SAXSdb — 7skk

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pertussis toxin subunit 1

Bordetella pertussis

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 36–216	突变：C41S	NCA NICOTINAMIDE × 1 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；0.5M (NH4)2SO4 and 0.1M HEPES pH 7	分辨率 1.65 Å R-free 0.198
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 36–216	突变：C41S	NCA NICOTINAMIDE × 1 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；0.5M (NH4)2SO4 and 0.1M HEPES pH 7	分辨率 1.65 Å R-free 0.198
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 36–216	突变：C41S	NCA NICOTINAMIDE × 1 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；0.5M (NH4)2SO4 and 0.1M HEPES pH 7	分辨率 1.65 Å R-free 0.198
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 36–216	突变：C41S	NCA NICOTINAMIDE × 1 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；0.5M (NH4)2SO4 and 0.1M HEPES pH 7	分辨率 1.65 Å R-free 0.198

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7SKK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BCP BINARY COMPLEX OF PERTUSSIS TOXIN AND ATP 提交 1995-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 35–269（235 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 2.70 Å
1BCP BINARY COMPLEX OF PERTUSSIS TOXIN AND ATP 提交 1995-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 35–269（235 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 2.70 Å
1PRT THE CRYSTAL STRUCTURE OF PERTUSSIS TOXIN 提交 1993-11-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 36–269（234 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.90 Å
1PRT THE CRYSTAL STRUCTURE OF PERTUSSIS TOXIN 提交 1993-11-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 36–269（234 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.90 Å
7SKI Pertussis toxin in complex with PJ34 提交 2021-10-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–214（179 aa）	突变：C41S	P34 N~2~,N~2~-DIMETHYL-N~1~-(6-OXO-5,6-DIHYDROPHENANTHRIDIN-2-YL)GLYCINAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；0.15M NaCl, 0.1M Tris(hydroxymethyl)aminomethane pH 8.0, 8% w/v PEG 8000	分辨率 1.10 Å R-free 0.178
7SKI Pertussis toxin in complex with PJ34 提交 2021-10-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 36–214（179 aa）	突变：C41S	P34 N~2~,N~2~-DIMETHYL-N~1~-(6-OXO-5,6-DIHYDROPHENANTHRIDIN-2-YL)GLYCINAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；0.15M NaCl, 0.1M Tris(hydroxymethyl)aminomethane pH 8.0, 8% w/v PEG 8000	分辨率 1.10 Å R-free 0.178
7SKY Pertussis toxin S1 bound to NAD+ 提交 2021-10-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 36–216（181 aa）	未记录	IOD IODIDE ION × 1 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；25% PEG 3350, 0.2M KI	分辨率 1.37 Å R-free 0.224
7SKY Pertussis toxin S1 bound to NAD+ 提交 2021-10-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–216（181 aa）	未记录	IOD IODIDE ION × 1 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；25% PEG 3350, 0.2M KI	分辨率 1.37 Å R-free 0.224
7SKY Pertussis toxin S1 bound to NAD+ 提交 2021-10-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 36–216（181 aa）	未记录	IOD IODIDE ION × 1 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；25% PEG 3350, 0.2M KI	分辨率 1.37 Å R-free 0.224
7SKY Pertussis toxin S1 bound to NAD+ 提交 2021-10-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 36–216（181 aa）	未记录	IOD IODIDE ION × 1 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；25% PEG 3350, 0.2M KI	分辨率 1.37 Å R-free 0.224
7SNE Pertussis toxin S1 subunit bound to BaAD 提交 2021-10-28	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–216（181 aa）	突变：C41S	9XR [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5S)-5-(3-carbamoylanilino)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.2M LiCl, 14% w/v PEG 3350	分辨率 1.00 Å R-free 0.219
7SNE Pertussis toxin S1 subunit bound to BaAD 提交 2021-10-28	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 36–216（181 aa）	突变：C41S	9XR [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5S)-5-(3-carbamoylanilino)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.2M LiCl, 14% w/v PEG 3350	分辨率 1.00 Å R-free 0.219
7SNE Pertussis toxin S1 subunit bound to BaAD 提交 2021-10-28	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 36–216（181 aa）	突变：C41S	9XR [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5S)-5-(3-carbamoylanilino)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.2M LiCl, 14% w/v PEG 3350	分辨率 1.00 Å R-free 0.219
7SNE Pertussis toxin S1 subunit bound to BaAD 提交 2021-10-28	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 36–216（181 aa）	突变：C41S	9XR [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5S)-5-(3-carbamoylanilino)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.2M LiCl, 14% w/v PEG 3350	分辨率 1.00 Å R-free 0.219
7U6Z Pertussis toxin E129D NAD 提交 2022-03-06	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 36–216（181 aa）	未记录	IOD IODIDE ION × 1 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；297 K；0.2M KI, 25% PEG3350	分辨率 1.30 Å R-free 0.214
7U6Z Pertussis toxin E129D NAD 提交 2022-03-06	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–216（181 aa）	未记录	IOD IODIDE ION × 1 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；297 K；0.2M KI, 25% PEG3350	分辨率 1.30 Å R-free 0.214
9MR7 Genetiocally detoxified pertussis toxin in complex with hu1B7 Fab and hu11E6 Fab 提交 2025-01-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 35–269（235 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.56 Å

共 7 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TOX1_BORPE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–184； UniProt 36–216 作者链 B； PDB构建体 4–184； UniProt 36–216 作者链 C； PDB构建体 4–184； UniProt 36–216 作者链 D； PDB构建体 4–184； UniProt 36–216

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7skk
沉积日期 deposition_date	2021-10-21
结构标题 title	pertussis toxin in complex with ADPR and Nicotinamide
关键词 keywords	TOXIN, ADP-RIBOSYLTRANSFERASE, TRANSFERASE, WHOOPING COUGH, INHIBITOR, PERTUSSIS, TRANSFERASE-INHIBITOR complex; TOXIN, TRANSFERASE/INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.48 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.96 Å
零角强度 I(0) i0	134808000.00
分子量 molecular_weight	84106.0 kDa
排除体积 excluded_volume	101490 Å³
包络体积 envelope_volume	133770 Å³
水化壳体积 shell_volume	35812 Å³
包络直径 envelope_diameter	114.5 Å
壳层 Rg shell_rg	37.64 Å
包络 Rg envelope_rg	31.89 Å
形状 Rg shape_rg	31.92 Å
总 Rg total_rg	32.49 Å
总原子数 total_atoms	5936
残基数 n_residues	720
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	110.1 Å
Rg (实空间) rg_real	32.48 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.99 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3480e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4350e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.48 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	134800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8864
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	40.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.299
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.330
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	14660000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.877; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.979; Smooth: 0.911

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Pertussis toxin subunit 1
分子量 formula_weight	20725.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.2.-, 2.4.2.30
突变 mutation	C41S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	6673

GPGDPPATVYRYDSRPPEDVFQNGFTAWGNNDNVLEHLTGRSSQVGSSNSAFVSTSSSRRYTEVYLEHRMQEAVEAERAGRGTGHFIGYIYEVRADNNFYGAASSYFEYVDTYGDNAGRILAGALATYQSEYLAHRRIPPENIRRVTRVYHNGITGETTTTEYSNARYVSQQTRANPNPYTSRR

来源 Source

来源生物 organism	Bordetella pertussis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	520
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	NICOTINAMIDE
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL [HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE ;
分子量 formula_weight	559.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	737

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	7skkA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	210 — Heat-Labile Enterotoxin; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Heat-Labile Enterotoxin, subunit A

结构域编号 domain_id	7skkB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	210 — Heat-Labile Enterotoxin; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Heat-Labile Enterotoxin, subunit A

结构域编号 domain_id	7skkC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	210 — Heat-Labile Enterotoxin; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Heat-Labile Enterotoxin, subunit A

结构域编号 domain_id	7skkD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	210 — Heat-Labile Enterotoxin; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Heat-Labile Enterotoxin, subunit A

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	34.540 Å
晶胞边长 b length_b	68.140 Å
晶胞边长 c length_c	71.730 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	91.10 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.20 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	91.28 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	1.650 Å
最低分辨率 resolution_low	31.480 Å
R 因子 r_factor	0.1660
R_work r_work	0.1643
R_free r_free	0.1979

fit	/app/data/saxs_computation/sk/7skk/7skk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/sk/7skk/7skk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/sk/7skk/7skk.dat

pertussis toxin in complex with ADPR and Nicotinamide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pertussis toxin subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction