7qph

Crystal structure of mouse CARM1 in complex with histone H3_22-31 K27 acetylated

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 128.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone-arginine methyltransferase CARM1

Mus musculus

UniProt Q9WVG6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 130–487 链 B; UniProt 130–487 链 C; UniProt 130–487 链 D; UniProt 130–487 未记录 Histone H3 22-31 K27 acetylated × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 QVR (2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-2-(6-aminopurin-9-yl)-5-[(~{E})-prop-1-enyl]oxolane-3,4-diol × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;293 K;16% PEG 3350, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M Tris HCl pH8.5 分辨率 1.90 Å R-free 0.210

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 42 个其他 PDB 条目、51 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CARM1_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–361; UniProt 130–487 作者链 B; PDB构建体 4–361; UniProt 130–487 作者链 C; PDB构建体 4–361; UniProt 130–487 作者链 D; PDB构建体 4–361; UniProt 130–487

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7qph

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7qph
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7qph
沉积日期 deposition_date2022-01-04
结构标题 titleCrystal structure of mouse CARM1 in complex with histone H3_22-31 K27 acetylated
关键词 keywordsTRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier39.88
回转半径 Rg (电子) rg_electron39.59
零角强度 I(0) i0355834000.00
分子量 molecular_weight158950.0 kDa
排除体积 excluded_volume200490 ų
包络体积 envelope_volume249230 ų
水化壳体积 shell_volume52684 ų
包络直径 envelope_diameter129.9
壳层 Rg shell_rg45.17
包络 Rg envelope_rg38.92
形状 Rg shape_rg39.55
总 Rg total_rg40.02
总原子数 total_atoms22217
残基数 n_residues1384
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax128.7
Rg (实空间) rg_real39.87
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.02
I(0) (实空间) i0_real3.5580e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.9430e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal39.88
I(0) (倒空间) i0_reciprocal355800000.0000
解质量估计 total_estimate0.8992
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary45.0
偏度 Skewness skewness0.248
峰度 Kurtosis kurtosis-0.643
角度范围 angular_range— – 0.2000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha49920000.0000
实空间数据点数 n_real_points41
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.938; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.889

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id7qphA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — Vaccinia Virus protein VP39
结构域编号 domain_id7qphA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology160 — Hnrnp arginine n-methyltransferase1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily11 — Hnrnp arginine n-methyltransferase1
结构域编号 domain_id7qphB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — Vaccinia Virus protein VP39
结构域编号 domain_id7qphB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology160 — Hnrnp arginine n-methyltransferase1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily11 — Hnrnp arginine n-methyltransferase1
结构域编号 domain_id7qphC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — Vaccinia Virus protein VP39
结构域编号 domain_id7qphC02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology160 — Hnrnp arginine n-methyltransferase1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily11 — Hnrnp arginine n-methyltransferase1
结构域编号 domain_id7qphD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — Vaccinia Virus protein VP39
结构域编号 domain_id7qphD02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology160 — Hnrnp arginine n-methyltransferase1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily11 — Hnrnp arginine n-methyltransferase1

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)