SAXSdb — 7sbd

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Profilin-2

Hevea brasiliensis

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 3 其他聚合物 1 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–131	未记录	Fab/IgE Heavy chain × 1 Fab/IgE Light chain × 1 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；2% Tacsimate, pH 6.0, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 20% w/v PEG3350	分辨率 3.04 Å R-free 0.254

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7SBD	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5FDS Crystal structure of the monomeric allergen profilin (Hev b 8) 提交 2015-12-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–131（131 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；291 K；0.1M TRIS-HCL, pH 9.0, 1.6 M Ammonium Sulfate	分辨率 1.90 Å R-free 0.197
5FEG Crystal structure of the dimeric allergen profilin (Hev b 8) 提交 2015-12-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–131（131 aa）链 B 1–131（131 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.1M TRIS-HCl, pH 9.0; 2.0 M Ammonium Sulfate	分辨率 2.80 Å R-free 0.250
7SBG Murine Fab/IgE in complex with profilin from Hevea brasieliensis (Hev b 8) 提交 2021-09-24	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–131（131 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；291 K；0.2 M lithium acetate, 20% PEG3350	分辨率 3.34 Å R-free 0.298

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PROF2_HEVBR
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 5–135； UniProt 1–131

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7sbd
沉积日期 deposition_date	2021-09-24
结构标题 title	Murine Fab/IgE in complex with profilin from Hevea brasieliensis (Hev b 8)
关键词 keywords	Antibody, Allergen, IgE/Fab fragment, complex, ALLERGEN-IMMUNE SYSTEM complex; ALLERGEN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.39 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.13 Å
零角强度 I(0) i0	57290700.00
分子量 molecular_weight	57831.0 kDa
排除体积 excluded_volume	71455 Å³
包络体积 envelope_volume	92155 Å³
水化壳体积 shell_volume	28365 Å³
包络直径 envelope_diameter	105.9 Å
壳层 Rg shell_rg	34.14 Å
包络 Rg envelope_rg	29.14 Å
形状 Rg shape_rg	29.10 Å
总 Rg total_rg	29.68 Å
总原子数 total_atoms	4077
残基数 n_residues	558
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	101.3 Å
Rg (实空间) rg_real	29.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.92 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.7290e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.7480e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.54 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	57290000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8394
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.586
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.101
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10720000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.770; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.856; Smooth: 0.741

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Fab/IgE Heavy chain
分子量 formula_weight	23226.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H
原子数 atom_count	4077

EVQLVESGGGLVQPKGSLKLSCAASGFTFNTYAMNWVRQAPGKGLEWVARIRTKTNNYVTYYADSVKDRFTISRDDSQSMLYLQMNNLKTEDTAMYYCVRHVGDYWGQGTSVTVSSASIRNPQLYPLKPCKGTASMTLGCLVKDYFPGPVTVTWYSDSLNMSTVNFPALGSELKVTTSQVTSWGKSAKNFTCHVTHPPSFNESRTILVR

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Fab/IgE Light chain
分子量 formula_weight	23616.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

DIQMTQSPASLSASVGETVTITCRASGNIHNYLAWFQQKQGKSPQLLVYNAKTLADGVPSRFSGSGSGTQYSLKINSLQPEDFGSYYCQHFWSTPYTFGGGTKLEIKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Profilin-2
分子量 formula_weight	14636.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

DDDKMSWQAYVDDHLMCEIEGNHLSAAAIIGQDGSVWAQSANFPQFKSEEITGIMSDFHEPGTLAPTGLYIGGTKYMVIQGEPGAVIRGKKGPGGVTVKKTNQALIIGIYDEPMTPGQCNMIVERLGDYLIDQGY

来源 Source

来源生物 organism	Hevea brasiliensis
通用名 common_name	rubber tree
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3981
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	894.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	7sbdH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7sbdH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7sbdL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7sbdL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	57.962 Å
晶胞边长 b length_b	77.468 Å
晶胞边长 c length_c	144.550 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	3.040 Å
最低分辨率 resolution_low	29.420 Å
R 因子 r_factor	0.2302
R_work r_work	0.2276
R_free r_free	0.2535

fit	/app/data/saxs_computation/sb/7sbd/7sbd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/sb/7sbd/7sbd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/sb/7sbd/7sbd.dat

Murine Fab/IgE in complex with profilin from Hevea brasieliensis (Hev b 8)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Profilin-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 branched

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)