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7pvd

Structure of the membrane soluble spike complex from the Lassa virus in a C1-symmetric map focused on the ectodomain

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 86.1 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycoprotein G2

Lassa virus (strain Mouse/Sierra Leone/Josiah/1976)

UniProt P08669

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 6 其他聚合物 10 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–259 链 B； UniProt 1–259 链 C； UniProt 1–259 链 a； UniProt 260–491 链 b； UniProt 260–491 链 c； UniProt 260–491 未记录 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 ;alpha-D-xylopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-alpha-D-xylopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-alpha-D-xylopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-alpha-D-xylopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-alpha-D-xylopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-alpha-D-xylopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-alpha-D-xylopyranose ; × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7PVD Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5FT2 Sub-tomogram averaging of Lassa virus glycoprotein spike from virus- like particles at pH 5 提交 2016-01-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 75–237（163 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, UNP RESIDUES 75-237
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 MM BUFFER OF SUCCINIC ACID, DIHYDROGEN PHOSPHATE AND GLYCINE (SPG)；pH 5.2；50 MM BUFFER OF SUCCINIC ACID, DIHYDROGEN PHOSPHATE AND GLYCINE (SPG)
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE-PROPANE MIXTURE, HUMIDITY- 80, TEMPERATURE- 120, INSTRUMENT- GATAN CRYOPLUNGE 3, METHOD- BLOT FOR 3 SECONDS BEFORE PLUNGING.,
分辨率 16.40 Å
5VK2 Structural basis for antibody-mediated neutralization of Lassa virus 提交 2017-04-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–259（259 aa） 片段：UNP residues 1-259
链 B 1–259（259 aa） 片段：UNP residues 1-259
链 C 1–259（259 aa） 片段：UNP residues 1-259
链 a 260–423（164 aa） 片段：UNP residues 260-423
链 b 260–423（164 aa） 片段：UNP residues 260-423
链 c 260–423（164 aa） 片段：UNP residues 260-423
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 11 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；296 K；0.1M Tris pH 8, 15-18% PEG 3350 and 0.1M-0.3M magnesium acetate
分辨率 3.20 Å R-free 0.231
6P95 Structure of Lassa virus glycoprotein in complex with Fab 25.6A 提交 2019-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–259（259 aa）
链 B 1–259（259 aa）
链 C 1–259（259 aa）
链 a 260–433（174 aa）
链 b 260–433（174 aa）
链 c 260–433（174 aa）
突变：R207C, L258R, L259RG 突变：R207C, L258R, L259RG 突变：R207C, L258R, L259RG 突变：G360P, M332T, E329C 突变：G360P, M332T, E329C 突变：G360P, M332T, E329C NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；0.1 M Tris pH 8, 15-18% PEG 3350 and 0.1 M-0.3 M magnesium acetate
分辨率 3.50 Å R-free 0.247
7PUY Structure of the membrane soluble spike complex from the Lassa virus in a C3-symmetric map 提交 2021-10-01 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–259（259 aa）
链 B 1–259（259 aa）
链 C 1–259（259 aa）
链 a 260–491（232 aa）
链 b 260–491（232 aa）
链 c 260–491（232 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
7S8H Structure of Lassa virus glycoprotein bound to Fab 18.5C and Fab 36.1F 提交 2021-09-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 A 59–259（201 aa）
链 a 260–424（165 aa）
突变：G243C, Residues 256-259 mutated from RRLL to RRRR 突变：E329P, M332T, I350C NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293.15 K；0.1 M Tris, pH 8.0, 1.25 M LiCl and 15% PEG 8k
分辨率 2.70 Å R-free 0.251
7TYV Structure of Lassa Virus glycoprotein (Josiah) bound to Fab 25.10C 提交 2022-02-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–259（259 aa）
链 B 1–259（259 aa）
链 C 1–259（259 aa）
链 a 260–423（164 aa）
链 b 260–423（164 aa）
链 c 260–423（164 aa）
突变：R207C, Residues 256-259 mutated from RRLL to RRRR 突变：R207C, Residues 256-259 mutated from RRLL to RRRR 突变：R207C, Residues 256-259 mutated from RRLL to RRRR 突变：E329P, M332T, G360C 突变：E329P, M332T, G360C 突变：E329P, M332T, G360C NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
7UOT Native Lassa glycoprotein in complex with neutralizing antibodies 8.9F and 37.2D 提交 2022-04-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric
链 A 1–259（259 aa）
链 B 1–259（259 aa）
链 C 1–259（259 aa）
链 a 260–491（232 aa）
链 b 260–491（232 aa）
链 c 260–491（232 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.77 Å
7UOV Native Lassa glycoprotein in complex with neutralizing antibodies 12.1F and 37.2D 提交 2022-04-14 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 A 1–259（259 aa）
链 B 1–259（259 aa）
链 C 1–259（259 aa）
链 a 260–491（232 aa）
链 b 260–491（232 aa）
链 c 260–491（232 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.75 Å
8EJD Structure of lineage IV Lassa virus glycoprotein complex (strain Josiah) 提交 2022-09-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–259（259 aa）
链 B 1–259（259 aa）
链 C 1–259（259 aa）
链 a 260–424（165 aa）
链 b 260–424（165 aa）
链 c 260–424（165 aa）
突变：R207C, L258R, L259R 突变：R207C, L258R, L259R 突变：R207C, L258R, L259R 突变：E329P, G360C 突变：E329P, G360C 突变：E329P, G360C NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；TBS
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Wait time 10 s; blotting time varied between 3-7 s; blotting force of 0
分辨率 3.80 Å
8EJH Lassa virus glycoprotein complex (Josiah) bound to 12.1F Fab 提交 2022-09-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–259（259 aa）
链 B 1–259（259 aa）
链 C 1–259（259 aa）
链 a 260–424（165 aa）
链 b 260–424（165 aa）
链 c 260–424（165 aa）
突变：R207C, L258R, L259R 突变：R207C, L258R, L259R 突变：R207C, L258R, L259R 突变：E329P, G360C 突变：E329P, G360C 突变：E329P, G360C NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 MAN alpha-D-mannopyranose × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；TBS
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Wait time 10 s; blotting time varied between 3-7 s; blotting force of 0
分辨率 3.71 Å
8EJI Lassa virus glycoprotein complex (Josiah) bound to 19.7E Fab 提交 2022-09-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–259（259 aa）
链 B 1–259（259 aa）
链 C 1–259（259 aa）
链 a 260–424（165 aa）
链 b 260–424（165 aa）
链 c 260–424（165 aa）
突变：R207C, L258R, L259R 突变：R207C, L258R, L259R 突变：R207C, L258R, L259R 突变：E328P, G359C 突变：E328P, G359C 突变：E328P, G359C NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；TBS
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Wait time 10 s; blotting time varied between 3-7 s; blotting force of 0
分辨率 3.81 Å
8T5C Lassa GPC Trimer in complex with Fab 8.11G and nanobody D5 提交 2023-06-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric
链 A 59–257（199 aa）
链 B 59–257（199 aa）
链 C 59–257（199 aa）
链 a 260–418（159 aa）
链 b 260–418（159 aa）
链 c 260–418（159 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 23 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；PBS
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.70 Å
8TYC Lassa GPC (strain Josiah) bound to rabbit polyclonal base-targeting antibody Base-1 提交 2023-08-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–259（259 aa）
链 B 1–259（259 aa）
链 C 1–259（259 aa）
链 a 260–423（164 aa）
链 b 260–423（164 aa）
链 c 260–423（164 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8TYE Lassa GPC (strain Josiah) bound to rabbit polyclonal fusion-peptide-targeting antibody FP-1 提交 2023-08-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–259（259 aa）
链 B 1–259（259 aa）
链 C 1–259（259 aa）
链 a 260–424（165 aa）
链 b 260–424（165 aa）
链 c 260–424（165 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
8VCV Lineage IV Lassa virus glycoprotein (Josiah) in complex with rabbit polyclonal antibody (GPC-C epitope) 提交 2023-12-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–259（259 aa）
链 B 1–259（259 aa）
链 C 1–259（259 aa）
链 a 260–424（165 aa）
链 b 260–424（165 aa）
链 c 260–424（165 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8VE8 Lineage IV Lassa virus glycoprotein (Josiah) in complex with rabbit polyclonal antibody (GP1-A epitope) 提交 2023-12-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–259（259 aa）
链 B 1–259（259 aa）
链 C 1–259（259 aa）
链 a 260–424（165 aa）
链 b 260–424（165 aa）
链 c 260–424（165 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9CJ7 Lineage IV Lassa virus glycoprotein (Josiah) in complex with monoclonal antibody 8.9F 提交 2024-07-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–259（259 aa）
链 B 1–259（259 aa）
链 C 1–259（259 aa）
链 a 260–424（165 aa）
链 b 260–424（165 aa）
链 c 260–424（165 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；TBS
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9CJ8 Lineage IV Lassa virus glycoprotein (Josiah) in complex with rabbit polyclonal antibody (LAVA01-like epitope) 提交 2024-07-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–259（259 aa）
链 B 1–259（259 aa）
链 C 1–259（259 aa）
链 a 260–424（165 aa）
链 b 260–424（165 aa）
链 c 260–424（165 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 25 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.74 Å
9CK7 Lineage IV Lassa virus glycoprotein (Josiah) in complex with polyclonal antibody (GPC-A epitope) from rabbit 187 提交 2024-07-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–259（259 aa）
链 B 1–259（259 aa）
链 C 1–259（259 aa）
链 a 260–424（165 aa）
链 b 260–424（165 aa）
链 c 260–424（165 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.45 Å
9CK8 Lineage IV Lassa virus glycoprotein (Josiah) in complex with polyclonal antibody (GPC-A epitope) from rabbit 189 提交 2024-07-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–259（259 aa）
链 B 1–259（259 aa）
链 C 1–259（259 aa）
链 a 260–424（165 aa）
链 b 260–424（165 aa）
链 c 260–424（165 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 17 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.04 Å
9MHE Native tagless Lassa virus spike complex bound to ARN-75039 at pH 8.0 提交 2024-12-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric
链 A 1–259（259 aa）
链 B 1–259（259 aa）
链 C 1–259（259 aa）
链 a 260–491（232 aa）
链 b 260–491（232 aa）
链 c 260–491（232 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 UNX UNKNOWN LIGAND × 2 A1BK9 (4S)-3-(4-tert-butoxyphenyl)-7-methyl-6-{4-[(propan-2-yl)oxy]phenyl}imidazo[1,2-a]pyridine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.01 Å
9MIV Native tagless Lassa virus spike complex pH 6.0 提交 2024-12-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric
链 A 1–259（259 aa）
链 B 1–259（259 aa）
链 C 1–259（259 aa）
链 a 260–491（232 aa）
链 b 260–491（232 aa）
链 c 260–491（232 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 UNX UNKNOWN LIGAND × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.02 Å
9MIY Focused reconstruction of the transmembrane region of the Lassa virus spike complex 提交 2024-12-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–58（58 aa）
链 B 1–58（58 aa）
链 C 1–58（58 aa）
链 a 260–491（232 aa）
链 b 260–491（232 aa）
链 c 260–491（232 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.72 Å
9MJ1 Native tagless Lassa virus spike complex bound at pH 8.0 提交 2024-12-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric
链 A 1–259（259 aa）
链 B 1–259（259 aa）
链 C 1–259（259 aa）
链 a 260–491（232 aa）
链 b 260–491（232 aa）
链 c 260–491（232 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 UNX UNKNOWN LIGAND × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 1.90 Å
9MJ2 Flag-tag Lassa virus spike complex at pH 6.0 提交 2024-12-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 59–259（201 aa）
链 B 59–259（201 aa）
链 C 59–259（201 aa）
链 a 260–491（232 aa）
链 b 260–491（232 aa）
链 c 260–491（232 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 UNX UNKNOWN LIGAND × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.58 Å
9R8U Flag-tag LASV spike acidified to pH 5.0 and re-equilibrated to pH 8.0 提交 2025-05-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–259（259 aa）
链 B 1–259（259 aa）
链 C 1–259（259 aa）
链 a 260–491（232 aa）
链 b 260–491（232 aa）
链 c 260–491（232 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 UNX UNKNOWN LIGAND × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å

共 26 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 GLYC_LASSJ
Isoform —
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 a； PDB构建体 1–232； UniProt 260–491 作者链 b； PDB构建体 1–232； UniProt 260–491 作者链 c； PDB构建体 1–232； UniProt 260–491 作者链 A； PDB构建体 1–259； UniProt 1–259 作者链 B； PDB构建体 1–259； UniProt 1–259 作者链 C； PDB构建体 1–259； UniProt 1–259

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7pvd

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7pvd
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7pvd
沉积日期 deposition_date2021-10-02
结构标题 titleStructure of the membrane soluble spike complex from the Lassa virus in a C1-symmetric map focused on the ectodomain
关键词 keywordsSpike complex, glycoprotein, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.23 Å
零角强度 I(0) i0270587000.00
分子量 molecular_weight127370.0 kDa
排除体积 excluded_volume157840 ų
包络体积 envelope_volume199210 ų
水化壳体积 shell_volume52607 ų
包络直径 envelope_diameter90.7 Å
壳层 Rg shell_rg39.26 Å
包络 Rg envelope_rg29.35 Å
形状 Rg shape_rg29.23 Å
总 Rg total_rg30.11 Å
总原子数 total_atoms8902
残基数 n_residues1035
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax86.1 Å
Rg (实空间) rg_real30.23 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.28 Å
I(0) (实空间) i0_real2.7060e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.4890e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.35 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal270600000.0000
解质量估计 total_estimate0.7186
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary39.7 Å
偏度 Skewness skewness0.027
峰度 Kurtosis kurtosis-0.564
角度范围 angular_range— – 0.2600 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha128300000.0000
实空间数据点数 n_real_points53
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.971; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.193; Positv: 1.000; Valcen: 0.963; Smooth: 0.880
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)