7rst

The Crystal Structure of Recombinant Chloroperoxidase Expressed in Aspergillus niger

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 61.5 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chloroperoxidase

Leptoxyphium fumago

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合单体蛋白 × 1 其他聚合物 3 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 21–319	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MAN alpha-D-mannopyranose × 12 IOD IODIDE ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.2M NaI, 20% polyethyleneglycol (PEG) 3350	分辨率 1.69 Å R-free 0.210

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7RST	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CPO CHLOROPEROXIDASE 提交 1996-02-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–319（298 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MAN alpha-D-mannopyranose × 9 XYS alpha-D-xylopyranose × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å R-free 0.224
2CIV Chloroperoxidase bromide complex 提交 2006-03-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–319（299 aa）片段：RESIDUES 21-319	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MN MANGANESE (II) ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 MAN alpha-D-mannopyranose × 10 BR BROMIDE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 3.6；22 % PEG3000, 0.1 M KBR, 0.1 M CITRATE PH 3.6	分辨率 1.80 Å R-free 0.184
2CIW Chloroperoxidase iodide complex 提交 2006-03-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–319（299 aa）片段：RESIDUES 21-319	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MN MANGANESE (II) ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 MAN alpha-D-mannopyranose × 11 IOD IODIDE ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 3.6；20 % PEG 3350, 50 MM NAI, 0.1 M SODIUM CITRATE PH 3.6	分辨率 1.15 Å R-free 0.171
2CIX chloroperoxidase complexed with cyclopentanedione 提交 2006-03-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–319（299 aa）片段：RESIDUES 21-319	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MN MANGANESE (II) ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MAN alpha-D-mannopyranose × 10 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 CEJ CYCLOPENTANE-1,3-DIONE × 1 BR BROMIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 3.6；ML: 22 % PEG3000, 0.1 M KBR, 0.1 M CITRATE PH 3.6 CRYSTALS WERE SOAKED IN ML SUPPLEMENTED WITH 200 MM CYCLOPENTANEDIONE, 10 % DMSO	分辨率 1.80 Å R-free 0.217
2CIY Chloroperoxidase complexed with cyanide and DMSO 提交 2006-03-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–319（299 aa）片段：RESIDUES 21-319	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MN MANGANESE (II) ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MAN alpha-D-mannopyranose × 11 BR BROMIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 CYN CYANIDE ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；CRYSTALLISATION CONDITIONS: 22 % PEG 3000, 0.1 M KBR, 0.1 M CITRATE PH 3.6 CRYSTALS WERE SOAKED IN 50 MM KCN, 200 MM CYCLOPENTANEDIONE, 10 % DMSO, 22 % PEG3000, 0.1 M SODIUM CITRATE PH 6 FOR 10 MIN AT ROOM TMEPERATURE	分辨率 1.70 Å R-free 0.204
2CIZ chloroperoxidase complexed with acetate 提交 2006-03-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–319（299 aa）片段：RESIDUES 21-319	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MN MANGANESE (II) ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MAN alpha-D-mannopyranose × 9 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ACT ACETATE ION × 2 BR BROMIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 3.6；CRYSTALS WERE SOAKED IN 300 MM ACETIC ACID, 50 MM KBR, 22 % PEG3000, 0.1 M CITRATE PH 3.6 FOR 10 MIN AT ROOM TEMPERATURE	分辨率 1.30 Å R-free 0.170
2CJ0 chloroperoxidase complexed with nitrate 提交 2006-03-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–319（299 aa）片段：RESIDUES 21-319	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MN MANGANESE (II) ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MAN alpha-D-mannopyranose × 12 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 NO3 NITRATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 50 MM MG(NO3)2, 20 % PEG 3000, 0.1 M SODIUM CITRATE PH3.6	分辨率 1.75 Å R-free 0.207
2CJ1 chloroperoxidase complexed with formate (ethylene glycol cryoprotectant) 提交 2006-03-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–319（299 aa）片段：RESIDUES 21-319	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MN MANGANESE (II) ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 MAN alpha-D-mannopyranose × 12 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 FMT FORMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 3.6；100 MM SODIUM FORMATE, 24 % PEG 3000, 0.1 M CITRATE PH 3.6 CRYOPROTECTANT CONTAINED 15 % ETHYLENE GLYCOL	分辨率 1.70 Å R-free 0.229
2CJ2 chloroperoxidase complexed with formate (sugar cryoprotectant) 提交 2006-03-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–319（299 aa）片段：RESIDUES 21-319	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MN MANGANESE (II) ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MAN alpha-D-mannopyranose × 10 FMT FORMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 3.6；100 MM SODIUM FORMATE, 24 % PEG 3000, 0.1 M SODIUM CITRATE PH 3.6 CRYOPROTECTANT: ML SUPPLEMENTED WITH 10 % XYLITOL, 10 % SUCROSE	分辨率 1.60 Å R-free 0.204
2CPO CHLOROPEROXIDASE 提交 1996-02-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–319（298 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MAN alpha-D-mannopyranose × 8 MN MANGANESE (II) ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å R-free 0.228
2J18 Chloroperoxidase mixture of ferric and ferrous states (low dose data set) 提交 2006-08-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–319（298 aa）片段：RESIDUES 22-319	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MN MANGANESE (II) ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MAN alpha-D-mannopyranose × 9 BR BROMIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 3.4；50MM KBR, 20% PEG3000, 0.1 M SODIUM CITRATE PH3.4, pH 3.40	分辨率 1.75 Å R-free 0.206
2J19 Ferrous Chloroperoxidase (high dose data set) 提交 2006-08-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–319（298 aa）片段：RESIDUES 22-319	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MN MANGANESE (II) ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MAN alpha-D-mannopyranose × 9 BR BROMIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 3.4；50MM KBR, 20% PEG3000, 0.1 SODIUM CITRATE PH 3.4	分辨率 1.75 Å R-free 0.204
2J5M Structure of Chloroperoxidase Compound 0 提交 2006-09-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–319（299 aa）片段：RESIDUES 21-319	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MN MANGANESE (II) ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 PEO HYDROGEN PEROXIDE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MAN alpha-D-mannopyranose × 10 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；22 % PEG3000, 0.1 M KBR, 0.1 M NA CITRATE PH 3.6	分辨率 1.75 Å R-free 0.210

共 13 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PRXC_LEPFU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–299； UniProt 21–319

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7rst
沉积日期 deposition_date	2021-08-11
结构标题 title	The Crystal Structure of Recombinant Chloroperoxidase Expressed in Aspergillus niger
关键词 keywords	recombinant chloroperoxidase, Aspergillus niger, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.83 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.64 Å
零角强度 I(0) i0	27973200.00
分子量 molecular_weight	37947.0 kDa
排除体积 excluded_volume	45779 Å³
包络体积 envelope_volume	50860 Å³
水化壳体积 shell_volume	22005 Å³
包络直径 envelope_diameter	63.5 Å
壳层 Rg shell_rg	25.80 Å
包络 Rg envelope_rg	19.00 Å
形状 Rg shape_rg	18.59 Å
总 Rg total_rg	19.63 Å
总原子数 total_atoms	2594
残基数 n_residues	298
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	61.5 Å
Rg (实空间) rg_real	19.65 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.27 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7970e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3810e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.68 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	27970000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8959
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.086
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.453
角度范围 angular_range	— – 0.4000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5675000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.887; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.995

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Chloroperoxidase
分子量 formula_weight	32746.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.11.1.10
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3113

QEPGSGIGYPYDNNTLPYVAPGPTDSRAPCPALNALANHGYIPHDGRAISRETLQNAFLNHMGIANSVIELALTNAFVVCEYVTGSDCGDSLVNLTLLAEPHAFEHDHSFSRKDYKQGVANSNDFIDNRNFDAETFQTSLDVVAGKTHFDYADMNEIRLQRESLSNELDFPGWFTESKPIQNVESGFIFALVSDFNLPDNDENPLVRIDWWKYWFTNESFPYHLGWHPPSPAREIEFVTSASSAVLAASVTSTPSSLPSGAIGPGAEAVPLSFASTMTPFLLATNAPYYAQDPTLGPND

来源 Source

来源生物 organism	Leptoxyphium fumago
通用名 common_name	Caldariomyces fumago
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5474
宿主生物 host_organism	Aspergillus niger

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	alpha-D-mannopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	IODIDE ION
分子量 formula_weight	126.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	468

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	58.050 Å
晶胞边长 b length_b	150.920 Å
晶胞边长 c length_c	100.850 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.690 Å
最低分辨率 resolution_low	30.360 Å
R 因子 r_factor	0.1723
R_work r_work	0.1703
R_free r_free	0.2096

fit	/app/data/saxs_computation/rs/7rst/7rst.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rs/7rst/7rst.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rs/7rst/7rst.dat