← 返回搜索
7s6d

CryoEM structure of modular PKS holo-Lsd14 bound to antibody fragment 1B2, composite structure

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 178.4 Å Quality: GOOD
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

6-deoxyerythronolide-B synthase EryA2, modules 3 and 4, Lsd14 Polyketide synthase fusion

Streptomyces lasalocidi

UniProt B6ZK67

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 38–1647 链 B； UniProt 38–1647 链 C； UniProt 38–1647 未记录 Fab 1B2 heavy chain × 2 Fab 1B2 light chain × 2 ATR 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；Blot for 5 seconds before plunging in liquid ethane. 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7S6D Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7S6B Crystal structure of modular polyketide synthase apo-Lsd14 from the Lasalocid biosynthesis pathway, trapped in the transacylation step 提交 2021-09-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–924（924 aa） 片段：KS and AT domains, residues 1-924
链 B 1–924（924 aa） 片段：KS and AT domains, residues 1-924
链 C 925–1468（544 aa） 片段：KR domain, residues 925-1468
链 D 925–1468（544 aa） 片段：KR domain, residues 925-1468
链 E 1469–1647（179 aa） 片段：ACP domain, residues 1469-1647
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；291 K；0.2 M lithium sulfate, 0.015 M magnesium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.0, and 22% polyacrylic acid 5100
分辨率 2.35 Å R-free 0.241
7S6C CryoEM structure of modular PKS holo-Lsd14 stalled at the condensation step and bound to antibody fragment 1B2, composite structure 提交 2021-09-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 38–1647（1610 aa）
链 B 38–1647（1610 aa）
链 C 38–1647（1610 aa）
链 D 38–1647（1610 aa）
未记录 ATR 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot for 5 seconds before plunging in liquid ethane.
分辨率 3.10 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B6ZK67_STRLS
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 32–1641； UniProt 38–1647 作者链 B； PDB构建体 32–1641； UniProt 38–1647 作者链 C； PDB构建体 32–1641； UniProt 38–1647

6-deoxyerythronolide-B synthase EryA2, modules 3 and 4, Lsd14 Polyketide synthase fusion

Streptomyces lasalocidi

UniProt Q03132

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 2–30 链 B； UniProt 2–30 链 C； UniProt 2–30 未记录 Fab 1B2 heavy chain × 2 Fab 1B2 light chain × 2 ATR 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；Blot for 5 seconds before plunging in liquid ethane. 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7S6D Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
11SZ Antibody (1B2) Bound Rifamycin Synthetase Module 2 提交 2026-03-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 3489–3567（79 aa）
链 B 3489–3567（79 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.94 Å
1PZQ Structure of fused docking domains from the erythromycin polyketide synthase (DEBS), a model for the interaction between DEBS 2 and DEBS 3: The A domain 提交 2003-07-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 3490–3547（58 aa） 片段：C-terminal fragment
链 B 3490–3547（58 aa） 片段：C-terminal fragment
突变：L1G, F2S 突变：L1G, F2S 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM phosphate buffer NA；压力 ambient
NMR样品组成 1mM DOCK23 U-15N,13C: 100mM phosphate buffer NA: trace amounts of sodium azide, AEBSF protease inhibitor cocktail and TSP 1H shift reference: 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1mM DOCK23 (50% U-15N,13C: 50% unlabeled): 100mM phosphate buffer NA: trace amounts of sodium azide, AEBSF protease inhibitor cocktail and TSP 1H shift reference: 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
1PZR Structure of fused docking domains from the erythromycin polyketide synthase (DEBS), a model for the interaction between DEBS2 and DEBS3: the B domain 提交 2003-07-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 3548–3567（20 aa） 片段：RESIDUES 61-120
链 B 3548–3567（20 aa） 片段：RESIDUES 61-120
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM phosphate buffer NA；压力 ambient
NMR样品组成 1mM DOCK23 U-15N,13C: 100mM phosphate buffer NA: trace amounts of sodium azide, AEBSF protease inhibitor cocktail and TSP 1H shift reference: 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1mM DOCK23 (50% U-15N,13C: 50% unlabeled): 100mM phosphate buffer NA: trace amounts of sodium azide, AEBSF protease inhibitor cocktail and TSP 1H shift reference: 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
3EL6 Crystal Structure of the Erythromycin Dehydratase 提交 2008-09-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2362–2653（292 aa） 片段：EryDH4 (UNP residues 2362 to 2653)
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；295 K；2.15 M ammonium sulfate, 100 mM sodium cacodylate pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.85 Å R-free 0.227
6C9U Crystal structure of [KS3][AT3] didomain from module 3 of 6-deoxyerthronolide B synthase in complex with antibody fragment (Fab) 提交 2018-01-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 2–922（921 aa） 片段：[KS3][AT3] didomain from module 3
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） K POTASSIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；285 K；200 mM potassium citrate, 20%(w/v) PEG 3,350 and 12% ethylene glycol)
分辨率 2.09 Å R-free 0.210
7M7E 6-Deoxyerythronolide B synthase (DEBS) hybrid module (M3/1) in complex with antibody fragment 1B2 提交 2021-03-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–922（921 aa） 片段：EryA2 (UNP residues 2-922) + EryA1 (UNP residues 1457-2015) + EryA3 (UNP residues 2896-3172)
链 B 2–922（921 aa） 片段：EryA2 (UNP residues 2-922) + EryA1 (UNP residues 1457-2015) + EryA3 (UNP residues 2896-3172)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7S6C CryoEM structure of modular PKS holo-Lsd14 stalled at the condensation step and bound to antibody fragment 1B2, composite structure 提交 2021-09-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 2–30（29 aa）
链 B 2–30（29 aa）
链 C 2–30（29 aa）
链 D 2–30（29 aa）
未记录 ATR 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot for 5 seconds before plunging in liquid ethane.
分辨率 3.10 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ERYA2_SACER
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–31； UniProt 2–30 作者链 B； PDB构建体 3–31； UniProt 2–30 作者链 C； PDB构建体 3–31； UniProt 2–30

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7s6d

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7s6d
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7s6d
沉积日期 deposition_date2021-09-13
结构标题 titleCryoEM structure of modular PKS holo-Lsd14 bound to antibody fragment 1B2, composite structure
关键词 keywordsModular polyketide synthase, ketosynthase, ketoreductase, acyl carrier protein, BIOSYNTHETIC PROTEIN; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier53.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron53.17 Å
零角强度 I(0) i01654570000.00
分子量 molecular_weight331200.0 kDa
排除体积 excluded_volume411360 ų
包络体积 envelope_volume596920 ų
水化壳体积 shell_volume95669 ų
包络直径 envelope_diameter191.0 Å
壳层 Rg shell_rg54.50 Å
包络 Rg envelope_rg52.18 Å
形状 Rg shape_rg53.16 Å
总 Rg total_rg53.21 Å
总原子数 total_atoms46203
残基数 n_residues3112
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax178.4 Å
Rg (实空间) rg_real53.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.23 Å
I(0) (实空间) i0_real1.6550e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.4310e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal53.26 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1655000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8822
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary65.4 Å
偏度 Skewness skewness0.293
峰度 Kurtosis kurtosis-0.347
角度范围 angular_range— – 0.1500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha82790000.0000
实空间数据点数 n_real_points31
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.872; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.863
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id7s6dA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology47 — Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Thiolase/Chalcone synthase
结构域编号 domain_id7s6dA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily3290 —
结构域编号 domain_id7s6dA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology366 — Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein, domain 2
结构域编号 domain_id7s6dB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology47 — Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Thiolase/Chalcone synthase
结构域编号 domain_id7s6dB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily3290 —
结构域编号 domain_id7s6dB03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology366 — Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein, domain 2
结构域编号 domain_id7s6dD01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id7s6dD02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id7s6dE01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id7s6dE02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)