SAXSdb — 7skm

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Zinc metalloproteinase aureolysin

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 209–509	未记录	IMPI alpha × 1 （P82176） IMPI alpha × 1 （P82176） CA CALCIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；Best crystals of aureolysin in complex with either IMPI variant were obtained at 20 degrees with protein solutions consisting of 5 mg/mL of aureolysin and 2.9 mg/mL of IMPI (peptidase:inhibitor molar ratio of 1:2.5) in 50 mM Tris-HCl, 150 mM sodium chloride, 1.6 mM calcium chloride, 8.3 microM zinc chloride, pH 8.0, which was mixed with reservoir solution comprising 0.1 M Bis-Tris, 25% (w/v) PEG 3350, pH 5.5.	分辨率 1.85 Å R-free 0.219
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 209–509	未记录	IMPI alpha × 1 （P82176） IMPI alpha × 1 （P82176） CA CALCIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；Best crystals of aureolysin in complex with either IMPI variant were obtained at 20 degrees with protein solutions consisting of 5 mg/mL of aureolysin and 2.9 mg/mL of IMPI (peptidase:inhibitor molar ratio of 1:2.5) in 50 mM Tris-HCl, 150 mM sodium chloride, 1.6 mM calcium chloride, 8.3 microM zinc chloride, pH 8.0, which was mixed with reservoir solution comprising 0.1 M Bis-Tris, 25% (w/v) PEG 3350, pH 5.5.	分辨率 1.85 Å R-free 0.219

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7SKM	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BQB AUREOLYSIN, STAPHYLOCOCCUS AUREUS METALLOPROTEINASE 提交 1998-07-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–301（301 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.2；0.1 M SODIUM ACETATE PH 5.2 AND 40% PEG 4000	分辨率 1.72 Å R-free 0.239
7SKL Complex between S. aureus aureolysin and IMPI mutant I57I 提交 2021-10-21	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 209–509（301 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Best crystals of aureolysin in complex with IMPI mutant I57F were obtained at 20 dgrees with protein solutions consisting of 5 mg/mL of aureolysin and 2.9 mg/mL of IMPI (peptidase:inhibitor molar ratio of 1:2.5) in 50 mM Tris-HCl, 150 mM sodium chloride, 1.6 mM calcium chloride, 8.3 microM zinc chloride, pH 8.0, which was mixed with reservoir solution comprising 0.1 M Bis-Tris, 25% (w/v) PEG 3350, pH 5.5.	分辨率 1.60 Å R-free 0.188
7SKL Complex between S. aureus aureolysin and IMPI mutant I57I 提交 2021-10-21	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 209–509（301 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Best crystals of aureolysin in complex with IMPI mutant I57F were obtained at 20 dgrees with protein solutions consisting of 5 mg/mL of aureolysin and 2.9 mg/mL of IMPI (peptidase:inhibitor molar ratio of 1:2.5) in 50 mM Tris-HCl, 150 mM sodium chloride, 1.6 mM calcium chloride, 8.3 microM zinc chloride, pH 8.0, which was mixed with reservoir solution comprising 0.1 M Bis-Tris, 25% (w/v) PEG 3350, pH 5.5.	分辨率 1.60 Å R-free 0.188

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AURE_STAAU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–301； UniProt 209–509 作者链 C； PDB构建体 1–301； UniProt 209–509

IMPI alpha

Galleria mellonella

UniProt P82176

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 19–56 链 E； UniProt 57–88	未记录	Zinc metalloproteinase aureolysin × 1 （P81177） CA CALCIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；Best crystals of aureolysin in complex with either IMPI variant were obtained at 20 degrees with protein solutions consisting of 5 mg/mL of aureolysin and 2.9 mg/mL of IMPI (peptidase:inhibitor molar ratio of 1:2.5) in 50 mM Tris-HCl, 150 mM sodium chloride, 1.6 mM calcium chloride, 8.3 microM zinc chloride, pH 8.0, which was mixed with reservoir solution comprising 0.1 M Bis-Tris, 25% (w/v) PEG 3350, pH 5.5.	分辨率 1.85 Å R-free 0.219
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 19–56 链 F； UniProt 57–88	未记录	Zinc metalloproteinase aureolysin × 1 （P81177） CA CALCIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；Best crystals of aureolysin in complex with either IMPI variant were obtained at 20 degrees with protein solutions consisting of 5 mg/mL of aureolysin and 2.9 mg/mL of IMPI (peptidase:inhibitor molar ratio of 1:2.5) in 50 mM Tris-HCl, 150 mM sodium chloride, 1.6 mM calcium chloride, 8.3 microM zinc chloride, pH 8.0, which was mixed with reservoir solution comprising 0.1 M Bis-Tris, 25% (w/v) PEG 3350, pH 5.5.	分辨率 1.85 Å R-free 0.219

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7SKM	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3SSB Structure of Insect Metalloproteinase Inhibitor in Complex with Thermolysin 提交 2011-07-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 19–56（38 aa）片段：UNP residues 19-56 链 I 57–88（32 aa）片段：UNP residues 57-88	未记录	GOL GLYCEROL × 2 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 3 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；20% w/v PEG 4000, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.193
3SSB Structure of Insect Metalloproteinase Inhibitor in Complex with Thermolysin 提交 2011-07-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 19–56（38 aa）片段：UNP residues 19-56 链 J 57–88（32 aa）片段：UNP residues 57-88	未记录	GOL GLYCEROL × 1 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 3 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；20% w/v PEG 4000, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.193
7SKL Complex between S. aureus aureolysin and IMPI mutant I57I 提交 2021-10-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 19–56（38 aa）链 E 57–88（32 aa）	突变：I57F	CA CALCIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Best crystals of aureolysin in complex with IMPI mutant I57F were obtained at 20 dgrees with protein solutions consisting of 5 mg/mL of aureolysin and 2.9 mg/mL of IMPI (peptidase:inhibitor molar ratio of 1:2.5) in 50 mM Tris-HCl, 150 mM sodium chloride, 1.6 mM calcium chloride, 8.3 microM zinc chloride, pH 8.0, which was mixed with reservoir solution comprising 0.1 M Bis-Tris, 25% (w/v) PEG 3350, pH 5.5.	分辨率 1.60 Å R-free 0.188
7SKL Complex between S. aureus aureolysin and IMPI mutant I57I 提交 2021-10-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 19–56（38 aa）链 F 57–88（32 aa）	突变：I57F	CA CALCIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Best crystals of aureolysin in complex with IMPI mutant I57F were obtained at 20 dgrees with protein solutions consisting of 5 mg/mL of aureolysin and 2.9 mg/mL of IMPI (peptidase:inhibitor molar ratio of 1:2.5) in 50 mM Tris-HCl, 150 mM sodium chloride, 1.6 mM calcium chloride, 8.3 microM zinc chloride, pH 8.0, which was mixed with reservoir solution comprising 0.1 M Bis-Tris, 25% (w/v) PEG 3350, pH 5.5.	分辨率 1.60 Å R-free 0.188

共 2 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IMPI_GALME
Isoform	—
PDB实体	2, 3
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–40； UniProt 19–56 作者链 D； PDB构建体 3–40； UniProt 19–56 作者链 E； PDB构建体 1–32； UniProt 57–88 作者链 F； PDB构建体 1–32； UniProt 57–88

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7skm
沉积日期 deposition_date	2021-10-21
结构标题 title	Complex between S. aureus aureolysin and wt IMPI.
关键词 keywords	Metallopeptidase, inhibitor complex, point mutant, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.27 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.74 Å
零角强度 I(0) i0	122840000.00
分子量 molecular_weight	81918.0 kDa
排除体积 excluded_volume	99826 Å³
包络体积 envelope_volume	124240 Å³
水化壳体积 shell_volume	35898 Å³
包络直径 envelope_diameter	101.5 Å
壳层 Rg shell_rg	36.13 Å
包络 Rg envelope_rg	28.61 Å
形状 Rg shape_rg	28.75 Å
总 Rg total_rg	29.37 Å
总原子数 total_atoms	5742
残基数 n_residues	734
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	95.1 Å
Rg (实空间) rg_real	29.24 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.65 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2280e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6570e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	122800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9006
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.290
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.423
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	29450000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.909; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.976

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Zinc metalloproteinase aureolysin
分子量 formula_weight	33336.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.24.29
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	6467

AAATGTGKGVLGDTKDININSIDGGFSLEDLTHQGKLSAYNFNDQTGQATLITNEDENFVKDDQRAGVDANYYAKQTYDYYKNTFGRESYDNHGSPIVSLTHVNHYGGQDNRNNAAWIGDKMIYGDGDGRTFTNLSGANDVVAHELTHGVTQETANLEYKDQSGALNESFSDVFGYFVDDEDFLMGEDVYTPGKEGDALRSMSNPEQFGQPSHMKDYVYTEKDNGGVHTNSGIPNKAAYNVIQAIGKSKSEQIYYRALTEYLTSNSNFKDCKDALYQAAKDLYDEQTAEQVYEAWNEVGVE

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	IMPI alpha
分子量 formula_weight	4286.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

GMSIVLICNGGHEYYECGGACDNVCADLHIQNKTNCPIIN

来源 Source

来源生物 organism	Galleria mellonella
通用名 common_name	Greater wax moth
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7137
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	IMPI alpha
分子量 formula_weight	3684.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

IRCNDKCYCEDGYARDVNGKCIPIKDCPKIRS

来源 Source

来源生物 organism	Galleria mellonella
通用名 common_name	Greater wax moth
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7137
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	709

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	68.140 Å
晶胞边长 b length_b	68.140 Å
晶胞边长 c length_c	166.180 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41
空间群编号 int_tables_number	76
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.850 Å
最低分辨率 resolution_low	52.689 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1644
R_free r_free	0.2186

fit	/app/data/saxs_computation/sk/7skm/7skm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/sk/7skm/7skm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/sk/7skm/7skm.dat

Complex between S. aureus aureolysin and wt IMPI.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Zinc metalloproteinase aureolysin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

IMPI alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)