7pw8

Human SMG1-8-9 kinase complex bound to AMPPNP

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SMG1,Serine/threonine-protein kinase SMG1,SMG1,Serine/threonine-protein kinase SMG1,SMG1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Protein SMG8 × 1 （Q8ND04） Protein SMG9 × 1 （Q9H0W8） INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SMG1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 307–1634； UniProt 311–1638 作者链 A； PDB构建体 1723–1974； UniProt 1727–1978 作者链 A； PDB构建体 2031–2052； UniProt 1895–1916 作者链 A； PDB构建体 2084–3657； UniProt 2088–3661

Protein SMG8

Homo sapiens

UniProt Q8ND04

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	SMG1,Serine/threonine-protein kinase SMG1,SMG1,Serine/threonine-protein kinase SMG1,SMG1 × 1 （Q96Q15） Protein SMG9 × 1 （Q9H0W8） INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SMG8_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–991； UniProt 1–991

Protein SMG9

Homo sapiens

UniProt Q9H0W8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	SMG1,Serine/threonine-protein kinase SMG1,SMG1,Serine/threonine-protein kinase SMG1,SMG1 × 1 （Q96Q15） Protein SMG8 × 1 （Q8ND04） INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SMG9_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–520； UniProt 1–520

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7pw8
沉积日期 deposition_date	2021-10-06
结构标题 title	Human SMG1-8-9 kinase complex bound to AMPPNP
关键词 keywords	Complex, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7pw8__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7pw8__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7pw8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	49.88 Å
Rg（电子密度）	49.21 Å
总 Rg	49.06 Å
原子数	18960
残基数	2629
排除体积	338040 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7pw8__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SMG1,Serine/threonine-protein kinase SMG1,SMG1,Serine/threonine-protein kinase SMG1,SMG1
分子量 formula_weight	397395.4 kDa
EC 编号 ec_number	;2.7.11.1,2.7.11.1,2.7.11.1,2.7.11.1,2.7.11.1,2.7.11.1,2.7.11.1,2.7.11.1,2.7.11.1,2.7.11.1,2.7.11.1,2.7.11.1,2.7.11.1,2.7.11.1,2.7.11.1,2.7.11.1,2.7.11.1,2.7.11.1,2.7.11.1,2.7.11.1 ;
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	18960

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXFSTNFRDTVDILVGWHIDHTQKPSLTQQVSGWLQSLEPFWVADLAFSTTLLGQFLEDMEAYAEDLSHVASGESVDEDVPPPSVSLPKLAALLRVFSTVVRSIGERFSPIRGPPITEAYVTDVLYRVMRCVTAANQVFFSEAVLTAANECVGVLLGSLDPSMTIHCDMVITYGLDQLENCQTCGTDYIISVLNLLTLIVEQINTKLPSSFVEKLFIPSSKLLFLRYHKEKEVVAVAHAVYQAVLSLKNIPVLETAYKLILGEMTCALNNLLHSLQLPEACSEIKHEAFKNHVFNVDNAKFVVIFDLSALTTIGNAKNSLIGMWALSPTVFALLSKNLMIVHSDLAVHFPAIQYAVLYTLYSHCTRHDHFISSSLSSSSPSLFDGAVISTVTTATKKHFSIILNLLGILLKKDNLNQDTRKLLMTWALEAAVLMRKSETYAPLFSLPSFHKFCKGLLANTLVEDVNICLQACSSLHALSSSLPDDLLQRCVDVCRVQLVHSGTRIRQAFGKLLKSIPLDVVLSNNNHTEIQEISLALRSHMSKAPSNTFHPQDFSDVISFILYGNSHRTGKDNWLERLFYSCQRLDKRDQSTIPRNLLKTDAVLWQWAIWEAAQFTVLSKLRTPLGRAQDTFQTIEGIIRSLAAHTLNPDQDVSQWTTADNDEGHGNNQLRLVLLLQYLENLEKLMYNAYEGCANALTSPPKVIRTFFYTNRQTCQDWLTRIRLSIMRVGLLAGQPAVTVRHGFDLLTEMKTTSLSQGNELEVTIMMVVEALCELHCPEAIQGIAVWSSSIVGKNLLWINSVAQQAEGRFEKASVEYQEHLCAMTGVDCCISSFDKSVLTLANAGRNSASPKHSLNGESRKTVLSKPTDSSPEVINYLGNKACECYISIADWAAVQEWQNSIHDLKKSTSSTSLNLKADFNYIKSLSSFESGKFVECTEQLELLPGENINLLAGGSKEKIDMKKLLPNMLSPDPRELQKSIEVQLLRSSVCLATALNPIEQDQKWQSITENVVKYLKQTSRIAIGPLRLSTLTVSQSLPVLSTLQLYCSSALENTVSNRLSTEDCLIPLFSEALRSCKQHDVRPWMQALRYTMYQNQLLEKIKEQTVPIRSHLMELGLTAAKFARKRGNVSLATRLLAQCSEVQLGKTTTAQDLVQHFKKLSTQGQVDEKWGPELDIEKTKLLYTAGQSTHAMEMLSSCAISFCKSVKAEYAVAKSILTLAKWIQAEWKEISGQLKQVYRAQHQQNFTGLSTLSKNILTLIELPSVNTMEEEYPRIESESTVHIGVGEPDFILGQLYHLSSVQAPEVAKSWAALASWAYRWGRKVVDNASXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXEGVIKVWRKVVDRIFSLYKLSCSAYFTFLKLNAGQIPLDEDDPRLHLSHRVEQSTDDMIVMATLRLLRLLVKHAGELRQYLEHGLETTPTAPWRGIIPQLFSRLNHPEVYVRQSICNLLCRVAQDSPHLILYPAIVGTISLSSESQASGNKFSTAIPTLLGNIQGEELLVSECEGGSPPASQDSNKDEPKSGLNEDQAMMQDCYSKIVDKLSSANPTMVLQVQMLVAELRRVTVLWDELWLGVLLQQHMYVLXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXPHEKWFQDNYGDAIENALEKLKXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXYILRLEEISPWLAAMTNTEIALPGEVSARDTVTIHSVGGTITILPTKTKPKKLLFLGSDGKSYPYLFKGLEDLHLDERIMQFLSIVNTMFATINRQETPRFHARHYSVTPLGTRSGLIQWVDGATPLFGLYKRWQQREAALQAQKAQDSYQTPQNPGIVPRPSELYYSKIGPALKTVGLSLDVSRRDWPLHVMKAVLEELMEATPPNLLAKELWSSCTTPDEWWRVTQSYARSTAVMSMVGYIIGLGDRHLDNVLIDMTTGEVVHIDYNVCFEKGKSLRVPEKVPFRMTQNIETALGVTGVEGVFRLSCEQVLHIMRRGRETLLTLLEAFVYDPLVDWTAGGEAGFAGAVYGGGGQQAESKQSKREMEREITRSLFSSRVAEIKVNWFKNRDEMLVVLPKLDGSLDEYLSLQEQLTDVEKLQGKLLEEIEFLEGAEGVDHPSHTLQHRYSEHTQLQTQQRAVQEAIQVKLNEFEQWITHYQAAFNNLEATQLASLLQEISTQMDLGPPSYVPATAFLQNAGQAHLISQCEQLEGEVGALLQQRRSVLRGCLEQLHHYATVALQYPKAIFQKHRIEQWKTWMEELICNTTVERCQELYRKYEMQYAPQPPPTVCQFITATEMTLQRYAADINSRLIRQVERLKQEAVTVPVCEDQLKEIERCIKVFLHENGEEGSLSLASVIISALCTLTRRNLMMEGAASSAGEQLVDLTSRDGAWFLEELCSMSGNVTCLVQLLKQCHLVPQDLDIPNPMEASETVHLANGVYTSLQELNSNFRQIIFPEALRCLMKGEYTLESMLHELDGLIEQTTDGVPLQTLVESLQAYLRNAAMGLEEETHAHYIDVARLLHAQYGELIQPRNGSVDETPKMSAGQMLLVAFDGMFAQVETAFSLLVEKLNKMEIPIAWRKIDIIREARSTQVNFFDDDNHRQVLEEIFFLKRLQTIKEFFRLCGTFSKTLSGSSSLEDQNTVNGPVQIVNVKTLFRNSCFSEDQMAKPIKAFTADFVRQLLIGLPNQALGLTLCSFISALGVDIIAQVEAKDFGAESKVSVDDLCKKAVEHNIQIGKFSQLVMNRATVLASSYDTAWKKHDLVRRLETSISSCKTSLQRVQLHIAMFQWQHEDLLINRPQAMSVTPPPRSAILTSMKKKLHTLSQIETSIATVQEKLAALESSIEQRLKWAGGANPALAPVLQDFEATIAERRNLVLKESQRASQVTFLCSNIIHFESLRTRTAEALNLDAALFELIKRCQQMCSFASQFNSSVSELELRLLQRVDTGLEHPIGSSEWLLSAHKQLTQDMSTQRAIQTEKEQQIETVCETIQNLVDNIKTVLTGHNRQLGDVKHLLKAMAKDEEAALADGEDVPYENSVRQFLGEYKSWQDNIQTVLFTLVQAMGQVRSQEHVEMLQEITPTLKELKTQSQSIYNNLVSFASPLVTDATNECSSPTSSATYQPSFAAAVRSNTGQKTQPDVMSQNARKLIQKNLATSADTPPSTVPGTGKSVACSPKKAVRDPKTGKAVQERNSYAVSVWKRVKAKLEGRDVDPNRRMSVAEQVDYVIKEATNLDNLAQLYEGWTAWV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein SMG8
分子量 formula_weight	109825.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MAGPVSLRDLLMGASAWMGSESPGGSPTEGGGSAAGGPEPPWREDEICVVGIFGKTALRLNSEKFSLVNTVCDRQVFPLFRHQDPGDPGPGIRTEAGAVGEAGGAEDPGAAAGGSVRGSGAVAEGNRTEAGSQDYSLLQAYYSQESKVLYLLLTSICDNSQLLRACRALQSGEAGGGLSLPHAEAHEFWKHQEKLQCLSLLYLFSVCHILLLVHPTCSFDITYDRVFRALDGLRQKVLPLLKTAIKDCPVGKDWKLNCRPCPPRLLFLFQLNGALKVEPPRNQDPAHPDKPKKHSPKRRLQHALEDQIYRIFRKSRVLTNQSINCLFTVPANQAFVYIVPGSQEEDPVGMLLDQLRSHCTVKDPESLLVPAPLSGPRRYQVMRQHSRQQLSFHIDSSSSSSSGQLVDFTLREFLWQHVELVLSKKGFDDSVGRNPQPSHFELPTYQKWISAASKLYEVAIDGKEEDLGSPTGELTSKILSSIKVLEGFLDIDTKFSENRCQKALPMAHSAYQSNLPHNYTMTVHKNQLAQALRVYSQHARGPAFHKYAMQLHEDCYKFWSNGHQLCEERSLTDQHCVHKFHSLPKSGEKPEADRNPPVLYHNSRARSTGACNCGRKQAPRDDPFDIKAANYDFYQLLEEKCCGKLDHINFPVFEPSTPDPAPAKNESSPAPPDSDADKLKEKEPQTQGESTSLSLALSLGQSTDSLGTYPADPQAGGDNPEVHGQVEVKTEKRPNFVDRQASTVEYLPGMLHSNCPKGLLPKFSSWSLVKLGPAKSYNFHTGLDQQGFIPGTNYLMPWDIVIRTRAEDEGDLDTNSWPAPNKAIPGKRSAVVMGRGRRRDDIARAFVGFEYEDSRGRRFMCSGPDKVMKVMGSGPKESALKALNSDMPLYILSSSQGRGLKPHYAQLMRLFVVVPDAPLQIILMPQVQPGPPPCPVFYPEKQEITLPPDGLWVLRFPYAYVTERGPCFPPKENVQLMSYKVLRGVLKAVTQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Protein SMG9
分子量 formula_weight	57717.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MSESGHSQPGLYGIERRRRWKEPGSGGPQNLSGPGGRERDYIAPWERERRDASEETSTSVMQKTPIILSKPPAERSKQPPPPTAPAAPPAPAPLEKPIVLMKPREEGKGPVAVTGASTPEGTAPPPPAAPAPPKGEKEGQRPTQPVYQIQNRGMGTAAPAAMDPVVGQAKLLPPERMKHSIKLVDDQMNWCDSAIEYLLDQTDVLVVGVLGLQGTGKSMVMSLLSANTPEEDQRTYVFRAQSAEMKERGGNQTSGIDFFITQERIVFLDTQPILSPSILDHLINNDRKLPPEYNLPHTYVEMQSLQIAAFLFTVCHVVIVVQDWFTDLSLYRFLQTAEMVKPSTPSPSHESSSSSGSDEGTEYYPHLVFLQNKARREDFCPRKLRQMHLMIDQLMAHSHLRYKGTLSMLQCNVFPGLPPDFLDSEVNLFLVPFMDSEAESENPPRAGPGSSPLFSLLPGYRGHPSFQSLVSKLRSQVMSMARPQLSHTILTEKNWFHYAARIWDGVRKSSALAEYSRLLA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
分子量 formula_weight	660.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	506.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.82 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	403079

Human SMG1-8-9 kinase complex bound to AMPPNP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SMG1,Serine/threonine-protein kinase SMG1,SMG1,Serine/threonine-protein kinase SMG1,SMG1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein SMG8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein SMG9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7pw8__assembly_1__model_1

7pw8__assembly_1__model_1 | I(q)

7pw8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Human SMG1-8-9 kinase complex bound to AMPPNP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SMG1,Serine/threonine-protein kinase SMG1,SMG1,Serine/threonine-protein kinase SMG1,SMG1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein SMG8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein SMG9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7pw8__assembly_1__model_1

7pw8__assembly_1__model_1 | I(q)

7pw8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)