7smc

p107 pocket domain complexed with ARID4A peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 89.0 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Retinoblastoma-like protein 1

Homo sapiens

UniProt P28749

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 391–601 链 A; UniProt 780–887 链 A; UniProt 924–972 片段:UNP residues 391-601,780-887,924-972 AT-rich interactive domain-containing protein 4A × 1 (P29374) SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;277 K;100 mM MES, pH 6.5, 4% PEG400, 1.6 M ammonium sulfate 分辨率 2.70 Å R-free 0.298
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 391–601 链 C; UniProt 780–887 链 C; UniProt 924–972 片段:UNP residues 391-601,780-887,924-972 AT-rich interactive domain-containing protein 4A × 1 (P29374) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;277 K;100 mM MES, pH 6.5, 4% PEG400, 1.6 M ammonium sulfate 分辨率 2.70 Å R-free 0.298

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RBL1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–214; UniProt 391–601 作者链 A; PDB构建体 215–322; UniProt 780–887 作者链 A; PDB构建体 323–371; UniProt 924–972 作者链 C; PDB构建体 4–214; UniProt 391–601 作者链 C; PDB构建体 215–322; UniProt 780–887 作者链 C; PDB构建体 323–371; UniProt 924–972

AT-rich interactive domain-containing protein 4A

物种未注明

UniProt P29374

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 953–967 片段:UNP residues 953-967 Retinoblastoma-like protein 1 × 1 (P28749) SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;277 K;100 mM MES, pH 6.5, 4% PEG400, 1.6 M ammonium sulfate 分辨率 2.70 Å R-free 0.298
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 953–967 片段:UNP residues 953-967 Retinoblastoma-like protein 1 × 1 (P28749) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;277 K;100 mM MES, pH 6.5, 4% PEG400, 1.6 M ammonium sulfate 分辨率 2.70 Å R-free 0.298

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ARI4A_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–15; UniProt 953–967 作者链 D; PDB构建体 1–15; UniProt 953–967

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7smc

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7smc
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7smc
沉积日期 deposition_date2021-10-25
结构标题 titlep107 pocket domain complexed with ARID4A peptide
关键词 keywordsTranscription, cyclin box pocket transcriptional regulator, cell cycle; CELL CYCLE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.43
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.24
零角强度 I(0) i0103221000.00
分子量 molecular_weight81345.0 kDa
排除体积 excluded_volume102440 ų
包络体积 envelope_volume128700 ų
水化壳体积 shell_volume37374 ų
包络直径 envelope_diameter93.4
壳层 Rg shell_rg35.99
包络 Rg envelope_rg28.03
形状 Rg shape_rg28.21
总 Rg total_rg29.12
总原子数 total_atoms5719
残基数 n_residues705
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax89.0
Rg (实空间) rg_real29.27
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.59
I(0) (实空间) i0_real1.0320e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4140e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.34
I(0) (倒空间) i0_reciprocal103200000.0000
解质量估计 total_estimate0.9080
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary41.2
偏度 Skewness skewness0.106
峰度 Kurtosis kurtosis-0.522
角度范围 angular_range— – 0.2700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha24650000.0000
实空间数据点数 n_real_points55
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.952; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.961

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)