7qbm

Structure of the activation intermediate of cathepsin K in complex with the 3-cyano-3-aza-beta-amino acid inhibitor Gu2602

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 66.5 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cathepsin K

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 114–329 链 P； UniProt 16–89	未记录	A0U ~{tert}-butyl ~{N}-[iminomethyl-[2-[methyl-(phenylmethyl)amino]-2-oxidanylidene-ethyl]amino]carbamate × 1 ACT ACETATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；10% PEG 8000, 20% ethylene glycol, 0.02 M sodium formate, 0.02 M ammonium acetate, 0.02 M trisodium citrate, 0.02 M sodium potassium L-tartrate, 0.02 M sodium oxamate, 0.1 M MES/imidazole pH 6.5	分辨率 1.88 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7QBM	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1ATK CRYSTAL STRUCTURE OF THE CYSTEINE PROTEASE HUMAN CATHEPSIN K IN COMPLEX WITH THE COVALENT INHIBITOR E-64 提交 1996-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–329（215 aa）	未记录	E64 N-[N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-BUTYL]-GUANIDINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.2；PROTEIN CRYSTALLIZED FROM 10% PEG 8000, 0.1 M NA/K PHOSPHATE AT PH 6.2 CONTAINING 0.2 M NACL AT ROOM TEMPERATURE BY VAPOR DIFFUSION., vapor diffusion	分辨率 2.20 Å R-free 0.310
1AU0 CRYSTAL STRUCTURE OF THE CYSTEINE PROTEASE HUMAN CATHEPSIN K IN COMPLEX WITH A COVALENT SYMMETRIC DIACYLAMINOMETHYL KETONE INHIBITOR 提交 1997-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–329（215 aa）	未记录	SDK 1,3-BIS[[N-[(PHENYLMETHOXY)CARBONYL]-L-LEUCYL]AMINO]-2-PROPANONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.2；10% ISOPROPANOL,0.1M NAPO4-CITRATE, PH4.2	分辨率 2.60 Å R-free 0.365
1AU2 CRYSTAL STRUCTURE OF THE CYSTEINE PROTEASE HUMAN CATHEPSIN K IN COMPLEX WITH A COVALENT PROPANONE INHIBITOR 提交 1997-09-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–329（215 aa）	未记录	POS 1-[[(4-PHENOXYPHENYL)SULFONYL]AMINO]-3-[[N/N-(4-PYRIDINYLCARBONYL)-L-LEUCYL]AMINO]-2-PROPANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；18% PEG 8000, 0.12M LI2SO4, 0.06M SODIUM ACETATE, PH 4.5	分辨率 2.60 Å R-free 0.333
1AU3 CRYSTAL STRUCTURE OF THE CYSTEINE PROTEASE HUMAN CATHEPSIN K IN COMPLEX WITH A COVALENT PYRROLIDINONE INHIBITOR 提交 1997-09-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–329（215 aa）	未记录	PCM 1-[N[(PHENYLMETHOXY)CARBONYL]-L-LEUCYL-4-[[N/N-[(PHENYLMETHOXY)CARBONYL]-/NL-LEUCYL]AMINO]-3-PYRROLIDINONE/N × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；28% MPD, 0.1M MES, 0.1M TRIS-HCL, PH 7.0	分辨率 2.50 Å R-free 0.353
1AU4 CRYSTAL STRUCTURE OF THE CYSTEINE PROTEASE HUMAN CATHEPSIN K IN COMPLEX WITH A COVALENT PYRROLIDINONE INHIBITOR 提交 1997-09-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–329（215 aa）	未记录	INP 4-[[N-[(PHENYLMETHOXY)CARBONYL]-/NL/N-LEUCYL]AMINO]-1[(2S)-2-[[[4-(PYRIDINYLMETHOXY)CARBONYL]AMINO]-4-METHYLPENT/NYL]-3-PYRROLIDINONE/N × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；30% MPD, 0.1M MES, 0.1M TRIS, PH 7.0	分辨率 2.30 Å R-free 0.370
1AYU CRYSTAL STRUCTURE OF CYSTEINE PROTEASE HUMAN CATHEPSIN K IN COMPLEX WITH A COVALENT SYMMETRIC BISCARBOHYDRAZIDE INHIBITOR 提交 1997-11-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–329（215 aa）	未记录	INA 1,5-BIS(N-BENZYLOXYCARBONYL-L-LEUCINYL)CARBOHYDRAZIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；30% MPD, 0.1M MES, 0.1M TRIS-HCL, PH7.0	分辨率 2.20 Å R-free 0.318
1AYV CRYSTAL STRUCTURE OF CYSTEINE PROTEASE HUMAN CATHEPSIN K IN COMPLEX WITH A COVALENT THIAZOLHYDRAZIDE INHIBITOR 提交 1997-11-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–329（215 aa）	未记录	IN6 N-[2-[1-(N-BENZYLOXYCARBONYLAMINO)-3-METHYLBUTYL]THIAZOL-4-YLCARBONYL]-N'-(BENZYLOXYCARBONYL-L-LEUCINYL)HYDRAZIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；30% MPD, 0.1M MES, 0.1M TRIS-HCL, PH7.0	分辨率 2.30 Å R-free 0.312
1AYW CRYSTAL STRUCTURE OF CYSTEINE PROTEASE HUMAN CATHEPSIN K IN COMPLEX WITH A COVALENT BENZYLOXYBENZOYLCARBOHYDRAZIDE INHIBITOR 提交 1997-11-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–329（215 aa）	未记录	IN3 1-(N-BENZYLOXYCARBONYL-L-LEUCINYL)-5-(3-BENZYLOXY BENZOYL)CARBOHYDRAZIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；22.5% PEG 8000, 0.075M SODIUM ACETATE, 0.15M LITHIUM ACETATE, PH4.5	分辨率 2.40 Å R-free 0.379
1BGO CRYSTAL STRUCTURE OF CYSTEINE PROTEASE HUMAN CATHEPSIN K IN COMPLEX WITH A COVALENT PEPTIDOMIMETIC INHIBITOR 提交 1998-05-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–329（215 aa）	未记录	I10 1-[2-(3-BIPHENYL)-4-METHYLVALERYL)]AMINO-3-(2-PYRIDYLSULFONYL)AMINO-2-PROPANONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.296
1BY8 THE CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PROCATHEPSIN K 提交 1998-10-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–329（314 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；8-10 % PEG 6000, 0.1M NA CITRATE, PH 5.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.344
1MEM Crystal structure of Cathepsin K complexed with a potent vinyl sulfone inhibitor 提交 1997-01-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–329（215 aa）	未记录	0D6 N-{(1R)-3-phenyl-1-[2-(phenylsulfonyl)ethyl]propyl}-N~2~-(piperazin-1-ylcarbonyl)-L-leucinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；MG FORMATE, UNBUFFERED, pH 6.0	分辨率 1.80 Å
1NL6 Crystal Structure Of The Cysteine Protease Human Cathepsin K In Complex With A Covalent Azepanone Inhibitor 提交 2003-01-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–329（215 aa）	未记录	750 5-(2-MORPHOLIN-4-YLETHOXY)BENZOFURAN-2-CARBOXYLIC ACID ((S)-3-METHYL-1-{(S)-3-OXO-1-[2-(3-PYRIDIN-2-YLPHENYL)ACETYL]AZEPAN-4-YLCARBAMOYL}BUTYL)AMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；10% PEG 8000, 0.1 M imidazole, 0.2 M calcium acetate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.298
1NL6 Crystal Structure Of The Cysteine Protease Human Cathepsin K In Complex With A Covalent Azepanone Inhibitor 提交 2003-01-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 115–329（215 aa）	未记录	750 5-(2-MORPHOLIN-4-YLETHOXY)BENZOFURAN-2-CARBOXYLIC ACID ((S)-3-METHYL-1-{(S)-3-OXO-1-[2-(3-PYRIDIN-2-YLPHENYL)ACETYL]AZEPAN-4-YLCARBAMOYL}BUTYL)AMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；10% PEG 8000, 0.1 M imidazole, 0.2 M calcium acetate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.298
1NLJ CRYSTAL STRUCTURE OF THE CYSTEINE PROTEASE HUMAN CATHEPSIN K IN COMPLEX WITH A COVALENT AZEPANONE INHIBITOR 提交 2003-01-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–329（215 aa）	未记录	2CA BENZOFURAN-2-CARBOXYLIC ACID {(S)-3-METHYL-1-[3-OXO-1-(PYRIDIN-2-YLSULFONYL)AZEPAN-4-YLCARBAMOYL]BUTYL}AMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；30% MPD, 0.1 M MES,0.1 M tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.295
1NLJ CRYSTAL STRUCTURE OF THE CYSTEINE PROTEASE HUMAN CATHEPSIN K IN COMPLEX WITH A COVALENT AZEPANONE INHIBITOR 提交 2003-01-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 115–329（215 aa）	未记录	2CA BENZOFURAN-2-CARBOXYLIC ACID {(S)-3-METHYL-1-[3-OXO-1-(PYRIDIN-2-YLSULFONYL)AZEPAN-4-YLCARBAMOYL]BUTYL}AMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；30% MPD, 0.1 M MES,0.1 M tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.295
1Q6K Cathepsin K complexed with t-butyl(1S)-1-cyclohexyl-2-oxoethylcarbamate 提交 2003-08-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–329（215 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 TCO TERT-BUTYL(1S)-1-CYCLOHEXYL-2-OXOETHYLCARBAMATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；0.2 M ammonium sulfate, 30% PEG8000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.10 Å
1SNK Cathepsin K complexed with carbamate derivatized norleucine aldehyde 提交 2004-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 116–329（214 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 MYE N2-({[(4-BROMOPHENYL)METHYL]OXY}CARBONYL)-N1-[(1S)-1-FORMYLPENTYL]-L-LEUCINAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；295 K；0.2M ammonium sulfate, 30% PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K, pH 6.50	分辨率 2.40 Å R-free 0.286
1TU6 Cathepsin K complexed with a ketoamide inhibitor 提交 2004-06-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 115–329（215 aa）片段：cathepsin K: mature form (residues 115-329) 链 B 115–329（215 aa）片段：cathepsin K: mature form (residues 115-329)	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 FSP [1-(4-FLUOROBENZYL)CYCLOBUTYL]METHYL (1S)-1-[OXO(1H-PYRAZOL-5-YLAMINO)ACETYL]PENTYLCARBAMATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2M ammonium sulfate, 30% PEG8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.75 Å R-free 0.214
1U9V Crystal Structure of the Cysteine Protease Human Cathepsin K in Complex with the Covalent Inhibitor NVP-ABE854 提交 2004-08-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 113–329（217 aa）	未记录	IHE 6-(CYCLOHEXYLAMINO)-9-[2-(4-METHYLPIPERAZIN-1-YL)-ETHYL]-9H-PURINE-2-CARBONITRILE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.7；293 K；PEG 4000, Tris, magnesium chloride, pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.231
1U9W Crystal Structure of the Cysteine Protease Human Cathepsin K in Complex with the Covalent Inhibitor NVP-ABI491 提交 2004-08-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 113–329（217 aa）	未记录	IHI 9-CYCLOPENTYL-6-[2-(3-IMIDAZOL-1-YL-PROPOXY)-PHENYLAMINO]-9H-PURINE-2-CARBONITRILE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；PEG 4000, Tris, Lithium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.226
1U9X Crystal Structure of the Cysteine Protease Human Cathepsin K in Complex with the Covalent Inhibitor NVP-ABJ688 提交 2004-08-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 113–329（217 aa）	未记录	IHJ 9-CYCLOPENTYL-6-{2-[3-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YL)-PROPOXY]-PHENYLAMINO}-9H-PURINE-2-CARBONITRILE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；sodium citrate, hepes, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.217
1VSN Crystal structure of a potent small molecule inhibitor bound to cathepsin K 提交 2007-03-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–329（215 aa）片段：cathepsin K	未记录	NFT N-(2-AMINOETHYL)-N~2~-{(1S)-1-[4'-(AMINOSULFONYL)BIPHENYL-4-YL]-2,2,2-TRIFLUOROETHYL}-L-LEUCINAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；Mg formate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.209
1YK7 Cathepsin K complexed with a cyanopyrrolidine inhibitor 提交 2005-01-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–329（215 aa）片段：mature form of cathepsin K (sequence database residues 115-329)	未记录	NBL N2-[(BENZYLOXY)CARBONYL]-N1-[(3S)-1-CYANOPYRROLIDIN-3-YL]-L-LEUCINAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M ammonium sulfate, 30% PEG8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.270
1YK8 Cathepsin K complexed with a cyanamide-based inhibitor 提交 2005-01-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–329（215 aa）片段：sequence database residues 115-329	未记录	T2M TERT-BUTYL 2-CYANO-2-METHYLHYDRAZINECARBOXYLATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M ammonium sulfate, 30% PEG8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.277
1YT7 Cathepsin K complexed with a constrained ketoamide inhibitor 提交 2005-02-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–329（215 aa）片段：sequence database residues 115-329	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 3FC (1R)-2,2-DIMETHYL-1-({5-[4-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL]-1,3,4-OXADIAZOL-2-YL}METHYL)PROPYL (1S)-1-{OXO[(2-OXO-1,3-OXAZOLIDIN-3-YL)AMINO]ACETYL}PENTYLCARBAMATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2M AMMONIUM SULFATE, 30% PEG8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.251
2ATO Crystal structure of Human Cathepsin K in complex with myocrisin 提交 2005-08-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–329（215 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 MYQ (S)-(1,2-DICARBOXYETHYLTHIO)GOLD × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；298 K；22% MPD, 100 mM acetate buffer, 20 mM CaCl2, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.198
2AUX Cathepsin K complexed with a semicarbazone inhibitor 提交 2005-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–329（215 aa）片段：mature form of cathepsin K (residues 115-329)	未记录	CT1 (1R)-2-METHYL-1-(PHENYLMETHYL)PROPYL[(1S)-1-FORMYLPENTYL]CARBAMATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；0.2 M ammonium sulfate, 30% PEG8000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.40 Å R-free 0.253
2AUZ Cathepsin K complexed with a semicarbazone inhibitor 提交 2005-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–329（215 aa）片段：mature form of cathepsin K (residues 115-329)	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 CT2 1-(PHENYLMETHYL)CYCLOPENTYL[(1S)-1-FORMYLPENTYL]CARBAMATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；0.2M ammonium sulfate, 30% PEG8000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 2.30 Å R-free 0.239
2BDL Cathepsin K complexed with a pyrrolidine ketoamide-based inhibitor 提交 2005-10-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–329（215 aa）片段：mature form of cathepsin K (residues 115-329)	未记录	4PR (3S)-1-{[(3,5-DIMETHYLISOXAZOL-4-YL)AMINO]CARBONYL}-4,4-DIMETHYLPYRROLIDIN-3-YL{(1S)-1-[1-HYDROXY-2-OXO-2-{[(1R)-1-PHENYLETHYL]AMINO}ETHYL]PENTYL}CARBAMATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；0.2 M ammonium sulfate, 30% PEG8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.00 Å R-free 0.241
2R6N Crystal structure of a pyrrolopyrimidine inhibitor in complex with human Cathepsin K 提交 2007-09-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 113–329（217 aa）	未记录	CKE 1-{7-cyclohexyl-6-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)benzyl]-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-2-yl}methanamine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；20 % PEG 4000, 10 % Isopropanol, 0.1 M HEPES pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 1.95 Å R-free 0.184
3C9E Crystal structure of the cathepsin K : chondroitin sulfate complex. 提交 2008-02-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 115–329（215 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 E64 N-[N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-BUTYL]-GUANIDINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；295 K；Cathepsin K:chondroitin sulfate complex was made at 1:1 ratio. Precipitant contained 30% MPD, 0.1M sodium acetate buffer, 20mM calcium chloride, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.80 Å R-free 0.209
3H7D The crystal structure of the cathepsin K Variant M5 in complex with chondroitin-4-sulfate 提交 2009-04-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–329（215 aa）片段：UNP residues 115-329	突变：K9E, I171E, Q172S, N190M, K191G, L195K	CA CALCIUM ION × 1 E64 N-[N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-BUTYL]-GUANIDINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；30% MPD, 0.1M acetate buffer, 20mM CaCl2, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.24 Å R-free 0.238
3H7D The crystal structure of the cathepsin K Variant M5 in complex with chondroitin-4-sulfate 提交 2009-04-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 115–329（215 aa）片段：UNP residues 115-329	突变：K9E, I171E, Q172S, N190M, K191G, L195K	CA CALCIUM ION × 1 E64 N-[N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-BUTYL]-GUANIDINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；30% MPD, 0.1M acetate buffer, 20mM CaCl2, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.24 Å R-free 0.238
3H7D The crystal structure of the cathepsin K Variant M5 in complex with chondroitin-4-sulfate 提交 2009-04-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 115–329（215 aa）片段：UNP residues 115-329	突变：K9E, I171E, Q172S, N190M, K191G, L195K	CA CALCIUM ION × 2 E64 N-[N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-BUTYL]-GUANIDINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；30% MPD, 0.1M acetate buffer, 20mM CaCl2, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.24 Å R-free 0.238
3H7D The crystal structure of the cathepsin K Variant M5 in complex with chondroitin-4-sulfate 提交 2009-04-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 115–329（215 aa）片段：UNP residues 115-329	突变：K9E, I171E, Q172S, N190M, K191G, L195K	CA CALCIUM ION × 2 E64 N-[N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-BUTYL]-GUANIDINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；30% MPD, 0.1M acetate buffer, 20mM CaCl2, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.24 Å R-free 0.238
3KW9 X-ray structure of Cathepsin K covalently bound to a triazine ligand 提交 2009-12-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–329（215 aa）片段：UNP residues 115 to 329	未记录	ORG 4-(cyclohexylamino)-6-piperazin-1-yl-1,3,5-triazine-2-carbonitrile × 1 TFA trifluoroacetic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 2.9；298 K；30% PEG4000, 0.2M Ammoniumsulphate pH2.9 cryoprotectant: crystallisation solution + 10% PEG4000 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.80 Å R-free 0.259
3KWB Structure of CatK covalently bound to a dioxo-triazine inhibitor 提交 2009-12-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 115–329（215 aa）片段：full length	突变：wild type	ORH 3,5-dioxo-4-(3-piperidin-1-ylpropyl)-2-[3-(trifluoromethyl)phenyl]-2,3,4,5-tetrahydro-1,2,4-triazine-6-carbonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 3.4；298 K；30%(W/V) PEG 4000 and 150 mM Ammonium Sulfate pH 3.4 3 microliter of protein at 10 mg/ml and 2 microliter of reservoir solution. , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.02 Å R-free 0.263
3KWB Structure of CatK covalently bound to a dioxo-triazine inhibitor 提交 2009-12-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 Y 115–329（215 aa）片段：full length	突变：wild type	ORH 3,5-dioxo-4-(3-piperidin-1-ylpropyl)-2-[3-(trifluoromethyl)phenyl]-2,3,4,5-tetrahydro-1,2,4-triazine-6-carbonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 3.4；298 K；30%(W/V) PEG 4000 and 150 mM Ammonium Sulfate pH 3.4 3 microliter of protein at 10 mg/ml and 2 microliter of reservoir solution. , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.02 Å R-free 0.263
3KWZ Cathepsin K in complex with a non-selective 2-cyano-pyrimidine inhibitor 提交 2009-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–329（215 aa）片段：UNP residues 115-329	未记录	SO4 SULFATE ION × 6 KWZ 4-(3-piperidin-1-ylpropyl)-6-[3-(trifluoromethyl)phenyl]pyrimidine-2-carbonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；26% PEG 4000, 0.1M Tris, 0.2M LiSO4, 15% PEG 400, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.49 Å R-free 0.299
3KX1 Cathepsin K in complex with a selective 2-cyano-pyrimidine inhibitor 提交 2009-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–329（215 aa）片段：UNP residues 115-329	未记录	KX1 4-cycloheptyl-6-(3-piperidin-1-ylpropyl)pyrimidine-2-carbonitrile × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 2.9；34% PEG 4000, 0.2M ammonium sulphate pH 2.9, 4% methanol , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.51 Å R-free 0.306
3O0U Cathepsin K covalently bound to a cyano-pyrimidine inhibitor with improved selectivity over hERG 提交 2010-07-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–329（215 aa）片段：UNP Residues 115-329	未记录	O47 3-{2-[(E)-iminomethyl]-6-propylpyrimidin-4-yl}-N,N-dimethyl-5-(trifluoromethyl)benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.9；298 K；8% PEG 4K, 0.2 M Ammonium Sulfate pH=3.9, 4% Methanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.217
3O1G Cathepsin K covalently bound to a 2-cyano pyrimidine inhibitor with a benzyl P3 group. 提交 2010-07-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–329（215 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 O75 N-benzyl-3-(2-cyano-6-propylpyrimidin-4-yl)-N-[2-(dimethylamino)ethyl]-5-(trifluoromethyl)benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；298 K；Cocrystallization. Protein solution: 20 mM NaAcetate pH 4.0, 0.2 M NaCl. Crystallization condition: 32% PEG 4K, 0.1 M Tris pH 8.4, 0.2 M LiSO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.65 Å R-free 0.198
3OVZ Cathepsin K in complex with a covalent inhibitor with a ketoamide warhead 提交 2010-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 121–329（209 aa）片段：UNP residues 121-329	未记录	O96 N-[(1S)-3-amino-1-ethyl-2,3-dioxopropyl]-2-chloro-4-(pyridin-2-ylmethoxy)-3-(trifluoromethyl)benzamide × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 298 K；0 mM NaAcetate pH=4.0, 0.3 M NaCl, 20% PEG4000, 0.2 M (NH4)2SO4, pH=2.9, 4% Methanol, Cryoprotectant composition:20% PEG4000, 0.1M (NH4)2SO4 pH=2.9, 4% Methanol, 20% PEG 400, pH 5, cocrystallization, hanging drop, temperature 398K	分辨率 2.02 Å R-free 0.308
4DMX Cathepsin K inhibitor 提交 2012-02-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–329（215 aa）片段：unp residues 115-329	未记录	0LB (1R,2R)-N-(1-cyanocyclopropyl)-2-{[4-(4-fluorophenyl)piperazin-1-yl]carbonyl}cyclohexanecarboxamide × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；293 K；PEG, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.206
4DMY Cathepsin K inhibitor 提交 2012-02-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–329（215 aa）片段：unp residues 115-329	未记录	0LC (1R,2R)-N-(1-cyanocyclopropyl)-2-[(8-fluoro-1,3,4,5-tetrahydro-2H-pyrido[4,3-b]indol-2-yl)carbonyl]cyclohexanecarboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；293 K；PEG, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 1.63 Å R-free 0.190
4DMY Cathepsin K inhibitor 提交 2012-02-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 115–329（215 aa）片段：unp residues 115-329	未记录	0LC (1R,2R)-N-(1-cyanocyclopropyl)-2-[(8-fluoro-1,3,4,5-tetrahydro-2H-pyrido[4,3-b]indol-2-yl)carbonyl]cyclohexanecarboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；293 K；PEG, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 1.63 Å R-free 0.190
4N79 Structure of Cathepsin K-dermatan sulfate complex 提交 2013-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–329（215 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；VAPOR DIFFUSION	分辨率 2.62 Å R-free 0.260
4N8W cathepsin K - chondroitin sulfate complex 提交 2013-10-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–329（215 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；290 K；24% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 100 mM sodium acetate and 100 mM calcium chloride, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 290K	分辨率 2.02 Å R-free 0.176
4X6H Development of N-(Functionalized benzoyl)-homocycloleucyl-glycinonitriles as Potent Cathepsin K Inhibitors. 提交 2014-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–329（215 aa）片段：UNP residues 115-329	未记录	3XT 4-amino-3-fluoro-N-(1-{[(2Z)-2-iminoethyl]carbamoyl}cyclohexyl)benzamide × 1 I37 4-amino-N-{1-[(cyanomethyl)carbamoyl]cyclohexyl}-3-fluorobenzamide × 1 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；295 K；0.1 M Tri-Sodium Citrate, 2.4 M Ammonium Sulfate	分辨率 1.00 Å R-free 0.166
4X6I Development of N-(Functionalized benzoyl)-homocycloleucyl-glycinonitriles as Potent Cathepsin K Inhibitors. 提交 2014-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–329（215 aa）片段：UNP RESIDUES 115-329	未记录	3Y1 2-amino-4-bromo-N-{1-[(cyanomethyl)carbamoyl]cyclohexyl}benzamide × 1 SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；Lithium sulfate 0.2M, Sodium acetate 0.1M, Peg 8000 30%	分辨率 1.87 Å R-free 0.237
4X6J Development of N-(Functionalized benzoyl)-homocycloleucyl-glycinonitriles as Potent Cathepsin K Inhibitors. 提交 2014-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–329（215 aa）片段：UNP RESIDUES 115-329	未记录	GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 PGO S-1,2-PROPANEDIOL × 3 3Y2 2-amino-4-chloro-N-(1-{[(2E)-2-iminoethyl]carbamoyl}cyclohexyl)benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；Potassium chloride 0.2M, HEPES 0.05M, 5/4 PO/OH 35%	分辨率 1.59 Å R-free 0.238
4YV8 Crystal structure of cathepsin K bound to the covalent inhibitor lichostatinal 提交 2015-03-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 115–329（215 aa）片段：UNP residues 115-329	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294.15 K；24% PEG 8000, 0.2M ammonium sulfate	分辨率 2.00 Å R-free 0.205
4YVA Cathepsin K co-crystallized with actinomycetes extract 提交 2015-03-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–329（215 aa）片段：UNP residues 115-329	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294.15 K；24% PEG 8000, 0.2M Ammonium sulfate	分辨率 1.80 Å R-free 0.210
5J94 Human cathepsin K mutant C25S in complex with the allosteric effector NSC13345 提交 2016-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 107–329（223 aa）	突变：C25S	1XF 2-{[(carbamoylsulfanyl)acetyl]amino}benzoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.2 M ammonium sulfate, 30% PEG 8000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.22 Å R-free 0.234
5JA7 Human cathepsin K mutant C25S in complex with the allosteric effector NSC94914 提交 2016-04-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 107–329（223 aa）	突变：C25S	6HM [([1,1'-biphenyl]-2-yl)methyl]propanedioic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.2 M ammonium sulfate, 30% (w/v) PEG-8000	分辨率 1.61 Å R-free 0.220
5JA7 Human cathepsin K mutant C25S in complex with the allosteric effector NSC94914 提交 2016-04-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 107–329（223 aa）	突变：C25S	6HM [([1,1'-biphenyl]-2-yl)methyl]propanedioic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.2 M ammonium sulfate, 30% (w/v) PEG-8000	分辨率 1.61 Å R-free 0.220
5JH3 Human cathepsin K mutant C25S 提交 2016-04-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 107–329（223 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；0.2 M ammonium sulfate, 30% (w/v) PEG-8000	分辨率 1.75 Å R-free 0.211
5TDI Crystal structure of Cathepsin K with a covalently-linked inhibitor at 1.4 Angstrom resolution. 提交 2016-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–329（215 aa）	突变：S49A	7AS 4-fluoro-N-{1-[(Z)-iminomethyl]cyclopropyl}-N~2~-{(1S)-2,2,2-trifluoro-1-[4'-(methylsulfonyl)[1,1'-biphenyl]-4-yl]ethyl }-L-leucinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；0.05 M cadmium sulfate hydrate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 1.0 M sodium acetate trihydrate	分辨率 1.40 Å R-free 0.171
5TUN Crystal structure of uninhibited human Cathepsin K at 1.62 Angstrom resolution 提交 2016-11-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–329（215 aa）片段：UNP residues 115-329	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.2；294.15 K；20% polyethylene glycol (PEG) 8000, 0.1 M phosphate/citrate pH 4.2 and 0.2 M sodium chloride	分辨率 1.62 Å R-free 0.195
5Z5O Structure of Pycnonodysostosis disease related I249T mutant of human cathepsin K 提交 2018-01-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 16–329（314 aa）链 B 16–88（73 aa）	突变：C139S/I249T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 16 SO4 SULFATE ION × 5 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 7 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100mM Na-K Phosphate 6.2, 20 % MPD, 12mM (NH4)2SO4, 10% PEG 3350	分辨率 1.92 Å R-free 0.204
6ASH Crystal structure of human Cathepsin K with a non-active site inhibitor at 1.42 Angstrom resolution 提交 2017-08-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–329（215 aa）片段：UNP residues 115-329	突变：S49A	1XF 2-{[(carbamoylsulfanyl)acetyl]amino}benzoic acid × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；295 K；8% polyethylene glycol (PEG) 4000, 0.1 M sodium acetate	分辨率 1.42 Å R-free 0.146
6HGY CRYSTAL STRUCTURE OF CATHEPSIN K WITH N-DESMETHYL THALASSOSPIRAMIDE C 提交 2018-08-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–329（215 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	未记录	G4B THALASSOSPIRAMIDE C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；0.05M MES pH 6.0, 0.1M Na-Oxalate, 0.1M CaCl2	分辨率 2.20 Å R-free 0.310
6PXF Structure of human Cathepsin K with an ectosteric inhibitor at 1.85 Angstrom resolution 提交 2019-07-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–329（215 aa）	突变：S49A	J0V 1,6,6-trimethyl-10,11-dioxo-6,7,8,9,10,11-hexahydrophenanthro[1,2-b]furan-2-sulfonic acid × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；295 K；0.04 M Potassium phosphate monobasic, 16% w/v PEG8000, 20% v/v glycerol	分辨率 1.85 Å R-free 0.188
6QBS The Alkyne Moiety as a Latent Electrophile in Irreversible Covalent Small Molecule Inhibitors of Cathepsin K 提交 2018-12-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 115–329（215 aa）链 B 115–329（215 aa）	未记录	HVW (2~{S})-4-methyl-~{N}-prop-2-enyl-2-[[(1~{S})-2,2,2-tris(fluoranyl)-1-[4-(4-methylsulfonylphenyl)phenyl]ethyl]amino]pentanamide × 2 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295.15 K；0.2 M CaCl2, 20 % PEG-3350	分辨率 1.70 Å R-free 0.210
6QL8 Cathepsin-K in complex with MIV-711 提交 2019-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 113–329（217 aa）	未记录	J5N ~{N}-[(2~{S})-1-[(3~{R},3~{a}~{R},6~{R},6~{a}~{R})-6-ethynyl-3-oxidanyl-2,3,3~{a},5,6,6~{a}-hexahydrofuro[3,2-b]pyrrol-4-yl]-4-methyl-1-oxidanylidene-pentan-2-yl]-4-[5-fluoranyl-2-(4-methylpiperazin-1-yl)-1,3-thiazol-4-yl]benzamide × 1 NO3 NITRATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；100mM ADA pH6.0, 500mM ammonium nitrate, 17% PEG 3350	分辨率 1.80 Å R-free 0.181
6QLM Cathepsin-K in complex with MIV-701 提交 2019-02-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 114–329（216 aa）	未记录	HFH ~{N}-[(2~{S})-1-[(3~{R},3~{a}~{R},6~{S},6~{a}~{S})-6-fluoranyl-3-oxidanyl-2,3,3~{a},5,6,6~{a}-hexahydrofuro[3,2-b]pyrrol-4-yl]-4-methyl-1-oxidanylidene-pentan-2-yl]-4-[2-(4-methylpiperazin-1-yl)-1,3-thiazol-4-yl]benzamide × 1 GOL GLYCEROL × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；291 K；25mM ADA pH6.1, 300mM NaCl & 20% PEG 5k.mme	分辨率 1.50 Å R-free 0.142
6QLM Cathepsin-K in complex with MIV-701 提交 2019-02-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 114–329（216 aa）	未记录	HFH ~{N}-[(2~{S})-1-[(3~{R},3~{a}~{R},6~{S},6~{a}~{S})-6-fluoranyl-3-oxidanyl-2,3,3~{a},5,6,6~{a}-hexahydrofuro[3,2-b]pyrrol-4-yl]-4-methyl-1-oxidanylidene-pentan-2-yl]-4-[2-(4-methylpiperazin-1-yl)-1,3-thiazol-4-yl]benzamide × 1 MHA (CARBAMOYLMETHYL-CARBOXYMETHYL-AMINO)-ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；291 K；25mM ADA pH6.1, 300mM NaCl & 20% PEG 5k.mme	分辨率 1.50 Å R-free 0.142
6QLW Cathepsin-K in complex with MIV-710 提交 2019-02-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 114–329（216 aa）	未记录	J5T ~{N}-[(2~{S})-1-[(3~{R},3~{a}~{R},6~{R},6~{a}~{S})-6-chloranyl-3-oxidanyl-2,3,3~{a},5,6,6~{a}-hexahydrofuro[3,2-b]pyrrol-4-yl]-4-methyl-1-oxidanylidene-pentan-2-yl]-4-[5-fluoranyl-2-(4-methylpiperazin-1-yl)-1,3-thiazol-4-yl]benzamide × 1 CL CHLORIDE ION × 3 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；291 K；25mM ADA pH6.1, 250mM sodium nitrate and 20% PEG 5k.mme	分辨率 2.00 Å R-free 0.225
6QLW Cathepsin-K in complex with MIV-710 提交 2019-02-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 114–329（216 aa）	未记录	J5T ~{N}-[(2~{S})-1-[(3~{R},3~{a}~{R},6~{R},6~{a}~{S})-6-chloranyl-3-oxidanyl-2,3,3~{a},5,6,6~{a}-hexahydrofuro[3,2-b]pyrrol-4-yl]-4-methyl-1-oxidanylidene-pentan-2-yl]-4-[5-fluoranyl-2-(4-methylpiperazin-1-yl)-1,3-thiazol-4-yl]benzamide × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；291 K；25mM ADA pH6.1, 250mM sodium nitrate and 20% PEG 5k.mme	分辨率 2.00 Å R-free 0.225
6QLW Cathepsin-K in complex with MIV-710 提交 2019-02-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 114–329（216 aa）	未记录	J5T ~{N}-[(2~{S})-1-[(3~{R},3~{a}~{R},6~{R},6~{a}~{S})-6-chloranyl-3-oxidanyl-2,3,3~{a},5,6,6~{a}-hexahydrofuro[3,2-b]pyrrol-4-yl]-4-methyl-1-oxidanylidene-pentan-2-yl]-4-[5-fluoranyl-2-(4-methylpiperazin-1-yl)-1,3-thiazol-4-yl]benzamide × 1 CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；291 K；25mM ADA pH6.1, 250mM sodium nitrate and 20% PEG 5k.mme	分辨率 2.00 Å R-free 0.225
6QLW Cathepsin-K in complex with MIV-710 提交 2019-02-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 114–329（216 aa）	未记录	J5T ~{N}-[(2~{S})-1-[(3~{R},3~{a}~{R},6~{R},6~{a}~{S})-6-chloranyl-3-oxidanyl-2,3,3~{a},5,6,6~{a}-hexahydrofuro[3,2-b]pyrrol-4-yl]-4-methyl-1-oxidanylidene-pentan-2-yl]-4-[5-fluoranyl-2-(4-methylpiperazin-1-yl)-1,3-thiazol-4-yl]benzamide × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；291 K；25mM ADA pH6.1, 250mM sodium nitrate and 20% PEG 5k.mme	分辨率 2.00 Å R-free 0.225
6QLX Cathepsin-K in complex with fluoro-oxa-azabicyclo[3.3.0]octanyl containing inhibitor 提交 2019-02-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 114–329（216 aa）	未记录	HKH ~{N}-[(2~{S})-1-[(3~{R},3~{a}~{R},6~{S},6~{a}~{S})-6-fluoranyl-3-oxidanyl-2,3,3~{a},5,6,6~{a}-hexahydrofuro[3,2-b]pyrrol-4-yl]-4-methyl-1-oxidanylidene-pentan-2-yl]-4-thiophen-2-yl-benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；291 K；25mM ADA pH6.1, 400mM sodium chloride and 20% PEG 5k.mme	分辨率 2.10 Å R-free 0.237
6QM0 Cathepsin-K in complex with amino-oxaazabicyclo[3.3.0]octanyl containing inhibitor 提交 2019-02-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 114–329（216 aa）	未记录	MHA (CARBAMOYLMETHYL-CARBOXYMETHYL-AMINO)-ACETIC ACID × 1 J6B ~{N}-[(2~{S})-1-[(3~{R},3~{a}~{R},6~{R},6~{a}~{R})-6-azanyl-3-oxidanyl-2,3,3~{a},5,6,6~{a}-hexahydrofuro[3,2-b]pyrrol-4-yl]-4-methyl-1-oxidanylidene-pentan-2-yl]-3-fluoranyl-4-[2-(4-methylpiperazin-1-yl)-1,3-thiazol-4-yl]benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；291 K；25mM ADA pH6.1, 250mM sodium nitrate and 20% PEG 5k.mme	分辨率 1.90 Å R-free 0.174
6QM0 Cathepsin-K in complex with amino-oxaazabicyclo[3.3.0]octanyl containing inhibitor 提交 2019-02-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 114–329（216 aa）	未记录	J6B ~{N}-[(2~{S})-1-[(3~{R},3~{a}~{R},6~{R},6~{a}~{R})-6-azanyl-3-oxidanyl-2,3,3~{a},5,6,6~{a}-hexahydrofuro[3,2-b]pyrrol-4-yl]-4-methyl-1-oxidanylidene-pentan-2-yl]-3-fluoranyl-4-[2-(4-methylpiperazin-1-yl)-1,3-thiazol-4-yl]benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；291 K；25mM ADA pH6.1, 250mM sodium nitrate and 20% PEG 5k.mme	分辨率 1.90 Å R-free 0.174
7NXL Structure of human cathepsin K in complex with the acrylamide inhibitor Gu3110 提交 2021-03-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 114–329（216 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 UUK tert-butyl (1-((4-(dibenzylamino)-4-oxobutyl)amino)-4-methyl-1-oxopentan-2-yl)carbamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；Composition of reservoir solution was 0.1 M MES/imidazole buffer, containing: 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD 0.03 M of each NPS (a mix containing sodium nitrate, disodium hydrogen phosphate and ammonium sulfate) additives, pH 6.5. Morpheus C4 condition	分辨率 1.80 Å R-free 0.209
7NXM Structure of human cathepsin K in complex with the selective activity-based probe Gu3416 提交 2021-03-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 114–329（216 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 UUW N-(4-(dibenzylamino)-4-oxobutyl)-2-(5-(dimethylamino)pentanamido)-4-methylpentanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；Composition of reservoir solution was 0.1 M MES/imidazole buffer, containing: 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD 0.03 M of each NPS (a mix containing sodium nitrate, disodium hydrogen phosphate and ammonium sulfate) additives, pH 6.5. Morpheus C4 condition	分辨率 1.72 Å R-free 0.178
7PCK CRYSTAL STRUCTURE OF WILD TYPE HUMAN PROCATHEPSIN K 提交 1998-10-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 16–329（314 aa）链 C 16–329（314 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；100 MM TRIS-HCL, 5% 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL, 12 MM AMMONIUM SULPHATE AND 9% PEG, pH 7.0	分辨率 3.20 Å R-free 0.253
7PCK CRYSTAL STRUCTURE OF WILD TYPE HUMAN PROCATHEPSIN K 提交 1998-10-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 16–329（314 aa）链 D 16–329（314 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；100 MM TRIS-HCL, 5% 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL, 12 MM AMMONIUM SULPHATE AND 9% PEG, pH 7.0	分辨率 3.20 Å R-free 0.253
7QBL Structure of cathepsin K in complex with the 3-cyano-3-aza-beta-amino acid inhibitor Gu2602 提交 2021-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–329（215 aa）	未记录	A0U ~{tert}-butyl ~{N}-[iminomethyl-[2-[methyl-(phenylmethyl)amino]-2-oxidanylidene-ethyl]amino]carbamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；10% PEG 8000, 20% ethylene glycol, 0.02 M sodium formate, 0.02 M ammonium acetate, 0.02 M trisodium citrate, 0.02 M sodium potassium L-tartrate, 0.02 M sodium oxamate, 0.1 M MES/imidazole pH 6.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.286
7QBN Structure of cathepsin K in complex with the azadipeptide nitrile inhibitor Gu1303 提交 2021-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 113–329（217 aa）	未记录	9ZG (phenylmethyl) ~{N}-[(2~{S})-1-[[aminomethyl(methyl)amino]-methyl-amino]-1-oxidanylidene-3-phenyl-propan-2-yl]carbamate × 1 CL CHLORIDE ION × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；12.5% PEG 1000, 12.5% PEG 3350, 12.5% MPD, 0.03 M sodium nitrate, 0.03 M disodium hydrogen phosphate, 0.03 M ammonium sulfate, 0.1 M MES/imidazole pH 6.5	分辨率 1.55 Å R-free 0.167
7QBO Structure of the activation intermediate of cathepsin K in complex with the azadipeptide nitrile inhibitor Gu1303 提交 2021-11-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 114–329（216 aa）链 P 16–89（74 aa）	未记录	9ZG (phenylmethyl) ~{N}-[(2~{S})-1-[[aminomethyl(methyl)amino]-methyl-amino]-1-oxidanylidene-3-phenyl-propan-2-yl]carbamate × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CL CHLORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；10% PEG 8000, 20% ethylene glycol, 0.02 M sodium L-glutamate, 0.02 M DL-alanine, 0.02 M glycine, 0.02 M DL-lysine HCl, 0.02 M DL-serine, 0.1M MES/imidazole pH 6.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.212
8C3D Sulfonated Calpeptin is a promising drug candidate against SARS-CoV-2 infections 提交 2022-12-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 115–329（215 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30 % PEG-3350, 0.2 M CaCL2	分辨率 2.00 Å R-free 0.227
9G6A Peptide-Small Molecule Hybrids as Novel Selective Irreversible Cathepsin-K Inhibitors in Primary Osteoclasts and Human Lung Cancer Tissue 提交 2024-07-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 115–329（215 aa）链 B 115–329（215 aa）	未记录	A1IJC (2~{S})-4-methyl-~{N}-(2-oxidanylidenepropyl)-2-[[(1~{S})-2,2,2-tris(fluoranyl)-1-[4-(4-methylsulfonylphenyl)phenyl]ethyl]amino]pentanamide × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 3 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6；293 K；20 % PEG-3350, 0.2 M CaCl2	分辨率 1.99 Å R-free 0.206

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	CATK_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–216； UniProt 114–329 作者链 P； PDB构建体 1–74； UniProt 16–89

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7qbm
沉积日期 deposition_date	2021-11-19
结构标题 title	Structure of the activation intermediate of cathepsin K in complex with the 3-cyano-3-aza-beta-amino acid inhibitor Gu2602
关键词 keywords	Cathepsin K, Protease inhibitor, Cyanohydrazide warhead, Azadipeptide nitrile, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.13 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.31 Å
零角强度 I(0) i0	18903600.00
分子量 molecular_weight	31635.0 kDa
排除体积 excluded_volume	38982 Å³
包络体积 envelope_volume	45667 Å³
水化壳体积 shell_volume	19852 Å³
包络直径 envelope_diameter	67.5 Å
壳层 Rg shell_rg	25.65 Å
包络 Rg envelope_rg	19.72 Å
形状 Rg shape_rg	19.28 Å
总 Rg total_rg	20.25 Å
总原子数 total_atoms	2224
残基数 n_residues	283
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	66.5 Å
Rg (实空间) rg_real	20.06 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8900e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2760e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.08 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	18900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8895
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.260
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.401
角度范围 angular_range	— – 0.3950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4282000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.856; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.992

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cathepsin K
分子量 formula_weight	23680.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.38
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2492

RAPDSVDYRKKGYVTPVKNQGQCGSCWAFSSVGALEGQLKKKTGKLLNLSPQNLVDCVSENDGCGGGYMTNAFQYVQKNRGIDSEDAYPYVGQEESCMYNPTGKAAKCRGYREIPEGNEKALKRAVARVGPVSVAIDASLTSFQFYSKGVYYDESCNSDNLNHAVLAVGYGIQKGNKHWIIKNSWGENWGNKGYILMARNKNNACGIANLASFPKM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Komagataella phaffii GS115

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cathepsin K
分子量 formula_weight	8979.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.38
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

LYPEEILDTHWELWKKTHRKQYNNKVDEISRRLIWEKNLKYISIHNLEASLGVHTYELAMNHLGDMTSEEVVQK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Komagataella phaffii GS115

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	~{tert}-butyl ~{N}-[iminomethyl-[2-[methyl-(phenylmethyl)amino]-2-oxidanylidene-ethyl]amino]carbamate
分子量 formula_weight	320.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	227

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	7qbmA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine proteinases

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	103.283 Å
晶胞边长 b length_b	103.283 Å
晶胞边长 c length_c	55.464 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.880 Å
最低分辨率 resolution_low	48.910 Å
R 因子 r_factor	0.1926
R_work r_work	0.1904
R_free r_free	0.2340

fit	/app/data/saxs_computation/qb/7qbm/7qbm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qb/7qbm/7qbm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qb/7qbm/7qbm.dat

Structure of the activation intermediate of cathepsin K in complex with the 3-cyano-3-aza-beta-amino acid inhibitor Gu2602

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cathepsin K

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)