SAXSdb — 7pw8

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SMG1,Serine/threonine-protein kinase SMG1,SMG1,Serine/threonine-protein kinase SMG1,SMG1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 311–1638 链 A； UniProt 1727–1978 链 A； UniProt 1895–1916 链 A； UniProt 2088–3661	未记录	Protein SMG8 × 1 （Q8ND04） Protein SMG9 × 1 （Q9H0W8） IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.82 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7PW8	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6L53 Structure of SMG1 提交 2019-10-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–3661（3661 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.63 Å
6L54 Structure of SMG189 提交 2019-10-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–3661（3661 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.43 Å
6SYT Structure of the SMG1-SMG8-SMG9 complex 提交 2019-10-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 311–1638（1328 aa）链 A 1727–1978（252 aa）链 A 2035–2056（22 aa）链 A 2088–2232（145 aa）链 A 2275–3661（1387 aa）	突变：D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A 突变：D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A 突变：D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A 突变：D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A 突变：D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；PBS cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.45 Å
6Z3R Structure of SMG1-8-9 kinase complex bound to UPF1-LSQ 提交 2020-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 259–1638（1380 aa）链 A 1727–2056（330 aa）链 A 2088–3661（1574 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.97 Å
7PW4 Human SMG1-8-9 kinase complex bound to a SMG1 inhibitor 提交 2021-10-06	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 311–1638（1328 aa）链 A 1727–1978（252 aa）链 A 2035–2056（22 aa）链 A 2088–3661（1574 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 88C 1-[4-[4-[2-[[4-chloranyl-3-(diethylsulfamoyl)phenyl]amino]pyrimidin-4-yl]pyridin-2-yl]phenyl]-3-methyl-urea × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.27 Å
7PW5 Human SMG1-8-9 kinase complex with AlphaFold predicted SMG8 C-terminus, bound to a SMG1 inhibitor 提交 2021-10-06	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 311–1638（1328 aa）链 A 1727–1978（252 aa）链 A 2035–2056（22 aa）链 A 2088–3661（1574 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 88C 1-[4-[4-[2-[[4-chloranyl-3-(diethylsulfamoyl)phenyl]amino]pyrimidin-4-yl]pyridin-2-yl]phenyl]-3-methyl-urea × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.40 Å
7PW6 Human SMG1-8-9 kinase complex bound to a SMG1 inhibitor - SMG1 body 提交 2021-10-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 766–1638（873 aa）链 A 1727–1978（252 aa）链 A 2035–2056（22 aa）链 A 2088–3661（1574 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 88C 1-[4-[4-[2-[[4-chloranyl-3-(diethylsulfamoyl)phenyl]amino]pyrimidin-4-yl]pyridin-2-yl]phenyl]-3-methyl-urea × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.05 Å
7PW7 Human SMG1-9 kinase complex bound to a SMG1 inhibitor 提交 2021-10-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 311–1638（1328 aa）链 A 1727–1978（252 aa）链 A 2035–2056（22 aa）链 A 2088–3661（1574 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 88C 1-[4-[4-[2-[[4-chloranyl-3-(diethylsulfamoyl)phenyl]amino]pyrimidin-4-yl]pyridin-2-yl]phenyl]-3-methyl-urea × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.59 Å
7PW9 Human SMG1-9 kinase complex bound to AMPPNP 提交 2021-10-06	构建体不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 311–1638（1328 aa）链 A 1727–1978（252 aa）链 A 2035–2056（22 aa）链 A 2088–3661（1574 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.12 Å

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SMG1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 307–1634； UniProt 311–1638 作者链 A； PDB构建体 1723–1974； UniProt 1727–1978 作者链 A； PDB构建体 2031–2052； UniProt 1895–1916 作者链 A； PDB构建体 2084–3657； UniProt 2088–3661

Protein SMG8

Homo sapiens

UniProt Q8ND04

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–991	未记录	SMG1,Serine/threonine-protein kinase SMG1,SMG1,Serine/threonine-protein kinase SMG1,SMG1 × 1 （Q96Q15） Protein SMG9 × 1 （Q9H0W8） IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.82 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7PW8	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6L54 Structure of SMG189 提交 2019-10-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–991（991 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.43 Å
6SYT Structure of the SMG1-SMG8-SMG9 complex 提交 2019-10-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–991（991 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；PBS cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.45 Å
6Z3R Structure of SMG1-8-9 kinase complex bound to UPF1-LSQ 提交 2020-05-21	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–991（991 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.97 Å
7PW4 Human SMG1-8-9 kinase complex bound to a SMG1 inhibitor 提交 2021-10-06	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–991（991 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 88C 1-[4-[4-[2-[[4-chloranyl-3-(diethylsulfamoyl)phenyl]amino]pyrimidin-4-yl]pyridin-2-yl]phenyl]-3-methyl-urea × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.27 Å
7PW5 Human SMG1-8-9 kinase complex with AlphaFold predicted SMG8 C-terminus, bound to a SMG1 inhibitor 提交 2021-10-06	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–991（991 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 88C 1-[4-[4-[2-[[4-chloranyl-3-(diethylsulfamoyl)phenyl]amino]pyrimidin-4-yl]pyridin-2-yl]phenyl]-3-methyl-urea × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.40 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SMG8_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–991； UniProt 1–991

Protein SMG9

Homo sapiens

UniProt Q9H0W8

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–520	未记录	SMG1,Serine/threonine-protein kinase SMG1,SMG1,Serine/threonine-protein kinase SMG1,SMG1 × 1 （Q96Q15） Protein SMG8 × 1 （Q8ND04） IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.82 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7PW8	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6L54 Structure of SMG189 提交 2019-10-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–520（520 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.43 Å
6SYT Structure of the SMG1-SMG8-SMG9 complex 提交 2019-10-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–520（520 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；PBS cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.45 Å
6Z3R Structure of SMG1-8-9 kinase complex bound to UPF1-LSQ 提交 2020-05-21	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–520（520 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.97 Å
7PW4 Human SMG1-8-9 kinase complex bound to a SMG1 inhibitor 提交 2021-10-06	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–520（520 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 88C 1-[4-[4-[2-[[4-chloranyl-3-(diethylsulfamoyl)phenyl]amino]pyrimidin-4-yl]pyridin-2-yl]phenyl]-3-methyl-urea × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.27 Å
7PW5 Human SMG1-8-9 kinase complex with AlphaFold predicted SMG8 C-terminus, bound to a SMG1 inhibitor 提交 2021-10-06	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–520（520 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 88C 1-[4-[4-[2-[[4-chloranyl-3-(diethylsulfamoyl)phenyl]amino]pyrimidin-4-yl]pyridin-2-yl]phenyl]-3-methyl-urea × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.40 Å
7PW7 Human SMG1-9 kinase complex bound to a SMG1 inhibitor 提交 2021-10-06	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–520（520 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 88C 1-[4-[4-[2-[[4-chloranyl-3-(diethylsulfamoyl)phenyl]amino]pyrimidin-4-yl]pyridin-2-yl]phenyl]-3-methyl-urea × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.59 Å
7PW9 Human SMG1-9 kinase complex bound to AMPPNP 提交 2021-10-06	构建体不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 169–520（352 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.12 Å
8FE7 Crystal structure of human O-GlcNAc transferase (OGT) in complex with an exosite-binding peptide (SMG9) and UDP-GlcNAc 提交 2022-12-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 140–151（12 aa）	未记录	UD1 URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.9M Ammonium Sulfate, 0.1M Tris pH 8.5, 1% Xylitol	分辨率 2.98 Å R-free 0.217
8FE7 Crystal structure of human O-GlcNAc transferase (OGT) in complex with an exosite-binding peptide (SMG9) and UDP-GlcNAc 提交 2022-12-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 140–151（12 aa）	未记录	UD1 URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.9M Ammonium Sulfate, 0.1M Tris pH 8.5, 1% Xylitol	分辨率 2.98 Å R-free 0.217
8FE7 Crystal structure of human O-GlcNAc transferase (OGT) in complex with an exosite-binding peptide (SMG9) and UDP-GlcNAc 提交 2022-12-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 140–151（12 aa）	未记录	UD1 URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.9M Ammonium Sulfate, 0.1M Tris pH 8.5, 1% Xylitol	分辨率 2.98 Å R-free 0.217
8FE7 Crystal structure of human O-GlcNAc transferase (OGT) in complex with an exosite-binding peptide (SMG9) and UDP-GlcNAc 提交 2022-12-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 140–151（12 aa）	未记录	UD1 URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.9M Ammonium Sulfate, 0.1M Tris pH 8.5, 1% Xylitol	分辨率 2.98 Å R-free 0.217

共 8 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SMG9_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–520； UniProt 1–520

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7pw8
沉积日期 deposition_date	2021-10-06
结构标题 title	Human SMG1-8-9 kinase complex bound to AMPPNP
关键词 keywords	Complex, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.88 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	49.21 Å
零角强度 I(0) i0	1013340000.00
分子量 molecular_weight	268730.0 kDa
排除体积 excluded_volume	338040 Å³
包络体积 envelope_volume	525420 Å³
水化壳体积 shell_volume	86927 Å³
包络直径 envelope_diameter	177.4 Å
壳层 Rg shell_rg	54.24 Å
包络 Rg envelope_rg	49.64 Å
形状 Rg shape_rg	49.30 Å
总 Rg total_rg	49.06 Å
总原子数 total_atoms	18960
残基数 n_residues	2629
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	171.3 Å
Rg (实空间) rg_real	49.94 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0130e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7400e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.89 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1013000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8774
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	58.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.358
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.359
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	113700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.840; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.886

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SMG1,Serine/threonine-protein kinase SMG1,SMG1,Serine/threonine-protein kinase SMG1,SMG1
分子量 formula_weight	397395.4 kDa
EC 编号 ec_number	;2.7.11.1,2.7.11.1,2.7.11.1,2.7.11.1,2.7.11.1,2.7.11.1,2.7.11.1,2.7.11.1,2.7.11.1,2.7.11.1,2.7.11.1,2.7.11.1,2.7.11.1,2.7.11.1,2.7.11.1,2.7.11.1,2.7.11.1,2.7.11.1,2.7.11.1,2.7.11.1 ;
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	18960

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXFSTNFRDTVDILVGWHIDHTQKPSLTQQVSGWLQSLEPFWVADLAFSTTLLGQFLEDMEAYAEDLSHVASGESVDEDVPPPSVSLPKLAALLRVFSTVVRSIGERFSPIRGPPITEAYVTDVLYRVMRCVTAANQVFFSEAVLTAANECVGVLLGSLDPSMTIHCDMVITYGLDQLENCQTCGTDYIISVLNLLTLIVEQINTKLPSSFVEKLFIPSSKLLFLRYHKEKEVVAVAHAVYQAVLSLKNIPVLETAYKLILGEMTCALNNLLHSLQLPEACSEIKHEAFKNHVFNVDNAKFVVIFDLSALTTIGNAKNSLIGMWALSPTVFALLSKNLMIVHSDLAVHFPAIQYAVLYTLYSHCTRHDHFISSSLSSSSPSLFDGAVISTVTTATKKHFSIILNLLGILLKKDNLNQDTRKLLMTWALEAAVLMRKSETYAPLFSLPSFHKFCKGLLANTLVEDVNICLQACSSLHALSSSLPDDLLQRCVDVCRVQLVHSGTRIRQAFGKLLKSIPLDVVLSNNNHTEIQEISLALRSHMSKAPSNTFHPQDFSDVISFILYGNSHRTGKDNWLERLFYSCQRLDKRDQSTIPRNLLKTDAVLWQWAIWEAAQFTVLSKLRTPLGRAQDTFQTIEGIIRSLAAHTLNPDQDVSQWTTADNDEGHGNNQLRLVLLLQYLENLEKLMYNAYEGCANALTSPPKVIRTFFYTNRQTCQDWLTRIRLSIMRVGLLAGQPAVTVRHGFDLLTEMKTTSLSQGNELEVTIMMVVEALCELHCPEAIQGIAVWSSSIVGKNLLWINSVAQQAEGRFEKASVEYQEHLCAMTGVDCCISSFDKSVLTLANAGRNSASPKHSLNGESRKTVLSKPTDSSPEVINYLGNKACECYISIADWAAVQEWQNSIHDLKKSTSSTSLNLKADFNYIKSLSSFESGKFVECTEQLELLPGENINLLAGGSKEKIDMKKLLPNMLSPDPRELQKSIEVQLLRSSVCLATALNPIEQDQKWQSITENVVKYLKQTSRIAIGPLRLSTLTVSQSLPVLSTLQLYCSSALENTVSNRLSTEDCLIPLFSEALRSCKQHDVRPWMQALRYTMYQNQLLEKIKEQTVPIRSHLMELGLTAAKFARKRGNVSLATRLLAQCSEVQLGKTTTAQDLVQHFKKLSTQGQVDEKWGPELDIEKTKLLYTAGQSTHAMEMLSSCAISFCKSVKAEYAVAKSILTLAKWIQAEWKEISGQLKQVYRAQHQQNFTGLSTLSKNILTLIELPSVNTMEEEYPRIESESTVHIGVGEPDFILGQLYHLSSVQAPEVAKSWAALASWAYRWGRKVVDNASXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXEGVIKVWRKVVDRIFSLYKLSCSAYFTFLKLNAGQIPLDEDDPRLHLSHRVEQSTDDMIVMATLRLLRLLVKHAGELRQYLEHGLETTPTAPWRGIIPQLFSRLNHPEVYVRQSICNLLCRVAQDSPHLILYPAIVGTISLSSESQASGNKFSTAIPTLLGNIQGEELLVSECEGGSPPASQDSNKDEPKSGLNEDQAMMQDCYSKIVDKLSSANPTMVLQVQMLVAELRRVTVLWDELWLGVLLQQHMYVLXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXPHEKWFQDNYGDAIENALEKLKXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXYILRLEEISPWLAAMTNTEIALPGEVSARDTVTIHSVGGTITILPTKTKPKKLLFLGSDGKSYPYLFKGLEDLHLDERIMQFLSIVNTMFATINRQETPRFHARHYSVTPLGTRSGLIQWVDGATPLFGLYKRWQQREAALQAQKAQDSYQTPQNPGIVPRPSELYYSKIGPALKTVGLSLDVSRRDWPLHVMKAVLEELMEATPPNLLAKELWSSCTTPDEWWRVTQSYARSTAVMSMVGYIIGLGDRHLDNVLIDMTTGEVVHIDYNVCFEKGKSLRVPEKVPFRMTQNIETALGVTGVEGVFRLSCEQVLHIMRRGRETLLTLLEAFVYDPLVDWTAGGEAGFAGAVYGGGGQQAESKQSKREMEREITRSLFSSRVAEIKVNWFKNRDEMLVVLPKLDGSLDEYLSLQEQLTDVEKLQGKLLEEIEFLEGAEGVDHPSHTLQHRYSEHTQLQTQQRAVQEAIQVKLNEFEQWITHYQAAFNNLEATQLASLLQEISTQMDLGPPSYVPATAFLQNAGQAHLISQCEQLEGEVGALLQQRRSVLRGCLEQLHHYATVALQYPKAIFQKHRIEQWKTWMEELICNTTVERCQELYRKYEMQYAPQPPPTVCQFITATEMTLQRYAADINSRLIRQVERLKQEAVTVPVCEDQLKEIERCIKVFLHENGEEGSLSLASVIISALCTLTRRNLMMEGAASSAGEQLVDLTSRDGAWFLEELCSMSGNVTCLVQLLKQCHLVPQDLDIPNPMEASETVHLANGVYTSLQELNSNFRQIIFPEALRCLMKGEYTLESMLHELDGLIEQTTDGVPLQTLVESLQAYLRNAAMGLEEETHAHYIDVARLLHAQYGELIQPRNGSVDETPKMSAGQMLLVAFDGMFAQVETAFSLLVEKLNKMEIPIAWRKIDIIREARSTQVNFFDDDNHRQVLEEIFFLKRLQTIKEFFRLCGTFSKTLSGSSSLEDQNTVNGPVQIVNVKTLFRNSCFSEDQMAKPIKAFTADFVRQLLIGLPNQALGLTLCSFISALGVDIIAQVEAKDFGAESKVSVDDLCKKAVEHNIQIGKFSQLVMNRATVLASSYDTAWKKHDLVRRLETSISSCKTSLQRVQLHIAMFQWQHEDLLINRPQAMSVTPPPRSAILTSMKKKLHTLSQIETSIATVQEKLAALESSIEQRLKWAGGANPALAPVLQDFEATIAERRNLVLKESQRASQVTFLCSNIIHFESLRTRTAEALNLDAALFELIKRCQQMCSFASQFNSSVSELELRLLQRVDTGLEHPIGSSEWLLSAHKQLTQDMSTQRAIQTEKEQQIETVCETIQNLVDNIKTVLTGHNRQLGDVKHLLKAMAKDEEAALADGEDVPYENSVRQFLGEYKSWQDNIQTVLFTLVQAMGQVRSQEHVEMLQEITPTLKELKTQSQSIYNNLVSFASPLVTDATNECSSPTSSATYQPSFAAAVRSNTGQKTQPDVMSQNARKLIQKNLATSADTPPSTVPGTGKSVACSPKKAVRDPKTGKAVQERNSYAVSVWKRVKAKLEGRDVDPNRRMSVAEQVDYVIKEATNLDNLAQLYEGWTAWV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein SMG8
分子量 formula_weight	109825.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MAGPVSLRDLLMGASAWMGSESPGGSPTEGGGSAAGGPEPPWREDEICVVGIFGKTALRLNSEKFSLVNTVCDRQVFPLFRHQDPGDPGPGIRTEAGAVGEAGGAEDPGAAAGGSVRGSGAVAEGNRTEAGSQDYSLLQAYYSQESKVLYLLLTSICDNSQLLRACRALQSGEAGGGLSLPHAEAHEFWKHQEKLQCLSLLYLFSVCHILLLVHPTCSFDITYDRVFRALDGLRQKVLPLLKTAIKDCPVGKDWKLNCRPCPPRLLFLFQLNGALKVEPPRNQDPAHPDKPKKHSPKRRLQHALEDQIYRIFRKSRVLTNQSINCLFTVPANQAFVYIVPGSQEEDPVGMLLDQLRSHCTVKDPESLLVPAPLSGPRRYQVMRQHSRQQLSFHIDSSSSSSSGQLVDFTLREFLWQHVELVLSKKGFDDSVGRNPQPSHFELPTYQKWISAASKLYEVAIDGKEEDLGSPTGELTSKILSSIKVLEGFLDIDTKFSENRCQKALPMAHSAYQSNLPHNYTMTVHKNQLAQALRVYSQHARGPAFHKYAMQLHEDCYKFWSNGHQLCEERSLTDQHCVHKFHSLPKSGEKPEADRNPPVLYHNSRARSTGACNCGRKQAPRDDPFDIKAANYDFYQLLEEKCCGKLDHINFPVFEPSTPDPAPAKNESSPAPPDSDADKLKEKEPQTQGESTSLSLALSLGQSTDSLGTYPADPQAGGDNPEVHGQVEVKTEKRPNFVDRQASTVEYLPGMLHSNCPKGLLPKFSSWSLVKLGPAKSYNFHTGLDQQGFIPGTNYLMPWDIVIRTRAEDEGDLDTNSWPAPNKAIPGKRSAVVMGRGRRRDDIARAFVGFEYEDSRGRRFMCSGPDKVMKVMGSGPKESALKALNSDMPLYILSSSQGRGLKPHYAQLMRLFVVVPDAPLQIILMPQVQPGPPPCPVFYPEKQEITLPPDGLWVLRFPYAYVTERGPCFPPKENVQLMSYKVLRGVLKAVTQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Protein SMG9
分子量 formula_weight	57717.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MSESGHSQPGLYGIERRRRWKEPGSGGPQNLSGPGGRERDYIAPWERERRDASEETSTSVMQKTPIILSKPPAERSKQPPPPTAPAAPPAPAPLEKPIVLMKPREEGKGPVAVTGASTPEGTAPPPPAAPAPPKGEKEGQRPTQPVYQIQNRGMGTAAPAAMDPVVGQAKLLPPERMKHSIKLVDDQMNWCDSAIEYLLDQTDVLVVGVLGLQGTGKSMVMSLLSANTPEEDQRTYVFRAQSAEMKERGGNQTSGIDFFITQERIVFLDTQPILSPSILDHLINNDRKLPPEYNLPHTYVEMQSLQIAAFLFTVCHVVIVVQDWFTDLSLYRFLQTAEMVKPSTPSPSHESSSSSGSDEGTEYYPHLVFLQNKARREDFCPRKLRQMHLMIDQLMAHSHLRYKGTLSMLQCNVFPGLPPDFLDSEVNLFLVPFMDSEAESENPPRAGPGSSPLFSLLPGYRGHPSFQSLVSKLRSQVMSMARPQLSHTILTEKNWFHYAARIWDGVRKSSALAEYSRLLA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
分子量 formula_weight	660.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	506.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.82 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	403079

fit	/app/data/saxs_computation/pw/7pw8/7pw8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pw/7pw8/7pw8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pw/7pw8/7pw8.dat

Human SMG1-8-9 kinase complex bound to AMPPNP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SMG1,Serine/threonine-protein kinase SMG1,SMG1,Serine/threonine-protein kinase SMG1,SMG1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein SMG8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein SMG9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)