9kzh

Cryo-EM structure of the RC complex from Rhodospirillum rubrum

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 90.2 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9kzh
沉积日期 deposition_date	2024-12-10
结构标题 title	Cryo-EM structure of the RC complex from Rhodospirillum rubrum
关键词 keywords	light harvesting, photosynthesis, gene heterologous expression, Rhodospirillum rubrum, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.22 Å
零角强度 I(0) i0	336289000.00
分子量 molecular_weight	108860.0 kDa
排除体积 excluded_volume	111140 Å³
包络体积 envelope_volume	173370 Å³
水化壳体积 shell_volume	46744 Å³
包络直径 envelope_diameter	96.7 Å
壳层 Rg shell_rg	38.48 Å
包络 Rg envelope_rg	29.52 Å
形状 Rg shape_rg	29.16 Å
总 Rg total_rg	29.97 Å
总原子数 total_atoms	8317
残基数 n_residues	836
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	90.2 Å
Rg (实空间) rg_real	30.15 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.41 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.3630e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.2020e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.22 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	336300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9062
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.147
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.521
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	34750000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.969; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.880

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (14)

Entity 1 polymer

描述 description	Reaction center protein L chain
分子量 formula_weight	30660.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L
原子数 atom_count	8317

MALLSFERKYRVRGGTLIGGDLFDFWVGPFYVGFFGVTTLLFTVLGTALIVWGAALGPSWTFWQISINPPDVSYGLAMAPMAKGGLWQIITFSAIGAFVSWALREVEICRKLGIGYHIPFAFGFAILAYVSLVVIRPVMMGAWGYGFPYGFMTHLDWVSNTGYQYANFHYNPAHMLGITLFFTTCLALALHGSLILSAANPGKGEVVKGPEHENTYFQDTIGYSVGTLGIHRVGLILALSAVVWSIICMILSGPIYTGSWPDWWLWWQKLPFWNHG

Entity 2 polymer

描述 description	Reaction center protein M chain
分子量 formula_weight	34234.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MSEYQNILTGVQVRTAPHSAPIAKGIFPRLGKPGFSYWLGKIGDAQIGPIYLGTTGVLSLVFGFFAIEIIGFNLLASVNWSPMEFGRQFFWLGLEPPAAEYGLGFAPLAEGGWWQIAGFFLTTSILLWWVRMYRRARALKMGTHTAWAFASAIFLFLSLGFIRPLLMGNFSESVPFGIFPHLEWTNSFSLNYGNFFYNPFHMLSIAFLYGSALLFAMHGATILAVSRLGGDREVEQITDRGTAAERAALFWRWTMGFNATMESIHRWAWWFAVLCTFTGAIGILLTGTVVDNWFEWGVKHGLAPAP

Entity 3 polymer

描述 description	Photoreaction center protein H
分子量 formula_weight	27976.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MNKGDITGYMDVAQVVLYAFWIFFAGLIIYLRREDRREGYPLEDAISGKINSLQGLGSVFSIARPKIFKLKTGATYAAPNFKRDAVAIKATRTAPTAGAPFEPTGNPMTDAVGPAAYALRDELPDLTLGGQPAIVPLRVAPTFSVAAEDTDPRGLPVVDRKGAVAGKVTDLWIDRASIAIRYLEVELAATPGRKVLLPFAATRINAKTKSKTVTVQSILARHFANVPTIAKTDSITRREEDKVMAYYSSGYLYSDRV

Entity 4 non-polymer

描述 description	Trans-Geranyl BACTERIOCHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	901.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	Trans-Geranyl BACTERIOPHEOPHYTIN A
分子量 formula_weight	879.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	UBIQUINONE-10
分子量 formula_weight	863.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	(1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
分子量 formula_weight	749.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	20

Entity 8 non-polymer

描述 description	DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 non-polymer

描述 description	Octadecane
分子量 formula_weight	254.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 10 non-polymer

描述 description	DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
分子量 formula_weight	692.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 11 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 12 non-polymer

描述 description	SPIRILLOXANTHIN
分子量 formula_weight	596.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 13 non-polymer

描述 description	;2-azanyl-5-[(2~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},18~{E},22~{E},26~{E},30~{E},34~{E})-3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-decamethyltetraconta-2,6,8,10,12,14,18,22,26,30,34,38-dodecaenyl]-3-methoxy-6-methyl-cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione ;
分子量 formula_weight	844.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 14 non-polymer

描述 description	CARDIOLIPIN
分子量 formula_weight	1464.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.740 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.74 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	118603

fit	/app/data/saxs_computation/kz/9kzh/9kzh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kz/9kzh/9kzh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kz/9kzh/9kzh.dat

Cryo-EM structure of the RC complex from Rhodospirillum rubrum

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (14)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 non-polymer

Entity 13 non-polymer

Entity 14 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)