7scc

T-cylinder of Synechocystis PCC 6803 Phycobilisome, complex with OCP - local refinement

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Allophycocyanin alpha chain

物种未注明

UniProt Q01951

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	Allophycocyanin beta chain × 12 （Q01952） Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core × 2 （Q01950） Phycobiliprotein ApcE × 2 （Q55544） Orange carotenoid-binding protein × 4 （P74102） Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG × 4 （P73093） PHYCOCYANOBILIN × 24 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PHAA_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 AA； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AC； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AE； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AH； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AJ； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AL； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AW； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AY； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 BA； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 BD； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 BF； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 BH； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161

Allophycocyanin beta chain

物种未注明

UniProt Q01952

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	Allophycocyanin alpha chain × 12 （Q01951） Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core × 2 （Q01950） Phycobiliprotein ApcE × 2 （Q55544） Orange carotenoid-binding protein × 4 （P74102） Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG × 4 （P73093） PHYCOCYANOBILIN × 24 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	APCB_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 AB； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AD； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AF； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AI； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AK； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AM； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AX； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AZ； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 BB； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 BE； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 BG； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 BI； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161

Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core

物种未注明

UniProt Q01950

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	Allophycocyanin alpha chain × 12 （Q01951） Allophycocyanin beta chain × 12 （Q01952） Phycobiliprotein ApcE × 2 （Q55544） Orange carotenoid-binding protein × 4 （P74102） Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG × 4 （P73093） PHYCOCYANOBILIN × 24 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PYC1_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 AO； PDB构建体 1–67； UniProt 1–67 作者链 BK； PDB构建体 1–67； UniProt 1–67

Phycobiliprotein ApcE

物种未注明

UniProt Q55544

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	Allophycocyanin alpha chain × 12 （Q01951） Allophycocyanin beta chain × 12 （Q01952） Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core × 2 （Q01950） Orange carotenoid-binding protein × 4 （P74102） Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG × 4 （P73093） PHYCOCYANOBILIN × 24 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	APCE_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 AQ； PDB构建体 1–896； UniProt 1–896 作者链 BM； PDB构建体 1–896； UniProt 1–896

Orange carotenoid-binding protein

Synechocystis sp. PCC 6803 substr. Kazusa

UniProt P74102

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	Allophycocyanin alpha chain × 12 （Q01951） Allophycocyanin beta chain × 12 （Q01952） Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core × 2 （Q01950） Phycobiliprotein ApcE × 2 （Q55544） Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG × 4 （P73093） PHYCOCYANOBILIN × 24 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	OCP_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 AS； PDB构建体 1–317； UniProt 1–317 作者链 AT； PDB构建体 1–317； UniProt 1–317 作者链 BO； PDB构建体 1–317； UniProt 1–317 作者链 BP； PDB构建体 1–317； UniProt 1–317

Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG

物种未注明

UniProt P73093

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	Allophycocyanin alpha chain × 12 （Q01951） Allophycocyanin beta chain × 12 （Q01952） Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core × 2 （Q01950） Phycobiliprotein ApcE × 2 （Q55544） Orange carotenoid-binding protein × 4 （P74102） PHYCOCYANOBILIN × 24 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PYG_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 AU； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249 作者链 AV； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249 作者链 BQ； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249 作者链 BR； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7scc
沉积日期 deposition_date	2021-09-27
结构标题 title	T-cylinder of Synechocystis PCC 6803 Phycobilisome, complex with OCP - local refinement
关键词 keywords	Complex, light harvesting, pigment, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7scc__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7scc__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7scc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	55.70 Å
Rg（电子密度）	55.32 Å
总 Rg	55.51 Å
原子数	43008
残基数	5474
排除体积	767810 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7scc__assembly_1__model_1`	36-meric （36）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Allophycocyanin alpha chain
分子量 formula_weight	17429.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AA,AC,AE,AH,AJ,AL,AW,AY,BA,BD,BF,BH
原子数 atom_count	43008

MSIVTKSIVNADAEARYLSPGELDRIKAFVTGGAARLRIAETLTGSRETIVKQAGDRLFQKRPDIVSPGGNAYGEEMTATCLRDMDYYLRLVTYGVVSGDVTPIEEIGLVGVREMYRSLGTPIEAVAQSVREMKEVASGLMSSDDAAEASAYFDFVIGKMS

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Allophycocyanin beta chain
分子量 formula_weight	17231.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AB,AD,AF,AI,AK,AM,AX,AZ,BB,BE,BG,BI

MQDAITAVINSADVQGKYLDGAAMDKLKSYFASGELRVRAASVISANAATIVKEAVAKSLLYSDVTRPGGNMYTTRRYAACIRDLDYYLRYATYAMLAGDASILDERVLNGLKETYNSLGVPISSTVQAIQAIKEVTASLVGADAGKEMGVYLDYICSGLS

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
分子量 formula_weight	7817.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AO,BK

MRMFRITACVPSQTRIRTQRELQNTYFTKLVPYDNWFREQQRIMKMGGKIVKVELATGRPGTNAGLA

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Phycobiliprotein ApcE
分子量 formula_weight	100412.7 kDa
EC 编号 ec_number	4.-.-.-
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AQ,BM

MSVKASGGSSLARPQLYQTVPVSAISQAEQQDRFLEGSELNELTAYFQSGALRLEIAETLTQNADLIVSRAANRIFTGGSPLSYLEKPVERQPALVGASSDSRNGSVTYAESNGSGGLFGGLRSVFSSTGPIPPGFRPINIARYGPSNMQKSLRDMSWFLRYTTYAIVAGDPNIIVVNTRGLKEVIENACSIDATIVAIQEMRAASADYFRNNAQAKEIVLQYFDILLSEFKAPTPANKVRQGPSNDIQGLELPQSYFNAAAKRQKYAMKPGLSALEKNAVIKAAYRQIFERDITKAYSQSISYLESQVRNGDISMKEFVRRLAKSPLYRKQFFEPFINSRALELAFRHILGRGPSSREEVQKYFSIVSSGGLPALVDALVDSQEYADYFGEETVPYLRGLGVEAQECRNWGMQQDLFSYSAPFRKVPQFITTFAQYDRPLPDQHVYGSGNDPLEIQFGAIFPKETRNPSKRPAPFNKDTKRILIHRGPAVNNQVGNPSAVGEFPGSLGAKVFRLNGGLPGAKVGKNTGTSVKFGESSTQALIRAAYRQVFGRDLYEGQRLSVAEIQLENGDISVREFIKRLAKSELFLKLYWAPHYVCKAIEYMHRRLLGRPTYGRQEMNQYFDIASKQGFYAVVEAMIDSKEYSDAFGEDTVPYERYLTPGGLQMRSARVGSLREDIGQRVDKEVTPRFVELGQVSAIRTEPEIAYRSNQGVTRQRQQTKVFKLVSTYDKVAVKNAIRAAYRQVFERDLEPYIINSEFTALESKLSNNEINVKEFIEGLGTSELYMKEFYAPYPNTKVIEMGTKHFLGRAPLNQKEIQQYNQILASQGLKAFIGAMVNGMEYLQTFGEDTVPYRRFPTLPAANFPNTERLYNKLTKQDKELVVPSFTPVVKVGG

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Orange carotenoid-binding protein
分子量 formula_weight	34684.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AS,AT,BO,BP

MPFTIDSARGIFPNTLAADVVPATIARFSQLNAEDQLALIWFAYLEMGKTLTIAAPGAASMQLAENALKEIQAMGPLQQTQAMCDLANRADTPLCRTYASWSPNIKLGFWYRLGELMEQGFVAPIPAGYQLSANANAVLATIQGLESGQQITVLRNAVVDMGFTAGKDGKRIAEPVVPPQDTASRTKVSIEGVTNATVLNYMDNLNANDFDTLIELFTSDGALQPPFQRPIVGKENVLRFFREECQNLKLIPERGVTEPAEDGFTQIKVTGKVQTPWFGGNVGMNIAWRFLLNPEGKIFFVAIDLLASPKELLNFAR

来源 Source

来源生物 organism	Synechocystis sp. PCC 6803 substr. Kazusa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1111708
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG
分子量 formula_weight	28938.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AU,AV,BQ,BR

MALPLLNYAPKSQNVRVEGYEIGSEEKPVVFTTENILSSSDMDNLIEAAYRQIFFHAFKWDREKVLESQLRNGQITVRDFVRGLLLSNTFRNSFYEKNSNYRFVEHCVQKILGRDVYSEREKIAWSIVVATKGYQGLIDDLLNSDEYLNNFGYDTVPYQRRRNLPGREAGELPFNIKSPRYDAYHRRQLGFPQIVWQNEVRRFIPQEKKLTAGNPMNFLGMARSINPAANTIPKVSAQNINIEASVPRR

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	PHYCOCYANOBILIN
分子量 formula_weight	588.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	beta,beta-carotene-4,4'-dione
分子量 formula_weight	564.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	176804

T-cylinder of Synechocystis PCC 6803 Phycobilisome, complex with OCP - local refinement

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Allophycocyanin alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Allophycocyanin beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Phycobiliprotein ApcE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Orange carotenoid-binding protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7scc__assembly_1__model_1

7scc__assembly_1__model_1 | I(q)

7scc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

7. 引用文献 (1)