SAXSdb — 7ozt

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cyclin-dependent kinase inhibitor 2A

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 BBB； UniProt 1–156	未记录	Camelid nanobody NB09 × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；Molecular Dimensions Morpheus screen condition G4	分辨率 1.74 Å R-free 0.209

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7OZT	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A5E SOLUTION NMR STRUCTURE OF TUMOR SUPPRESSOR P16INK4A, 18 STRUCTURES 提交 1998-02-13	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–156（156 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；293 K；离子强度（mmCIF原始值）CA. 0；压力 NO NMR样品组成 H2O AND D2O	分辨率未提供
1BI7 MECHANISM OF G1 CYCLIN DEPENDENT KINASE INHIBITION FROM THE STRUCTURE OF THE CDK6-P16INK4A TUMOR SUPPRESSOR COMPLEX 提交 1998-06-22	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–156（156 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.40 Å R-free 0.330
1DC2 SOLUTION NMR STRUCTURE OF TUMOR SUPPRESSOR P16INK4A, 20 STRUCTURES 提交 1999-11-04	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–156（156 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；293 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 AMBIENT NMR样品组成 0.2-0.4 MM P16INK4A U-15N,13C; 4 MM HEPES, 1 MM DTT, 5 UM EDTA; 95% H2O, 5% D2O NMR样品组成 0.2-0.4 MM P16INK4A U-15N; 4 MM HEPES, 1 MM DTT, 5 UM EDTA; 95% H2O, 5% D2O NMR样品组成 0.2-0.4 MM P16INK4A; 4 MM HEPES, 1 MM DTT, 5 UM EDTA; 95% H2O, 5% D2O	分辨率未提供
2A5E SOLUTION NMR STRUCTURE OF TUMOR SUPPRESSOR P16INK4A, RESTRAINED MINIMIZED MEAN STRUCTURE 提交 1998-02-13	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–156（156 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；293 K；离子强度（mmCIF原始值）CA. 0；压力 NO NMR样品组成 H2O AND D2O	分辨率未提供

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CDN2A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 BBB； PDB构建体 20–175； UniProt 1–156

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7ozt
沉积日期 deposition_date	2021-06-28
结构标题 title	Nanobodies restore stability to cancer-associated mutants of tumor suppressor protein p16INK4a
关键词 keywords	nanobody-p16INK4A complex, tumour-suppressor, Checkpoint, pharmacological chaperone, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.08 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.29 Å
零角强度 I(0) i0	13448900.00
分子量 molecular_weight	26406.0 kDa
排除体积 excluded_volume	32612 Å³
包络体积 envelope_volume	38471 Å³
水化壳体积 shell_volume	17236 Å³
包络直径 envelope_diameter	68.4 Å
壳层 Rg shell_rg	25.03 Å
包络 Rg envelope_rg	19.56 Å
形状 Rg shape_rg	19.29 Å
总 Rg total_rg	20.09 Å
总原子数 total_atoms	3692
残基数 n_residues	247
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	67.8 Å
Rg (实空间) rg_real	20.07 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3450e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9180e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.07 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	13450000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7111
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.319
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.421
角度范围 angular_range	— – 0.3950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4092000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.846; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.260; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.946

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Camelid nanobody NB09
分子量 formula_weight	14208.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AAA
原子数 atom_count	3830

QVQLVESGGGLVQAGASLRLSCAASGSTYMFSISAMGWYRQAPGKQRELVAAITSGGGDTNYADSVKGRFTISRDRAKNMVYLQMNSLKPEDTAVYYCNFAPGLQSVRSGSWGQGTQVTVSSHHHHHHEPEA

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
通用名 common_name	Llama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cyclin-dependent kinase inhibitor 2A
分子量 formula_weight	18701.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	BBB

MAHHHHHHSSGLEVLFQGPMEPAAGSSMEPSADWLATAAARGRVEEVRALLEAGALPNAPNSYGRRPIQVMMMGSARVAELLLLHGAEPNCADPATLTRPVHDAAREGFLDTLVVLHRAGARLDVRDAWGRLPVDLAEELGHRDVARYLRAAAGGTRGSNHARIDAAEGPSDIPD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	90

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	42.119 Å
晶胞边长 b length_b	182.931 Å
晶胞边长 c length_c	65.225 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.740 Å
最低分辨率 resolution_low	91.465 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1798
R_free r_free	0.2086

fit	/app/data/saxs_computation/oz/7ozt/7ozt.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oz/7ozt/7ozt.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oz/7ozt/7ozt.dat

Nanobodies restore stability to cancer-associated mutants of tumor suppressor protein p16INK4a

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cyclin-dependent kinase inhibitor 2A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)