7q5t

The tandem SH2 domains of SYK with a bound FCER1G diphospho-ITAM peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 119.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein kinase SYK

Homo sapiens

UniProt P43405

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 AAA; UniProt 6–269 未记录 High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit gamma × 1 (P30273) PO4 PHOSPHATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;30 mM sodium nitrate, 30 mM dibasic sodium phosphate, 30 mM ammonium sulphate, 100 mM Tris/BICINE, 10% PEG 20,000, 20% PEG 500 MME 分辨率 2.20 Å R-free 0.255
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 BBB; UniProt 6–269 未记录 High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit gamma × 1 (P30273) PO4 PHOSPHATE ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;30 mM sodium nitrate, 30 mM dibasic sodium phosphate, 30 mM ammonium sulphate, 100 mM Tris/BICINE, 10% PEG 20,000, 20% PEG 500 MME 分辨率 2.20 Å R-free 0.255
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 CCC; UniProt 6–269 未记录 High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit gamma × 1 (P30273) PO4 PHOSPHATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;30 mM sodium nitrate, 30 mM dibasic sodium phosphate, 30 mM ammonium sulphate, 100 mM Tris/BICINE, 10% PEG 20,000, 20% PEG 500 MME 分辨率 2.20 Å R-free 0.255
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 DDD; UniProt 6–269 未记录 High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit gamma × 1 (P30273) PO4 PHOSPHATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;30 mM sodium nitrate, 30 mM dibasic sodium phosphate, 30 mM ammonium sulphate, 100 mM Tris/BICINE, 10% PEG 20,000, 20% PEG 500 MME 分辨率 2.20 Å R-free 0.255
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 EEE; UniProt 6–269 未记录 High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit gamma × 1 (P30273) PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;30 mM sodium nitrate, 30 mM dibasic sodium phosphate, 30 mM ammonium sulphate, 100 mM Tris/BICINE, 10% PEG 20,000, 20% PEG 500 MME 分辨率 2.20 Å R-free 0.255
6 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 FFF; UniProt 6–269 未记录 High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit gamma × 1 (P30273) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;30 mM sodium nitrate, 30 mM dibasic sodium phosphate, 30 mM ammonium sulphate, 100 mM Tris/BICINE, 10% PEG 20,000, 20% PEG 500 MME 分辨率 2.20 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 92 个其他 PDB 条目、129 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KSYK_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 AAA; PDB构建体 2–265; UniProt 6–269 作者链 BBB; PDB构建体 2–265; UniProt 6–269 作者链 CCC; PDB构建体 2–265; UniProt 6–269 作者链 DDD; PDB构建体 2–265; UniProt 6–269 作者链 EEE; PDB构建体 2–265; UniProt 6–269 作者链 FFF; PDB构建体 2–265; UniProt 6–269

High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit gamma

物种未注明

UniProt P30273

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 JJJ; UniProt 62–81 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Tyrosine-protein kinase SYK × 1 (P43405) PO4 PHOSPHATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;30 mM sodium nitrate, 30 mM dibasic sodium phosphate, 30 mM ammonium sulphate, 100 mM Tris/BICINE, 10% PEG 20,000, 20% PEG 500 MME 分辨率 2.20 Å R-free 0.255
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 KKK; UniProt 62–81 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Tyrosine-protein kinase SYK × 1 (P43405) PO4 PHOSPHATE ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;30 mM sodium nitrate, 30 mM dibasic sodium phosphate, 30 mM ammonium sulphate, 100 mM Tris/BICINE, 10% PEG 20,000, 20% PEG 500 MME 分辨率 2.20 Å R-free 0.255
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 HHH; UniProt 62–81 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Tyrosine-protein kinase SYK × 1 (P43405) PO4 PHOSPHATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;30 mM sodium nitrate, 30 mM dibasic sodium phosphate, 30 mM ammonium sulphate, 100 mM Tris/BICINE, 10% PEG 20,000, 20% PEG 500 MME 分辨率 2.20 Å R-free 0.255
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 III; UniProt 62–81 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Tyrosine-protein kinase SYK × 1 (P43405) PO4 PHOSPHATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;30 mM sodium nitrate, 30 mM dibasic sodium phosphate, 30 mM ammonium sulphate, 100 mM Tris/BICINE, 10% PEG 20,000, 20% PEG 500 MME 分辨率 2.20 Å R-free 0.255
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 GGG; UniProt 62–81 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Tyrosine-protein kinase SYK × 1 (P43405) PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;30 mM sodium nitrate, 30 mM dibasic sodium phosphate, 30 mM ammonium sulphate, 100 mM Tris/BICINE, 10% PEG 20,000, 20% PEG 500 MME 分辨率 2.20 Å R-free 0.255
6 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 LLL; UniProt 62–81 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Tyrosine-protein kinase SYK × 1 (P43405) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;30 mM sodium nitrate, 30 mM dibasic sodium phosphate, 30 mM ammonium sulphate, 100 mM Tris/BICINE, 10% PEG 20,000, 20% PEG 500 MME 分辨率 2.20 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FCERG_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 GGG; PDB构建体 1–20; UniProt 62–81 作者链 HHH; PDB构建体 1–20; UniProt 62–81 作者链 III; PDB构建体 1–20; UniProt 62–81 作者链 JJJ; PDB构建体 1–20; UniProt 62–81 作者链 KKK; PDB构建体 1–20; UniProt 62–81 作者链 LLL; PDB构建体 1–20; UniProt 62–81

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7q5t

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7q5t
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7q5t
沉积日期 deposition_date2021-11-04
结构标题 titleThe tandem SH2 domains of SYK with a bound FCER1G diphospho-ITAM peptide
关键词 keywordsSignalling, kinase, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier38.91
回转半径 Rg (电子) rg_electron38.27
零角强度 I(0) i0547758000.00
分子量 molecular_weight186850.0 kDa
排除体积 excluded_volume232580 ų
包络体积 envelope_volume326590 ų
水化壳体积 shell_volume69287 ų
包络直径 envelope_diameter128.7
壳层 Rg shell_rg45.92
包络 Rg envelope_rg37.25
形状 Rg shape_rg38.27
总 Rg total_rg38.76
总原子数 total_atoms13154
残基数 n_residues1618
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax119.3
Rg (实空间) rg_real38.59
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.56
I(0) (实空间) i0_real5.4780e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.9330e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal38.79
I(0) (倒空间) i0_reciprocal547900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8886
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary49.5
偏度 Skewness skewness0.083
峰度 Kurtosis kurtosis-0.426
角度范围 angular_range— – 0.2050 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha44360000.0000
实空间数据点数 n_real_points42
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.904; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.961; Smooth: 0.874

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)