SAXSdb — 7rk3

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	ADP-ribosylation factor 6 × 1 （P62330） ;4'-diphospho pantetheine ; × 1 MYRISTIC ACID × 1 HEXANOIC ACID × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NMT1_HUMAN
Isoform	P30419-2
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–391； UniProt 29–416

ADP-ribosylation factor 6

Homo sapiens

UniProt P62330

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1 × 1 （P30419） ;4'-diphospho pantetheine ; × 1 MYRISTIC ACID × 1 HEXANOIC ACID × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ARF6_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–8； UniProt 2–9

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7rk3
沉积日期 deposition_date	2021-07-21
结构标题 title	Crystal structure of human N-myristoyltransferase 1 fragment (residues 109-496) bound to diacylated human Arf6 octapeptide and Coenzyme A
关键词 keywords	TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7rk3__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7rk3__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7rk3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.12 Å
Rg（电子密度）	20.72 Å
总 Rg	21.85 Å
原子数	3003
残基数	360
排除体积	54248 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7rk3__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1
分子量 formula_weight	45453.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.97
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3513

GPHMEEASKRSYQFWDTQPVPKLGEVVNTHGPVEPDKDNIRQEPYTLPQGFTWDALDLGDRGVLKELYTLLNENYVEDDDNMFRFDYSPEFLLWALRPPGWLPQWHCGVRVVSSRKLVGFISAIPANIHIYDTEKKMVEINFLCVHKKLRSKRVAPVLIREITRRVHLEGIFQAVYTAGVVLPKPVGTCRYWHRSLNPRKLIEVKFSHLSRNMTMQRTMKLYRLPETPKTAGLRPMETKDIPVVHQLLTRYLKQFHLTPVMSQEEVEHWFYPQENIIDTFVVENANGEVTDFLSFYTLPSTIMNHPTHKSLKAAYSFYNVHTQTPLLDLMSDALVLAKMKGFDVFNALDLMENKTFLEKLKFGIGDGNLQYYLYNWKCPSMGAEKVGLVLQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ADP-ribosylation factor 6
分子量 formula_weight	893.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GKVLSKIF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	unidentified

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;4'-diphospho pantetheine ;
分子量 formula_weight	438.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MYRISTIC ACID
分子量 formula_weight	228.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	HEXANOIC ACID
分子量 formula_weight	116.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	440

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晶胞边长 a length_a	47.984 Å
晶胞边长 b length_b	76.046 Å
晶胞边长 c length_c	106.342 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.050 Å
最低分辨率 resolution_low	61.860 Å
R 因子 r_factor	0.1616
R_work r_work	0.1585
R_free r_free	0.2197

Crystal structure of human N-myristoyltransferase 1 fragment (residues 109-496) bound to diacylated human Arf6 octapeptide and Coenzyme A

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

ADP-ribosylation factor 6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7rk3__assembly_1__model_1

7rk3__assembly_1__model_1 | I(q)

7rk3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of human N-myristoyltransferase 1 fragment (residues 109-496) bound to diacylated human Arf6 octapeptide and Coenzyme A

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ADP-ribosylation factor 6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7rk3__assembly_1__model_1

7rk3__assembly_1__model_1 | I(q)

7rk3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 引用文献 (1)