7req

METHYLMALONYL-COA MUTASE, 2-CARBOXYPROPYL-COA INHIBITOR COMPLEX

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (METHYLMALONYL-COA MUTASE)

Propionibacterium freudenreichii subsp. shermanii

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PROTEIN (METHYLMALONYL-COA MUTASE) × 1 （P11652） 2-CARBOXYPROPYL-COENZYME A × 1 COBALAMIN × 1 GLYCEROL × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PROTEIN (METHYLMALONYL-COA MUTASE) × 1 （P11652） 2-CARBOXYPROPYL-COENZYME A × 1 COBALAMIN × 1 GLYCEROL × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MUTB_PROFR
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–727； UniProt 1–727 作者链 C； PDB构建体 1–727； UniProt 1–727

PROTEIN (METHYLMALONYL-COA MUTASE)

Propionibacterium freudenreichii subsp. shermanii

UniProt P11652

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PROTEIN (METHYLMALONYL-COA MUTASE) × 1 （P11653） 2-CARBOXYPROPYL-COENZYME A × 1 COBALAMIN × 1 GLYCEROL × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PROTEIN (METHYLMALONYL-COA MUTASE) × 1 （P11653） 2-CARBOXYPROPYL-COENZYME A × 1 COBALAMIN × 1 GLYCEROL × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MUTA_PROFR
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–637； UniProt 1–637 作者链 D； PDB构建体 1–637； UniProt 1–637

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7req
沉积日期 deposition_date	1998-09-10
结构标题 title	METHYLMALONYL-COA MUTASE, 2-CARBOXYPROPYL-COA INHIBITOR COMPLEX
关键词 keywords	ISOMERASE, MUTASE, INTRAMOLECULAR TRANSFERASE; ISOMERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7req__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7req__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7req__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	33.28 Å
Rg（电子密度）	32.55 Å
总 Rg	33.15 Å
原子数	10440
残基数	1348
排除体积	185190 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7req__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`7req__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (METHYLMALONYL-COA MUTASE)
分子量 formula_weight	80137.9 kDa
EC 编号 ec_number	5.4.99.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	22203

STLPRFDSVDLGNAPVPADAARRFEELAAKAGTGEAWETAEQIPVGTLFNEDVYKDMDWLDTYAGIPPFVHGPYATMYAFRPWTIRQYAGFSTAKESNAFYRRNLAAGQKGLSVAFDLPTHRGYDSDNPRVAGDVGMAGVAIDSIYDMRELFAGIPLDQMSVSMTMNGAVLPILALYVVTAEEQGVKPEQLAGTIQNDILKEFMVRNTYIYPPQPSMRIISEIFAYTSANMPKWNSISISGYHMQEAGATADIEMAYTLADGVDYIRAGESVGLNVDQFAPRLSFFWGIGMNFFMEVAKLRAARMLWAKLVHQFGPKNPKSMSLRTHSQTSGWSLTAQDVYNNVVRTCIEAMAATQGHTQSLHTNSLDEAIALPTDFSARIARNTQLFLQQESGTTRVIDPWSGSAYVEELTWDLARKAWGHIQEVEKVGGMAKAIEKGIPKMRIEEAAARTQARIDSGRQPLIGVNKYRLEHEPPLDVLKVDNSTVLAEQKAKLVKLRAERDPEKVKAALDKITWAAGNPDDKDPDRNLLKLCIDAGRAMATVGEMSDALEKVFGRYTAQIRTISGVYSKEVKNTPEVEEARELVEEFEQAEGRRPRILLAKMGQDGHDRGQKVIATAYADLGFDVDVGPLFQTPEETARQAVEADVHVVGVSSLAGGHLTLVPALRKELDKLGRPDILITVGGVIPEQDFDELRKDGAVEIYTPGTVIPESAISLVKKLRASLDA

来源 Source

来源生物 organism	Propionibacterium freudenreichii subsp. shermanii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1752
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PROTEIN (METHYLMALONYL-COA MUTASE)
分子量 formula_weight	69430.2 kDa
EC 编号 ec_number	5.4.99.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

SSTDQGTNPADTDDLTPTTLSLAGDFPKATEEQWEREVEKVLNRGRPPEKQLTFAECLKRLTVHTVDGIDIVPMYRPKDAPKKLGYPGVAPFTRGTTVRNGDMDAWDVRALHEDPDEKFTRKAILEGLERGVTSLLLRVDPDAIAPEHLDEVLSDVLLEMTKVEVFSRYDQGAAAEALVSVYERSDKPAKDLALNLGLDPIGFAALQGTEPDLTVLGDWVRRLAKFSPDSRAVTIDANIYHNAGAGDVAELAWALATGAEYVRALVEQGFTATEAFDTINFRVTATHDQFLTIARLRALREAWARIGEVFGVDEDKRGARQNAITSWRELTREDPYVNILRGSIATFSASVGGAESITTLPFTQALGLPEDDFPLRIARNTGIVLAEEVNIGRVNDPAGGSYYVESLTRSLADAAWKEFQEVEKLGGMSKAVMTEHVTKVLDACNAERAKRLANRKQPITAVSEFPMIGARSIETKPFPAAPARKGLAWHRDSEVFEQLMDRSTSVSERPKVFLACLGTRRDFGGREGFSSPVWHIAGIDTPQVEGGTTAEIVEAFKKSGAQVADLCSSAKVYAQQGLEVAKALKAAGAKALYLSGAFKEFGDDAAEAEKLIDGRLFMGMDVVDTLSSTLDILGVAK

来源 Source

来源生物 organism	Propionibacterium freudenreichii subsp. shermanii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1752
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-CARBOXYPROPYL-COENZYME A
分子量 formula_weight	853.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	COBALAMIN
分子量 formula_weight	1330.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1326

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d7reqa1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.19 — Cobalamin (vitamin B12)-dependent enzymes
家族 Family family	c.1.19.1 — Methylmalonyl-CoA mutase, N-terminal (CoA-binding) domain

结构域编号 domain_id	d7reqa2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.6 — Cobalamin (vitamin B12)-binding domain
家族 Family family	c.23.6.1 — Cobalamin (vitamin B12)-binding domain

结构域编号 domain_id	d7reqb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.19 — Cobalamin (vitamin B12)-dependent enzymes
家族 Family family	c.1.19.1 — Methylmalonyl-CoA mutase, N-terminal (CoA-binding) domain

结构域编号 domain_id	d7reqb2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.6 — Cobalamin (vitamin B12)-binding domain
家族 Family family	c.23.6.1 — Cobalamin (vitamin B12)-binding domain

结构域编号 domain_id	d7reqc1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.19 — Cobalamin (vitamin B12)-dependent enzymes
家族 Family family	c.1.19.1 — Methylmalonyl-CoA mutase, N-terminal (CoA-binding) domain

结构域编号 domain_id	d7reqc2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.6 — Cobalamin (vitamin B12)-binding domain
家族 Family family	c.23.6.1 — Cobalamin (vitamin B12)-binding domain

结构域编号 domain_id	d7reqd1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.19 — Cobalamin (vitamin B12)-dependent enzymes
家族 Family family	c.1.19.1 — Methylmalonyl-CoA mutase, N-terminal (CoA-binding) domain

结构域编号 domain_id	d7reqd2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.6 — Cobalamin (vitamin B12)-binding domain
家族 Family family	c.23.6.1 — Cobalamin (vitamin B12)-binding domain

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	7reqA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	240 — Methylmalonyl-CoA mutase

结构域编号 domain_id	7reqA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	280 — Cobalamin-binding domain

结构域编号 domain_id	7reqB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	240 — Methylmalonyl-CoA mutase

结构域编号 domain_id	7reqB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	280 — Cobalamin-binding domain

结构域编号 domain_id	7reqC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	240 — Methylmalonyl-CoA mutase

结构域编号 domain_id	7reqC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	280 — Cobalamin-binding domain

结构域编号 domain_id	7reqD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	240 — Methylmalonyl-CoA mutase

结构域编号 domain_id	7reqD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	280 — Cobalamin-binding domain

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晶胞边长 a length_a	122.534 Å
晶胞边长 b length_b	161.398 Å
晶胞边长 c length_c	86.973 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	104.81 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1950
R_work r_work	0.1830
R_free r_free	0.2290

METHYLMALONYL-COA MUTASE, 2-CARBOXYPROPYL-COA INHIBITOR COMPLEX

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (METHYLMALONYL-COA MUTASE)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PROTEIN (METHYLMALONYL-COA MUTASE)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7req__assembly_1__model_1

7req__assembly_1__model_1 | I(q)

7req__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

METHYLMALONYL-COA MUTASE, 2-CARBOXYPROPYL-COA INHIBITOR COMPLEX

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (METHYLMALONYL-COA MUTASE)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PROTEIN (METHYLMALONYL-COA MUTASE)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7req__assembly_1__model_1

7req__assembly_1__model_1 | I(q)

7req__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)