SAXSdb — 7s6d

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

6-deoxyerythronolide-B synthase EryA2, modules 3 and 4, Lsd14 Polyketide synthase fusion

Streptomyces lasalocidi

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 7	Fab 1B2 heavy chain × 2 Fab 1B2 light chain × 2 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B6ZK67_STRLS
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 32–1641； UniProt 38–1647 作者链 B； PDB构建体 32–1641； UniProt 38–1647 作者链 C； PDB构建体 32–1641； UniProt 38–1647

6-deoxyerythronolide-B synthase EryA2, modules 3 and 4, Lsd14 Polyketide synthase fusion

Streptomyces lasalocidi

UniProt Q03132

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 7	Fab 1B2 heavy chain × 2 Fab 1B2 light chain × 2 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ERYA2_SACER
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–31； UniProt 2–30 作者链 B； PDB构建体 3–31； UniProt 2–30 作者链 C； PDB构建体 3–31； UniProt 2–30

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7s6d
沉积日期 deposition_date	2021-09-13
结构标题 title	CryoEM structure of modular PKS holo-Lsd14 bound to antibody fragment 1B2, composite structure
关键词 keywords	Modular polyketide synthase, ketosynthase, ketoreductase, acyl carrier protein, BIOSYNTHETIC PROTEIN; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7s6d__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7s6d__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7s6d__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	53.24 Å
Rg（电子密度）	53.17 Å
总 Rg	53.21 Å
原子数	46203
残基数	3112
排除体积	411360 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7s6d__assembly_1__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	6-deoxyerythronolide-B synthase EryA2, modules 3 and 4, Lsd14 Polyketide synthase fusion
分子量 formula_weight	174085.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.94
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,A,B
原子数 atom_count	46203

MVTDSEKVAEYLRRATLDLRAARQRIRELESEPIAIIGMACRLPGGVDSPEGLWELVDSGTDAIAGFPLDRGWDVEGMYDPDAEAPGKTYVKEAGFLYDAGEFDAGFFGISPREAVSMDPQQRLMLEASWEAFERAGLDPARQRGTATGVFVGATATGYVSPAAEVPEGAEGFAITGNMTAVTSGRISYTLGLQGPAVTIDTACSSSLVALHLACQSLRQGECTTALAGGVTVMPTPTAFTEFSRQRGLAPDGRCKSFAAAADGTNWAEGVAVLVVERLSDARRNGHRVLAVVRGTAINQDGASNGLSAPNDLAQERVIRSALDNAGLTASDVDAVEAHGTGTTLGDPIEAQALLAAYGHERPAHRPLRVGSLKSNIGHAGPAAGVAGVIKMVMAMRHGVLPRSLHIDEPTPQVDWSSGAVTLLTEPVDWPDSDRPRRAGVSAFGISGTNAHVILEQAPTQDPQQPAPPVPAAPWLLSAKTPAALRAQARRLHTHLARHPHPDPTDIAHALATTRTPHEHRAALVTDDHGTRGPALAALAEGAPDACLISGTALSKGRTVFVFPGQGSQWTGMGRELLHTSPEFAAYIAECETALNDFVDWSLTDVLRGTEGAPGYDRVDVVQPALFAVMVSLARLWQHHGIHPDAVIGHSQGEIAAAHIAGALSLQDAARIVALRSQALLPLAGLGGMTSLALPHDQALQLIQPWGQDLSIASVNGPHSTVVSGTTHALDELHTTCDTQGVRARRIPVDYASHSAQVESIRDTVLQAATGINPQPTTIPLYSTVTGQPIDGTQLDADYWYTNLRHTVRFEETTRALLGSGHRHFIETTAHPVLALALEETIEATGSDARVTGTLRRDHGDLTQLHTALATAWTHGIDVDWTAVLGDRRTPFELPTYAFQRQRYWLEPGAGVGVPVGGTSAEARFWDAVEDEDLEALVAAIGADGDDASWAGVLPALAGWRRRQREQSALDDLRYKVTWKPTAVADGASATGTWLVVVPESLAGGGWPVVVARAVDQAGGRPVVLSVDAADGADRSRLGLRIHEALGEGPVPDAVVSLLALDPSALPGLPDVPQALASTAALVQALLDLGLEARLWCVTSGAVSVSGADGPSAPEQAAVWGFGRVAGLEHPHLWAGLVDLPPEADERTAARLVGVLAGAGGEDQVALRSSGVFVRRLVRAPASEVPAVRSWKPGGTVLVTGGTGGLGRQVARWLARGGADHLLLVSRRGVDAPGADELVDELTDLGARVTVAACDVADRDAVQRLLSEQVPSDAPLTAVIHTAAVLDDGVIDSLSPERMEQVLRVKVGGAVHLYELTRESDLSAFVLFSSFGSTFGLPGLGNYAPGNAALEALAEQWRAEGRPATAVGWGTWAGGGMADGGVGERGRTHGIHELEPALATAALEQALERDESSPVIIDIDWERFAVAFHAKRPTRGFELVPEAQAALEAADGGPGPDGGAGDPSELLDRLAALPDAERDRALLEVVRGNAASVMSHGAMRTATLEAVEPTRAFRDLGFDSLMAVELRNRIGAATGLRLAPTLVFDHPTPEAVVRHLRAELGLEGDGAPDPVFDELDGLERALSSYTPDTDTRVKITKRLESLLWEWTRSEADAPDPVDAADLAAVSDDEMFELIDRELGSALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces lasalocidi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	324833
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Fab 1B2 heavy chain
分子量 formula_weight	26447.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,D

MAEVQLVQSGGGLVQPGRSLRLSCTASGFTFGDYAMSWVRQAPGKGLEWVGFIRSKAYGGTTEYAASVKGRFTISRDDSKSIAYLQMNSLKTEDTAVYYCTRGGTLFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCAALVPRGSAHHHHHHAADYKDDDDKA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Fab 1B2 light chain
分子量 formula_weight	25715.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,F

LFAIPLVVPFYSHSALDVVMTQSPLSLPVTPGEPASISCRSSQSLLHSNGYNYLDWYLQKPGQSPQLLIYLGSNRASGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDVGVYYCMQSLQTPRLTFGPGTKVDIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPRGAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2'-MONOPHOSPHOADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	7s6dA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	47 — Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Thiolase/Chalcone synthase

结构域编号 domain_id	7s6dA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3290 —

结构域编号 domain_id	7s6dA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	366 — Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein, domain 2

结构域编号 domain_id	7s6dB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	47 — Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Thiolase/Chalcone synthase

结构域编号 domain_id	7s6dB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3290 —

结构域编号 domain_id	7s6dB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	366 — Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein, domain 2

结构域编号 domain_id	7s6dD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7s6dD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7s6dE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7s6dE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	295592

CryoEM structure of modular PKS holo-Lsd14 bound to antibody fragment 1B2, composite structure

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

6-deoxyerythronolide-B synthase EryA2, modules 3 and 4, Lsd14 Polyketide synthase fusion

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

6-deoxyerythronolide-B synthase EryA2, modules 3 and 4, Lsd14 Polyketide synthase fusion

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7s6d__assembly_1__model_1

7s6d__assembly_1__model_1 | I(q)

7s6d__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)

CryoEM structure of modular PKS holo-Lsd14 bound to antibody fragment 1B2, composite structure

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

6-deoxyerythronolide-B synthase EryA2, modules 3 and 4, Lsd14 Polyketide synthase fusion

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

6-deoxyerythronolide-B synthase EryA2, modules 3 and 4, Lsd14 Polyketide synthase fusion

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7s6d__assembly_1__model_1

7s6d__assembly_1__model_1 | I(q)

7s6d__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)