9k3q

Cryo-EM structure of the Rhodospirillum rubrum RC-LH1 complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 120.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9k3q
沉积日期 deposition_date	2024-10-19
结构标题 title	Cryo-EM structure of the Rhodospirillum rubrum RC-LH1 complex
关键词 keywords	reaction centre light-harvesting 1, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.19 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.49 Å
零角强度 I(0) i0	1904450000.00
分子量 molecular_weight	278090.0 kDa
排除体积 excluded_volume	289210 Å³
包络体积 envelope_volume	517710 Å³
水化壳体积 shell_volume	94036 Å³
包络直径 envelope_diameter	128.4 Å
壳层 Rg shell_rg	52.93 Å
包络 Rg envelope_rg	42.42 Å
形状 Rg shape_rg	43.51 Å
总 Rg total_rg	43.78 Å
总原子数 total_atoms	21510
残基数 n_residues	2212
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	120.5 Å
Rg (实空间) rg_real	43.89 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9040e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7560e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1905000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8450
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	53.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.064
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.610
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	97030000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.997; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.002

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	Light-harvesting protein B-870 beta chain
分子量 formula_weight	5037.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	16

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1,3,5,7,9,I,K,O,Q,S,U,W,Y,d,m,n
原子数 atom_count	21510

ITEGEAKEFHKIFTSSILVFFGVAAFAHLLVWIWRPWVPGPNGY

来源 Source

来源生物 organism	Rhodospirillum rubrum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1085
宿主生物 host_organism	Rhodospirillum rubrum

Entity 2 polymer

描述 description	Light-harvesting protein B-870 alpha chain
分子量 formula_weight	5308.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	16

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2,4,6,8,A,D,E,F,G,J,N,R,T,V,X,Z

WRIWQLFDPRQALVGLATFLFVLALLIHFILLSTERFNWLEGAST

来源 Source

来源生物 organism	Rhodospirillum rubrum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1085
宿主生物 host_organism	Rhodospirillum rubrum

Entity 3 polymer

描述 description	Photoreaction center protein H
分子量 formula_weight	27745.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

NKGDITGYMDVAQVVLYAFWIFFAGLIIYLRREDRREGYPLEDAISGKINSLQGLGSVFSIARPKIFKLKTGATYAAPNFKRDAVAIKATRTAPTAGAPFEPTGNPMTDAVGPAAYALRDELPDLTLGGQPAIVPLRVAPTFSVAAEDTDPRGLPVVDRKGAVAGKVTDLWIDRASIAIRYLEVELAATPGRKVLLPFAATRINAKTKSKTVTVQSILARHFANVPTIAKTDSITRREEDKVMAYYSSGYLYSDR

来源 Source

来源生物 organism	Rhodospirillum rubrum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1085
宿主生物 host_organism	Rhodospirillum rubrum

Entity 4 polymer

描述 description	Reaction center protein L chain
分子量 formula_weight	30472.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

ALLSFERKYRVRGGTLIGGDLFDFWVGPFYVGFFGVTTLLFTVLGTALIVWGAALGPSWTFWQISINPPDVSYGLAMAPMAKGGLWQIITFSAIGAFVSWALREVEICRKLGIGYHIPFAFGFAILAYVSLVVIRPVMMGAWGYGFPYGFMTHLDWVSNTGYQYANFHYNPAHMLGITLFFTTCLALALHGSLILSAANPGKGEVVKGPEHENTYFQDTIGYSVGTLGIHRVGLILALSAVVWSIICMILSGPIYTGSWPDWWLWWQKLPFWNH

来源 Source

来源生物 organism	Rhodospirillum rubrum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1085
宿主生物 host_organism	Rhodospirillum rubrum

Entity 5 polymer

描述 description	Reaction center protein M chain
分子量 formula_weight	29131.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

GPIYLGTTGVLSLVFGFFAIEIIGFNLLASVNWSPMEFGRQFFWLGLEPPAAEYGLGFAPLAEGGWWQIAGFFLTTSILLWWVRMYRRARALKMGTHTAWAFASAIFLFLSLGFIRPLLMGNFSESVPFGIFPHLEWTNSFSLNYGNFFYNPFHMLSIAFLYGSALLFAMHGATILAVSRLGGDREVEQITDRGTAAERAALFWRWTMGFNATMESIHRWAWWFAVLCTFTGAIGILLTGTVVDNWFEWGVKHGLAPAP

来源 Source

来源生物 organism	Rhodospirillum rubrum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1085
宿主生物 host_organism	Rhodospirillum rubrum

Entity 6 non-polymer

描述 description	Trans-Geranyl BACTERIOCHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	901.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	37

Entity 7 non-polymer

描述 description	SPIRILLOXANTHIN
分子量 formula_weight	596.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	17

Entity 8 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 non-polymer

描述 description	BACTERIOPHEOPHYTIN A
分子量 formula_weight	889.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 10 non-polymer

描述 description	UBIQUINONE-10
分子量 formula_weight	863.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.02 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	97584

fit	/app/data/saxs_computation/k3/9k3q/9k3q.fit
pddf	/app/data/pr_computation/k3/9k3q/9k3q.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/k3/9k3q/9k3q.dat

Cryo-EM structure of the Rhodospirillum rubrum RC-LH1 complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)