7r7p

Immature HIV-1 CACTD-SP1 lattice with Bevirimat (BVM) and Inositol hexakisphosphate (IP6)

Method: SOLID-STATE NMR Dmax: 80.0 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gag polyprotein

Human immunodeficiency virus 1

UniProt Q72497

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 278–377 链 H; UniProt 278–377 链 I; UniProt 278–377 链 J; UniProt 278–377 链 K; UniProt 278–377 链 L; UniProt 278–377 突变:P241T IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 2I4 3alpha-[(3-carboxy-3-methylbutanoyl)oxy]-8alpha,9beta,10alpha,13alpha,17alpha,19beta-lup-20(29)-en-28-oic acid × 1 SOLID-STATE NMR NMR测量条件:pH 8;277.15 K;离子强度(mmCIF原始值)250;压力 1 NMR测量条件:pH 8;263.15 K;离子强度(mmCIF原始值)250;压力 1 NMR测量条件:pH 8;277.15 K;离子强度(mmCIF原始值)250;压力 1 NMR测量条件:pH 8;268.15 K;离子强度(mmCIF原始值)250;压力 1 NMR样品组成:400 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] HIV-1 CACTD-SP1, 400 uM IP6, 360 uM BVM, Protein buffer | Protein buffer NMR样品组成:400 uM [U-100% 13C; U-100% 15N; 99.9%-2H] HIV-1 CACTD-SP1, 400 uM IP6, 360 uM Bevirimat, protein buffer | protein buffer 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 27 个其他 PDB 条目、46 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q72497_9HIV1
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 3–102; UniProt 278–377 作者链 H; PDB构建体 3–102; UniProt 278–377 作者链 I; PDB构建体 3–102; UniProt 278–377 作者链 J; PDB构建体 3–102; UniProt 278–377 作者链 K; PDB构建体 3–102; UniProt 278–377 作者链 L; PDB构建体 3–102; UniProt 278–377

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7r7p

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7r7p
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7r7p
沉积日期 deposition_date2021-06-25
结构标题 titleImmature HIV-1 CACTD-SP1 lattice with Bevirimat (BVM) and Inositol hexakisphosphate (IP6)
关键词 keywordsHIV-1 capsid, maturation inhibitors, HIV-AIDS, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 methodSOLID-STATE NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.14
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.98
零角强度 I(0) i01748290000.00
分子量 molecular_weight338710.0 kDa
排除体积 excluded_volume419240 ų
包络体积 envelope_volume120170 ų
水化壳体积 shell_volume35888 ų
包络直径 envelope_diameter88.5
壳层 Rg shell_rg35.32
包络 Rg envelope_rg27.01
形状 Rg shape_rg25.99
总 Rg total_rg26.19
总原子数 total_atoms47220
残基数 n_residues3060
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax80.0
Rg (实空间) rg_real25.99
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.46
I(0) (实空间) i0_real1.7480e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3700e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.04
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1748000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9111
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary32.8
偏度 Skewness skewness0.115
峰度 Kurtosis kurtosis-0.538
角度范围 angular_range— – 0.3050 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6859000.0000
实空间数据点数 n_real_points62
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.954; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.986

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)