotic in P21 space group 提交 2015-04-29 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–1049（1049 aa）
链 E 1–1049（1049 aa）
链 F 1–1049（1049 aa）
未记录 ERY ERYTHROMYCIN A × 1 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 4 NI NICKEL (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；288 K；0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M MgAc, 10% PEG 3350
分辨率 3.60 Å R-free 0.307
4ZJQ Crystal structure of AcrB deletion mutant in complex with antibiotic in P21 space group 提交 2015-04-29 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 ERY ERYTHROMYCIN A × 1 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 4 NI NICKEL (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；288 K；0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M MgAc, 10% PEG 3350
分辨率 3.59 Å R-free 0.319
4ZJQ Crystal structure of AcrB deletion mutant in complex with antibiotic in P21 space group 提交 2015-04-29 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–1049（1049 aa）
链 E 1–1049（1049 aa）
链 F 1–1049（1049 aa）
未记录 ERY ERYTHROMYCIN A × 1 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 4 NI NICKEL (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；288 K；0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M MgAc, 10% PEG 3350
分辨率 3.59 Å R-free 0.319
4ZLJ Crystal structure of transporter AcrB 提交 2015-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；288 K；0.1 M ADA buffer at pH 7.4, 0.1 M Li2SO4, 10% PEG 3350
分辨率 3.26 Å R-free 0.318
4ZLL Crystal structure of transporter AcrB triple mutant 提交 2015-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；288 K；0.1 M ADA buffer at pH 7.4, 0.1 M Li2SO4, 10% PEG 3350
分辨率 3.36 Å R-free 0.312
4ZLN Crystal structure of transporter AcrB deletion mutant 提交 2015-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；288 K；0.1 M ADA buffer at pH 7.4, 0.1 M Li2SO4, 10% PEG 3350
分辨率 3.56 Å R-free 0.303
5EN5 Apo structure of bacterial efflux pump. 提交 2015-11-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 39–329（291 aa）
链 A 561–869（309 aa）
链 B 39–329（291 aa）
链 B 561–869（309 aa）
链 C 39–329（291 aa）
链 C 561–869（309 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M MES pH6.5, 0.21 M NaCl, 11.5 % PEG 4000
分辨率 2.30 Å R-free 0.249
5ENO MBX2319 bound structure of bacterial efflux pump. 提交 2015-11-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 39–329（291 aa）
链 A 561–869（309 aa）
链 B 39–329（291 aa）
链 B 561–869（309 aa）
链 C 39–329（291 aa）
链 C 561–869（309 aa）
未记录 5QG 3,3-dimethyl-8-morpholin-4-yl-6-(2-phenylethylsulfanyl)-1,4-dihydropyrano[3,4-c]pyridine-5-carbonitrile × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M MES pH6.5, 0.21 M NaCl, 11.5% PEG4000
分辨率 2.20 Å R-free 0.247
5ENP MBX2931 bound structure of bacterial efflux pump. 提交 2015-11-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 39–329（291 aa）
链 A 561–869（309 aa）
链 B 39–329（291 aa）
链 B 561–869（309 aa）
链 C 39–329（291 aa）
链 C 561–869（309 aa）
未记录 5QF 6-[2-(3,4-dimethoxyphenyl)ethylsulfanyl]-8-[4-(2-methoxyethyl)piperazin-1-yl]-3,3-dimethyl-1,4-dihydropyrano[3,4-c]pyridine-5-carbonitrile × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M MES pH6.5, 0.21 M NaCl, 11.5% PEG4000
分辨率 1.90 Å R-free 0.222
5ENQ MBX3132 bound structure of bacterial efflux pump. 提交 2015-11-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 39–329（291 aa）
链 A 561–869（309 aa）
链 B 39–329（291 aa）
链 B 561–869（309 aa）
链 C 39–329（291 aa）
链 C 561–869（309 aa）
未记录 5QE ~{N}-[4-[2-[[5-cyano-8-[(2~{S},6~{R})-2,6-dimethylmorpholin-4-yl]-3,3-dimethyl-1,4-dihydropyrano[3,4-c]pyridin-6-yl]sulfanyl]ethyl]phenyl]ethanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 MES pH6.5, 0.21 M NaCl, 11.5% PEG4000
分辨率 1.80 Å R-free 0.223
5ENR MBX3135 bound structure of bacterial efflux pump. 提交 2015-11-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 39–329（291 aa）
链 A 561–869（309 aa）
链 B 39–329（291 aa）
链 B 561–869（309 aa）
链 C 39–329（291 aa）
链 C 561–869（309 aa）
未记录 MBX ~{N}-[4-[2-[[5-cyano-8-[(2~{S},6~{S})-2,6-dimethylmorpholin-4-yl]-3,3-dimethyl-1,4-dihydropyrano[3,4-c]pyridin-6-yl]sulfanyl]ethyl]phenyl]prop-2-enamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M MES pH6.5, 0.21 M NaCl, 11.5% PEG4000
分辨率 2.30 Å R-free 0.241
5ENS Rhodamine bound structure of bacterial efflux pump. 提交 2015-11-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 39–329（291 aa）
链 A 561–869（309 aa）
链 B 39–329（291 aa）
链 B 561–869（309 aa）
链 C 39–329（291 aa）
链 C 561–869（309 aa）
未记录 RHQ RHODAMINE 6G × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 MES pH6.5, 0.21M NaCl, 11.5% PEG4000
分辨率 2.80 Å R-free 0.258
5ENT Minocycline bound structure of bacterial efflux pump. 提交 2015-11-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 39–329（291 aa）
链 A 561–869（309 aa）
链 B 39–329（291 aa）
链 B 561–869（309 aa）
链 C 39–329（291 aa）
链 C 561–869（309 aa）
未记录 MIY (4S,4AS,5AR,12AS)-4,7-BIS(DIMETHYLAMINO)-3,10,12,12A-TETRAHYDROXY-1,11-DIOXO-1,4,4A,5,5A,6,11,12A-OCTAHYDROTETRACENE-2- CARBOXAMIDE × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M MES pH6.5, 0.21 M NaCl, 11.5% PEG4000
分辨率 2.50 Å R-free 0.248
5JMN Fusidic acid bound AcrB 提交 2016-04-29 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 FUA FUSIDIC ACID × 3 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 10 SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 8 ETE 2-{2-[2-2-(METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 3 HEX HEXANE × 2 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 4 D12 DODECANE × 4 OCT N-OCTANE × 2 P3G 3,6,9,12,15-PENTAOXAHEPTADECANE × 1 D10 DECANE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；290 K；0.05M ADA, pH 6.9, 0.15-0.25M AMMONIUM SULFATE, 5% GLYCEROL, 5-10% PEG4000, 0.004m FUSIDIC ACID
分辨率 2.50 Å R-free 0.261
5NC5 Crystal structure of AcrBZ in complex with antibiotic puromycin 提交 2017-03-03 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 D12 DODECANE × 8 D10 DECANE × 26 DD9 nonane × 14 PUY PUROMYCIN × 1 HEX HEXANE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；80 mM Bis-Tris, pH 6.0, 50 mM sodium citrate, 120 mM KCl, 10% PEG 4000, 0.5% N,N-dimethyldodecylamine N-oxide
分辨率 3.20 Å R-free 0.245
5NG5 multi-drug efflux; membrane transport; RND superfamily; Drug resistance 提交 2017-03-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 J 1–1049（1049 aa）
链 K 1–1049（1049 aa）
链 L 1–1049（1049 aa）
未记录 5QF 6-[2-(3,4-dimethoxyphenyl)ethylsulfanyl]-8-[4-(2-methoxyethyl)piperazin-1-yl]-3,3-dimethyl-1,4-dihydropyrano[3,4-c]pyridine-5-carbonitrile × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；a 3ul aliquot at a concentration of 2 mg per ml was applied onto glow-discharged holey carbon grid (Quantifoil Au R1.21.3, 300 mesh)
分辨率 6.50 Å
5O66 Asymmetric AcrABZ-TolC 提交 2017-06-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 J 1–1049（1049 aa）
链 K 1–1049（1049 aa）
链 L 1–1049（1049 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.90 Å
5V5S multi-drug efflux; membrane transport; RND superfamily; Drug resistance 提交 2017-03-15 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 J 1–1049（1049 aa）
链 K 1–1049（1049 aa）
链 L 1–1049（1049 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；a 3ul aliquot at a concentration of 2 mg per ml was applied onto glow-discharged holey carbon grid (Quantifoil Au R1.21.3, 300 mesh)
分辨率 6.50 Å
5YIL Hoisting-loop in bacterial multidrug exporter AcrB is a highly flexible hinge that enables the large motion of the subdomains 提交 2017-10-05 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
突变：868, 871-872 deletion 突变：868, 871-872 deletion 突变：868, 871-872 deletion 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；298 K；20MM SODIUM PHOSPHATE, 100MM NACL, 14%(W/V) PEG 4000
分辨率 3.00 Å R-free 0.273
6BAJ Cryo-EM structure of lipid bilayer in the native cell membrane nanoparticles of AcrB 提交 2017-10-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 31 D12 DODECANE × 11 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
6CSX Single particles Cryo-EM structure of AcrB D407A associated with lipid bilayer at 3.0 Angstrom 提交 2018-03-21 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
突变：D407A 突变：D407A 突变：D407A PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 18 D12 DODECANE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.00 Å
6Q4N Fusidic acid bound AcrB_V340A 提交 2018-12-06 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
突变：V340A 突变：V340A 突变：V340A P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 1 FUA FUSIDIC ACID × 3 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 8 GOL GLYCEROL × 6 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 4 OCT N-OCTANE × 5 D10 DECANE × 5 DDQ DECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE × 2 HEX HEXANE × 2 SO4 SULFATE ION × 2 DDR (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl didecanoate × 1 D12 DODECANE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；291 K；0.05M ADA, pH 6.6, 0.15-0.25M AMMONIUM SULFATE, 5% GLYCEROL, 8-9% PEG4000
分辨率 2.80 Å R-free 0.265
6Q4O Fusidic acid bound AcrB_I27A 提交 2018-12-06 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 8 D10 DECANE × 8 DDQ DECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE × 9 GOL GLYCEROL × 11 HEX HEXANE × 9 OCT N-OCTANE × 4 FUA FUSIDIC ACID × 1 D12 DODECANE × 4 DDR (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl didecanoate × 1 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 4 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；291 K；0.05M ADA, PH 6.6, 0.15-0.25M AMMONIUM SULFATE, 5% GLYCEROL, 8-9% PEG4000
分辨率 2.80 Å R-free 0.256
6Q4P Fusidic acid bound AcrB_N298A 提交 2018-12-06 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
突变：N298A 突变：N298A 突变：N298A LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 10 D12 DODECANE × 3 DDQ DECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE × 6 GOL GLYCEROL × 6 HEX HEXANE × 2 FUA FUSIDIC ACID × 1 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 2 DDR (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl didecanoate × 1 OCT N-OCTANE × 3 CL CHLORIDE ION × 5 SO4 SULFATE ION × 2 D10 DECANE × 1 C14 TETRADECANE × 1 ETE 2-{2-[2-2-(METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；291 K；0.05M ADA, pH 6.6, 0.15-0.25M AMMONIUM SULFATE, 5% GLYCEROL, 8-9% PEG4000
分辨率 2.80 Å R-free 0.247
6SGR Cryo-EM structure of Escherichia coli AcrBZ and DARPin in Saposin A-nanodisc with cardiolipin 提交 2019-08-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.17 Å
6SGS Cryo-EM structure of Escherichia coli AcrBZ and DARPin in Saposin A-nanodisc 提交 2019-08-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
6SGT Cryo-EM structure of Escherichia coli AcrB and DARPin in Saposin A-nanodisc with cardiolipin 提交 2019-08-05 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.46 Å
6SGU Cryo-EM structure of Escherichia coli AcrB and DARPin in Saposin A-nanodisc 提交 2019-08-05 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.27 Å
6ZO5 Fusidic acid binding to the TM1/TM2 groove of AcrB-G619P_G621P 提交 2020-07-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 XPE 3,6,9,12,15,18,21,24,27-NONAOXANONACOSANE-1,29-DIOL × 1 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 8 D12 DODECANE × 4 D10 DECANE × 5 GOL GLYCEROL × 8 HEX HEXANE × 7 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 DDR (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl didecanoate × 1 FUA FUSIDIC ACID × 1 C14 TETRADECANE × 3 SO4 SULFATE ION × 3 LPX (2S)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-hydroxypropyl hexadecanoate × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 OCT N-OCTANE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；291 K；0.05M ADA, PH 6.6, 0.15-0.25M AMMONIUM SULFATE, 5% GLYCEROL, 8-9% PEG4000, 0.001M ERYTHROMYCIN, 0.001M FUSIDIC ACID, 0.001M LINEZOLID, 0.001M OXACILLIN
分辨率 2.50 Å R-free 0.252
6ZO6 Minocycline binding to the deep binding pocket of AcrB-G619P 提交 2020-07-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 6 OCT N-OCTANE × 3 DDQ DECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE × 5 GOL GLYCEROL × 14 D12 DODECANE × 3 HEX HEXANE × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 24 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 MIY (4S,4AS,5AR,12AS)-4,7-BIS(DIMETHYLAMINO)-3,10,12,12A-TETRAHYDROXY-1,11-DIOXO-1,4,4A,5,5A,6,11,12A-OCTAHYDROTETRACENE-2- CARBOXAMIDE × 1 DDR (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl didecanoate × 1 D10 DECANE × 5 CL CHLORIDE ION × 3 MYS PENTADECANE × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 8K6 Octadecane × 1 R16 HEXADECANE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 C14 TETRADECANE × 1 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 LPX (2S)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-hydroxypropyl hexadecanoate × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；291 K；0.05M ADA, PH 6.6, 0.15-0.25M AMMONIUM SULFATE, 5% GLYCEROL, 8-9% PEG4000, 0.0012M MINOCYCLINE
分辨率 2.35 Å R-free 0.257
6ZO7 3-Formylrifamycin SV binding to the access pocket of AcrB-G619P L and T protomer 提交 2020-07-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 10 D10 DECANE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 3YI (2S,12Z,14E,16S,17S,18R,19R,20R,21S,22R,23S,24E)-8-formyl-5,6,9,17,19-pentahydroxy-23-methoxy-2,4,12,16,18,20,22-heptam ethyl-1,11-dioxo-1,2-dihydro-2,7-(epoxypentadeca[1,11,13]trienoimino)naphtho[2,1-b]furan-21-yl acetate × 2 GOL GLYCEROL × 3 HEX HEXANE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 2 D12 DODECANE × 2 R16 HEXADECANE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 DDQ DECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；291 K；0.05M ADA, PH 6.6, 0.15-0.25M AMMONIUM SULFATE, 5% GLYCEROL, 8-9% PEG4000, 0.003M RIFAMPICIN QUINONE, 0.0012M MINOCYCLINE
分辨率 2.85 Å R-free 0.271
6ZO8 Minocycline binding to the deep binding pocket of AcrB-G621P 提交 2020-07-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 9 GOL GLYCEROL × 16 D10 DECANE × 7 C14 TETRADECANE × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 MIY (4S,4AS,5AR,12AS)-4,7-BIS(DIMETHYLAMINO)-3,10,12,12A-TETRAHYDROXY-1,11-DIOXO-1,4,4A,5,5A,6,11,12A-OCTAHYDROTETRACENE-2- CARBOXAMIDE × 1 LMU DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE × 1 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 2 DDR (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl didecanoate × 1 OCT N-OCTANE × 3 D12 DODECANE × 3 HEX HEXANE × 3 SO4 SULFATE ION × 3 DDQ DECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE × 1 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 LPX (2S)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-hydroxypropyl hexadecanoate × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；291 K；0.05M ADA, PH 6.6, 0.15-0.25M AMMONIUM SULFATE, 5% GLYCEROL, 8-9% PEG4000, 0.002M MINOCYCLINE
分辨率 2.50 Å R-free 0.249
6ZO9 Binding of two rifabutins to the access pocket of AcrB-G621P T protomer 提交 2020-07-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 D12 DODECANE × 3 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 6 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 3 GOL GLYCEROL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 DDR (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl didecanoate × 1 HEX HEXANE × 2 OCT N-OCTANE × 3 SO4 SULFATE ION × 2 RBT RIFABUTIN × 2 C14 TETRADECANE × 1 D10 DECANE × 2 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；291 K；0.05M ADA, PH 6.6, 0.15-0.25M AMMONIUM SULFATE, 5% GLYCEROL, 8-9% PEG4000, 0.003M RIFABUTIN
分辨率 2.70 Å R-free 0.274
6ZOA Partially induced AcrB T protomer and DDM binding to the TM8/PC2 pathway of AcrB L2 protomer 提交 2020-07-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 6 C14 TETRADECANE × 4 DDQ DECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE × 7 HEX HEXANE × 4 D10 DECANE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 LNK PENTANE × 1 GOL GLYCEROL × 3 OCT N-OCTANE × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 2 D12 DODECANE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；291 K；0.05M ADA, PH 6.6, 0.15-0.25M AMMONIUM SULFATE, 5% GLYCEROL, 8-9% PEG4000, 0.001M DICLOXACILLIN, 0.001M OXACILLIN, 0.001M PIPERACILLIN
分辨率 3.05 Å R-free 0.272
6ZOB 3-Formylrifamycin SV binding to the access pocket of AcrB L protomer 提交 2020-07-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 6 HEX HEXANE × 1 GOL GLYCEROL × 4 ETE 2-{2-[2-2-(METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 1 3YI (2S,12Z,14E,16S,17S,18R,19R,20R,21S,22R,23S,24E)-8-formyl-5,6,9,17,19-pentahydroxy-23-methoxy-2,4,12,16,18,20,22-heptam ethyl-1,11-dioxo-1,2-dihydro-2,7-(epoxypentadeca[1,11,13]trienoimino)naphtho[2,1-b]furan-21-yl acetate × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 DDR (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl didecanoate × 1 DDQ DECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE × 1 OCT N-OCTANE × 1 D10 DECANE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；291 K；0.05M ADA, PH 6.9, 0.15-0.25M AMMONIUM SULFATE, 5% GLYCEROL, 8-9% PEG4000, 0.003M rifampicin
分辨率 2.80 Å R-free 0.262
6ZOC Erythromycin binding to the access pocket of AcrB-G616P L protomer and 3-formylrifamycin SV binding to the access pocket of AcrB-G616P T protomer 提交 2020-07-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 C14 TETRADECANE × 2 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 5 ERY ERYTHROMYCIN A × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 GOL GLYCEROL × 5 D12 DODECANE × 2 OCT N-OCTANE × 2 HEX HEXANE × 2 3YI (2S,12Z,14E,16S,17S,18R,19R,20R,21S,22R,23S,24E)-8-formyl-5,6,9,17,19-pentahydroxy-23-methoxy-2,4,12,16,18,20,22-heptam ethyl-1,11-dioxo-1,2-dihydro-2,7-(epoxypentadeca[1,11,13]trienoimino)naphtho[2,1-b]furan-21-yl acetate × 1 DDQ DECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE × 1 SO4 SULFATE ION × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；291 K；0.05M ADA, PH 6.6, 0.15-0.25M AMMONIUM SULFATE, 5% GLYCEROL, 8-9% PEG4000, 0.003M RIFAMPICIN, 0.001M ERYTHROMYCIN, 0.001M FUSIDIC ACID, 0.001M LINEZOLID, 0.001M OXACILLIN
分辨率 2.89 Å R-free 0.238
6ZOD Fusidic acid binding to the allosteric deep transmembrane domain binding pocket, TM7/TM8 groove, and TM1/TM2 groove of the fully induced AcrB T protomer 提交 2020-07-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 7 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 15 GOL GLYCEROL × 2 D10 DECANE × 2 FUA FUSIDIC ACID × 4 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 8K6 Octadecane × 1 SO4 SULFATE ION × 5 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 2 D12 DODECANE × 1 HEX HEXANE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；291 K；0.05M ADA, PH 6.9, 0.15-0.25M AMMONIUM REMARK 280 SULFATE, 5% GLYCEROL, 5-10% PEG4000, 0.001 M FUSIDIC ACID, 0.001M OXACILLIN, 0.001M ERYTHROMYCIN, 0.001M LINEZOLID
分辨率 2.85 Å R-free 0.247
6ZOE AcrB-F563A symmetric T protomer 提交 2020-07-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–1049（1049 aa）
未记录 D10 DECANE × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；0.1 M sodium acetate, pH 5.5 and 12% PEG400
分辨率 2.85 Å R-free 0.265
6ZOF Fusidic acid binding to the TM7/TM8 groove of AcrB-F380A T protomer 提交 2020-07-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 5 SO4 SULFATE ION × 2 D10 DECANE × 1 DDQ DECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1 FUA FUSIDIC ACID × 1 R16 HEXADECANE × 1 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；291 K；0.05M ADA, PH 6.9, 0.15-0.25M AMMONIUM SULFATE, 5% GLYCEROL, 8-9% PEG4000
分辨率 3.30 Å R-free 0.258
6ZOG Minocycline binding to the deep binding pocket of AcrB-I38F_I671T 提交 2020-07-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 6 D10 DECANE × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 DDR (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl didecanoate × 1 MYS PENTADECANE × 1 8K6 Octadecane × 1 MIY (4S,4AS,5AR,12AS)-4,7-BIS(DIMETHYLAMINO)-3,10,12,12A-TETRAHYDROXY-1,11-DIOXO-1,4,4A,5,5A,6,11,12A-OCTAHYDROTETRACENE-2- CARBOXAMIDE × 1 GOL GLYCEROL × 5 OCT N-OCTANE × 1 SO4 SULFATE ION × 3 D12 DODECANE × 1 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 C14 TETRADECANE × 1 DDQ DECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；291 K；0.05M ADA, PH 6.6, 0.15-0.25M AMMONIUM SULFATE, 5% GLYCEROL, 8-9% PEG4000, 0.002M MINOCYCLINE
分辨率 2.75 Å R-free 0.268
6ZOH 3-Formylrifamycin SV binding to the access pocket of AcrB-G619P_G621P L and T protomers 提交 2020-07-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 7 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10 GOL GLYCEROL × 4 D12 DODECANE × 4 DDQ DECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE × 2 3YI (2S,12Z,14E,16S,17S,18R,19R,20R,21S,22R,23S,24E)-8-formyl-5,6,9,17,19-pentahydroxy-23-methoxy-2,4,12,16,18,20,22-heptam ethyl-1,11-dioxo-1,2-dihydro-2,7-(epoxypentadeca[1,11,13]trienoimino)naphtho[2,1-b]furan-21-yl acetate × 2 DDR (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl didecanoate × 1 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 D10 DECANE × 1 LPX (2S)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-hydroxypropyl hexadecanoate × 1 HEX HEXANE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；291 K；0.05M ADA, PH 6.6, 0.15-0.25M AMMONIUM SULFATE, 5% GLYCEROL, 8-9% PEG4000, 0.003M RIFAMPICIN QUINONE
分辨率 2.80 Å R-free 0.245
7B8R Doxycycline bound structure of bacterial efflux pump. 提交 2020-12-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 39–329（291 aa）
链 A 561–869（309 aa）
链 B 39–329（291 aa）
链 B 561–869（309 aa）
链 C 39–329（291 aa）
链 C 561–869（309 aa）
未记录 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5 DXT (4S,4AR,5S,5AR,6R,12AS)-4-(DIMETHYLAMINO)-3,5,10,12,12A-PENTAHYDROXY-6-METHYL-1,11-DIOXO-1,4,4A,5,5A,6,11,12A-OCTAHYDROTETRACENE-2-CARBOXAMIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M MES pH 6.5, 0.21 M NaCl, 11.5% PEG4000
分辨率 2.10 Å R-free 0.239
7B8S Fusidic acid bound structure of bacterial efflux pump. 提交 2020-12-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 39–329（291 aa）
链 A 561–869（309 aa）
链 B 39–329（291 aa）
链 B 561–869（309 aa）
链 C 39–329（291 aa）
链 C 561–869（309 aa）
未记录 FUA FUSIDIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M MES pH 6.5, 0.21 M NaCl, 11.5% PEG4000
分辨率 2.30 Å R-free 0.247
7B8T Levofloxacin bound structure of bacterial efflux pump. 提交 2020-12-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 39–329（291 aa）
链 A 561–869（309 aa）
链 B 39–329（291 aa）
链 B 561–869（309 aa）
链 C 39–329（291 aa）
链 C 561–869（309 aa）
未记录 LFX (3S)-9-fluoro-3-methyl-10-(4-methylpiperazin-1-yl)-7-oxo-2,3-dihydro-7H-[1,4]oxazino[2,3,4-ij]quinoline-6-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M MES pH 6.5, 0.21 M NaCl, 11.5% PEG4000
分辨率 2.70 Å R-free 0.269
7OUK BDM88855 inhibitor bound to the transmembrane domain of AcrB 提交 2021-06-12 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 8 1K8 3-chloranyl-2-piperazin-1-yl-quinoline × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 14 OCT N-OCTANE × 3 C14 TETRADECANE × 3 GOL GLYCEROL × 6 D10 DECANE × 1 DDR (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl didecanoate × 1 DDQ DECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE × 1 SO4 SULFATE ION × 3 LPX (2S)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-hydroxypropyl hexadecanoate × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；291 K；0.05M ADA, PH 6.6, 0.13-0.2M AMMONIUM SULFATE, 5% GLYCEROL, 8-9% PEG4000, 0.008M BDM88855
分辨率 2.60 Å R-free 0.263
7OUL BDM88832 inhibitor bound to the transmembrane domain of AcrB-R971A 提交 2021-06-12 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 11 1KE 1-(3-chloranyl-5-iodanyl-pyridin-2-yl)piperazine × 1 D12 DODECANE × 1 SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 2 LPX (2S)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-hydroxypropyl hexadecanoate × 1 DDQ DECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE × 1 C14 TETRADECANE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；291 K；0.05M ADA, PH 6.6, 0.13-0.2M AMMONIUM SULFATE, 5% GLYCEROL, 8-9% PEG4000, 0.006M BDM88832
分辨率 2.80 Å R-free 0.261
7RR6 Multidrug efflux pump subunit AcrB 提交 2021-08-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 27 D12 DODECANE × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.10 Å
7RR7 Multidrug efflux pump subunit AcrB 提交 2021-08-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 15 D12 DODECANE × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.05 Å
7RR8 Multidrug efflux pump subunit AcrB 提交 2021-08-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 13 D12 DODECANE × 13 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.51 Å
8PX7 Structure of Bacterial Multidrug Efflux transporter AcrB, solved at wavelength 3.02 A 提交 2023-07-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；10% PEG 4000, 0.1 M HEPES PH 7.5, 0.1 M AMMONIUM SULPHATE AND 22% V/V GLYCEROL
分辨率 3.40 Å R-free 0.310
8QZQ Single particle cryo-EM co-structure of E. coli AcrB with bound BDM91531 inhibitor 提交 2023-10-29 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 XE9 [3-(3-chloranyl-2-piperazin-1-yl-quinolin-6-yl)phenyl]methanamine × 1 WR6 [(2~{R})-1-[[(2~{R})-2,3-bis(oxidanyl)propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3-undecanoyloxy-propan-2-yl] tricosanoate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.23 Å
8QZT Single particle cryo-EM co-structure of E. coli AcrB with bound BDM91531 inhibitor at 3.52 A resolution 提交 2023-10-29 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 XE9 [3-(3-chloranyl-2-piperazin-1-yl-quinolin-6-yl)phenyl]methanamine × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.52 Å
9BFH Cryo-EM co-structure of AcrB with the CU032 efflux pump inhibitor 提交 2024-04-17 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 A1AN8 (2S)-1-[(3R)-3-aminopyrrolidin-1-yl]-3-(3,4-dichlorophenoxy)propan-2-ol × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.62 Å
9BFM Cryo-EM co-structure of AcrB with the EPM35 efflux pump inhibitor 提交 2024-04-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 A1AON (2S)-1-(3,4-dichlorophenoxy)-3-(4-{[4-(trifluoromethyl)pyrimidin-2-yl]amino}piperidin-1-yl)propan-2-ol × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.71 Å
9BFN Cryo-EM co-structure of AcrB with the CU232 efflux pump inhibitor 提交 2024-04-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 2 A1AOE (2R)-1-(4-aminopiperidin-1-yl)-3-[3-(trifluoromethyl)phenoxy]propan-2-ol × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.71 Å
9BFT Cryo-EM co-structure of AcrB with CU244 提交 2024-04-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 2 A1AOF (2S)-1-{[(1R,5R)-3-azabicyclo[3.1.0]hexan-6-yl]amino}-3-(3,5-dichlorophenoxy)propan-2-ol × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.44 Å
9DXN Structure of AcrB in the form of Native cell membrane nanoparticles (NCMNP33-50) 提交 2024-10-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.35 Å
9FDP Single particle cryo-EM structure of the AcrB V612W monomer in the O state 提交 2024-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–1049（1049 aa）
突变：V612W 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
9FDQ Single particle cryo-EM structure of the AcrB V612F monomer in the O state 提交 2024-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–1049（1049 aa）
突变：V612F 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.47 Å
9FE2 Crystallographic structure of AcrB V612W with bound minocycline 提交 2024-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–1049（1049 aa）
突变：V612W MIY (4S,4AS,5AR,12AS)-4,7-BIS(DIMETHYLAMINO)-3,10,12,12A-TETRAHYDROXY-1,11-DIOXO-1,4,4A,5,5A,6,11,12A-OCTAHYDROTETRACENE-2- CARBOXAMIDE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；0.1M MES pH 6.5, 5.5-20.5% PEG400
分辨率 1.89 Å R-free 0.244
9FE3 Crystallographic structure of AcrB V612W 提交 2024-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–1049（1049 aa）
突变：V612W 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；0.1M sodium acetate pH 4.5, 0.1M NaCl, 0.1M MgCl2, 20-37.5% PEG400
分辨率 2.30 Å R-free 0.290
9FE4 Crystallographic structure of AcrB V612F 提交 2024-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–1049（1049 aa）
突变：V612F 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；291 K；0.1M citrate pH 4.6, 5% PEG400, 16-21% PEG300, 8-11% glycerol
分辨率 2.80 Å R-free 0.300
9FHC Crystallographic structure of AcrB V612F with bound minocycline 提交 2024-05-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–1049（1049 aa）
突变：V612F MIY (4S,4AS,5AR,12AS)-4,7-BIS(DIMETHYLAMINO)-3,10,12,12A-TETRAHYDROXY-1,11-DIOXO-1,4,4A,5,5A,6,11,12A-OCTAHYDROTETRACENE-2- CARBOXAMIDE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；0.1M sodium acetate pH 4.5, 3-7% PEG200, 15-25% PEG400, 0.15M MgCl2, 0.15M NaCl
分辨率 2.20 Å R-free 0.238
9FHG Crystallographic structure of AcrB V612N in LTO state 提交 2024-05-27 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
突变：V612N 突变：V612N 突变：V612N 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；291 K；50mM ADA pH 6.6, 5% (v/v) glycerol, 6-9% PEG4000, 110-220mM (NH4)2SO4
分辨率 3.00 Å R-free 0.283
9FHJ Crystallographic structure of AcrB V612N in TTT state 提交 2024-05-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–1049（1049 aa）
突变：V612N 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；0.1M MES pH 6.5, 5.5-20.5% PEG400
分辨率 3.55 Å R-free 0.326
9HAO BDM91531 inhibitor bound to the transmembrane domain of AcrB 提交 2024-11-04 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 8 OCT N-OCTANE × 8 C14 TETRADECANE × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 14 GOL GLYCEROL × 39 D12 DODECANE × 4 HEX HEXANE × 8 XE9 [3-(3-chloranyl-2-piperazin-1-yl-quinolin-6-yl)phenyl]methanamine × 1 D10 DECANE × 2 DDR (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl didecanoate × 1 DDQ DECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE × 2 SO4 SULFATE ION × 3 LPX (2S)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-hydroxypropyl hexadecanoate × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；290 K；0.05M ADA, pH 6.6, 0.19M ammonium sulfate, 9% PEG4000, 5% Glycerol, 0.0025M BDM91531
分辨率 1.94 Å R-free 0.225
9HCI structure of the double Cys-substituted cross-linked AcrB variant S562C_T837C 提交 2024-11-10 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
突变：S562C, T837C 突变：S562C, T837C 突变：S562C, T837C LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 8 D10 DECANE × 9 GOL GLYCEROL × 16 D12 DODECANE × 4 HEX HEXANE × 3 C14 TETRADECANE × 1 OCT N-OCTANE × 2 DD9 nonane × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；290 K；0.05M ADA, pH 6.5, 0.2M ammonium sulfate, 8% PEG4000, 5.1% Glycerol
分辨率 2.60 Å R-free 0.230
9HWL Structure of the co-purified multidrug transporter subunit ACRB in nandisc 提交 2025-01-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1049（1049 aa）
链 B 1–1049（1049 aa）
链 C 1–1049（1049 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50mM HEPES, 150mM NaCl and 5mM EGTA
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；100% humidity, 16C
分辨率 3.27 Å
9TG4 Structure of the YbjP lipoprotein bound to the AcrABZ-TolC efflux pump 提交 2025-11-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：18-meric
链 J 1–1049（1049 aa）
链 K 1–1049（1049 aa）
链 L 1–1049（1049 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.17 Å
9V53 Structure of TolC, YbjP, and AcrABZ complex 提交 2025-05-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 BL 1–1049（1049 aa）
链 BO 1–1049（1049 aa）
链 BT 1–1049（1049 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 3.39 Å
9V5R cryo-EM structure of trimeric AcrB 提交 2025-05-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1034（1034 aa）
链 B 1–1034（1034 aa）
链 C 1–1034（1034 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 2.92 Å

共 117 个其他 PDB 条目、124 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACRB_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–1049； UniProt 1–1049 作者链 B； PDB构建体 1–1049； UniProt 1–1049 作者链 C； PDB构建体 1–1049； UniProt 1–1049

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7oum

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7oum
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7oum
沉积日期 deposition_date2021-06-12
结构标题 titleBDM88855 inhibitor bound to the transmembrane domain of AcrB-R971A
关键词 keywordsMultidrug efflux pump, Membrane protein, Transport protein; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier47.64 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron47.07 Å
零角强度 I(0) i01831130000.00
分子量 molecular_weight375740.0 kDa
排除体积 excluded_volume478310 ų
包络体积 envelope_volume635960 ų
水化壳体积 shell_volume106910 ų
包络直径 envelope_diameter153.3 Å
壳层 Rg shell_rg55.40 Å
包络 Rg envelope_rg46.37 Å
形状 Rg shape_rg47.08 Å
总 Rg total_rg47.32 Å
总原子数 total_atoms26413
残基数 n_residues3410
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax150.0 Å
Rg (实空间) rg_real47.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.79 Å
I(0) (实空间) i0_real1.8310e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.2160e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal47.64 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1832000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8199
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary63.6 Å
偏度 Skewness skewness0.178
峰度 Kurtosis kurtosis-0.425
角度范围 angular_range— – 0.1650 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha366000000.0000
实空间数据点数 n_real_points34
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.896; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.966; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (13)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id7oumB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology2090 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains
结构域编号 domain_id7oumB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1430 — Multidrug efflux transporter AcrB pore domain
结构域编号 domain_id7oumB03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology2090 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)