SAXSdb — 7pwx

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase ;

Mycobacterium tuberculosis H37Rv

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Orf20 × 3 （Q9F0J8） 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 1,2-ETHANEDIOL × 6 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 water × 6	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Orf20 × 3 （Q9F0J8） 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 1,2-ETHANEDIOL × 2 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DUT_MYCTU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 HHH； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 III； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 JJJ； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 KKK； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 LLL； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 MMM； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136

Orf20

Staphylococcus aureus

UniProt Q9F0J8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	;Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase ; × 3 （P9WNS5） 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 1,2-ETHANEDIOL × 6 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 water × 6	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	;Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase ; × 3 （P9WNS5） 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 1,2-ETHANEDIOL × 2 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9F0J8_STAAU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 AAA； PDB构建体 1–147； UniProt 8–154 作者链 CCC； PDB构建体 1–147； UniProt 8–154 作者链 DDD； PDB构建体 1–147； UniProt 8–154 作者链 EEE； PDB构建体 1–147； UniProt 8–154 作者链 FFF； PDB构建体 1–147； UniProt 8–154 作者链 GGG； PDB构建体 1–147； UniProt 8–154

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7pwx
沉积日期 deposition_date	2021-10-07
结构标题 title	dUTPase from M. tuberculosis in complex with Stl
关键词 keywords	dUTPase, dUTP, DNA, Mycobacterium tuberculosis, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7pwx__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7pwx__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7pwx__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	30.23 Å
Rg（电子密度）	29.14 Å
总 Rg	29.76 Å
原子数	6039
残基数	811
排除体积	107560 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7pwx__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`7pwx__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase ;
分子量 formula_weight	14209.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.1.23
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	HHH,III,JJJ,KKK,LLL,MMM
原子数 atom_count	12287

MSTTLAIVRLDPGLPLPSRAHDGDAGVDLYSAEDVELAPGRRALVRTGVAVAVPFGMVGLVHPRSGLATRVGLSIVNSPGTIDAGYRGEIKVALINLDPAAPIVVHRGDRIAQLLVQRVELVELVEVSSFDEAGLA

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis H37Rv
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83332
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Orf20
分子量 formula_weight	17179.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	CCC,DDD,EEE,FFF,GGG,AAA

AELPTHYGTIIKTLRKYMKLTQSKLSERTGFSQNTISNHENGNRNIGVNEIEIYGKGLGIPSYILHRISDEFKEKGYSPTLNDFGKFDKMYSYVNKAYYNDGDIYYSSYDLYDETIKLLELLKESKINVNDIDYDYVLKLYKQILST

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	95

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晶胞边长 a length_a	79.407 Å
晶胞边长 b length_b	150.429 Å
晶胞边长 c length_c	107.370 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.85 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.750 Å
最低分辨率 resolution_low	75.328 Å
R 因子 r_factor	0.2037
R_work r_work	0.2007
R_free r_free	0.2587

dUTPase from M. tuberculosis in complex with Stl

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Orf20

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7pwx__assembly_2__model_1

7pwx__assembly_2__model_1 | I(q)

7pwx__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

dUTPase from M. tuberculosis in complex with Stl

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Orf20

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7pwx__assembly_2__model_1

7pwx__assembly_2__model_1 | I(q)

7pwx__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 引用文献 (1)