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7oy8

Cryo-EM structure of the Rhodospirillum rubrum RC-LH1 complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Light-harvesting protein B-870 beta chain

物种未注明

UniProt Q2RQ23

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 35 Antenna complex, alpha/beta subunit × 15 （Q2RQ24） Photosynthetic reaction center, H-chain × 1 （Q2RWS4） Photosynthetic reaction center L subunit × 1 （Q2RQ25） Reaction center protein M chain × 1 （Q2RQ26） Antenna complex, alpha/beta subunit × 1 （Q2RQ24） Trans-Geranyl BACTERIOCHLOROPHYLL A × 37 SPIRILLOXANTHIN × 17 (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2 ;(2R,5R,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-2,14-bis(tetradecanoyloxy)-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphatriacont-1-yl tetradecanoate ; × 2 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 ;2-azanyl-5-[(2~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},18~{E},22~{E},26~{E},30~{E},34~{E})-3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-decamethyltetraconta-2,6,8,10,12,14,18,22,26,30,34,38-dodecaenyl]-3-methoxy-6-methyl-cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione ; × 1 UBIQUINONE-10 × 3 FE (III) ION × 1 CHLORIDE ION × 1 PHOSPHATE ION × 1 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 1 water × 33 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
7eqd 7oy8

共 2 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LHB_RHORT
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 1； PDB构建体 1–54； UniProt 3–56 作者链 3； PDB构建体 1–54； UniProt 3–56 作者链 5； PDB构建体 1–54； UniProt 3–56 作者链 7； PDB构建体 1–54； UniProt 3–56 作者链 9； PDB构建体 1–54； UniProt 3–56 作者链 I； PDB构建体 1–54； UniProt 3–56 作者链 K； PDB构建体 1–54； UniProt 3–56 作者链 O； PDB构建体 1–54； UniProt 3–56 作者链 Q； PDB构建体 1–54； UniProt 3–56 作者链 S； PDB构建体 1–54； UniProt 3–56 作者链 U； PDB构建体 1–54； UniProt 3–56 作者链 W； PDB构建体 1–54； UniProt 3–56 作者链 Y； PDB构建体 1–54； UniProt 3–56 作者链 d； PDB构建体 1–54； UniProt 3–56 作者链 m； PDB构建体 1–54； UniProt 3–56 作者链 n； PDB构建体 1–54； UniProt 3–56

Antenna complex, alpha/beta subunit

物种未注明

UniProt Q2RQ24

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 35 Light-harvesting protein B-870 beta chain × 16 （Q2RQ23） Photosynthetic reaction center, H-chain × 1 （Q2RWS4） Photosynthetic reaction center L subunit × 1 （Q2RQ25） Reaction center protein M chain × 1 （Q2RQ26） Trans-Geranyl BACTERIOCHLOROPHYLL A × 37 SPIRILLOXANTHIN × 17 (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2 ;(2R,5R,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-2,14-bis(tetradecanoyloxy)-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphatriacont-1-yl tetradecanoate ; × 2 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 ;2-azanyl-5-[(2~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},18~{E},22~{E},26~{E},30~{E},34~{E})-3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-decamethyltetraconta-2,6,8,10,12,14,18,22,26,30,34,38-dodecaenyl]-3-methoxy-6-methyl-cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione ; × 1 UBIQUINONE-10 × 3 FE (III) ION × 1 CHLORIDE ION × 1 PHOSPHATE ION × 1 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 1 water × 33 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
7oy8

共 1 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q2RQ24_RHORT
Isoform —
PDB实体 2, 6
链与序列区间 作者链 2； PDB构建体 1–50； UniProt 1–50 作者链 4； PDB构建体 1–50； UniProt 1–50 作者链 6； PDB构建体 1–50； UniProt 1–50 作者链 8； PDB构建体 1–50； UniProt 1–50 作者链 A； PDB构建体 1–50； UniProt 1–50 作者链 D； PDB构建体 1–50； UniProt 1–50 作者链 E； PDB构建体 1–50； UniProt 1–50 作者链 F； PDB构建体 1–50； UniProt 1–50 作者链 G； PDB构建体 1–50； UniProt 1–50 作者链 J； PDB构建体 1–50； UniProt 1–50 作者链 N； PDB构建体 1–50； UniProt 1–50 作者链 T； PDB构建体 1–50； UniProt 1–50 作者链 V； PDB构建体 1–50； UniProt 1–50 作者链 X； PDB构建体 1–50； UniProt 1–50 作者链 Z； PDB构建体 1–50； UniProt 1–50 作者链 R； PDB构建体 1–62； UniProt 1–62

Photosynthetic reaction center, H-chain

物种未注明

UniProt Q2RWS4

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 35 Light-harvesting protein B-870 beta chain × 16 （Q2RQ23） Antenna complex, alpha/beta subunit × 15 （Q2RQ24） Photosynthetic reaction center L subunit × 1 （Q2RQ25） Reaction center protein M chain × 1 （Q2RQ26） Antenna complex, alpha/beta subunit × 1 （Q2RQ24） Trans-Geranyl BACTERIOCHLOROPHYLL A × 37 SPIRILLOXANTHIN × 17 (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2 ;(2R,5R,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-2,14-bis(tetradecanoyloxy)-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphatriacont-1-yl tetradecanoate ; × 2 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 ;2-azanyl-5-[(2~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},18~{E},22~{E},26~{E},30~{E},34~{E})-3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-decamethyltetraconta-2,6,8,10,12,14,18,22,26,30,34,38-dodecaenyl]-3-methoxy-6-methyl-cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione ; × 1 UBIQUINONE-10 × 3 FE (III) ION × 1 CHLORIDE ION × 1 PHOSPHATE ION × 1 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 1 water × 33 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
7oy8

共 1 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q2RWS4_RHORT
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 H； PDB构建体 1–257； UniProt 1–257

Photosynthetic reaction center L subunit

物种未注明

UniProt Q2RQ25

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 35 Light-harvesting protein B-870 beta chain × 16 （Q2RQ23） Antenna complex, alpha/beta subunit × 15 （Q2RQ24） Photosynthetic reaction center, H-chain × 1 （Q2RWS4） Reaction center protein M chain × 1 （Q2RQ26） Antenna complex, alpha/beta subunit × 1 （Q2RQ24） Trans-Geranyl BACTERIOCHLOROPHYLL A × 37 SPIRILLOXANTHIN × 17 (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2 ;(2R,5R,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-2,14-bis(tetradecanoyloxy)-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphatriacont-1-yl tetradecanoate ; × 2 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 ;2-azanyl-5-[(2~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},18~{E},22~{E},26~{E},30~{E},34~{E})-3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-decamethyltetraconta-2,6,8,10,12,14,18,22,26,30,34,38-dodecaenyl]-3-methoxy-6-methyl-cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione ; × 1 UBIQUINONE-10 × 3 FE (III) ION × 1 CHLORIDE ION × 1 PHOSPHATE ION × 1 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 1 water × 33 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
7oy8

共 1 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q2RQ25_RHORT
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 L； PDB构建体 1–276； UniProt 1–276

Reaction center protein M chain

物种未注明

UniProt Q2RQ26

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 35 Light-harvesting protein B-870 beta chain × 16 （Q2RQ23） Antenna complex, alpha/beta subunit × 15 （Q2RQ24） Photosynthetic reaction center, H-chain × 1 （Q2RWS4） Photosynthetic reaction center L subunit × 1 （Q2RQ25） Antenna complex, alpha/beta subunit × 1 （Q2RQ24） Trans-Geranyl BACTERIOCHLOROPHYLL A × 37 SPIRILLOXANTHIN × 17 (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2 ;(2R,5R,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-2,14-bis(tetradecanoyloxy)-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphatriacont-1-yl tetradecanoate ; × 2 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 ;2-azanyl-5-[(2~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},18~{E},22~{E},26~{E},30~{E},34~{E})-3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-decamethyltetraconta-2,6,8,10,12,14,18,22,26,30,34,38-dodecaenyl]-3-methoxy-6-methyl-cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione ; × 1 UBIQUINONE-10 × 3 FE (III) ION × 1 CHLORIDE ION × 1 PHOSPHATE ION × 1 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 1 water × 33 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
7eqd 7oy8 9k3q

共 3 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q2RQ26_RHORT
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 M； PDB构建体 1–306； UniProt 1–306

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7oy8
沉积日期 deposition_date2021-06-23
结构标题 titleCryo-EM structure of the Rhodospirillum rubrum RC-LH1 complex
关键词 keywordsphotosynthesis, light-harvesting complex, reaction centre, purple bacteria, membrane protein, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7oy8__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7oy8__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7oy8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）44.59 Å
Rg（电子密度）43.54 Å
总 Rg43.87 Å
原子数22530
残基数2278
排除体积408350 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 7oy8__assembly_1__model_1 35-meric （35） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (18)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id7oy8H01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology50 — Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2
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7. 引用文献 (1)