Capsid protein p24
Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10)
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白拷贝数一致 | 链 A； UniProt 133–363 链 B； UniProt 133–363 链 C； UniProt 133–363 链 D； UniProt 133–363 链 E； UniProt 133–363 链 F； UniProt 133–363 | 突变：A14C, E45C, W184A, M185A | Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6 × 6 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；0.1M Tris pH 8.2, 8% peg 8000, 5% Glycerol | 分辨率 2.81 Å R-free 0.282 |
| 2 | 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白拷贝数一致 | 链 G； UniProt 133–363 链 H； UniProt 133–363 链 I； UniProt 133–363 链 J； UniProt 133–363 链 K； UniProt 133–363 链 L； UniProt 133–363 | 突变：A14C, E45C, W184A, M185A | Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6 × 6 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；0.1M Tris pH 8.2, 8% peg 8000, 5% Glycerol | 分辨率 2.81 Å R-free 0.282 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 7SNQ | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1AJV HIV-1 PROTEASE IN COMPLEX WITH THE CYCLIC SULFAMIDE INHIBITOR AHA006 提交 1997-05-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
69–167（99 aa）
链 B
69–167（99 aa）
|
未记录 | NMB 2,7-DIBENZYL-1,1-DIOXO-3,6-BIS-PHENOXYMETHYL-[1,2,7]THIADIAZEPANE-4,5-DIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；277 K；CRYSTALLIZATION WAS PERFORMED BY VAPOR DIFFUSION. PROTEASE (2 MG/ML) AND INHIBITOR (40 MM IN DMSO) WAS MIXED IN A RATIO OF 1:1 AND SUBJECTED TO COCRYSTALLIZATION. DROPS CONSISTING OF 5 MICROLITERS OF THE PROTEASE-INHIBITOR MIXTURE PLUS 5 MICROLITERS OF THE CRYSTALLIZATION BUFFER (50 MM MES PH 5.5, 0.4 M NACL AND 0.02% (W/V) NAN3) WERE EQUILIBRATED AGAINST THE SAME BUFFER AT 4 DEGREES C., vapor diffusion, temperature 277K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.247 |
| 1AJX HIV-1 PROTEASE IN COMPLEX WITH THE CYCLIC UREA INHIBITOR AHA001 提交 1997-05-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
69–167（99 aa）
链 B
69–167（99 aa）
|
未记录 | AH1 AHA001 × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；277 K；CRYSTALLIZATION WAS PERFORMED BY VAPOR DIFFUSION. PROTEASE (2 MG/ML) AND INHIBITOR (40 MM IN DMSO) WAS MIXED IN A RATIO OF 1:1 AND SUBJECTED TO COCRYSTALLIZATION. DROPS CONSISTING OF 5 MICROLITERS OF THE PROTEASE-INHIBITOR MIXTURE PLUS 5 MICROLITERS OF THE CRYSTALLIZATION BUFFER (50 MM MES PH 5.5, 0.4 M NACL AND 0.02% (W/V) NAN3) WERE EQUILIBRATED AGAINST THE SAME BUFFER AT 4 DEGREES C., vapor diffusion, temperature 277K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.237 |
| 1AXA ACTIVE-SITE MOBILITY IN HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 PROTEASE AS DEMONSTRATED BY CRYSTAL STRUCTURE OF A28S MUTANT 提交 1997-10-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
69–167（99 aa）
链 B
69–167（99 aa）
|
突变：A28S 突变：A28S | U0E N-[[1-[N-ACETAMIDYL]-[1-CYCLOHEXYLMETHYL-2-HYDROXY-4-ISOPROPYL]-BUT-4-YL]-CARBONYL]-GLUTAMINYL-ARGINYL-AMIDE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.8；pH 6.8
|
分辨率 2.00 Å |
| 1BQM HIV-1 RT/HBY 097 提交 1998-08-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
599–1154（556 aa）
链 B
599–1028（430 aa）
|
突变：C280S 突变：C280S | HBY (S)-4-ISOPROPOXYCARBONYL-6-METHOXY-3-METHYLTHIOMETHYL-3,4-DIHYDROQUINOXALIN-2(1H)-THIONE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.8；pH 6.8
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.362 |
| 1BQN TYR 188 LEU HIV-1 RT/HBY 097 提交 1998-08-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
599–1156（558 aa）
链 B
599–1028（430 aa）
|
突变：Y188L, C280S 突变：Y188L, C280S | HBY (S)-4-ISOPROPOXYCARBONYL-6-METHOXY-3-METHYLTHIOMETHYL-3,4-DIHYDROQUINOXALIN-2(1H)-THIONE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.8；pH 6.8
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.362 |
| 1D4H HIV-1 Protease in complex with the inhibitor BEA435 提交 1999-10-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
69–167（99 aa）
链 B
69–167（99 aa）
|
未记录 | BEH 2,5-DIBENZYLOXY-3,4-DIHYDROXY-HEXANEDIOIC ACID BENZYLAMIDE (2-HYDROXY-INDAN-1-YL)-AMIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；sodium chloride, MES, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.81 Å R-free 0.231 |
| 1D4I HIV-1 protease in complex with the inhibitor BEA425 提交 1999-10-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
69–167（99 aa）
链 B
69–167（99 aa）
|
未记录 | BEG 2,5-DIBENZYLOXY-3-HYDROXY-HEXANEDIOIC ACID BIS-[(2-HYDROXY-INDAN-1-YL)-AMIDE] × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；sodium chloride, MES, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.81 Å R-free 0.228 |
| 1D4J HIV-1 protease in complex with the inhibitor MSL370 提交 1999-10-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
69–167（99 aa）
链 B
69–167（99 aa）
|
未记录 | MSC 2,5-DIBENZYLOXY-3,4-DIHYDROXY-HEXANEDIOIC ACID 2-CHLORO-6-FLUORO-BENZYLAMIDE (2-HYDROXY-INDAN-1- YL)-AMIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；sodium chloride, MES, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.81 Å R-free 0.229 |
| 1DLO HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 提交 1996-04-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
599–1154（556 aa）
链 B
599–1025（427 aa）
|
突变：C280S 突变：C280S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.70 Å R-free 0.336 |
| 1DW6 Structural and kinetic analysis of drug resistant mutants of HIV-1 protease 提交 2000-01-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
501–599（99 aa）
链 D
501–599（99 aa）
|
突变：Q7K, L33I, L63I, C67A, L90M, C95A 突变：Q7K, L33I, L63I, C67A, L90M, C95A | 0Q4 N-[(2R)-2-({N~5~-[amino(iminio)methyl]-L-ornithyl-L-valyl}amino)-4-methylpentyl]-L-phenylalanyl-L-alpha-glutamyl-L-alanyl-L-norleucinamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；CITRATE/PHOSPHATE BUFFER 0.05M, DTT 10MM, DMSO 10%, SATURATED AMMONIUM SULPHAT25-50%, PROTEIN 2-5 MG/MLE , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.88 Å R-free 0.249 |
| 1EBK Structural and kinetic analysis of drug resistant mutants of HIV-1 protease 提交 2000-01-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
69–167（99 aa）
片段：FRAGMENT 69-167
链 D
69–167（99 aa）
片段：FRAGMENT 69-167
|
突变：Q7K, R8Q, L33I, L63I, C67A, C95A 突变：Q7K, R8Q, L33I, L63I, C67A, C95A | 0Q4 N-[(2R)-2-({N~5~-[amino(iminio)methyl]-L-ornithyl-L-valyl}amino)-4-methylpentyl]-L-phenylalanyl-L-alpha-glutamyl-L-alanyl-L-norleucinamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；CITRATE/PHOSPHATE BUFFER 0.05M, DTT 10MM, DMSO 10%, SATURATED AMMONIUM SULPHATE (25-50%), PROTEIN 2-5 MG/ML, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.06 Å R-free 0.306 |
| 1EBK Structural and kinetic analysis of drug resistant mutants of HIV-1 protease 提交 2000-01-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
69–167（99 aa）
片段：FRAGMENT 69-167
链 F
69–167（99 aa）
片段：FRAGMENT 69-167
|
突变：Q7K, R8Q, L33I, L63I, C67A, C95A 突变：Q7K, R8Q, L33I, L63I, C67A, C95A | 0Q4 N-[(2R)-2-({N~5~-[amino(iminio)methyl]-L-ornithyl-L-valyl}amino)-4-methylpentyl]-L-phenylalanyl-L-alpha-glutamyl-L-alanyl-L-norleucinamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；CITRATE/PHOSPHATE BUFFER 0.05M, DTT 10MM, DMSO 10%, SATURATED AMMONIUM SULPHATE (25-50%), PROTEIN 2-5 MG/ML, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.06 Å R-free 0.306 |
| 1EBW HIV-1 protease in complex with the inhibitor BEA322 提交 2000-01-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
69–167（99 aa）
片段：FRAGMENT 69-167
链 B
69–167（99 aa）
片段：FRAGMENT 69-167
|
未记录 | BEI N,N-[2,5-O-[DIBENZYL]-GLUCARYL]-DI-[ISOLEUCYL-AMIDO-METHANE] × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；0.4 M Sodium chloride,
0.05 M MES,
0.02 % (W/V) sodium azide, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.81 Å R-free 0.219 |
| 1EBY HIV-1 protease in complex with the inhibitor BEA369 提交 2000-01-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
69–167（99 aa）
片段：FRAGMENT 69-167
链 B
69–167（99 aa）
片段：FRAGMENT 69-167
|
未记录 | BEB N,N-[2,5-O-DIBENZYL-GLUCARYL]-DI-[1-AMINO-INDAN-2-OL] × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；0.4 M Sodium chloride, 0.05 M MES, 0.02 % (W/V)
sodium azide, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.29 Å R-free 0.205 |
| 1EBZ HIV-1 protease in complex with the inhibitor BEA388 提交 2000-01-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
69–167（99 aa）
片段：FRAGMENT 69-167
链 B
69–167（99 aa）
片段：FRAGMENT 69-167
|
未记录 | BEC [5-(2-HYDROXY-INDAN-1-YLCARBAMOYL)-3,4-DIHYDROXY-2,5-[DIBENZYL-OXY]-PENTANOYL]-VALINYL-AMIDO-METHANE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；0.4 M Sodium chloride, 0.05 M MES, 0.02 %
(W/V) sodium azide, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.01 Å R-free 0.208 |
| 1EC0 HIV-1 protease in complex with the inhibitor bea403 提交 2000-01-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
69–167（99 aa）
片段：FRAGMENT 69-167
链 B
69–167（99 aa）
片段：FRAGMENT 69-167
|
未记录 | BED N,N-[2,5-O-DI-2-FLUORO-BENZYL-GLUCARYL]-DI-[1-AMINO-INDAN-2-OL] × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；0.4 M Sodium chloride, 0.05 M MES, 0.02 % (W/V) sodium
azide, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.79 Å R-free 0.222 |
| 1EC1 HIV-1 protease in complex with the inhibitor BEA409 提交 2000-01-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
69–167（99 aa）
片段：FRAGMENT 69-167
链 B
69–167（99 aa）
片段：FRAGMENT 69-167
|
未记录 | BEE N,N-[2,5-O-[DI-4-THIOPHEN-3-YL-BENZYL]-GLUCARYL]-DI-[VALYL-AMIDO-METHANE] × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；0.4 M Sodium chloride, 0.05 M MES, 0.02 % (W/V) sodium azide, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.236 |
| 1EC2 HIV-1 protease in complex with the inhibitor BEA428 提交 2000-01-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
69–167（99 aa）
片段：FRAGMENT 69-167
链 B
69–167（99 aa）
片段：FRAGMENT 69-167
|
未记录 | BEJ N,N-[2,5-O-[DI-4-PYRIDIN-3-YL-BENZYL]-GLUCARYL]-DI-[VALYL-AMIDO-METHANE] × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；0.4 M Sodium chloride, 0.05 M MES, 0.02 % (W/V) sodium azide, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.245 |
| 1EC3 HIV-1 protease in complex with the inhibitor MSA367 提交 2000-01-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
69–167（99 aa）
片段：FRAGMENT 69-167
链 B
69–167（99 aa）
片段：FRAGMENT 69-167
|
未记录 | MS3 N,N-[2,5-O-DIBENZYL-GLUCARYL]-DI-[VALINYL-AMINOMETHANYL-PYRIDINE] × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；0.4 M Sodium chloride, 0.05 M MES, 0.02% (W/V) sodium azide, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.260 |
| 1EET HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE IN COMPLEX WITH THE INHIBITOR MSC204 提交 2000-02-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
599–1155（557 aa）
片段：RESIDUES 1-557
链 B
599–1025（427 aa）
片段：RESIDUES 1001-1427
|
突变：E478Q | BFU 1-(5-BROMO-PYRIDIN-2-YL)-3-[2-(6-FLUORO-2-HYDROXY-3-PROPIONYL-PHENYL)-CYCLOPROPYL]-UREA × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；294 K；Ammonium Sulfate, Potassium chloride, HEPES, Magnesium Chloride , pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 2.73 Å R-free 0.271 |
| 1EET HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE IN COMPLEX WITH THE INHIBITOR MSC204 提交 2000-02-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
599–1155（557 aa）
片段：RESIDUES 1-557
链 B
599–1025（427 aa）
片段：RESIDUES 1001-1427
|
突变：E478Q | BFU 1-(5-BROMO-PYRIDIN-2-YL)-3-[2-(6-FLUORO-2-HYDROXY-3-PROPIONYL-PHENYL)-CYCLOPROPYL]-UREA × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；294 K；Ammonium Sulfate, Potassium chloride, HEPES, Magnesium Chloride , pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 2.73 Å R-free 0.271 |
| 1HBV A CHECK ON RATIONAL DRUG DESIGN. CRYSTAL STRUCTURE OF A COMPLEX OF HIV-1 PROTEASE WITH A NOVEL GAMMA-TURN MIMETIC 提交 1995-03-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
69–167（99 aa）
链 B
69–167（99 aa）
|
未记录 | GAN 2-[3-BENZYL-5-(1-ALANYL-AMINOETHYL)-2,3,6,7-TETRAHYDRO-1H-AZEPIN-1-YL]-1-OXOPROPYL-VALINYL-VALINE-METHYLESTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.30 Å |
| 1HEF The crystal structures at 2.2 angstroms resolution of hydroxyethylene-based inhibitors bound to human immunodeficiency virus type 1 protease show that the inhibitors are present in two distinct orientations 提交 1992-09-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 E
69–167（99 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.20 Å |
| 1HEG The crystal structures at 2.2 angstroms resolution of hydroxyethylene-based inhibitors bound to human immunodeficiency virus type 1 protease show that the inhibitors are present in two distinct orientations 提交 1992-09-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
69–167（99 aa）
|
未记录 | PSI methyl N-{(4S,5S)-5-[(L-alanyl-L-alanyl)amino]-4-hydroxy-6-phenylhexanoyl}-L-valyl-L-valinate × 2 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.20 Å |
| 1HIH COMPARATIVE ANALYSIS OF THE X-RAY STRUCTURES OF HIV-1 AND HIV-2 PROTEASES IN COMPLEX WITH CGP 53820, A NOVEL PSEUDOSYMMETRIC INHIBITOR 提交 1995-03-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
69–167（99 aa）
链 B
69–167（99 aa）
|
未记录 | BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 2 C20 ACETYL-NH-VAL-CYCLOHEXYL-CH2[NCH2CHOH]CH2-BENZYL-VAL-NH-ACETYL × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.20 Å |
| 1HMV THE STRUCTURE OF UNLIGANDED REVERSE TRANSCRIPTASE FROM THE HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 提交 1994-12-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
168–727（560 aa）
链 B
168–607（440 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.20 Å R-free 0.297 |
| 1HMV THE STRUCTURE OF UNLIGANDED REVERSE TRANSCRIPTASE FROM THE HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 提交 1994-12-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
168–727（560 aa）
链 D
168–607（440 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.20 Å R-free 0.297 |
| 1HMV THE STRUCTURE OF UNLIGANDED REVERSE TRANSCRIPTASE FROM THE HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 提交 1994-12-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
168–727（560 aa）
链 F
168–607（440 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.20 Å R-free 0.297 |
| 1HMV THE STRUCTURE OF UNLIGANDED REVERSE TRANSCRIPTASE FROM THE HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 提交 1994-12-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 G
168–727（560 aa）
链 H
168–607（440 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.20 Å R-free 0.297 |
| 1HNI STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE IN A COMPLEX WITH THE NONNUCLEOSIDE INHIBITOR ALPHA-APA R 95845 AT 2.8 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1995-02-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
599–1156（558 aa）
|
未记录 | AAA (2-ACETYL-5-METHYLANILINO)(2,6-DIBROMOPHENYL)ACETAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.80 Å |
| 1HNV STRUCTURE OF HIV-1 RT(SLASH)TIBO R 86183 COMPLEX REVEALS SIMILARITY IN THE BINDING OF DIVERSE NONNUCLEOSIDE INHIBITORS 提交 1995-03-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
599–1156（558 aa）
链 B
599–1025（427 aa）
|
未记录 | TBO 5-CHLORO-8-METHYL-7-(3-METHYL-BUT-2-ENYL)-6,7,8,9-TETRAHYDRO-2H-2,7,9A-TRIAZA-BENZO[CD]AZULENE-1-THIONE × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.00 Å R-free 0.356 |
| 1HOS INHIBITION OF HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS-1 PROTEASE BY A C2-SYMMETRIC PHOSPHINATE SYNTHESIS AND CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSIS 提交 1993-04-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
69–167（99 aa）
链 B
69–167（99 aa）
|
未记录 | PHP (2-PHENYL-1-CARBOBENZYL-OXYVALYL-AMINO)-ETHYL-PHOSPHINIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.30 Å |
| 1HPS RATIONAL DESIGN, SYNTHESIS AND CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSIS OF A HYDROXYETHYLENE-BASED HIV-1 PROTEASE INHIBITOR CONTAINING A HETEROCYCLIC P1'-P2' AMIDE BOND ISOSTERE 提交 1994-05-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
69–167（99 aa）
链 B
69–167（99 aa）
|
未记录 | RUN 2-[(1R,3S,4S)-1-BENZYL-4-[N-(BENZYLOXYCARBONYL)-L-VALYL]AMINO-3-PHENYLPENTYL]-4(5)-(2-METHYLPROPIONYL)IMIDAZOLE × 2 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.30 Å |
| 1HPZ HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 提交 2000-12-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
599–1158（560 aa）
片段：P66 SUBUNIT
链 B
599–1028（430 aa）
片段：P51 SUBUNIT
|
突变：K103N, C280S 突变：K103N, C280S | AAP ALPHA-(2,6-DICHLOROPHENYL)-ALPHA-(2-ACETYL-5-METHYLANILINO)ACETAMIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；Bis-Tris.propane, ammoniun sulfate, glycerol, PEG 8000, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.343 |
| 1HQE HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 提交 2000-12-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
168–727（560 aa）
片段：P66 SUBUNIT
链 B
168–597（430 aa）
片段：P51 SUBUNIT
|
突变：K103N, C280S 突变：K103N, C280S | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；Bis-Tris.propane, ammoniun sulfate, glycerol, PEG 8000, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.331 |
| 1HQU HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 提交 2000-12-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
168–727（560 aa）
片段：P66 SUBUNIT
链 B
168–597（430 aa）
片段：P51 SUBUNIT
|
突变：K103N, C280S 突变：K103N, C280S | HBY (S)-4-ISOPROPOXYCARBONYL-6-METHOXY-3-METHYLTHIOMETHYL-3,4-DIHYDROQUINOXALIN-2(1H)-THIONE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；BIS-TRIS.PROPANE, AMMONIUN SULFATE, GLYCEROL, PEG 8000, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.345 |
| 1HRH CRYSTAL STRUCTURE OF THE RIBONUCLEASE H DOMAIN OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE 提交 1991-03-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
594–729（136 aa）
链 B
594–729（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.40 Å |
| 1HTE X-RAY CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES OF A SERIES OF PENICILLIN-DERIVED ASYMMETRIC INHIBITORS OF HIV-1 PROTEASE 提交 1994-04-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
69–167（99 aa）
链 B
69–167（99 aa）
|
未记录 | G23 (2R,4S)-2-[(R)-BENZYLCARBAMOYL-PHENYLACETYL-METHYL]-5,5-DIMETHYL-THIAZOLIDINE-4-CARBOXYLIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.80 Å |
| 1HTF X-RAY CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES OF A SERIES OF PENICILLIN-DERIVED ASYMMETRIC INHIBITORS OF HIV-1 PROTEASE 提交 1994-04-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
69–167（99 aa）
链 B
69–167（99 aa）
|
未记录 | G26 2-(BENZYLCARBAMOYL-PHENYLACETYLAMINO-METHYL)-5,5-DIMETHYL-THIAZOLIDINE-4-CARBOXYLIC ACID (HYDROXYMETHYL-2-PHENYLETHYL)AMIDE × 2 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.20 Å |
| 1HTG X-RAY CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES OF A SERIES OF PENICILLIN-DERIVED ASYMMETRIC INHIBITORS OF HIV-1 PROTEASE 提交 1994-04-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
69–167（99 aa）
链 B
69–167（99 aa）
|
未记录 | G37 2-(BENZYLCARBAMOYL-PHENYLACETYLAMINO-METHYL)-5,5-DIMETHYL-THIAZOLIDINE-4-CARBOXYLIC ACID 3-[(1H-BENZIMIDAZOL-2-YLMETHYLCARBAMOYL)-1-BENZYL-2-HYDROXYPROPYL]-AMIDE × 2 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.00 Å |
| 1HVK INFLUENCE OF STEREOCHEMISTRY ON ACTIVITY AND BINDING MODES FOR C2 SYMMETRY-BASED DIOL INHIBITORS OF HIV-1 PROTEASE 提交 1994-01-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
69–167（99 aa）
链 B
69–167（99 aa）
|
未记录 | A79 N-{1-BENZYL-(2S,3S)-2,3-DIHYDROXY-4-[3-METHYL-2-(3-METHYL-3-PYRIDIN-2-YLMETHYL-UREIDO)-BUTYRYLAMINO]-5-PHENYL-PENTYL}-3-METHYL-2-(3-METHYL-3-PYRIDIN-2-YLMETHYL-UREIDO)-BUTYRAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.80 Å |
| 1HVU HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEXED WITH A 33-BASE NUCLEOTIDE RNA PSEUDOKNOT 提交 1998-06-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 A
599–1152（554 aa）
链 B
603–1025（423 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 4.75 Å R-free 0.413 |
| 1HVU HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEXED WITH A 33-BASE NUCLEOTIDE RNA PSEUDOKNOT 提交 1998-06-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 D
599–1152（554 aa）
链 E
603–1025（423 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 4.75 Å R-free 0.413 |
| 1HVU HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEXED WITH A 33-BASE NUCLEOTIDE RNA PSEUDOKNOT 提交 1998-06-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 G
599–1152（554 aa）
链 H
603–1025（423 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 4.75 Å R-free 0.413 |
| 1HVU HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEXED WITH A 33-BASE NUCLEOTIDE RNA PSEUDOKNOT 提交 1998-06-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 J
599–1152（554 aa）
链 K
603–1025（423 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 4.75 Å R-free 0.413 |
| 1HYS CRYSTAL STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE IN COMPLEX WITH A POLYPURINE TRACT RNA:DNA 提交 2001-01-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric |
链 A
168–720（553 aa）
片段：P66
链 B
168–592（425 aa）
片段：P51
|
突变：C280S 突变：C280S | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；297 K；ammonium sulfate, cacodylate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.316 |
| 1IKV K103N Mutant HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with Efivarenz 提交 2001-05-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
168–727（560 aa）
链 B
168–594（427 aa）
|
突变：K103N, E478Q 突变：K103N | EFZ (-)-6-CHLORO-4-CYCLOPROPYLETHYNYL-4-TRIFLUOROMETHYL-1,4-DIHYDRO-2H-3,1-BENZOXAZIN-2-ONE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；295 K；ammonium sulphate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.294 |
| 1IKV K103N Mutant HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with Efivarenz 提交 2001-05-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
168–727（560 aa）
链 B
168–594（427 aa）
|
突变：K103N, E478Q 突变：K103N | EFZ (-)-6-CHLORO-4-CYCLOPROPYLETHYNYL-4-TRIFLUOROMETHYL-1,4-DIHYDRO-2H-3,1-BENZOXAZIN-2-ONE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；295 K；ammonium sulphate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.294 |
| 1IKW Wild Type HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with Efavirenz 提交 2001-05-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
168–727（560 aa）
链 B
168–594（427 aa）
|
突变：E478Q | EFZ (-)-6-CHLORO-4-CYCLOPROPYLETHYNYL-4-TRIFLUOROMETHYL-1,4-DIHYDRO-2H-3,1-BENZOXAZIN-2-ONE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；295 K；ammonium sulphate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.272 |
| 1IKW Wild Type HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with Efavirenz 提交 2001-05-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
168–727（560 aa）
链 B
168–594（427 aa）
|
突变：E478Q | EFZ (-)-6-CHLORO-4-CYCLOPROPYLETHYNYL-4-TRIFLUOROMETHYL-1,4-DIHYDRO-2H-3,1-BENZOXAZIN-2-ONE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；295 K；ammonium sulphate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.272 |
| 1IKX K103N Mutant HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with the Inhibitor PNU142721 提交 2001-05-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
168–727（560 aa）
链 B
168–594（427 aa）
|
突变：K103N, E478Q 突变：K1103N | PNU 6-CHLORO-2-(1-FURO[2,3-C]PYRIDIN-5-YL-ETHYLSULFANYL)-PYRIMIDIN-4-YLAMINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；295 K；Ammonium sulphate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.274 |
| 1IKX K103N Mutant HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with the Inhibitor PNU142721 提交 2001-05-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
168–727（560 aa）
链 B
168–594（427 aa）
|
突变：K103N, E478Q 突变：K1103N | PNU 6-CHLORO-2-(1-FURO[2,3-C]PYRIDIN-5-YL-ETHYLSULFANYL)-PYRIMIDIN-4-YLAMINE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；295 K；Ammonium sulphate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.274 |
| 1IKY HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with the Inhibitor MSC194 提交 2001-05-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
168–727（560 aa）
链 B
168–594（427 aa）
|
突变：K103N, E478Q 突变：K1103N | MSD 1-[2-(3-ACETYL-2-HYDROXY-6-METHOXY-PHENYL)-CYCLOPROPYL]-3-(5-CYANO-PYRIDIN-2-YL)-THIOUREA × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；294 K；Ammonium Sulphate, Potassium chloride, HEPES, Magnesium Chloride, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.273 |
| 1IKY HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with the Inhibitor MSC194 提交 2001-05-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
168–727（560 aa）
链 B
168–594（427 aa）
|
突变：K103N, E478Q 突变：K1103N | MSD 1-[2-(3-ACETYL-2-HYDROXY-6-METHOXY-PHENYL)-CYCLOPROPYL]-3-(5-CYANO-PYRIDIN-2-YL)-THIOUREA × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；294 K；Ammonium Sulphate, Potassium chloride, HEPES, Magnesium Chloride, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.273 |
| 1J5O CRYSTAL STRUCTURE OF MET184ILE MUTANT OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE IN COMPLEX WITH DOUBLE STRANDED DNA TEMPLATE-PRIMER 提交 2002-05-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric |
链 A
168–725（558 aa）
链 B
168–597（430 aa）
|
突变：M184I,C280S 突变：M184I,C280S | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；30 % SATURATED AMMONIUM SULFATE, 100 MM CACODYLATE PH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.338 |
| 1MER HIV-1 MUTANT (I84V) PROTEASE COMPLEXED WITH DMP450 提交 1997-04-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
57–155（99 aa）
链 B
57–155（99 aa）
|
突变：I84V 突变：I84V | DMQ [4-R-(-4-ALPHA,5-ALPHA,6-BETA,7-BETA)]-HEXAHYDRO-5,6-BIS(HYDROXY)-1,3-BIS([(3-AMINO)PHENYL]METHYL)-4,7-BIS(PHENYLMETHYL)-2H-1,3-DIAZEPINONE × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.90 Å |
| 1MES HIV-1 MUTANT (I84V) PROTEASE COMPLEXED WITH DMP323 提交 1997-04-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
57–155（99 aa）
链 B
57–155（99 aa）
|
突变：I84V 突变：I84V | DMP [4-R-(-4-ALPHA,5-ALPHA,6-BETA,7-BETA)]-HEXAHYDRO-5,6-BIS(HYDROXY)-[1,3-BIS([4-HYDROXYMETHYL-PHENYL]METHYL)-4,7-BIS(PHEN YLMETHYL)]-2H-1,3-DIAZEPINONE × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.90 Å |
| 1MET HIV-1 MUTANT (V82F) PROTEASE COMPLEXED WITH DMP323 提交 1997-04-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
57–155（99 aa）
链 B
57–155（99 aa）
|
突变：V82F 突变：V82F | DMP [4-R-(-4-ALPHA,5-ALPHA,6-BETA,7-BETA)]-HEXAHYDRO-5,6-BIS(HYDROXY)-[1,3-BIS([4-HYDROXYMETHYL-PHENYL]METHYL)-4,7-BIS(PHEN YLMETHYL)]-2H-1,3-DIAZEPINONE × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.90 Å |
| 1MEU HIV-1 MUTANT (V82F, I84V) PROTEASE COMPLEXED WITH DMP323 提交 1997-04-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
57–155（99 aa）
链 B
57–155（99 aa）
|
突变：V82F, I84V 突变：V82F, I84V | DMP [4-R-(-4-ALPHA,5-ALPHA,6-BETA,7-BETA)]-HEXAHYDRO-5,6-BIS(HYDROXY)-[1,3-BIS([4-HYDROXYMETHYL-PHENYL]METHYL)-4,7-BIS(PHEN YLMETHYL)]-2H-1,3-DIAZEPINONE × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.90 Å R-free 0.193 |
| 1N5Y HIV-1 Reverse Transcriptase Crosslinked to Post-Translocation AZTMP-Terminated DNA (Complex P) 提交 2002-11-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric |
链 A
168–725（558 aa）
链 B
168–597（430 aa）
|
突变：Q258C, C280S 突变：C280S | MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；cacodylate, SAS, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.285 |
| 1N6Q HIV-1 Reverse Transcriptase Crosslinked to pre-translocation AZTMP-terminated DNA (complex N) 提交 2002-11-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric |
链 A
168–725（558 aa）
链 B
168–597（430 aa）
|
突变：C280S, Q258C 突变：C280C | MG MAGNESIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；ammonium sulfate, cacodylate , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.284 |
| 1QE1 CRYSTAL STRUCTURE OF 3TC-RESISTANT M184I MUTANT OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE 提交 1999-07-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
168–725（558 aa）
片段：SUBUNIT A (P66), RESIDUES 168-725
链 B
168–594（427 aa）
片段：SUBUNIT B (P51), RESIDUES 168-594
|
突变：M184I,C280S 突变：M184I,C280S | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；PEG 8000, GLYCEROL, BIS-TRIS, AMMONIUM SULFATE, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.346 |
| 1QMC C-terminal DNA-binding domain of HIV-1 integrase, NMR, 42 structures 提交 1999-09-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
947–997（51 aa）
片段：C-TERMINAL DNA-BINDING DOMAIN
链 B
947–997（51 aa）
片段：C-TERMINAL DNA-BINDING DOMAIN
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 4.7；298 K
|
分辨率未提供 |
| 1R0A Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase covalently tethered to DNA template-primer solved to 2.8 angstroms 提交 2003-09-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric |
链 A
168–725（558 aa）
片段：HIV-1 RT
链 B
168–596（429 aa）
片段：HIV-1 RT
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 GLC alpha-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；100 mM cacodylatic acid pH, 5.6; 33% ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.272 |
| 1RDH CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSES OF AN ACTIVE HIV-1 RIBONUCLEASE H DOMAIN SHOW STRUCTURAL FEATURES THAT DISTINGUISH IT FROM THE INACTIVE FORM 提交 1993-03-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
594–727（134 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.80 Å |
| 1RDH CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSES OF AN ACTIVE HIV-1 RIBONUCLEASE H DOMAIN SHOW STRUCTURAL FEATURES THAT DISTINGUISH IT FROM THE INACTIVE FORM 提交 1993-03-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
594–727（134 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.80 Å |
| 1RTD STRUCTURE OF A CATALYTIC COMPLEX OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE: IMPLICATIONS FOR NUCLEOSIDE ANALOG DRUG RESISTANCE 提交 1998-08-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
168–721（554 aa）
片段：P61
|
突变：P1K, Q258C, E478Q | MG MAGNESIUM ION × 4 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5；pH 6.5
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.298 |
| 1RTD STRUCTURE OF A CATALYTIC COMPLEX OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE: IMPLICATIONS FOR NUCLEOSIDE ANALOG DRUG RESISTANCE 提交 1998-08-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 C
168–721（554 aa）
片段：P61
|
突变：P1K, Q258C, E478Q | MG MAGNESIUM ION × 2 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5；pH 6.5
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.298 |
| 1S6P CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 REVERSE TRANSCRIPTASE (RT) IN COMPLEX WITH JANSSEN-R100943 提交 2004-01-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
168–727（560 aa）
片段：P66 SUBUNIT
链 B
168–597（430 aa）
片段：P51 SUBUNIT
|
突变：YES 突变：YES | MG MAGNESIUM ION × 1 IET 1-(4-CYANO-PHENYL)-3-[2-(2,6-DICHLORO-PHENYL)-1-IMINO-ETHYL]-THIOUREA × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.8；pH 6.80
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.312 |
| 1S6Q CRYSTAL STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE (RT) IN COMPLEX WITH JANSSEN-R147681 提交 2004-01-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
168–727（560 aa）
片段：P66 SUBUNIT
链 B
168–597（430 aa）
片段：P51 SUBUNIT
|
突变：YES 突变：YES | TPB 4-[4-(2,4,6-TRIMETHYL-PHENYLAMINO)-PYRIMIDIN-2-YLAMINO]-BENZONITRILE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.8；pH 6.80
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.294 |
| 1S9E CRYSTAL STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE (RT) IN COMPLEX WITH JANSSEN-R129385 提交 2004-02-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
168–727（560 aa）
片段：P66 SUBUNIT
链 B
168–597（430 aa）
片段：P51 SUBUNIT
|
突变：YES 突变：YES | ADB 4-[4-AMINO-6-(2,6-DICHLORO-PHENOXY)-[1,3,5]TRIAZIN-2-YLAMINO]-BENZONITRILE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；300 K；PEG 8000, ammonium sulfate, glycerol, pH 6.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.316 |
| 1S9G CRYSTAL STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE (RT) IN COMPLEX WITH JANSSEN-R120394. 提交 2004-02-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
168–727（560 aa）
片段：P66 SUBUNIT
链 B
168–597（430 aa）
片段：P51 SUBUNIT
|
突变：YES 突变：YES | ABZ 4-[4-AMINO-6-(5-CHLORO-1H-INDOL-4-YLMETHYL)-[1,3,5]TRIAZIN-2-YLAMINO]-BENZONITRILE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；280 K；PEG 8000, Ammonium Sulfate, Glycerol, Tris, pH 6.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.312 |
| 1SBG AN ORALLY-BIOAVAILABLE HIV-1 PROTEASE INHIBITOR CONTAINING AN IMIDAZOLE-DERIVED PEPTIDE BOND REPLACEMENT. CRYSTALLOGRAPHIC AND PHARMACOKINETIC ANALYSIS 提交 1994-05-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
24–122（99 aa）
链 B
24–122（99 aa）
|
未记录 | IM1 (2R,4S,5S,1'S)-2-PHENYLMETHYL-4-HYDROXY-5-(TERT-BUTOXYCARBONYL)AMINO-6-PHENYL HEXANOYL-N-(1'-IMIDAZO-2-YL)-2'-METHYLPROPANAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.30 Å |
| 1SUQ CRYSTAL STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE (RT) IN COMPLEX WITH JANSSEN-R185545 提交 2004-03-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
168–727（560 aa）
片段：P66 SUBUNIT
链 B
168–597（430 aa）
片段：P51 SUBUNIT
|
突变：L31V, C280S 突变：C280S | MG MAGNESIUM ION × 1 185 (6-[4-(AMINOMETHYL)-2,6-DIMETHYLPHENOXY]-2-{[4-(AMINOMETHYL)PHENYL]AMINO}-5-BROMOPYRIMIDIN-4-YL)METHANOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.8；pH 6.80
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.325 |
| 1SV5 CRYSTAL STRUCTURE OF K103N MUTANT HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE (RT) IN COMPLEX WITH JANSSEN-R165335 提交 2004-03-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
168–727（560 aa）
片段：P66 SUBUNIT
链 B
168–597（430 aa）
片段：P51 SUBUNIT
|
突变：K103N,C280S 突变：K103N,C280S | 65B 4-({6-AMINO-5-BROMO-2-[(4-CYANOPHENYL)AMINO]PYRIMIDIN-4-YL}OXY)-3,5-DIMETHYLBENZONITRILE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.8；pH 6.80
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.326 |
| 1T03 HIV-1 reverse transcriptase crosslinked to tenofovir terminated template-primer (complex P) 提交 2004-04-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric |
链 A
168–725（558 aa）
片段：Reverse transcriptase, p66 subunit
链 B
168–596（429 aa）
片段：Reverse transcriptase, p51 subunit
|
突变：Q258C, C280S 突变：C280S | MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；100 mM cacodylate, 33% ammonium sulfate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.295 |
| 1T05 HIV-1 reverse transcriptase crosslinked to template-primer with tenofovir-diphosphate bound as the incoming nucleotide substrate 提交 2004-04-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
168–725（558 aa）
片段：HIV-1 reverse transcriptase p66 subunit
|
突变：Q258C, C280S | MG MAGNESIUM ION × 2 TNV [2-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)-1-METHYLETHOXY]METHYL-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；277 K；50 mM MES, pH 6.4, 100 mM ammonium sulfate, 5% sucrose, 5% glycerol, 10% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.292 |
| 1TV6 HIV-1 Reverse Transcriptase Complexed with CP-94,707 提交 2004-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
168–727（560 aa）
链 B
168–607（440 aa）
|
未记录 | CP9 3-[4-(2-METHYL-IMIDAZO[4,5-C]PYRIDIN-1-YL)BENZYL]-3H-BENZOTHIAZOL-2-ONE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7；50 mM bis-Tris-propane, 100 mM ammonium sulfate, 0.2% (w/v) beta-octylglucoside, 10% (v/v) glycerol, 14% (w/v) PEG-8000, pH 7.0
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.312 |
| 1TVR HIV-1 RT/9-CL TIBO 提交 1996-04-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
599–1156（558 aa）
链 B
599–1025（427 aa）
|
突变：C280S 突变：C280S | TB9 4-CHLORO-8-METHYL-7-(3-METHYL-BUT-2-ENYL)-6,7,8,9-TETRAHYDRO-2H-2,7,9A-TRIAZA-BENZO[CD]AZULENE-1-THIONE × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.00 Å |
| 1UWB TYR 181 CYS HIV-1 RT/8-CL TIBO 提交 1996-11-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
599–1156（558 aa）
链 B
599–1025（427 aa）
|
突变：Y181C, C280S 突变：Y181C, C280S | TBO 5-CHLORO-8-METHYL-7-(3-METHYL-BUT-2-ENYL)-6,7,8,9-TETRAHYDRO-2H-2,7,9A-TRIAZA-BENZO[CD]AZULENE-1-THIONE × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.20 Å R-free 0.360 |
| 1W5V HIV-1 protease in complex with fluoro substituted diol-based C2- symmetric inhibitor 提交 2004-08-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
58–167（110 aa）
片段：RESIDUES 58-167
链 B
58–167（110 aa）
片段：RESIDUES 58-167
|
未记录 | BE3 N,N-[2,5-O-DI-3-FLUORO-BENZYL-GLUCARYL]-DI-[1-AMINO-INDAN-2-OL] × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.80 Å R-free 0.215 |
| 1W5W HIV-1 protease in complex with fluoro substituted diol-based C2- symmetric inhibitor 提交 2004-08-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
58–167（110 aa）
片段：RESIDUES 58-167
链 B
58–167（110 aa）
片段：RESIDUES 58-167
|
未记录 | BE4 (2R,3R,4R,5R)-2,5-BIS[(2,4-DIFLUOROBENZYL)OXY]-3,4-DIHYDROXY-N,N'-BIS[(1R,2S)-2-HYDROXY-2,3-DIHYDRO-1H-INDEN-1-YL]HEXAN EDIAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.80 Å R-free 0.213 |
| 1W5X HIV-1 protease in complex with fluoro substituted diol-based C2- symmetric inhibitor 提交 2004-08-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
58–167（110 aa）
片段：RESIDUES 58-167
链 B
58–167（110 aa）
片段：RESIDUES 58-167
|
未记录 | BE5 (2R,3R,4R,5R)-2,5-BIS[(2,3-DIFLUOROBENZYL)OXY]-3,4-DIHYDROXY-N,N'-BIS[(1S,2R)-2-HYDROXY-2,3-DIHYDRO-1H-INDEN-1-YL]HEXAN EDIAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.90 Å R-free 0.216 |
| 1W5Y HIV-1 protease in complex with fluoro substituted diol-based C2- symmetric inhibitor 提交 2004-08-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
58–167（110 aa）
片段：RESIDUES 58-167
链 B
58–167（110 aa）
片段：RESIDUES 58-167
|
未记录 | BE6 (2R,3R,4R,5R)-2,5-BIS[(2,5-DIFLUOROBENZYL)OXY]-3,4-DIHYDROXY-N,N'-BIS[(1S,2R)-2-HYDROXY-2,3-DIHYDRO-1H-INDEN-1-YL]HEXANEDIAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.90 Å R-free 0.218 |
| 2AQU Structure of HIV-1 protease bound to atazanavir 提交 2005-08-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
69–167（99 aa）
片段：HIV-1 Protease, residues 69-167
链 B
69–167（99 aa）
片段：HIV-1 Protease, residues 69-167
|
未记录 | DR7 (3S,8S,9S,12S)-3,12-BIS(1,1-DIMETHYLETHYL)-8-HYDROXY-4,11-DIOXO-9-(PHENYLMETHYL)-6-[[4-(2-PYRIDINYL)PHENYL]METHYL]-2,5, 6,10,13-PENTAAZATETRADECANEDIOIC ACID DIMETHYL ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 6.5；298 K；0.17M Ammonium Sulfate, 0.085M Sodium Cacodylate, 25.5% PEG 8000, 15% v/v Glycerol anhydrous, pH 6.5, EVAPORATION, temperature 298 K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.238 |
| 2B5J Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase (RT) in complex with JANSSEN-R165481 提交 2005-09-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
599–1158（560 aa）
片段：RESIDUES 599-1158
链 B
599–1028（430 aa）
片段：RESIDUES 599-1028
|
突变：C447S 突变：C447S | MN MANGANESE (II) ION × 1 3AC (2E)-3-{3-[(5-ETHYL-3-IODO-6-METHYL-2-OXO-1,2-DIHYDROPYRIDIN-4-YL)OXY]PHENYL}ACRYLONITRILE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.8；277 K；PEG8000, AMMINIUM SULPHATE, SODIUM CHLORIDE, Manganese Chloride, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.304 |
| 2B6A Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase (RT) in complex with THR-50 提交 2005-09-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
599–1158（560 aa）
片段：RESIDUES 599-1158
链 B
599–1028（430 aa）
片段：RESIDUES 599-1028
|
突变：C280S 突变：C280S | T50 1-(2,6-DIFLUOROBENZYL)-2-(2,6-DIFLUOROPHENYL)-4-METHYL-1H-BENZIMIDAZOLE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.8；296 K；PEG8000, AMMINIUM SULPHATE, SODIUM CHLORIDE, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.277 |
| 2BAN Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase (RT) in complex with JANSSEN-R157208 提交 2005-10-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
599–1158（560 aa）
片段：RESIDUES 599-1158
链 B
599–1028（430 aa）
片段：RESIDUES 599-1028
|
突变：C447S 突变：C447S | MN MANGANESE (II) ION × 1 357 5-ETHYL-3-[(2-METHOXYETHYL)METHYLAMINO]-6-METHYL-4-(3-METHYLBENZYL)PYRIDIN-2(1H)-ONE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；PEG8000, AMMINIUM SULPHATE, SODIUM, CHLORID, MANGANESE CHLORIDE, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.305 |
| 2BE2 Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase (RT) in complex with R221239 提交 2005-10-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
599–1158（560 aa）
片段：residues 599-1158
链 B
599–1028（430 aa）
片段：residues 599-1028
|
突变：C447S 突变：C447S | GOL GLYCEROL × 2 MN MANGANESE (II) ION × 1 R22 4-(3,5-DIMETHYLPHENOXY)-5-(FURAN-2-YLMETHYLSULFANYLMETHYL)-3-IODO-6-METHYLPYRIDIN-2(1H)-ONE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.8；277 K；50mM bisTris Propane, 100mM Ammonium Sulfate, 12% PEG 8000, 10% Glycerol, pH 6.8, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, pH 6.80
|
分辨率 2.43 Å R-free 0.265 |
| 2HB3 Wild-type HIV-1 Protease in complex with potent inhibitor GRL06579 提交 2006-06-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
500–598（99 aa）
片段：residues 500-598
链 B
500–598（99 aa）
片段：residues 500-598
|
突变：Q7K, L33I, L63I, C67A,C95A 突变：Q7K, L33I, L63I, C67A,C95A | CL CHLORIDE ION × 3 NA SODIUM ION × 2 GRL (3AS,5R,6AR)-HEXAHYDRO-2H-CYCLOPENTA[B]FURAN-5-YL (2S,3S)-3-HYDROXY-4-(4-(HYDROXYMETHYL)-N-ISOBUTYLPHENYLSULFONAMIDO)-1-PHENYLBUTAN-2-YLCARBAMATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；295 K；reservior contained 0.1M NaOAc buffer (pH=4.2) and 1.4M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.35 Å R-free 0.192 |
| 2HMI HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE/FRAGMENT OF FAB 28/DNA COMPLEX 提交 1998-04-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric |
链 A
599–1156（558 aa）
链 B
599–1028（430 aa）
|
突变：C280S 突变：C280S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.80 Å R-free 0.352 |
| 2I5J Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase (RT) in complex with DHBNH, an RNASE H inhibitor 提交 2006-08-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
599–1150（552 aa）
片段：residues 599-1150
链 B
599–1027（429 aa）
片段：residues 599-1027
|
突变：C280S 突变：C280S | GLC alpha-D-glucopyranose × 3 K05 (E)-3,4-DIHYDROXY-N'-[(2-METHOXYNAPHTHALEN-1-YL)METHYLENE]BENZOHYDRAZIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；277 K；50 mM Imidazole pH 6.4, 100 mM Ammonium Sulfate, 15 mM Magnesium Sulfate, 0.6 mM DHBNH, 4% Glucose, 10.5% PEG 8000, 2 mM NaN3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.15 Å R-free 0.269 |
| 2IAJ Crystal Structure of K103N/Y181C Mutant HIV-1 Reverse Transcriptase (RT) in Complex with ATP 提交 2006-09-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
599–1158（560 aa）
片段：p66
链 B
599–1045（447 aa）
片段：p51
|
突变：K103N, Y181C, C280S 突变：K103N, Y181C, C280S | MN MANGANESE (II) ION × 3 NA SODIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；PEG 8000, Bis_Tris propane, ammonium sulfate, glycerol, MnCL2, ATP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K, pH 6.8
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.284 |
| 2IC3 Crystal Structure of K103N/Y181C Mutant HIV-1 Reverse Transcriptase (RT) in Complex with Nonnucleoside Inhibitor HBY 097 提交 2006-09-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
599–1158（560 aa）
片段：p66
链 B
599–1045（447 aa）
片段：p51
|
突变：C280S 突变：C280S | MN MANGANESE (II) ION × 1 HBY (S)-4-ISOPROPOXYCARBONYL-6-METHOXY-3-METHYLTHIOMETHYL-3,4-DIHYDROQUINOXALIN-2(1H)-THIONE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；PEG 8000, BIS_TRIS PROPANE, AMMONIUM SULFATE, GLYCEROL, MNCL2, HBY 097, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.310 |
| 2UXZ Two-Carbon-Elongated HIV-1 Protease Inhibitors with a Tertiary- Alcohol-Containing Transition-State Mimic 提交 2007-04-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
501–599（99 aa）
片段：RESIDUES 501-599
链 B
501–599（99 aa）
片段：RESIDUES 501-599
|
未记录 | HI1 METHYL [(1S)-1-({2-[(4R)-4-BENZYL-4-HYDROXY-5-{[(1S,2R)-2-HYDROXY-2,3-DIHYDRO-1H-INDEN-1-YL]AMINO}-5-OXOPENTYL]-2-(4-BROMOBENZYL)HYDRAZINO}CARBONYL)-2,2-DIMETHYLPROPYL]CARBAMATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5；0.7 M NACL, 100 MM MES PH5.0
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.213 |
| 2UY0 Two-Carbon-Elongated HIV-1 Protease Inhibitors with a Tertiary- Alcohol-Containing Transition-State Mimic 提交 2007-04-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
501–599（99 aa）
片段：RESIDUES 501-599
链 B
501–599（99 aa）
片段：RESIDUES 501-599
|
未记录 | HV1 METHYL [(1S)-1-({2-[(4R)-4-BENZYL-4-HYDROXY-5-{[(1S,2R)-2-HYDROXY-2,3-DIHYDRO-1H-INDEN-1-YL]AMINO}-5-OXOPENTANOYL]-2-(4-BROMOBENZYL)HYDRAZINO}CARBONYL)-2,2-DIMETHYLPROPYL]CARBAMATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5；0.7 M NACL, 100 MM MES PH 5.0
|
分辨率 1.76 Å R-free 0.220 |
| 2VG5 Crystal structures of HIV-1 reverse transcriptase complexes with thiocarbamate non-nucleoside inhibitors 提交 2007-11-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1156（557 aa）
片段：GAG-POL POLYPROTEIN P66 SUBUNIT, RESIDUES 600-1156
链 B
600–1027（428 aa）
片段：GAG-POL POLYPROTEIN P51 SUBUNIT, RESIDUES 600-1027
|
未记录 | NNC O-[2-(1,3-dioxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)ethyl] (4-chlorophenyl)thiocarbamate × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.80 Å R-free 0.297 |
| 2VG6 Crystal structures of HIV-1 reverse transcriptase complexes with thiocarbamate non-nucleoside inhibitors 提交 2007-11-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1156（557 aa）
片段：GAG-POL POLYPROTEIN P66 SUBUNIT, RESIDUES 600-1156
链 B
600–1027（428 aa）
片段：GAG-POL POLYPROTEIN P51 SUBUNIT, RESIDUES 600-1027
|
未记录 | NNB O-[2-(1,3-dioxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)ethyl] (4-bromophenyl)thiocarbamate × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.01 Å R-free 0.335 |
| 2VG7 Crystal structures of HIV-1 reverse transcriptase complexes with thiocarbamate non-nucleoside inhibitors 提交 2007-11-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1156（557 aa）
片段：GAG-POL POLYPROTEIN P66 SUBUNIT, RESIDUES 600-1156
链 B
600–1027（428 aa）
片段：GAG-POL POLYPROTEIN P51 SUBUNIT, RESIDUES 600-1027
|
未记录 | NNI O-[2-(1,3-dioxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)ethyl] (4-iodophenyl)thiocarbamate × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.82 Å R-free 0.333 |
| 2WKZ HIV-1 Protease Inhibitors Containing a Tertiary Alcohol in the Transition-State Mimic with Improved Cell-Based Antiviral Activity 提交 2009-06-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
501–599（99 aa）
片段：RESIDUES 501-599
链 B
501–599（99 aa）
片段：RESIDUES 501-599
|
未记录 | 5AH METHYL [(1S)-1-({2-[(3S)-3-BENZYL-3-HYDROXY-4-{[(1S,2R)-2-HYDROXY-2,3-DIHYDRO-1H-INDEN-1-YL]AMINO}-4-OXOBUTYL]-2-(4-PYRIDIN-2-YLBENZYL)HYDRAZINO}CARBONYL)-2,2-DIMETHYLPROPYL]CARBAMATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5；PROTEASE 2 MG/ML PRECIPITANT 0.7 M NACL, 100 MM MES PH 5.5
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.252 |
| 2WL0 HIV-1 Protease Inhibitors Containing a Tertiary Alcohol in the Transition-State Mimic with Improved Cell-Based Antiviral Activity 提交 2009-06-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
501–599（99 aa）
片段：RESIDUES 501-599
链 B
501–599（99 aa）
片段：RESIDUES 501-599
|
突变：YES 突变：YES | 5AH METHYL [(1S)-1-({2-[(3S)-3-BENZYL-3-HYDROXY-4-{[(1S,2R)-2-HYDROXY-2,3-DIHYDRO-1H-INDEN-1-YL]AMINO}-4-OXOBUTYL]-2-(4-PYRIDIN-2-YLBENZYL)HYDRAZINO}CARBONYL)-2,2-DIMETHYLPROPYL]CARBAMATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5.5；2 MG/ML PROTEASE, 0.7 M NACL, 100 MM MES PH5.5
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.244 |
| 2X4U Crystal structure of MHC CLass I HLA-A2.1 bound to HIV-1 Peptide RT468-476 提交 2010-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 F
908–916（9 aa）
片段：REVERSE TRANSCRIPTASE, RESIDUES 908-916
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 5 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5；100 MM MES PH 5.5, 20% PEG 1500. CRYSTALS WERE FROZEN IN 100 MM MES, 30% PEG 1500, 10% GLYCEROL
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.234 |
| 2X4U Crystal structure of MHC CLass I HLA-A2.1 bound to HIV-1 Peptide RT468-476 提交 2010-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
908–916（9 aa）
片段：REVERSE TRANSCRIPTASE, RESIDUES 908-916
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 4 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5；100 MM MES PH 5.5, 20% PEG 1500. CRYSTALS WERE FROZEN IN 100 MM MES, 30% PEG 1500, 10% GLYCEROL
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.234 |
| 2XYE HIV-1 Inhibitors with a Tertiary-Alcohol-containing Transition-State Mimic and various P2 and P1 prime Substituents 提交 2010-11-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
501–599（99 aa）
链 B
501–599（99 aa）
|
突变：YES 突变：YES | CXG METHYL N-[(2S)-1-[2-[(4R)-5-[[(2S)-3,3-DIMETHYL-1-METHYLAMINO-1-OXO-BUTAN-2-YL]AMINO]-4-HYDROXY-5-OXO-4-(PHENYLMETHYL)PENTYL]-2-[(4-PHENYLPHENYL)METHYL]HYDRAZINYL]-3,3-DIMETHYL-1-OXO-BUTAN-2-YL]CARBAMATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5；PROTEASE 2MG/ML. PRECIPITANT 0.7M NACL, 100MM MES PH5.5
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.257 |
| 2XYF HIV-1 Inhibitors with a Tertiary-Alcohol-containing Transition-State Mimic and various P2 and P1 prime Substituents 提交 2010-11-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
501–599（99 aa）
链 B
501–599（99 aa）
|
突变：YES 突变：YES | G40 METHYL N-[(2S)-1-[2-[(4R)-5-[[(2S)-3,3-DIMETHYL-1-METHYLAMINO-1-OXO-BUTAN-2-YL]AMINO]-4-HYDROXY-5-OXO-4-(PHENYLMETHYL)PENTYL]-2-[(4-THIOPHEN-3-YLPHENYL)METHYL]HYDRAZINYL]-3,3-DIMETHYL-1-OXO-BUTAN-2-YL]CARBAMATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5；PROTEASE 2 MG/ML PRECIPITANT 0.7 M NACL, 100 MM MES PH 5.5
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.250 |
| 2YKM Crystal structure of HIV-1 Reverse Transcriptase (RT) in complex with a Difluoromethylbenzoxazole (DFMB) Pyrimidine Thioether derivative, a non-nucleoside RT inhibitor (NNRTI) 提交 2011-05-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1156（557 aa）
片段：RESIDUES 600-1156
链 B
600–1027（428 aa）
片段：RESIDUES 600-1027
|
突变：YES | YKN 2-[DIFLUORO-[(4-METHYL-PYRIMIDINYL)-THIO]METHYL]-BENZOXAZOLE × 1 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.90 Å R-free 0.290 |
| 2YKN Crystal structure of HIV-1 Reverse Transcriptase (RT) in complex with a Difluoromethylbenzoxazole (DFMB) Pyrimidine Thioether derivative, a non-nucleoside RT inhibitor (NNRTI) 提交 2011-05-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1156（557 aa）
片段：RESIDUES 600-1156
链 B
600–1027（428 aa）
片段：RESIDUES 600-1027
|
突变：YES | YKN 2-[DIFLUORO-[(4-METHYL-PYRIMIDINYL)-THIO]METHYL]-BENZOXAZOLE × 1 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.12 Å R-free 0.279 |
| 2ZD1 Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase (RT) in Complex with TMC278 (Rilpivirine), A Non-nucleoside RT Inhibitor 提交 2007-11-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：P66
链 B
600–1027（428 aa）
片段：P51
|
突变：C280S, K172A, K173A 突变：C280S | SO4 SULFATE ION × 1 T27 4-{[4-({4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}benzonitrile × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；PEG 8000, ammonium sulfate, MgCl2, imidazole, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.248 |
| 2ZE2 Crystal structure of L100I/K103N mutant HIV-1 reverse transcriptase (RT) in complex with TMC278 (rilpivirine), a non-nucleoside RT inhibitor 提交 2007-12-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：P66
链 B
600–1027（428 aa）
片段：P51
|
突变：L100I, K103N, K172A, K173A, C280S 突变：C280S | T27 4-{[4-({4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}benzonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；PEG 8000, AMMONIUM SULFATE, MGCL2, IMIDAZOLE, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.299 |
| 3BGR Crystal structure of K103N/Y181C mutant HIV-1 reverse transcriptase (RT) in complex with TMC278 (Rilpivirine), a non-nucleoside RT inhibitor 提交 2007-11-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：P66
链 B
600–1027（428 aa）
片段：P51
|
突变：K103N, K172A, K173A, Y181C, C280S 突变：C280S | T27 4-{[4-({4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}benzonitrile × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；PEG 8000, AMMONIUM SULFATE, MGCL2, IMIDAZOLE, pH 6.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.269 |
| 3DLK Crystal Structure of an engineered form of the HIV-1 Reverse Transcriptase, RT69A 提交 2008-06-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
599–1153（555 aa）
片段：p66 (UNP residues 599 to 1153)
链 B
605–1027（423 aa）
片段：p51 (UNP residues 605 to 1027)
|
突变：K172A, K173A, C258Q | SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；279.15 K；vapor diffusion, temperature 279.15K
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.250 |
| 3HVT STRUCTURAL BASIS OF ASYMMETRY IN THE HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 REVERSE TRANSCRIPTASE HETERODIMER 提交 1994-07-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
599–1154（556 aa）
链 B
599–1026（428 aa）
|
未记录 | NVP 11-CYCLOPROPYL-5,11-DIHYDRO-4-METHYL-6H-DIPYRIDO[3,2-B:2',3'-E][1,4]DIAZEPIN-6-ONE × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.90 Å |
| 3IG1 HIV-1 Reverse Transcriptase with the Inhibitor beta-Thujaplicinol Bound at the RNase H Active Site 提交 2009-07-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：p66 subunit, residues 600-1154
链 B
600–1027（428 aa）
片段：p51 subunit, residues 600-1027
|
突变：F759S, C879S 突变：C879S | JTH 2,7-dihydroxy-4-(propan-2-yl)cyclohepta-2,4,6-trien-1-one × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；277 K；50 mM Bicine pH 8.2, 45 mM Ammonium Sulfate, 15 mM Manganese Sulfate, 10 mM Spermine, 5 mM Taurine, 2% PEG 400, 10% PEG 8000
Combined with equal volume of: 10 mM Tris pH 8.0, 75 mM NaCl, 3.5% DMSO, 0.86 mM b-Thujaplicinol, 0.17 mM Reverse Transcriptase, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.255 |
| 3IRX Crystal Structure of HIV-1 reverse transcriptase (RT) in complex with the Non-nucleoside RT Inhibitor (E)-S-Methyl 5-(1-(3,7-Dimethyl-2-oxo-2,3-dihydrobenzo[d]oxazol-5-yl)-5-(5-methyl-1,3,4-oxadiazol-2-yl)pent-1-enyl)-2-methoxy-3-methylbenzothioate. 提交 2009-08-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C879S, K771A, K772A 突变：C879S | UDR (E)-S-Methyl 5-(1-(3,7-Dimethyl-2-oxo-2,3-dihydrobenzo[d]oxazol-5-yl)-5-(5-methyl-1,3,4-oxadiazol-2-yl)pent-1-enyl)-2-methoxy-3-methy lbenzothioate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；277 K；50 mM immidazole pH 6.4, 10% PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 10 mM spermine and 30 mM magnesium sulfate. , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.289 |
| 3IS9 Crystal structure of the HIV-1 reverse transcriptase (RT) in complex with the alkenyldiarylmethane (ADAM) Non-nucleoside RT Inhibitor dimethyl 3,3'-(6-methoxy-6-oxohex-1-ene-1,1-diyl)bis(5-cyano-6-methoxybenzoate). 提交 2009-08-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C879S, K771A, K772A 突变：C879S | AC7 dimethyl 3,3'-(6-methoxy-6-oxohex-1-ene-1,1-diyl)bis(5-cyano-6-methoxybenzoate) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.4；277 K；11% PEG8000, 15 mM MgSO4, 10 mM Spermine, 100 mM Ammonium
sulphate, 50 mM imidazole pH 6.4., temperature 277K
|
分辨率 2.55 Å R-free 0.282 |
| 3ISN Crystal structure of HIV-1 RT bound to A 6-vinylpyrimidine inhibitor 提交 2009-08-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
600–1159（560 aa）
链 D
600–1026（427 aa）
|
未记录 | EDM 6-ethenyl-N,N-dimethyl-2-(methylsulfonyl)pyrimidin-4-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；100mM Bis-Tris , 25% PEG 3350, 200mM ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.281 |
| 3ITH Crystal structure of the HIV-1 reverse transcriptase bound to a 6-vinylpyrimidine inhibitor 提交 2009-08-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1159（560 aa）
链 B
600–1026（427 aa）
|
未记录 | EDM 6-ethenyl-N,N-dimethyl-2-(methylsulfonyl)pyrimidin-4-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25% PEG 3350, 100mM Hepes, 200mM ammonium acetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.270 |
| 3ITH Crystal structure of the HIV-1 reverse transcriptase bound to a 6-vinylpyrimidine inhibitor 提交 2009-08-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
600–1159（560 aa）
链 D
600–1026（427 aa）
|
未记录 | EDM 6-ethenyl-N,N-dimethyl-2-(methylsulfonyl)pyrimidin-4-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25% PEG 3350, 100mM Hepes, 200mM ammonium acetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.270 |
| 3JSM K65R mutant HIV-1 reverse transcriptase cross-linked to DS-DNA and complexed with tenofovir-diphosphate as the incoming nucleotide substrate 提交 2009-09-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
600–1157（558 aa）
链 B
600–1028（429 aa）
|
突变：K65R, Q258C, C280S 突变：C280S | TNV [2-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)-1-METHYLETHOXY]METHYL-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；277 K；10% PEG 8000, 100 MM AMMONIUM SULFATE, 20 MM MGCL2, 5% GLYCEROL, 5% SUCROSE, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.285 |
| 3JYT K65R mutant HIV-1 reverse transcriptase cross-linked to DS-DNA and complexed with DATP as the incoming nucleotide substrate 提交 2009-09-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
600–1157（558 aa）
链 B
600–1028（429 aa）
|
突变：K65R, Q258C, C280S 突变：C280S | DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；277 K；10% PEG 8000, 100 MM AMMONIUM SULFATE, 20 MM MGCL2, 5% GLYCEROL, 5% SUCROSE, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.287 |
| 3K2P HIV-1 Reverse Transcriptase Isolated RnaseH Domain with the Inhibitor beta-thujaplicinol Bound at the Active Site 提交 2009-09-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1026–1159（134 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 2 JTH 2,7-dihydroxy-4-(propan-2-yl)cyclohepta-2,4,6-trien-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7；295 K；0.2M Formate pH 7.0, 10% PEG 3350, 10mM MnCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.04 Å R-free 0.241 |
| 3K2P HIV-1 Reverse Transcriptase Isolated RnaseH Domain with the Inhibitor beta-thujaplicinol Bound at the Active Site 提交 2009-09-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1026–1159（134 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 2 JTH 2,7-dihydroxy-4-(propan-2-yl)cyclohepta-2,4,6-trien-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7；295 K；0.2M Formate pH 7.0, 10% PEG 3350, 10mM MnCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.04 Å R-free 0.241 |
| 3K2P HIV-1 Reverse Transcriptase Isolated RnaseH Domain with the Inhibitor beta-thujaplicinol Bound at the Active Site 提交 2009-09-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1026–1159（134 aa）
链 B
1026–1159（134 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 4 JTH 2,7-dihydroxy-4-(propan-2-yl)cyclohepta-2,4,6-trien-1-one × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7；295 K；0.2M Formate pH 7.0, 10% PEG 3350, 10mM MnCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.04 Å R-free 0.241 |
| 3K4V New crystal form of HIV-1 Protease/Saquinavir structure reveals carbamylation of N-terminal proline 提交 2009-10-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
501–599（99 aa）
链 B
501–599（99 aa）
|
突变：Q7K L33I L63I C67A C95A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：Q7K L33I L63I C67A C95A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 ROC (2S)-N-[(2S,3R)-4-[(2S,3S,4aS,8aS)-3-(tert-butylcarbamoyl)-3,4,4a,5,6,7,8,8a-octahydro-1H-isoquinolin-2-yl]-3-hydroxy-1 -phenyl-butan-2-yl]-2-(quinolin-2-ylcarbonylamino)butanediamide × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；AMMONIUM SULFATE, DMSO, SODIUM CITRATE, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.39 Å R-free 0.227 |
| 3K4V New crystal form of HIV-1 Protease/Saquinavir structure reveals carbamylation of N-terminal proline 提交 2009-10-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
501–599（99 aa）
链 D
501–599（99 aa）
|
突变：Q7K L33I L63I C67A C95A 突变：Q7K L33I L63I C67A C95A | DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 ROC (2S)-N-[(2S,3R)-4-[(2S,3S,4aS,8aS)-3-(tert-butylcarbamoyl)-3,4,4a,5,6,7,8,8a-octahydro-1H-isoquinolin-2-yl]-3-hydroxy-1 -phenyl-butan-2-yl]-2-(quinolin-2-ylcarbonylamino)butanediamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；AMMONIUM SULFATE, DMSO, SODIUM CITRATE, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.39 Å R-free 0.227 |
| 3KLE Crystal structure of AZT-resistant HIV-1 Reverse Transcriptase crosslinked to a DSDNA with a bound excision product, AZTPPPPA 提交 2009-11-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
600–1159（560 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：M41L, D67N, K70R, T215Y, K219Q, Q258C, C280S 突变：C280S | MG MAGNESIUM ION × 2 ZP4 [[[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-dihydroxy-oxolan-2-yl]methoxy-hydroxy-phosphoryl]oxy-hydroxy-phosphoryl]oxy-hydroxy-phosphoryl] [(2S,3S,5R)-3-azido-5-(5-methyl-2,4-dioxo-pyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.8；50 MM BIS-TRIS PROPANE PH 6.8, 10-11% PEG8000, 0.3 M (NH4)2SO4, 5% GLYCEROL, 5% SUCROSE,
20 MM MGCL2, 5 MM SPERMIDINE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 277.0K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.308 |
| 3KLE Crystal structure of AZT-resistant HIV-1 Reverse Transcriptase crosslinked to a DSDNA with a bound excision product, AZTPPPPA 提交 2009-11-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 E
600–1159（560 aa）
链 F
600–1027（428 aa）
|
突变：M41L, D67N, K70R, T215Y, K219Q, Q258C, C280S 突变：C280S | MG MAGNESIUM ION × 2 ZP4 [[[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-dihydroxy-oxolan-2-yl]methoxy-hydroxy-phosphoryl]oxy-hydroxy-phosphoryl]oxy-hydroxy-phosphoryl] [(2S,3S,5R)-3-azido-5-(5-methyl-2,4-dioxo-pyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.8；50 MM BIS-TRIS PROPANE PH 6.8, 10-11% PEG8000, 0.3 M (NH4)2SO4, 5% GLYCEROL, 5% SUCROSE,
20 MM MGCL2, 5 MM SPERMIDINE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 277.0K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.308 |
| 3KLE Crystal structure of AZT-resistant HIV-1 Reverse Transcriptase crosslinked to a DSDNA with a bound excision product, AZTPPPPA 提交 2009-11-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 I
600–1159（560 aa）
链 J
600–1027（428 aa）
|
突变：M41L, D67N, K70R, T215Y, K219Q, Q258C, C280S 突变：C280S | MG MAGNESIUM ION × 2 ZP4 [[[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-dihydroxy-oxolan-2-yl]methoxy-hydroxy-phosphoryl]oxy-hydroxy-phosphoryl]oxy-hydroxy-phosphoryl] [(2S,3S,5R)-3-azido-5-(5-methyl-2,4-dioxo-pyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.8；50 MM BIS-TRIS PROPANE PH 6.8, 10-11% PEG8000, 0.3 M (NH4)2SO4, 5% GLYCEROL, 5% SUCROSE,
20 MM MGCL2, 5 MM SPERMIDINE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 277.0K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.308 |
| 3KLE Crystal structure of AZT-resistant HIV-1 Reverse Transcriptase crosslinked to a DSDNA with a bound excision product, AZTPPPPA 提交 2009-11-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 M
600–1159（560 aa）
链 N
600–1027（428 aa）
|
突变：M41L, D67N, K70R, T215Y, K219Q, Q258C, C280S 突变：C280S | MG MAGNESIUM ION × 2 ZP4 [[[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-dihydroxy-oxolan-2-yl]methoxy-hydroxy-phosphoryl]oxy-hydroxy-phosphoryl]oxy-hydroxy-phosphoryl] [(2S,3S,5R)-3-azido-5-(5-methyl-2,4-dioxo-pyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.8；50 MM BIS-TRIS PROPANE PH 6.8, 10-11% PEG8000, 0.3 M (NH4)2SO4, 5% GLYCEROL, 5% SUCROSE,
20 MM MGCL2, 5 MM SPERMIDINE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 277.0K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.308 |
| 3KLF Crystal structure of wild-type HIV-1 Reverse Transcriptase crosslinked to a DSDNA with a bound excision product, AZTPPPPA 提交 2009-11-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C280S, Q258C 突变：C280S | MG MAGNESIUM ION × 2 ZP4 [[[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-dihydroxy-oxolan-2-yl]methoxy-hydroxy-phosphoryl]oxy-hydroxy-phosphoryl]oxy-hydroxy-phosphoryl] [(2S,3S,5R)-3-azido-5-(5-methyl-2,4-dioxo-pyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.8；50 MM BIS-TRIS PROPANE PH6.4, 10-11% PEG8000, 0.3 M (NH4)2SO4, 5% GLYCEROL, 5% SUCROSE,
20 MM MGCL2, AND 5 MM SPERMIDINE, PH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 277.0K
|
分辨率 3.15 Å R-free 0.288 |
| 3KLF Crystal structure of wild-type HIV-1 Reverse Transcriptase crosslinked to a DSDNA with a bound excision product, AZTPPPPA 提交 2009-11-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 E
600–1154（555 aa）
链 F
600–1027（428 aa）
|
突变：C280S, Q258C 突变：C280S | MG MAGNESIUM ION × 2 ZP4 [[[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-dihydroxy-oxolan-2-yl]methoxy-hydroxy-phosphoryl]oxy-hydroxy-phosphoryl]oxy-hydroxy-phosphoryl] [(2S,3S,5R)-3-azido-5-(5-methyl-2,4-dioxo-pyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.8；50 MM BIS-TRIS PROPANE PH6.4, 10-11% PEG8000, 0.3 M (NH4)2SO4, 5% GLYCEROL, 5% SUCROSE,
20 MM MGCL2, AND 5 MM SPERMIDINE, PH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 277.0K
|
分辨率 3.15 Å R-free 0.288 |
| 3KLF Crystal structure of wild-type HIV-1 Reverse Transcriptase crosslinked to a DSDNA with a bound excision product, AZTPPPPA 提交 2009-11-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 I
600–1154（555 aa）
链 J
600–1027（428 aa）
|
突变：C280S, Q258C 突变：C280S | MG MAGNESIUM ION × 2 ZP4 [[[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-dihydroxy-oxolan-2-yl]methoxy-hydroxy-phosphoryl]oxy-hydroxy-phosphoryl]oxy-hydroxy-phosphoryl] [(2S,3S,5R)-3-azido-5-(5-methyl-2,4-dioxo-pyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.8；50 MM BIS-TRIS PROPANE PH6.4, 10-11% PEG8000, 0.3 M (NH4)2SO4, 5% GLYCEROL, 5% SUCROSE,
20 MM MGCL2, AND 5 MM SPERMIDINE, PH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 277.0K
|
分辨率 3.15 Å R-free 0.288 |
| 3KLF Crystal structure of wild-type HIV-1 Reverse Transcriptase crosslinked to a DSDNA with a bound excision product, AZTPPPPA 提交 2009-11-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 M
600–1154（555 aa）
链 N
600–1027（428 aa）
|
突变：C280S, Q258C 突变：C280S | MG MAGNESIUM ION × 2 ZP4 [[[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-dihydroxy-oxolan-2-yl]methoxy-hydroxy-phosphoryl]oxy-hydroxy-phosphoryl]oxy-hydroxy-phosphoryl] [(2S,3S,5R)-3-azido-5-(5-methyl-2,4-dioxo-pyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.8；50 MM BIS-TRIS PROPANE PH6.4, 10-11% PEG8000, 0.3 M (NH4)2SO4, 5% GLYCEROL, 5% SUCROSE,
20 MM MGCL2, AND 5 MM SPERMIDINE, PH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 277.0K
|
分辨率 3.15 Å R-free 0.288 |
| 3KLG Crystal structure of AZT-resistant HIV-1 Reverse Transcriptase crosslinked to pre-translocation AZTMP-Terminated DNA (COMPLEX N) 提交 2009-11-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
600–1159（560 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：M41L, D67N, K70R, T215Y, K219Q, Q258C, C280S 突变：C280S | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.4；50 MM BIS-TRIS PROPANE PH 5.6, 10% PEG8000, 0.3 M (NH4)2SO4, 5% GLYCEROL,
5% SUCROSE, 20 MM MGCL2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 277.0K
|
分辨率 3.65 Å R-free 0.350 |
| 3KLG Crystal structure of AZT-resistant HIV-1 Reverse Transcriptase crosslinked to pre-translocation AZTMP-Terminated DNA (COMPLEX N) 提交 2009-11-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 E
600–1159（560 aa）
链 F
600–1027（428 aa）
|
突变：M41L, D67N, K70R, T215Y, K219Q, Q258C, C280S 突变：C280S | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.4；50 MM BIS-TRIS PROPANE PH 5.6, 10% PEG8000, 0.3 M (NH4)2SO4, 5% GLYCEROL,
5% SUCROSE, 20 MM MGCL2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 277.0K
|
分辨率 3.65 Å R-free 0.350 |
| 3KLH Crystal structure of AZT-Resistant HIV-1 Reverse Transcriptase crosslinked to post-translocation AZTMP-Terminated DNA (COMPLEX P) 提交 2009-11-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric |
链 A
600–1161（562 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：M41L, D67N, K70R, T215Y, K219Q, C280S, Q258C 突变：C280S | MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6；100 MM CACODYLATE PH 6.0, 31-34% SATURATED AMMONIUM SULFATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 277.0K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.294 |
| 3KLI Crystal structure of unliganded AZT-resistant HIV-1 Reverse Transcriptase 提交 2009-11-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1159（560 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：M41L, D67N, K70R, T215Y, K219Q, Q258C, C280S 突变：C280S | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.8；50 MM BIS-TRIS PROPANE, 10% PEG8000, 0.3 M (NH4)2SO4, 5% GLYCEROL, 5% SUCROSE,
20 MM MGCL2, PH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 277.0K
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.294 |
| 3NDT HIV-1 Protease Saquinavir:Ritonavir 1:1 complex structure 提交 2010-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–99（99 aa）
链 B
1–99（99 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ROC (2S)-N-[(2S,3R)-4-[(2S,3S,4aS,8aS)-3-(tert-butylcarbamoyl)-3,4,4a,5,6,7,8,8a-octahydro-1H-isoquinolin-2-yl]-3-hydroxy-1 -phenyl-butan-2-yl]-2-(quinolin-2-ylcarbonylamino)butanediamide × 1 CL CHLORIDE ION × 6 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 NA SODIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；AMMONIUM SULFATE, DMSO, SODIUM CITRATE, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.72 Å R-free 0.229 |
| 3NDT HIV-1 Protease Saquinavir:Ritonavir 1:1 complex structure 提交 2010-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–99（99 aa）
链 D
1–99（99 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ROC (2S)-N-[(2S,3R)-4-[(2S,3S,4aS,8aS)-3-(tert-butylcarbamoyl)-3,4,4a,5,6,7,8,8a-octahydro-1H-isoquinolin-2-yl]-3-hydroxy-1 -phenyl-butan-2-yl]-2-(quinolin-2-ylcarbonylamino)butanediamide × 1 CL CHLORIDE ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 NA SODIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；AMMONIUM SULFATE, DMSO, SODIUM CITRATE, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.72 Å R-free 0.229 |
| 3NU3 Wild Type HIV-1 Protease with Antiviral Drug Amprenavir 提交 2010-07-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
501–599（99 aa）
片段：residues 501-599
链 B
501–599（99 aa）
片段：residues 501-599
|
突变：Q7K, L33I, L63I, C67A, C95A 突变：Q7K, L33I, L63I, C67A, C95A | NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 3 478 {3-[(4-AMINO-BENZENESULFONYL)-ISOBUTYL-AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXY-PROPYL}-CARBAMIC ACID TETRAHYDRO-FURAN-3-YL ESTER × 1 GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；Crystal was grown by the hanging-drop vapor-diffusion method at room temperature, from a 2.2 mg/ml protein solution at pH 5.6 with 0.1M MES and 0.6-0.8M sodium chloride. The inhibitor was mixed with protease in a ratio 5:1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.02 Å R-free 0.142 |
| 3NU4 Crystal Structure of HIV-1 Protease Mutant V32I with Antiviral Drug Amprenavir 提交 2010-07-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
501–599（99 aa）
片段：residues 501-599
链 B
501–599（99 aa）
片段：residues 501-599
|
突变：Q7K, V32I, L33I, L63I, C67A, C95A 突变：Q7K, V32I, L33I, L63I, C67A, C95A | NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 3 478 {3-[(4-AMINO-BENZENESULFONYL)-ISOBUTYL-AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXY-PROPYL}-CARBAMIC ACID TETRAHYDRO-FURAN-3-YL ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；298 K；The vapour diffusion, hanging drop method is applied. Amprenvir was dissolved in DMSO. Protein concentration is 2.2 mg/ml. The ratio of inhibitor to protein is 5:1 in 0.1 M sodium acetate buffer (ph=5.4), with 0.4M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.20 Å R-free 0.200 |
| 3NU5 Crystal Structure of HIV-1 Protease Mutant I50V with Antiviral Drug Amprenavir 提交 2010-07-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
501–599（99 aa）
片段：residues 501-599
链 B
501–599（99 aa）
片段：residues 501-599
|
突变：Q7K, L33I, I50V, L63I, C67A, C95A 突变：Q7K, L33I, I50V, L63I, C67A, C95A | NA SODIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 7 ACT ACETATE ION × 2 478 {3-[(4-AMINO-BENZENESULFONYL)-ISOBUTYL-AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXY-PROPYL}-CARBAMIC ACID TETRAHYDRO-FURAN-3-YL ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；298 K；Crystal was grown by the hanging-drop vapor-diffusion method at room temperature, from a 3.5 mg/ml protein solution at pH 5.4 with 1M NaCl, 0.2M NaOAc. The inhibitor was mixed with protease in a ratio 10:1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.29 Å R-free 0.193 |
| 3NU6 Crystal Structure of HIV-1 Protease Mutant I54M with Antiviral Drug Amprenavir 提交 2010-07-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
501–599（99 aa）
片段：residues 501-599
链 B
501–599（99 aa）
片段：residues 501-599
|
突变：Q7K, L33I, I54M, L63I, C67A, C95A 突变：Q7K, L33I, I54M, L63I, C67A, C95A | CL CHLORIDE ION × 3 NA SODIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 2 478 {3-[(4-AMINO-BENZENESULFONYL)-ISOBUTYL-AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXY-PROPYL}-CARBAMIC ACID TETRAHYDRO-FURAN-3-YL ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；Crystal was grown by the hanging-drop vapor-diffusion method at room temperature, from a 2.2 mg/ml protein solution at pH 4.6 with 0.1M sodium acetate, 0.67M sodium chloride. The inhibitor was mixed with protease in a ratio 5:1 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.16 Å R-free 0.188 |
| 3NU9 Crystal Structure of HIV-1 Protease Mutant I84V with Antiviral Drug Amprenavir 提交 2010-07-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
501–599（99 aa）
片段：residues 501-599
链 B
501–599（99 aa）
片段：residues 501-599
|
突变：Q7K, L33I, L63I, C67A, I84V, C95A 突变：Q7K, L33I, L63I, C67A, I84V, C95A | 478 {3-[(4-AMINO-BENZENESULFONYL)-ISOBUTYL-AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXY-PROPYL}-CARBAMIC ACID TETRAHYDRO-FURAN-3-YL ESTER × 1 IOD IODIDE ION × 30 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；Crystal was grown by the hanging-drop vapor-diffusion method at room temperature, from a 2.2 mg/ml protein solution at pH 4.0 with 0.13M NaI, 0.1M NaOAc. The inhibitor was mixed with protease in a ratio 5:1 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.236 |
| 3NUJ Crystal Structure of HIV-1 Protease Mutant I54V with Antiviral Drug Amprenavir 提交 2010-07-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
501–599（99 aa）
片段：residues 501-599
链 B
501–599（99 aa）
片段：residues 501-599
|
突变：Q7K, L33I, I54V, L63I, C67A, C95A 突变：Q7K, L33I, I54V, L63I, C67A, C95A | IOD IODIDE ION × 19 478 {3-[(4-AMINO-BENZENESULFONYL)-ISOBUTYL-AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXY-PROPYL}-CARBAMIC ACID TETRAHYDRO-FURAN-3-YL ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；298 K；Crystal was grown by the hanging-drop vapor-diffusion method at room temperature, from a 2.2 mg/ml protein solution at pH 5.4 with 0.13M NaCl, 0.1M NaOAc. The inhibitor was mixed with protease in a ratio 5:1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.197 |
| 3NUO Crystal Structure of HIV-1 Protease Mutant L90M with Antiviral Drug Amprenavir 提交 2010-07-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
501–599（99 aa）
片段：residues 501-599
链 B
501–599（99 aa）
片段：residues 501-599
|
突变：Q7K, L33I, L63I, C67A, L90M, C95A 突变：Q7K, L33I, L63I, C67A, L90M, C95A | IOD IODIDE ION × 19 478 {3-[(4-AMINO-BENZENESULFONYL)-ISOBUTYL-AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXY-PROPYL}-CARBAMIC ACID TETRAHYDRO-FURAN-3-YL ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；298 K；Crystal was grown by the hanging-drop vapor-diffusion method at room temperature, from a 3.7 mg/ml protein solution at pH 4.8 with 0.2M NaI, 0.1M NaOAc. The inhibitor was mixed with protease in a ratio 5:1 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.35 Å R-free 0.199 |
| 3OK9 Crystal structure of wild-type HIV-1 protease with new oxatricyclic designed inhibitor GRL-0519A 提交 2010-08-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
501–599（99 aa）
片段：residues 501-599
链 B
501–599（99 aa）
片段：residues 501-599
|
突变：Q507K, L533I, L563I, C567A, C595A 突变：Q507K, L533I, L563I, C567A, C595A | G52 (3R,3aS,3bR,6aS,7aS)-octahydrodifuro[2,3-b:3',2'-d]furan-3-yl [(1S,2R)-1-benzyl-2-hydroxy-3-{[(4-methoxyphenyl)sulfonyl](2-methylpropyl)amino}propyl]carbamate × 1 NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 6 GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.4；298 K；1.18 M NaCl, 0.1 M Acetate, pH 4.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.27 Å R-free 0.189 |
| 3QAA HIV-1 wild type protease with a substituted bis-Tetrahydrofuran inhibitor, GRL-044-10A 提交 2011-01-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
501–599（99 aa）
片段：residues 501-599
链 B
501–599（99 aa）
片段：residues 501-599
|
突变：Q7K, L33I, L63I, C67A, C95A 突变：Q7K, L33I, L63I, C67A, C95A | G04 (3R,3aS,4R,6aR)-4-methoxyhexahydrofuro[2,3-b]furan-3-yl [(2S,3R)-3-hydroxy-4-{[(4-methoxyphenyl)sulfonyl](2-methylpropyl)amino}-1-phenylbutan-2-yl]carbamate × 1 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；pH 5.5, 0.1 M Sodium Citrate, 1.2 M Sodium Chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.230 |
| 3QLH HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with Manicol at the RNase H Active Site and TMC278 (Rilpivirine) at the NNRTI Binding Pocket 提交 2011-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1153（554 aa）
片段：P66 (UNP residues 600-1153)
链 B
605–1027（423 aa）
片段：P51 (UNP residues 605-1027)
|
未记录 | MNK (2S)-5,7-dihydroxy-9-methyl-2-(prop-1-en-2-yl)-1,2,3,4-tetrahydro-6H-benzo[7]annulen-6-one × 1 T27 4-{[4-({4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}benzonitrile × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；277 K；Protein solution (20 mg/mL in 9.2 mM Tris pH 8.0, 68.7 mM NaCl, 3.6 mM manganese sulfate, 0.7 mM TCEP, 0.9 mM Manicol, 0.7 mM TMC278, 0.27% BOG, 7% DMSO) Mother Liquor (50 mM HEPES pH 7.5, 100 mM ammonium sulfate, 15 m manganese sulfate, 10 mM spermine, 5 mM TCEP, 11% PEG8000) Cryoprotectant (50 mM HEPES pH 7.5, 50 mM NaCl, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM manganese sulfate, 10 mM spermine, 0.69 mM Manicol, 0.34 mM TMC278, 15% PEG8000, 5% PEG400, 10% DMSO, 11% ethylene glycol,
6.5% trimethylamine N-oxide), flash-cooled in LN2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.251 |
| 3QO9 Crystal structure of HIV-1 Reverse Transcriptase (RT) in complex with TSAO-T, a non-nucleoside RT inhibitor (NNRTI) 提交 2011-02-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：F160S, C280S 突变：C280S | QO9 1-[(5R,6R,8R,9R)-4-amino-9-{[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy}-6-({[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy}methyl)-2,2-dioxido-1,7-dioxa-2-thiaspiro[4.4]non-3-en-8-yl]-5-methylpyrimidine-2,4(1H,3H)-dione × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 6.8；279 K；PEG8000, 50mM imidazole pH 6.8 and 0.1M ammonium sulfate, EVAPORATION, temperature 279K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.286 |
| 3TLH STRUCTURAL STUDIES OF HIV AND FIV PROTEASES COMPLEXED WITHAN EFFICIENT INHIBITOR OF FIV PR 提交 1998-12-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
69–167（99 aa）
|
未记录 | 3TL benzyl [(1S,4S,7S,8R,9R,10S,13S,16S)-7,10-dibenzyl-8,9-dihydroxy-1,16-dimethyl-4,13-bis(1-methylethyl)-2,5,12,15,18-pentaoxo-20-phenyl-19-oxa-3,6,11,14,17-pentaazaicos-1-yl]carbamate × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5.4；SAMPLE: 3.0MG/ML HIVPR IN 25MM NAACETATE WITH 1MM EDTA AND 10MM DTT AT PH 5.5. WELL SOLUTION: 1.3M AMMONIUM SULFATE IN SODIUM ACETATE BUFFER AT PH 5.3 MIXING SAMPLE AND WELL SOLLUTION 1:1, pH 5.4
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.281 |
| 3V4I Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase (RT) with DNA and AZTTP 提交 2011-12-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
600–1153（554 aa）
片段：UNP Residues 600-1153
链 B
600–1027（428 aa）
片段：UNP Residues 600-1027
|
突变：D498N | MG MAGNESIUM ION × 1 AZT 3'-AZIDO-3'-DEOXYTHYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 6.8；277 K；PEG 8000, AMMONIUM SULFATE, MGCL2, GLYCEROL, SUCROSE, pH 7.2, EVAPORATION, temperature 277K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.262 |
| 3V4I Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase (RT) with DNA and AZTTP 提交 2011-12-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 C
600–1153（554 aa）
片段：UNP Residues 600-1153
链 D
600–1027（428 aa）
片段：UNP Residues 600-1027
|
突变：D498N | MG MAGNESIUM ION × 1 AZT 3'-AZIDO-3'-DEOXYTHYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 6.8；277 K；PEG 8000, AMMONIUM SULFATE, MGCL2, GLYCEROL, SUCROSE, pH 7.2, EVAPORATION, temperature 277K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.262 |
| 3V6D Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase (RT) cross-linked with AZT-terminated DNA 提交 2011-12-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
600–1153（554 aa）
片段：UNP Residues 600-1153
链 B
600–1027（428 aa）
片段：UNP Residues 600-1027
|
突变：YES | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.8；277 K；PEG 8000, ammonium sulfate, sucrose, glycerol, magnesium chloride, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.268 |
| 3V6D Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase (RT) cross-linked with AZT-terminated DNA 提交 2011-12-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 C
600–1153（554 aa）
片段：UNP Residues 600-1153
链 D
600–1027（428 aa）
片段：UNP Residues 600-1027
|
突变：YES | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.8；277 K；PEG 8000, ammonium sulfate, sucrose, glycerol, magnesium chloride, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.268 |
| 3V81 Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase (RT) with DNA and the nonnucleoside inhibitor nevirapine 提交 2011-12-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
600–1153（554 aa）
片段：UNP Residues 600-1153
链 B
600–1027（428 aa）
片段：UNP Residues 600-1027
|
突变：Q258C, C280S, D498N | NVP 11-CYCLOPROPYL-5,11-DIHYDRO-4-METHYL-6H-DIPYRIDO[3,2-B:2',3'-E][1,4]DIAZEPIN-6-ONE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.8；277 K；PEG 8000, ammonium sulfate, sucrose, glycerol, magnesium chloride, Bis-Tris propane , pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.298 |
| 3V81 Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase (RT) with DNA and the nonnucleoside inhibitor nevirapine 提交 2011-12-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 C
600–1153（554 aa）
片段：UNP Residues 600-1153
链 D
600–1027（428 aa）
片段：UNP Residues 600-1027
|
突变：Q258C, C280S, D498N | NVP 11-CYCLOPROPYL-5,11-DIHYDRO-4-METHYL-6H-DIPYRIDO[3,2-B:2',3'-E][1,4]DIAZEPIN-6-ONE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.8；277 K；PEG 8000, ammonium sulfate, sucrose, glycerol, magnesium chloride, Bis-Tris propane , pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.298 |
| 3ZPS Design and Synthesis of P1-P3 Macrocyclic Tertiary Alcohol Comprising HIV-1 Protease Inhibitors 提交 2013-03-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
501–599（99 aa）
链 B
501–599（99 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 3 EQM methyl N-[(2S)-1-[2-[(4-bromophenyl)methyl]-2-[(4R)-5-[[(2S)-3,3-dimethyl-1-oxidanylidene-1-(prop-2-enylamino)butan-2-yl]amino]-4-oxidanyl-5-oxidanylidene-4-(phenylmethyl)pentyl]hydrazinyl]-3,3-dimethyl-1-oxidanylidene-butan-2-yl]carbamate × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.55 Å R-free 0.210 |
| 3ZPT Design and Synthesis of P1-P3 Macrocyclic Tertiary Alcohol Comprising HIV-1 Protease Inhibitors 提交 2013-03-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
501–599（99 aa）
链 B
501–599（99 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 3 M8Y methyl N-[(2S)-1-[2-[(4-bromophenyl)methyl]-2-[3-[(3Z,8S,11R)-11-oxidanyl-7,10-bis(oxidanylidene)-8-propan-2-yl-6,9-diazabicyclo[11.2.2]heptadeca-1(16),3,13(17),14-tetraen-11-yl]propyl]hydrazinyl]-3,3-dimethyl-1-oxidanylidene-butan-2-yl]carbamate × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.54 Å R-free 0.242 |
| 3ZPU Design and Synthesis of P1-P3 Macrocyclic Tertiary Alcohol Comprising HIV-1 Protease Inhibitors 提交 2013-03-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
501–599（99 aa）
链 B
501–599（99 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 3 M8B methyl N-[(2S)-1-[2-[(4-bromophenyl)methyl]-2-[3-[(3Z,8S,11R)-8-tert-butyl-11-oxidanyl-7,10-bis(oxidanylidene)-6,9-diazabicyclo[11.2.2]heptadeca-1(15),3,13,16-tetraen-11-yl]propyl]hydrazinyl]-3,3-dimethyl-1-oxidanylidene-butan-2-yl]carbamate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
0.7 M NACL, 100 MM MES PH5.0
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.224 |
| 4COE Macrocyclic Transition-State Mimicking HIV-1 Protease Inhibitors Encompassing a Tertiary Alcohol 提交 2014-01-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
501–599（99 aa）
片段：ASPARTYL PROTEASE
链 B
501–599（99 aa）
片段：ASPARTYL PROTEASE
|
突变：YES 突变：YES | CL CHLORIDE ION × 3 M17 methyl {(2S)-1-[2-(biphenyl-4-ylmethyl)-2-{(4R)-4-hydroxy-5-{[(2S)-3-methyl-1-oxo-1-(prop-2-en-1-ylamino)butan-2-yl]amino}-5-oxo-4-[4-(prop-2-en-1-yl)benzyl]pentyl}hydrazinyl]-3,3-dimethyl-1-oxobutan-2-yl}carbamate × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.45 Å R-free 0.261 |
| 4CP7 Macrocyclic Transition-State Mimicking HIV-1 Protease Inhibitors Encompassing a Tertiary Alcohol 提交 2014-01-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
501–599（99 aa）
链 B
501–599（99 aa）
|
突变：YES 突变：YES | CL CHLORIDE ION × 3 9MW methyl [(2S)-1-(2-{(4R)-4-hydroxy-5-{[(2S)-3-methyl-1-oxo-1-(prop-2-en-1-ylamino)butan-2-yl]amino}-5-oxo-4-[4-(prop-2-en-1-yl)benzyl]pentyl}-2-[4-(pyridin-4-yl)benzyl]hydrazinyl)-3,3-dimethyl-1-oxobutan-2-yl]carbamate × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.80 Å R-free 0.206 |
| 4CPQ Macrocyclic Transition-State Mimicking HIV-1 Protease Inhibitors Encompassing a Tertiary Alcohol 提交 2014-02-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
501–599（99 aa）
链 B
501–599（99 aa）
|
突变：YES 突变：YES | CL CHLORIDE ION × 3 9MW methyl [(2S)-1-(2-{(4R)-4-hydroxy-5-{[(2S)-3-methyl-1-oxo-1-(prop-2-en-1-ylamino)butan-2-yl]amino}-5-oxo-4-[4-(prop-2-en-1-yl)benzyl]pentyl}-2-[4-(pyridin-4-yl)benzyl]hydrazinyl)-3,3-dimethyl-1-oxobutan-2-yl]carbamate × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.35 Å R-free 0.273 |
| 4CPR Macrocyclic Transition-State Mimicking HIV-1 Protease Inhibitors Encompassing a Tertiary Alcohol 提交 2014-02-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
501–599（99 aa）
链 B
501–599（99 aa）
|
突变：YES 突变：YES | CL CHLORIDE ION × 3 378 methyl ~{N}-[(2~{S})-3,3-dimethyl-1-[2-[(4~{R})-5-[[(2~{S})-3-methyl-1-oxidanylidene-1-(prop-2-enylamino)butan-2-yl]amino]-4-oxidanyl-5-oxidanylidene-4-[(4-prop-2-enylphenyl)methyl]pentyl]-2-[(4-thiophen-2-ylphenyl)methyl]hydrazinyl]-1-oxidanylidene-butan-2-yl]carbamate × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.80 Å R-free 0.212 |
| 4CPS Macrocyclic Transition-State Mimicking HIV-1 Protease Inhibitors Encompassing a Tertiary Alcohol 提交 2014-02-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
501–599（99 aa）
链 B
501–599（99 aa）
|
突变：YES 突变：YES | CL CHLORIDE ION × 3 1T8 methyl [(2S)-1-(2-{3-[(3R,6S,10Z)-3-hydroxy-4,7-dioxo-6-(propan-2-yl)-5,8-diazabicyclo[11.2.2]heptadeca-1(15),10,13,16-tetraen-3-yl]propyl}-2-[4-(pyridin-3-yl)benzyl]hydrazinyl)-3,3-dimethyl-1-oxobutan-2-yl]carbamate × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.55 Å R-free 0.202 |
| 4CPT Macrocyclic Transition-State Mimicking HIV-1 Protease Inhibitors Encompassing a Tertiary Alcohol 提交 2014-02-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
501–599（99 aa）
链 B
501–599（99 aa）
|
突变：YES 突变：YES | CL CHLORIDE ION × 3 1T8 methyl [(2S)-1-(2-{3-[(3R,6S,10Z)-3-hydroxy-4,7-dioxo-6-(propan-2-yl)-5,8-diazabicyclo[11.2.2]heptadeca-1(15),10,13,16-tetraen-3-yl]propyl}-2-[4-(pyridin-3-yl)benzyl]hydrazinyl)-3,3-dimethyl-1-oxobutan-2-yl]carbamate × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.70 Å R-free 0.203 |
| 4CPU Macrocyclic Transition-State Mimicking HIV-1 Protease Inhibitors Encompassing a Tertiary Alcohol 提交 2014-02-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
501–599（99 aa）
链 B
501–599（99 aa）
|
突变：YES 突变：YES | CL CHLORIDE ION × 3 V78 methyl N-[(2S)-1-[2-[[4-[(3S)-3,4-dihydrothiophen-3-yl]phenyl]methyl]-2-[3-[(3Z,8S,11R)-11-oxidanyl-7,10-bis(oxidanylidene)-8-propan-2-yl-6,9-diazabicyclo[11.2.2]heptadeca-1(16),3,13(17),14-tetraen-11-yl]propyl]hydrazinyl]-3,3-dimethyl-1-oxidanylidene-butan-2-yl]carbamate × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.82 Å R-free 0.317 |
| 4CPW Macrocyclic Transition-State Mimicking HIV-1 Protease Inhibitors Encompassing a Tertiary Alcohol 提交 2014-02-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
501–599（99 aa）
链 B
501–599（99 aa）
|
突变：YES 突变：YES | CL CHLORIDE ION × 3 V78 methyl N-[(2S)-1-[2-[[4-[(3S)-3,4-dihydrothiophen-3-yl]phenyl]methyl]-2-[3-[(3Z,8S,11R)-11-oxidanyl-7,10-bis(oxidanylidene)-8-propan-2-yl-6,9-diazabicyclo[11.2.2]heptadeca-1(16),3,13(17),14-tetraen-11-yl]propyl]hydrazinyl]-3,3-dimethyl-1-oxidanylidene-butan-2-yl]carbamate × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.70 Å R-free 0.197 |
| 4CPX Macrocyclic Transition-State Mimicking HIV-1 Protease Inhibitors Encompassing a Tertiary Alcohol 提交 2014-02-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
501–599（99 aa）
链 B
501–599（99 aa）
|
突变：YES 突变：YES | CL CHLORIDE ION × 3 J3W methyl ~{N}-[(2~{S})-3,3-dimethyl-1-[2-[3-[(3~{R},6~{S},10~{Z})-3-oxidanyl-4,7-bis(oxidanylidene)-6-propan-2-yl-5,8-diazabicyclo[11.2.2]heptadeca-1(16),10,13(17),14-tetraen-3-yl]propyl]-2-[(4-thiophen-2-ylphenyl)methyl]hydrazinyl]-1-oxidanylidene-butan-2-yl]carbamate × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.85 Å R-free 0.335 |
| 4DG1 Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase (RT) with polymorphism mutation K172A and K173A 提交 2012-01-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1148（549 aa）
链 B
600–1026（427 aa）
|
突变：K172A, K173A, C280S 突变：C280S | MG MAGNESIUM ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 14 GOL GLYCEROL × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；277 K；50 mM bis-tris, 100 mM ammonium sulfate, 10% glycerol, 12% PEG 8000, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.247 |
| 4G1Q Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase (RT) in complex with Rilpivirine (TMC278, Edurant), a non-nucleoside rt-inhibiting drug 提交 2012-07-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：P66, UNP residues 600-1154
链 B
600–1027（428 aa）
片段：P51, UNP residues 600-1027
|
突变：K172A, K173A, C280S 突变：C280S | T27 4-{[4-({4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}benzonitrile × 1 SO4 SULFATE ION × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；277 K；PEG 8000, AMMONIUM SULFATE, MGCL2,IMIDAZOLE, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.51 Å R-free 0.193 |
| 4H4M Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with (E)-3-(3-chloro-5-(4-chloro-2-(2-(2,4-dioxo-3,4- dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenoxy)phenyl)acrylonitrile (JLJ494), a Non-nucleoside Inhibitor 提交 2012-09-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：HIV-1 Reverse Transcriptase, p66 Subunit
链 B
600–1027（428 aa）
片段：HIV-1 Reverse Transcriptase, p55 Subunit
|
突变：C280S, K172A, K173A 突变：C280S | 494 (2E)-3-(3-chloro-5-{4-chloro-2-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]phenoxy}phenyl)prop-2-enenitrile × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；20% (w/v) PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, 5 mM spermine-HCl, 50 mM HEPES pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.273 |
| 4H4O Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase (RT) in Complex with (E)-3-(3-(2-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)- 4-fluorophenoxy)-5-fluorophenyl)acrylonitrile (JLJ506), A Non-nucleoside inhibitor 提交 2012-09-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：HIV-1 Reverse Transcriptase, p66 Subunit
链 B
600–1027（428 aa）
片段：HIV-1 Reverse Transcriptase, p51 Subunit
|
突变：C280S, K172A, K173A 突变：C280S | 506 (2E)-3-(3-{2-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]-4-fluorophenoxy}-5-fluorophenyl)prop-2-enenitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；20% (w/v) PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, 5 mM spermine-HCl, 50 mM HEPES pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.265 |
| 4I2P Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase in complex with rilpivirine (TMC278) based analogue 提交 2012-11-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：p66 (UNP Residues 600-1154)
链 B
600–1027（428 aa）
片段：p51 (UNP Residues 600-1077)
|
突变：C879S, K771A, K772A 突变：C879S | G73 (2E)-3-[4-({6-[(4-methoxyphenyl)amino]-7H-purin-2-yl}amino)-3,5-dimethylphenyl]prop-2-enenitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；301 K；50 mM imidazole pH 6.6, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM manganese sulfate, 10 mM spermine, 5 mM TCEP, 11% (w/w) PEG 8000, and 5% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 301K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.260 |
| 4I2Q Crystal structure of K103N/Y181C mutant of HIV-1 reverse transcriptase in complex with rilpivirine (TMC278) analogue 提交 2012-11-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：p66 (UNP Residues 600-1154)
链 B
600–1027（428 aa）
片段：p51 (UNP Residues 600-1077)
|
突变：K702N, K771A, K772A, Y780C, C879S 突变：C879S | 1BT (2E)-3-(4-{[6-(1,3-benzothiazol-5-ylamino)-9H-purin-2-yl]amino}-3,5-dimethylphenyl)prop-2-enenitrile × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.70 Å R-free 0.277 |
| 4ICL HIV-1 reverse transcriptase with bound fragment at the incoming dNTP binding site 提交 2012-12-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：P66 (unp residues 600-1154)
链 B
600–1027（428 aa）
片段：P51 (unp residues 600-1027)
|
突变：K771A, K772A, C879S 突变：C879S | T27 4-{[4-({4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}benzonitrile × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 11 14N 4-(4-methylpiperazin-1-yl)benzoic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；11% PEG 8000, 4% PEG 400, 50 MM IMIDAZOLE, 10 MM SPERMINE, 15 MM MGSO4, 100 MM AMMONIUM SULFATE, AND 5 MM TRIS(2-CARBOXYETHYL)PHOSPHINE, PH 6.7, VAPOR DIFFUSION,
TEMPERATURE 277.0K , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.199 |
| 4ID5 HIV-1 reverse transcriptase with bound fragment at the RNase H primer grip site 提交 2012-12-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：P66 (unp residues 600-1154)
链 B
600–1027（428 aa）
片段：P51 (unp residues 600-1027)
|
突变：K771A, K772A, C879S 突变：C879S | T27 4-{[4-({4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}benzonitrile × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 17 1FF 1-methyl-5-phenyl-1H-pyrazole-4-carboxylic acid × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.7；pH 6.7
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.209 |
| 4IDK HIV-1 reverse transcriptase with bound fragment at the 428 site 提交 2012-12-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：P66 (unp residues 600-1154)
链 B
600–1027（428 aa）
片段：P51 (unp residues 600-1027)
|
突变：K771A, K772A, C879S 突变：C879S | T27 4-{[4-({4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}benzonitrile × 1 1FE N-(2-oxo-2,3-dihydro-1H-benzimidazol-5-yl)glycinamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 16 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；277 K；11% PEG 8000, 4% PEG 400, 50 MM IMIDAZOLE, 10 MM SPERMINE, 15 MM MGSO4, 100 MM AMMONIUM SULFATE,AND 5 MM TRIS(2-CARBOXYETHYL)PHOSPHINE, PH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.225 |
| 4IFV Detecting Allosteric Sites of HIV-1 Reverse Transcriptase by X-Ray Crystallographic Fragment Screening 提交 2012-12-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：P66 (unp residues 600-1154)
链 B
600–1027（428 aa）
片段：P51 (unp residues 600-1027)
|
突变：K771A, K772A, C879S 突变：C879S | T27 4-{[4-({4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}benzonitrile × 1 FMQ [1-(4-fluorophenyl)-5-methyl-1H-pyrazol-4-yl]methanol × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 11 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；277 K；11% PEG 8000, 4% PEG 400, 50 MM IMIDAZOLE, 10 MM SPERMINE, 15 MM MGSO4, 100 MM AMMONIUM SULFATE, AND 5 MM TRIS(2-CARBOXYETHYL)PHOSPHINE, PH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.219 |
| 4IFY HIV-1 reverse transcriptase with bound fragment at the Knuckles site 提交 2012-12-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：P66 (unp residues 600-1154)
链 B
600–1027（428 aa）
片段：P51 (unp residues 600-1027)
|
突变：K771A, K772A, C879S 突变：C879S | T27 4-{[4-({4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}benzonitrile × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 16 1FD 1-[4-(trifluoromethoxy)phenyl]methanamine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；277 K；11% PEG 8000, 4% PEG 400, 50 MM IMIDAZOLE, 10 MM SPERMINE, 15 MM MGSO4, 100 MM AMMONIUM SULFATE, AND 5 MM TRIS(2-CARBOXYETHYL)PHOSPHINE, PH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.213 |
| 4IG0 HIV-1 reverse transcriptase with bound fragment at the 507 site 提交 2012-12-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：P66 (unp residues 600-1154)
链 B
600–1027（428 aa）
片段：P51 (unp residues 600-1027)
|
突变：K771A, K772A, C879S 突变：C879S | 1FG 2-({[2-(3,4-dihydroquinolin-1(2H)-yl)-2-oxoethyl](methyl)amino}methyl)quinazolin-4(1H)-one × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；277 K；11% PEG 8000, 4% PEG 400, 50 MM IMIDAZOLE, 10 MM SPERMINE, 15 MM MGSO4, 100 MM AMMONIUM SULFATE,AND 5 MM TRIS(2-CARBOXYETHYL)PHOSPHINE, PH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.243 |
| 4IG3 HIV-1 reverse transcriptase with bound fragment near Knuckles site 提交 2012-12-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：P66 (unp residues 600-1154)
链 B
600–1027（428 aa）
片段：P51 (unp residues 600-1027)
|
突变：K771A, K772A, C879S 突变：C879S | T27 4-{[4-({4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}benzonitrile × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 15 J94 (5S)-6,6-dimethyl-5-[(6R)-8-oxo-6,8-dihydrofuro[3,4-e][1,3]benzodioxol-6-yl]-5,6,7,8-tetrahydro[1,3]dioxolo[4,5-g]isoquinolin-6-ium × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；277 K；11% PEG 8000, 4% PEG 400, 50 MM IMIDAZOLE, 10 MM SPERMINE, 15 MM MGSO4, 100 MM AMMONIUM SULFATE, AND 5 MM TRIS(2-CARBOXYETHYL)PHOSPHINE, PH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.203 |
| 4KFB HIV-1 reverse transcriptase with bound fragment at NNRTI adjacent site 提交 2013-04-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：p66
链 B
604–1027（424 aa）
片段：p51 RT
|
突变：K172A, K173A, C280S 突变：C280S | 1QP ethyl pyrazolo[1,5-a]pyridine-3-carboxylate × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 10 T27 4-{[4-({4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}benzonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；11% PEG 8000, 4% PEG 400, 50 MM IMIDAZOLE, 10 MM SPERMINE, 15 MM MGSO4, 100 MM AMMONIUM SULFATE, AND 5 MM TRIS(2-CARBOXYETHYL)PHOSPHINE, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.214 |
| 4KKO Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with 4-((4-methoxy-6-(2-morpholinoethoxy)-1,3,5-triazin-2-yl)amino)-2-((3-methylbut-2-en-1-yl)oxy)benzonitrile (JLJ513), a non-nucleoside inhibitor 提交 2013-05-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：p66 subunit, UNP residues 600-1154
链 B
600–1027（428 aa）
片段：p51 subunit, UNP residues 600-1027
|
突变：C280S, K172A, K173A 突变：C280S | 1RE 4-({4-methoxy-6-[2-(morpholin-4-yl)ethoxy]-1,3,5-triazin-2-yl}amino)-2-(3-methylbutoxy)benzonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；17.5% (w/v) PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, 5 mM spermine, and 50 mM citric acid pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.89 Å R-free 0.289 |
| 4KO0 CRYSTAL STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE (RT) IN COMPLEX WITH an anilinylpyrimidine derivative (JLJ-135) 提交 2013-05-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：p66
链 B
600–1027（428 aa）
片段：p51
|
突变：K172A, K173A, C280S 突变：C280S | JLJ 4-[(4-methoxypyrimidin-2-yl)amino]-2-[(3-methylbut-2-en-1-yl)oxy]benzonitrile × 1 SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.8；277 K；PEG 8000, AMMONIUM SULFATE, MGCL2, IMIDAZOLE
, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.275 |
| 4LSL Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with (E)-3-(3-(4-chloro-2-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenoxy)phenyl)acrylonitrile (JLJ476), a non-nucleoside inhibitor 提交 2013-07-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：p66 subunit, UNP residues 600-1154
链 B
600–1027（428 aa）
片段：p51 subunit, UNP residues 600-1027
|
突变：C280S, K172A, K173A 突变：C280S | 1YQ (2E)-3-(3-{4-chloro-2-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]phenoxy}phenyl)prop-2-enenitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；15% (w/v) PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, 5 mM spermine, and 50 mM citric acid pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.69 Å R-free 0.270 |
| 4LSN Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with (E)-3-(3-bromo-5-(4-chloro-2-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenoxy)phenyl)acrylonitrile (JLJ518), a non-nucleoside inhibitor 提交 2013-07-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：p66 subunit, UNP residues 600-1154
链 B
600–1027（428 aa）
片段：p51 subunit, UNP residues 600-1027
|
突变：C280S, K172A, K173A 突变：C280S | 1YR (2E)-3-(3-bromo-5-{4-chloro-2-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]phenoxy}phenyl)prop-2-enenitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；15% (w/v) PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, 5 mM spermine, and 50 mM citric acid pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.301 |
| 4MFB Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with 8-(2-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenoxy)indolizine-2-carbonitrile (JLJ555), a non-nucleoside inhibitor 提交 2013-08-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：HIV-1 reverse transcriptase, p66 subunit (chain A)
链 B
600–1027（428 aa）
片段：HIV-1 reverse transcriptase, p51 subunit (chain B)
|
突变：C280S, K172A, K173A 突变：C280S | 29T 8-{2-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]phenoxy}indolizine-2-carbonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；12.5% (w/v) PEG 8,000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, 5 mM spermine, and 50 mM MES pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.88 Å R-free 0.269 |
| 4O44 Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in complex with 4-((4-(mesitylamino)-6-(3-morpholinopropoxy)-1,3,5-triazin-2-yl)amino)benzonitrile (JLJ529), a non-nucleoside inhibitor 提交 2013-12-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：p66 subunit, UNP residues 600-1154
链 B
600–1027（428 aa）
片段：p51 subunit, UNP residues 600-1027
|
突变：C280S, K172A, K173A 突变：C280S | 2RS 4-({4-[3-(morpholin-4-yl)propoxy]-6-[(2,4,6-trimethylphenyl)amino]-1,3,5-triazin-2-yl}amino)benzonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；20.0% (w/v) PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, 5 mM spermine-HCl, and 50 mM citric acid pH 5.5 or 50 mM HEPES pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.89 Å R-free 0.290 |
| 4O4G Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in complex with 4-((4-(mesitylamino)-1,3,5-triazin-2-yl)amino)benzonitrile (JLJ527), a non-nucleoside inhibitor 提交 2013-12-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：p66 subunit, UNP residues 600-1154
链 B
600–1027（428 aa）
片段：p51 subunit, UNP residues 600-1027
|
突变：C280S, K172A, K173A 突变：C280S | 2RT 4-({4-[(2,4,6-trimethylphenyl)amino]-1,3,5-triazin-2-yl}amino)benzonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；20.0% (w/v) PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, 5 mM spermine-HCl, and 50 mM citric acid pH 5.5 or 50 mM HEPES pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.71 Å R-free 0.299 |
| 4OJR Crystal Structure of the HIV-1 Integrase catalytic domain with GSK1264 提交 2014-01-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1209–1371（163 aa）
片段：UNP residues 1209-1371
|
突变：F185K | 2SQ (2S)-tert-butoxy[4-(8-fluoro-5-methyl-3,4-dihydro-2H-chromen-6-yl)-2-methyl-1-oxo-1,2-dihydroisoquinolin-3-yl]ethanoic acid × 2 CAC CACODYLATE ION × 4 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；7% Peg 8K, 0.2M Ammonium Sulfate, 0.1M sodiium cacodylate pH 6.5, 5mM MgCl2, 5mM MnCl2, 5mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.82 Å R-free 0.201 |
| 4PQU Crystal structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in complex with RNA/DNA and dATP 提交 2014-03-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
600–1153（554 aa）
片段：UNP residues 600-1153
链 B
600–1027（428 aa）
片段：UNP residues 600-1027
|
突变：Q258C,C280S,D498N 突变：C280S | DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 5 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG8000, Bis-tris propane, magnesium chloride, ammonium sulfate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.51 Å R-free 0.266 |
| 4PQU Crystal structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in complex with RNA/DNA and dATP 提交 2014-03-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 C
600–1153（554 aa）
片段：UNP residues 600-1153
链 D
600–1027（428 aa）
片段：UNP residues 600-1027
|
突变：Q258C,C280S,D498N 突变：C280S | DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG8000, Bis-tris propane, magnesium chloride, ammonium sulfate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.51 Å R-free 0.266 |
| 4PUO Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase in complex with RNA/DNA and Nevirapine 提交 2014-03-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
600–1153（554 aa）
片段：UNP residues 600-1153
链 B
600–1027（428 aa）
片段：UNP residues 600-1027
|
突变：Q258C, C280S, D498N 突变：C280S | NVP 11-CYCLOPROPYL-5,11-DIHYDRO-4-METHYL-6H-DIPYRIDO[3,2-B:2',3'-E][1,4]DIAZEPIN-6-ONE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；277 K；9-11% PEG8000, 100 mM ammonium sulfate, 5% glycerol, 5% sucrose, 20 mM magnesium chloride, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.285 |
| 4PUO Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase in complex with RNA/DNA and Nevirapine 提交 2014-03-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 C
600–1153（554 aa）
片段：UNP residues 600-1153
链 D
600–1027（428 aa）
片段：UNP residues 600-1027
|
突变：Q258C, C280S, D498N 突变：C280S | NVP 11-CYCLOPROPYL-5,11-DIHYDRO-4-METHYL-6H-DIPYRIDO[3,2-B:2',3'-E][1,4]DIAZEPIN-6-ONE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；277 K；9-11% PEG8000, 100 mM ammonium sulfate, 5% glycerol, 5% sucrose, 20 mM magnesium chloride, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.285 |
| 4PWD Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase in complex with bulge-RNA/DNA and Nevirapine 提交 2014-03-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
600–1153（554 aa）
片段：UNP residues 600-1153
链 B
600–1027（428 aa）
片段：UNP residues 600-1027
|
突变：Q258C, C280S, D498N 突变：C280S | NVP 11-CYCLOPROPYL-5,11-DIHYDRO-4-METHYL-6H-DIPYRIDO[3,2-B:2',3'-E][1,4]DIAZEPIN-6-ONE × 1 CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；277 K；9-11% PEG8000, 100 mM ammonium sulfate, 5% glycerol, 5% sucrose, 20 mM magnesium chloride, pH 7.2-7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.291 |
| 4PWD Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase in complex with bulge-RNA/DNA and Nevirapine 提交 2014-03-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 C
600–1153（554 aa）
片段：UNP residues 600-1153
链 D
600–1027（428 aa）
片段：UNP residues 600-1027
|
突变：Q258C, C280S, D498N 突变：C280S | NVP 11-CYCLOPROPYL-5,11-DIHYDRO-4-METHYL-6H-DIPYRIDO[3,2-B:2',3'-E][1,4]DIAZEPIN-6-ONE × 1 CA CALCIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；277 K；9-11% PEG8000, 100 mM ammonium sulfate, 5% glycerol, 5% sucrose, 20 mM magnesium chloride, pH 7.2-7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.291 |
| 4Q0B Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase in complex with gap-RNA/DNA and Nevirapine 提交 2014-04-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：pentameric |
链 A
600–1153（554 aa）
片段：UNP residues 600-1153
链 B
600–1027（428 aa）
片段：UNP residues 600-1027
|
突变：Q258C, C280S, D498N 突变：C280S | NVP 11-CYCLOPROPYL-5,11-DIHYDRO-4-METHYL-6H-DIPYRIDO[3,2-B:2',3'-E][1,4]DIAZEPIN-6-ONE × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；277 K；9-11% PEG8000, 100 mM ammonium sulfate, 5% glycerol, 5% sucrose, 20 mm magnesium chloride, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.317 |
| 4Q0B Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase in complex with gap-RNA/DNA and Nevirapine 提交 2014-04-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：pentameric |
链 C
600–1153（554 aa）
片段：UNP residues 600-1153
链 D
600–1027（428 aa）
片段：UNP residues 600-1027
|
突变：Q258C, C280S, D498N 突变：C280S | NVP 11-CYCLOPROPYL-5,11-DIHYDRO-4-METHYL-6H-DIPYRIDO[3,2-B:2',3'-E][1,4]DIAZEPIN-6-ONE × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；277 K；9-11% PEG8000, 100 mM ammonium sulfate, 5% glycerol, 5% sucrose, 20 mm magnesium chloride, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.317 |
| 4QAG Structure of a dihydroxycoumarin active-site inhibitor in complex with the RNASE H domain of HIV-1 reverse transcriptase 提交 2014-05-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1024–1156（133 aa）
片段：UNP residues 1024-1156
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 2 F95 (7,8-dihydroxy-2-oxo-2H-chromen-4-yl)acetic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；293 K；100 mM Bicine pH 8.2, 10 mM Manganese Sulfate, 1 mM Sodium Azide, 9% PEG 3350, combined with equal volume of 10 mM Tris pH 8.0, 75 mM NaCl, 20 mg/mL (1.34 mM) RNase H, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.71 Å R-free 0.190 |
| 4QAG Structure of a dihydroxycoumarin active-site inhibitor in complex with the RNASE H domain of HIV-1 reverse transcriptase 提交 2014-05-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1024–1156（133 aa）
片段：UNP residues 1024-1156
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 2 F95 (7,8-dihydroxy-2-oxo-2H-chromen-4-yl)acetic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；293 K；100 mM Bicine pH 8.2, 10 mM Manganese Sulfate, 1 mM Sodium Azide, 9% PEG 3350, combined with equal volume of 10 mM Tris pH 8.0, 75 mM NaCl, 20 mg/mL (1.34 mM) RNase H, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.71 Å R-free 0.190 |
| 4QAG Structure of a dihydroxycoumarin active-site inhibitor in complex with the RNASE H domain of HIV-1 reverse transcriptase 提交 2014-05-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1024–1156（133 aa）
片段：UNP residues 1024-1156
链 B
1024–1156（133 aa）
片段：UNP residues 1024-1156
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 4 F95 (7,8-dihydroxy-2-oxo-2H-chromen-4-yl)acetic acid × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；293 K；100 mM Bicine pH 8.2, 10 mM Manganese Sulfate, 1 mM Sodium Azide, 9% PEG 3350, combined with equal volume of 10 mM Tris pH 8.0, 75 mM NaCl, 20 mg/mL (1.34 mM) RNase H, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.71 Å R-free 0.190 |
| 4R5P Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase (RT) with DNA and a nucleoside triphosphate mimic alpha-carboxy nucleoside phosphonate inhibitor 提交 2014-08-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
600–1153（554 aa）
片段：UNP residues 600-1153
链 B
600–1027（428 aa）
片段：UNP residues 600-1027
|
突变：Q258C, C280S, D498N 突变：C280S | MG MAGNESIUM ION × 3 3JY [(1R)-2-methoxy-1-{[(1S,3R)-3-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)cyclopentyl]oxy}-2-oxoethyl]phosphonic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；277 K；10% PEG8000, 100 mM ammonium sulfate, 5% w/v sucrose, 5% w/v glycerol, 20 mM magnesium chloride, 50 mM Bis-Tris propane, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.89 Å R-free 0.251 |
| 4R5P Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase (RT) with DNA and a nucleoside triphosphate mimic alpha-carboxy nucleoside phosphonate inhibitor 提交 2014-08-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 C
600–1153（554 aa）
片段：UNP residues 600-1153
链 D
600–1027（428 aa）
片段：UNP residues 600-1027
|
突变：Q258C, C280S, D498N 突变：C280S | MG MAGNESIUM ION × 3 3JY [(1R)-2-methoxy-1-{[(1S,3R)-3-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)cyclopentyl]oxy}-2-oxoethyl]phosphonic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；277 K；10% PEG8000, 100 mM ammonium sulfate, 5% w/v sucrose, 5% w/v glycerol, 20 mM magnesium chloride, 50 mM Bis-Tris propane, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.89 Å R-free 0.251 |
| 4RW4 Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase (K103N,Y181C) variant in complex with (E)-3-(3-chloro-5-(4-chloro-2-(2-(2,4-dioxo-3,4- dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenoxy)phenyl)acrylonitrile (JLJ494), a Non-nucleoside Inhibitor 提交 2014-12-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：K103N, K172A, K173A, Y181C, C280S 突变：C280S | 494 (2E)-3-(3-chloro-5-{4-chloro-2-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]phenoxy}phenyl)prop-2-enenitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；16-20% (w/v) PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, 5 mM spermine, and 50 mM citric acid (pH 7.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.67 Å R-free 0.278 |
| 4RW6 Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase (Y181C) variant in complex with (E)-3-(3-chloro-5-(4-chloro-2-(2-(2,4-dioxo-3,4- dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenoxy)phenyl)acrylonitrile (JLJ494), a Non-nucleoside Inhibitor 提交 2014-12-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：K172A, K173A, Y181C, C280S 突变：C280S | 494 (2E)-3-(3-chloro-5-{4-chloro-2-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]phenoxy}phenyl)prop-2-enenitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；16-20% (w/v) PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, 5 mM spermine, and 50 mM citric acid pH 6.0-6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.63 Å R-free 0.280 |
| 4RW7 Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase (K103N, Y181C) variant in complex with (E)-3-(3-chloro-5-(2-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenoxy)phenyl)acrylonitrile (JLJ532), a non-nucleoside inhibitor 提交 2014-12-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：K103N, K172A, K173A, Y181C, C280S 突变：C280S | 3X6 (2E)-3-(3-chloro-5-{2-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]phenoxy}phenyl)prop-2-enenitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；18% (w/v) PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, 5 mM spermine, and 50 mM citric acid, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.01 Å R-free 0.266 |
| 4RW8 Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in complex with (E)-3-(3-chloro-5-(2-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenoxy)phenyl)acrylonitrile (JLJ532), a non-nucleoside inhibitor' 提交 2014-12-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：K172A, K173A, C280S 突变：C280S | 3X6 (2E)-3-(3-chloro-5-{2-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]phenoxy}phenyl)prop-2-enenitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；18% (w/v) PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, 5 mM spermine, and 50 mM citric acid, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.88 Å R-free 0.282 |
| 4RW9 Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase (Y181C) variant in complex with (E)-3-(3-chloro-5-(2-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenoxy)phenyl)acrylonitrile (JLJ532), a non-nucleoside inhibitor 提交 2014-12-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：K172A, K173A, Y181C, C280S 突变：C280S | 3X6 (2E)-3-(3-chloro-5-{2-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]phenoxy}phenyl)prop-2-enenitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；16-20% (w/v) PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, 5 mM spermine, and 50 mM citric acid pH 6.0 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.99 Å R-free 0.280 |
| 4U8W HIV-1 wild Type protease with GRL-050-10A (a Gem-difluoro-bis-Tetrahydrofuran as P2-Ligand) 提交 2014-08-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
501–599（99 aa）
片段：UNP residues 501-599
链 B
501–599（99 aa）
片段：UNP residues 501-599
|
突变：Q7K, L33I, L63I, C67A, C95A 突变：Q7K, L33I, L63I, C67A, C95A | G10 (3R,3aS,6aS)-4,4-difluorohexahydrofuro[2,3-b]furan-3-yl [(2S,3R)-4-{[(4-aminophenyl)sulfonyl](2-methylpropyl)amino}-3-hydroxy-1-phenylbutan-2-yl]carbamate × 1 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 3 ACT ACETATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；298 K；1M NaCl, 0.1 M Na Acetate, pH 4.8
|
分辨率 1.30 Å R-free 0.188 |
| 4WE1 Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with 5-(2-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenoxy)-2-naphthonitrile (JLJ600) 提交 2014-09-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：UNP residues 600-1154
链 B
600–1027（428 aa）
片段：UNP residues 600-1027
|
突变：C280S, K172A, K173A 突变：C280S | 3LQ 5-{2-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]phenoxy}naphthalene-2-carbonitrile × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；18% w/v PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, 50 mM Imidazole (pH 6.5), and 5 mM spermine-HCl
|
分辨率 2.49 Å R-free 0.287 |
| 4YE3 Crystal Structure of Multidrug Resistant HIV-1 Protease Clinical Isolate PR20 with Inhibitor GRL-4410A 提交 2015-02-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
501–599（99 aa）
链 B
501–599（99 aa）
|
突变：Q7K,L10F,I13V,I15V,D30N,V32I,L33F,E35D,M36I,S37N,I47V,I54L,Q58E,I62V,L63P,C67A,C95A,A71V,I84V,N88D,L89T,L90M 突变：Q7K,L10F,I13V,I15V,D30N,V32I,L33F,E35D,M36I,S37N,I47V,I54L,Q58E,I62V,L63P,C67A,C95A,A71V,I84V,N88D,L89T,L90M | Y1 YTTRIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 5 GOL GLYCEROL × 2 G04 (3R,3aS,4R,6aR)-4-methoxyhexahydrofuro[2,3-b]furan-3-yl [(2S,3R)-3-hydroxy-4-{[(4-methoxyphenyl)sulfonyl](2-methylpropyl)amino}-1-phenylbutan-2-yl]carbamate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；1.2M Sodium Chloride, 0.1M Sodium Acetate pH 5.5, 0.01M Yittrium Chloride
|
分辨率 1.35 Å R-free 0.200 |
| 4YHQ Crystal structure of multidrug resistant clinical isolate PR20 with GRL-5010A 提交 2015-02-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
501–599（99 aa）
链 B
501–599（99 aa）
|
突变：Q7K,L10F,I13V,I15V,D30N,V32I,L33F,E35D,M36I,S37N,I47V,I54L,Q58E,I62V,L63P,C67A,A71V,I84V,N88D,L89T,L90M,C95A 突变：Q7K,L10F,I13V,I15V,D30N,V32I,L33F,E35D,M36I,S37N,I47V,I54L,Q58E,I62V,L63P,C67A,A71V,I84V,N88D,L89T,L90M,C95A | G10 (3R,3aS,6aS)-4,4-difluorohexahydrofuro[2,3-b]furan-3-yl [(2S,3R)-4-{[(4-aminophenyl)sulfonyl](2-methylpropyl)amino}-3-hydroxy-1-phenylbutan-2-yl]carbamate × 1 Y1 YTTRIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 5 NA SODIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；1.15M sodium chloride, 0.1M sodium acetate pH 5.5 and 0.01M Yittrium chloride
|
分辨率 1.30 Å R-free 0.210 |
| 4ZIP HIV-1 wild Type protease with GRL-0648A (a isophthalamide-derived P2-Ligand) 提交 2015-04-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
501–599（99 aa）
链 B
501–599（99 aa）
|
突变：Q7K, L33I, L63I, C67A, C95A 突变：Q7K, L33I, L63I, C67A, C95A | NA SODIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 3 GOL GLYCEROL × 1 G64 N-[(2,5-dimethyl-1,3-oxazol-4-yl)methyl]-N'-[(2S,3R)-3-hydroxy-4-{[(4-methoxyphenyl)sulfonyl](2-methylpropyl)amino}-1-phenylbutan-2-yl]-N,5-dimethylbenzene-1,3-dicarboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；0.95 M NaCl, 0.1 M Sodium Acetate, pH 5
|
分辨率 1.11 Å R-free 0.154 |
| 4ZLS HIV-1 wild Type protease with GRL-096-13A (a Boc-derivative P2-Ligand, 3,-5-dimethylbiphenyl P1-Ligand) 提交 2015-05-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
501–599（99 aa）
链 B
501–599（99 aa）
|
突变：Q7K, L33I, L63I, C67A, C95A 突变：Q7K, L33I, L63I, C67A, C95A | NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 3 G61 tert-butyl [(2S,3R)-1-(3',5'-dimethoxybiphenyl-3-yl)-3-hydroxy-4-{[(4-methoxyphenyl)sulfonyl](2-methylpropyl)amino}butan-2-yl]carbamate × 1 ACT ACETATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；298 K；1.4M NaCl, 0.1 M Na Acetate, pH 4.8
|
分辨率 1.53 Å R-free 0.251 |
| 5AGZ Disubstituted bis-THF moieties as new P2 ligands in non-peptidal HIV- 1 Protease Inhibitors (II) 提交 2015-02-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
501–599（99 aa）
片段：ASPARTYL PROTEASE, RESIDUES 501-599
链 B
501–599（99 aa）
片段：ASPARTYL PROTEASE, RESIDUES 501-599
|
突变：YES 突变：YES | CL CHLORIDE ION × 3 QHA (3R,3aS,4R,6aR)-4-[(2-fluoroprop-2-en-1-yl)oxy]hexahydrofuro[2,3-b]furan-3-yl {(2S,3R)-3-hydroxy-4-[{[2-(methylamino)-1,3-benzoxazol-6-yl]sulfonyl}(2-methylpropyl)amino]-1-phenylbutan-2-yl}carbamate × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.20 Å R-free 0.221 |
| 5AH6 Disubstituted bis-THF moieties as new P2 ligands in non-peptidal HIV- 1 Protease Inhibitors (II) 提交 2015-02-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
501–599（99 aa）
片段：ASPARTYL PROTEASE, RESIDUES 501-599
链 B
501–599（99 aa）
片段：ASPARTYL PROTEASE, RESIDUES 501-599
|
突变：YES 突变：YES | CL CHLORIDE ION × 3 C7U (3R,3aS,4R,6aS)-4-chlorohexahydrofuro[2,3-b]furan-3-yl {(2S,3R)-3-hydroxy-4-[{[2-(methylamino)-1,3-benzoxazol-6-yl]sulfonyl}(2-methylpropyl)amino]-1-phenylbutan-2-yl}carbamate × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.50 Å R-free 0.225 |
| 5AH7 Disubstituted bis-THF moieties as new P2 ligands in non-peptidal HIV- 1 Protease Inhibitors (II) 提交 2015-02-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
501–599（99 aa）
片段：ASPARTYL PROTEASE, RESIDUES 501-599
链 B
501–599（99 aa）
片段：ASPARTYL PROTEASE, RESIDUES 501-599
|
突变：YES 突变：YES | CL CHLORIDE ION × 3 C7J (3R,3aS,4R,6aS)-4-chlorohexahydrofuro[2,3-b]furan-3-yl [(2S,3R)-4-{[(4-aminophenyl)sulfonyl](2-methylpropyl)amino}-3-hydroxy-1-phenylbutan-2-yl]carbamate × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.55 Å R-free 0.238 |
| 5AH8 Disubstituted bis-THF moieties as new P2 ligands in non-peptidal HIV- 1 Protease Inhibitors (II) 提交 2015-02-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
501–599（99 aa）
片段：ASPARTYL PROTEASE, RESIDUES 501-599
链 B
501–599（99 aa）
片段：ASPARTYL PROTEASE, RESIDUES 501-599
|
突变：YES 突变：YES | CL CHLORIDE ION × 3 C7W (3R,3aS,4R,6aR)-4-(3,3,3-trifluoropropoxy)hexahydrofuro[2,3-b]furan-3-yl {(2S,3R)-3-hydroxy-4-[{[2-(methylamino)-1,3-benzoxazol-6-yl]sulfonyl}(2-methylpropyl)amino]-1-phenylbutan-2-yl}carbamate × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.26 Å R-free 0.221 |
| 5AH9 Disubstituted bis-THF moieties as new P2 ligands in non-peptidal HIV- 1 Protease Inhibitors (II) 提交 2015-02-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
501–599（99 aa）
片段：ASPARTYL PROTEASE, RESIDUES 501-599
链 B
501–599（99 aa）
片段：ASPARTYL PROTEASE, RESIDUES 501-599
|
突变：YES 突变：YES | CL CHLORIDE ION × 3 C7L (3R,3aS,4R,6aR)-4-(2-methoxyethoxy)hexahydrofuro[2,3-b]furan-3-yl [(2S,3R)-4-{[(4-aminophenyl)sulfonyl](2-methylpropyl)amino}-3-hydroxy-1-phenylbutan-2-yl]carbamate × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.44 Å R-free 0.215 |
| 5AHA Disubstituted bis-THF moieties as new P2 ligands in non-peptidal HIV- 1 Protease Inhibitors (II) 提交 2015-02-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
501–599（99 aa）
片段：ASPARTYL PROTEASE, RESIDUES 501-599
链 B
501–599（99 aa）
片段：ASPARTYL PROTEASE, RESIDUES 501-599
|
突变：YES 突变：YES | CL CHLORIDE ION × 3 ZLP (3R,3aS,4R,6aR)-4-(2-methoxyethoxy)hexahydrofuro[2,3-b]furan-3-yl {(2S,3R)-3-hydroxy-4-[{[(2Z)-2-(methylimino)-2,3-dihydro-1,3-benzoxazol-6-yl]sulfonyl}(2-methylpropyl)amino]-1-phenylbutan-2-yl}carbamate × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.35 Å R-free 0.225 |
| 5AHB Disubstituted bis-THF moieties as new P2 ligands in non-peptidal HIV- 1 Protease Inhibitors (II) 提交 2015-02-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
501–599（99 aa）
片段：ASPARTYL PROTEASE, RESIDUES 501-599
链 B
501–599（99 aa）
片段：ASPARTYL PROTEASE, RESIDUES 501-599
|
突变：YES 突变：YES | CL CHLORIDE ION × 3 J5L (3R,3aS,4R,6aR)-4-[2-(methylamino)-2-oxoethoxy]hexahydrofuro[2,3-b]furan-3-yl {(2S,3R)-3-hydroxy-4-[{[(2Z)-2-(methylimino)-2,3-dihydro-1,3-benzoxazol-6-yl]sulfonyl}(2-methylpropyl)amino]-1-phenylbutan-2-yl}carbamate × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.50 Å R-free 0.220 |
| 5AHC Disubstituted bis-THF moieties as new P2 ligands in non-peptidal HIV- 1 Protease Inhibitors (II) 提交 2015-02-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
501–599（99 aa）
片段：ASPARTYL PROTEASE, RESIDUES 501-599
链 B
501–599（99 aa）
片段：ASPARTYL PROTEASE, RESIDUES 501-599
|
突变：YES 突变：YES | CL CHLORIDE ION × 3 VXL (3R,3aS,4R,6aR)-4-[2-(methylamino)-2-oxoethoxy]hexahydrofuro[2,3-b]furan-3-yl [(2S,3R)-3-hydroxy-4-{[(4-methoxyphenyl)sulfonyl](2-methylpropyl)amino}-1-phenylbutan-2-yl]carbamate × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.50 Å R-free 0.229 |
| 5BRY HIV-1 wild Type protease with GRL-011-11A (a methylamine bis-Tetrahydrofuran P2-Ligand, sulfonamide isostere derivate) 提交 2015-06-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
501–599（99 aa）
链 B
501–599（99 aa）
|
突变：Q7K, L33I, L63I, C67A, C95A 突变：Q7K, L33I, L63I, C67A, C95A | NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 3 4UY (3R,3aS,4R,6aR)-4-(methylamino)hexahydrofuro[2,3-b]furan-3-yl [(2S,3R)-3-hydroxy-4-{[(4-methoxyphenyl)sulfonyl](2-methylpropyl)amino}-1-phenylbutan-2-yl]carbamate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；1.4 M NaCl, 0.1 M sodium Acetate, pH 4.6
|
分辨率 1.34 Å R-free 0.205 |
| 5BS4 HIV-1 wild Type protease with GRL-047-11A (a methylamine bis-Tetrahydrofuran P2-Ligand, 4-amino sulfonamide derivative) 提交 2015-06-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
501–599（99 aa）
链 B
501–599（99 aa）
|
突变：Q7K, L33I, L63I, C67A, C95A 突变：Q7K, L33I, L63I, C67A, C95A | 4UX (3R,3aS,4R,6aR)-4-(methylamino)hexahydrofuro[2,3-b]furan-3-yl [(2S,3R)-4-{[(4-aminophenyl)sulfonyl](2-methylpropyl)amino}-3-hydroxy-1-phenylbutan-2-yl]carbamate × 1 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 ACT ACETATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；1.0M NaCl, 0.1M NaAcetate, pH=5.0
|
分辨率 1.29 Å R-free 0.210 |
| 5C24 Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with 7-((4-((4-cyanophenyl)amino)-1,3,5-triazin-2-yl)amino)-6,8-dimethylindolizine-2-carbonitrile (JLJ605), a non-nucleoside inhibitor 提交 2015-06-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1144（545 aa）
片段：UNP residues 604-1144
链 B
604–1027（424 aa）
片段：UNP residues 604-1027
|
突变：C280S, K172A, K173A 突变：C280S | 4XO 6-({4-[(4-cyanophenyl)amino]-1,3,5-triazin-2-yl}amino)-5,7-dimethylindolizine-2-carbonitrile × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；20% v/v PEG 8000, 50 mM HEPES (pH 7.0),100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine-HCl using hanging drop vaporization
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.258 |
| 5C25 Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with 6-((4-((4-cyanophenyl)amino)-1,3,5-triazin-2-yl)amino)-5,7-dimethyl-2-naphthonitrile (JLJ639), a Non-nucleoside Inhibitor 提交 2015-06-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：UNP residues 600-1154
链 B
600–1027（428 aa）
片段：UNP residues 600-1027
|
突变：C280S, K172A, K173A 突变：C280S | 639 6-({4-[(4-cyanophenyl)amino]-1,3,5-triazin-2-yl}amino)-5,7- dimethyl-2-naphthonitrile × 1 SO4 SULFATE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；14% PEG 8000, 100 mM Ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, 5 mM spermine, 15 mM HEPES pH 7.0
|
分辨率 2.84 Å R-free 0.263 |
| 5C42 Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase (K101P) Variant in Complex with 8-(2-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenoxy)indolizine-2-carbonitrile (JLJ555), a non-nucleoside inhibitor 提交 2015-06-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：UNP residues 600-1154
链 B
600–1027（428 aa）
片段：UNP residues 600-1027
|
突变：K101P, K172A, K173A, C280S 突变：C280S | 29T 8-{2-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]phenoxy}indolizine-2-carbonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；co-crystallization; 15% PEG 8000 (50% (w/v)), in pH 7.0 solution (0.125 M HEPES, 0.0125 M spermine-HCl, 0.04 M magnesium sulfate, 0.04 M ammonium sulfate)
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.282 |
| 5CYM HIV-1 reverse transcriptase complexed with 4-iodopyrazole 提交 2015-07-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：K172A, K173A, C280S 突变：C280S | T27 4-{[4-({4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}benzonitrile × 1 SO4 SULFATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 IOD IODIDE ION × 14 PYZ 4-IODOPYRAZOLE × 6 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.7；277 K；50 mM Imidazole pH 6.6, 10% PEG 8k, 5%PEG400, 100 mM A/S, 15 mM MgSO4, 10 mM Spermine, 5 mM TCEP
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.229 |
| 5CYQ HIV-1 reverse transcriptase complexed with 4-bromopyrazole 提交 2015-07-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：K172A, K173A, C280S 突变：C280S | T27 4-{[4-({4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}benzonitrile × 1 BYZ 4-bromo-1H-pyrazole × 15 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 10 BR BROMIDE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.7；277 K；50 mM Imidazole pH 6.6, 10% PEG 8k, 5% PEG400, 100 mM A/S, 15 mM MgSO4, 10 mM Spermine, 5 mM TCEP
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.224 |
| 5D3G Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase Bound to a Novel 38-mer Hairpin Template-Primer DNA Aptamer 提交 2015-08-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C280S 突变：C280S | SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；278 K；7% PEG 8000, 25 mM BisTris-Propane pH 6.8, 75 mM BisTris-Propane pH 7.4, 50 mM Ammonium Sulfate, 5% glycerol, 5% sucrose
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.225 |
| 5D3G Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase Bound to a Novel 38-mer Hairpin Template-Primer DNA Aptamer 提交 2015-08-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 C
600–1154（555 aa）
链 D
600–1027（428 aa）
|
突变：C280S 突变：C280S | SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；278 K；7% PEG 8000, 25 mM BisTris-Propane pH 6.8, 75 mM BisTris-Propane pH 7.4, 50 mM Ammonium Sulfate, 5% glycerol, 5% sucrose
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.225 |
| 5FDL Crystal Structure of K103N/Y181C Mutant HIV-1 Reverse Transcriptase (RT) in Complex with IDX899 提交 2015-12-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1156（557 aa）
链 B
600–1039（440 aa）
|
突变：YES 突变：YES | 5DV methyl (R)-(2-carbamoyl-5-chloro-1H-indol-3-yl)[3-(2-cyanoethyl)-5-methylphenyl]phosphinate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Protein was concentrated to 14 mg/ml in the presence of 0.5 mM inhibitor A051606P then used in successive crystal micro-seeding experiments to yield protein crystals of 0.3 mm x 0.3 mm x 0.2 mm in 1.4 M Sodium Malonate.
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.299 |
| 5HBM Crystal Structure of a Dihydroxycoumarin RNase H Active-Site Inhibitor in Complex with HIV-1 Reverse Transcriptase 提交 2015-12-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：p66 domain, residues 600-1153
链 B
600–1027（428 aa）
片段：p51 domain, residues 604-1027
|
突变：K172A, K173A, C280S 突变：C280S | NVP 11-CYCLOPROPYL-5,11-DIHYDRO-4-METHYL-6H-DIPYRIDO[3,2-B:2',3'-E][1,4]DIAZEPIN-6-ONE × 1 F95 (7,8-dihydroxy-2-oxo-2H-chromen-4-yl)acetic acid × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；277 K；PEG 8000, (NH4)2SO4, GLYCEROL, BIS TRIS PROPANE
|
分辨率 3.04 Å R-free 0.274 |
| 5HLF STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE In COMPLEX WITH A 38-MER HAIRPIN TEMPLATE-PRIMER DNA APTAMER AND AN ALPHA-CARBOXYPHOSPHONATE INHIBITOR 提交 2016-01-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：D498N | MG MAGNESIUM ION × 2 64A {[(1S,3R)-3-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)cyclopentyl]oxy}propanedioic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；7% PEG 8000, 25 MM BISTRIS-PROPANE PH, 6.8, 75 MM BISTRIS-PROPANE PH 7.4, 50 MM AMMONIUM SULFATE, 5% GLYCEROL, 5% SUCROSE
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.257 |
| 5HLF STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE In COMPLEX WITH A 38-MER HAIRPIN TEMPLATE-PRIMER DNA APTAMER AND AN ALPHA-CARBOXYPHOSPHONATE INHIBITOR 提交 2016-01-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 C
600–1154（555 aa）
链 D
600–1027（428 aa）
|
突变：D498N | MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；7% PEG 8000, 25 MM BISTRIS-PROPANE PH, 6.8, 75 MM BISTRIS-PROPANE PH 7.4, 50 MM AMMONIUM SULFATE, 5% GLYCEROL, 5% SUCROSE
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.257 |
| 5HP1 STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE In COMPLEX WITH A DNA aptamer and FOSCARNET, a Pyrophosphate analog 提交 2016-01-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 4 PPF PHOSPHONOFORMIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 ATM 3'-AZIDO-3'-DEOXYTHYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；7% PEG 8000, 25mM, BISTRIS-PROPANE, 50 MM AMMONIUM SULFATE, 5% GLYCEROL, 5% SUCROSE
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.273 |
| 5HP1 STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE In COMPLEX WITH A DNA aptamer and FOSCARNET, a Pyrophosphate analog 提交 2016-01-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 C
600–1154（555 aa）
链 D
600–1027（428 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 4 PPF PHOSPHONOFORMIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 1 ATM 3'-AZIDO-3'-DEOXYTHYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；7% PEG 8000, 25mM, BISTRIS-PROPANE, 50 MM AMMONIUM SULFATE, 5% GLYCEROL, 5% SUCROSE
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.273 |
| 5HRO STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE In COMPLEX WITH A DNA aptamer and an Alpha-carboxy nucleoside phosphonate inhibitor (alpha-CNP) 提交 2016-01-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 3 3JY [(1R)-2-methoxy-1-{[(1S,3R)-3-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)cyclopentyl]oxy}-2-oxoethyl]phosphonic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；277 K；7% PEG 8000, 100 MM BISTRIS-PROPANE, AMMONIUM SULFATE, 5% GLYCEROL, 5% SUCROSE
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.265 |
| 5HRO STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE In COMPLEX WITH A DNA aptamer and an Alpha-carboxy nucleoside phosphonate inhibitor (alpha-CNP) 提交 2016-01-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 C
600–1154（555 aa）
链 D
600–1027（428 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 3 3JY [(1R)-2-methoxy-1-{[(1S,3R)-3-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)cyclopentyl]oxy}-2-oxoethyl]phosphonic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；277 K；7% PEG 8000, 100 MM BISTRIS-PROPANE, AMMONIUM SULFATE, 5% GLYCEROL, 5% SUCROSE
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.265 |
| 5I3U STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE N-SITE COMPLEX; CATALYTIC INCORPORATION OF AZTMP to A DNA aptamer in CRYSTAL 提交 2016-02-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；7% PEG 8000, 25 MM BISTRIS-PROPANE PH 6.8, 75 MM BISTRIS-PROPANE PH 7.4, 50 MM AMMONIUM SULFATE, 5% GLYCEROL, 5% SUCROSE
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.254 |
| 5I3U STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE N-SITE COMPLEX; CATALYTIC INCORPORATION OF AZTMP to A DNA aptamer in CRYSTAL 提交 2016-02-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 C
600–1154（555 aa）
链 D
600–1027（428 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；7% PEG 8000, 25 MM BISTRIS-PROPANE PH 6.8, 75 MM BISTRIS-PROPANE PH 7.4, 50 MM AMMONIUM SULFATE, 5% GLYCEROL, 5% SUCROSE
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.254 |
| 5I42 Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in complex with a DNA aptamer, AZTTP, and CA(2+) ion 提交 2016-02-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 AZT 3'-AZIDO-3'-DEOXYTHYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；7% PEG 8000, 25 MM BISTRIS-PROPANE PH 6.8, 75 MM BISTRIS-PROPANE PH 7.4, 50 MM AMMONIUM SULFATE, 5% GLYCEROL, 5% SUCROSE
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.247 |
| 5I42 Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in complex with a DNA aptamer, AZTTP, and CA(2+) ion 提交 2016-02-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 C
600–1154（555 aa）
链 D
600–1027（428 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 AZT 3'-AZIDO-3'-DEOXYTHYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；7% PEG 8000, 25 MM BISTRIS-PROPANE PH 6.8, 75 MM BISTRIS-PROPANE PH 7.4, 50 MM AMMONIUM SULFATE, 5% GLYCEROL, 5% SUCROSE
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.247 |
| 5J1E Crystal Structure of a Hydroxypyridone Carboxylic Acid Active-Site RNase H Inhibitor in Complex with HIV Reverse Transcriptase 提交 2016-03-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：p66 domain, residues 600-1154
链 B
600–1027（428 aa）
片段：p51 domain, residues 600-1027
|
突变：C280S 突变：C280S | MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.1；291 K；PEG 3350, SODIUM POTASSIUM PHOSPHATE, ETHYLENE GLYCOL, MES
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.294 |
| 5J1E Crystal Structure of a Hydroxypyridone Carboxylic Acid Active-Site RNase H Inhibitor in Complex with HIV Reverse Transcriptase 提交 2016-03-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
600–1154（555 aa）
片段：p66 domain, residues 600-1154
链 D
600–1027（428 aa）
片段：p51 domain, residues 600-1027
|
突变：C280S 突变：C280S | MG MAGNESIUM ION × 2 6FT 5-hydroxy-4-oxo-1-[(4'-sulfamoyl[1,1'-biphenyl]-4-yl)methyl]-1,4-dihydropyridine-3-carboxylic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.1；291 K；PEG 3350, SODIUM POTASSIUM PHOSPHATE, ETHYLENE GLYCOL, MES
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.294 |
| 5TER Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with 5-chloro-7-(2-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenoxy)-8-methyl-2-naphthonitrile (JLJ651), a Non-nucleoside Inhibitor 提交 2016-09-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：UNP residues 600-1154
链 B
600–1027（428 aa）
片段：UNP residues 600-1027
|
突变：C280S, K172A, K173A 突变：C280S | 7AY 5-chloro-7-(2-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenoxy)-8-methyl-2-naphthonitrile × 1 SO4 SULFATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；50 mM HEPES pH 7.0, 18% PEG 8,000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.267 |
| 5TUQ Crystal Structure of a 6-Cyclohexylmethyl-3-hydroxypyrimidine-2,4-dione Inhibitor in Complex with HIV Reverse Transcriptase 提交 2016-11-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：p66 domain residues 600-1154
链 B
600–1027（428 aa）
片段：p51 domain residues 600-1027
|
突变：C280S 突变：C280S | J63 1-[(benzyloxy)methyl]-6-(cyclohexylmethyl)-3-hydroxy-5-(propan-2-yl)pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.1；291 K；PEG 3350, SODIUM POTASSIUM PHOSPHATE, ETHYLENE GLYCOL, MES
|
分辨率 2.71 Å R-free 0.265 |
| 5TW3 Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with 5-(2-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)-4-fluorophenoxy)-7-fluoro-2-naphthonitrile (JLJ636), a Non-nucleoside Inhibitor 提交 2016-11-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C280S, K172A, K173A 突变：C280S | 7N1 5-{2-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]-4-fluorophenoxy}-7-fluoronaphthalene-2-carbonitrile × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；50 mM MES pH 6.0, 18% PEG 8,000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.273 |
| 5TXL STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE (RT) TERNARY COMPLEX WITH A DOUBLE STRANDED DNA AND AN INCOMING DATP 提交 2016-11-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
600–1153（554 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：Q258C, C280S, D498N 突变：C280S | MG MAGNESIUM ION × 2 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；PEG 8000, AMMONIUM SULFATE, MGCL2, GLYCEROL, SUCROSE
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.225 |
| 5TXL STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE (RT) TERNARY COMPLEX WITH A DOUBLE STRANDED DNA AND AN INCOMING DATP 提交 2016-11-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 C
600–1153（554 aa）
链 D
600–1027（428 aa）
|
突变：Q258C, C280S, D498N 突变：C280S | MG MAGNESIUM ION × 2 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；PEG 8000, AMMONIUM SULFATE, MGCL2, GLYCEROL, SUCROSE
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.225 |
| 5TXM STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE (RT) TERNARY COMPLEX WITH A DOUBLE STRANDED DNA AND AN INCOMING DDATP 提交 2016-11-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：Q258C, C280S, D498N 突变：C280S | MG MAGNESIUM ION × 2 DDS 2',3'-dideoxyadenosine triphosphate × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；PEG 8000, AMMONIUM SULFATE, MGCL2, GLYCEROL, SUCROSE,
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.223 |
| 5TXM STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE (RT) TERNARY COMPLEX WITH A DOUBLE STRANDED DNA AND AN INCOMING DDATP 提交 2016-11-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 C
600–1154（555 aa）
链 D
600–1027（428 aa）
|
突变：Q258C, C280S, D498N 突变：C280S | MG MAGNESIUM ION × 2 DDS 2',3'-dideoxyadenosine triphosphate × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；PEG 8000, AMMONIUM SULFATE, MGCL2, GLYCEROL, SUCROSE,
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.223 |
| 5TXN STRUCTURE OF Q151M MUTANT HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE (RT) TERNARY COMPLEX WITH A DOUBLE STRANDED DNA AND AN INCOMING DATP 提交 2016-11-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
600–1153（554 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：Q151M, Q258C, C280S, D498N 突变：C280S | MG MAGNESIUM ION × 2 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；PEG 8000, AMMONIUM SULFATE, MGCL2, GLYCEROL, SUCROSE
|
分辨率 2.55 Å R-free 0.226 |
| 5TXN STRUCTURE OF Q151M MUTANT HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE (RT) TERNARY COMPLEX WITH A DOUBLE STRANDED DNA AND AN INCOMING DATP 提交 2016-11-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 C
600–1153（554 aa）
链 D
600–1027（428 aa）
|
突变：Q151M, Q258C, C280S, D498N 突变：C280S | MG MAGNESIUM ION × 2 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；PEG 8000, AMMONIUM SULFATE, MGCL2, GLYCEROL, SUCROSE
|
分辨率 2.55 Å R-free 0.226 |
| 5TXO STRUCTURE OF Q151M complex (A62V, V75I, F77L, F116Y, Q151M) mutant HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE (RT) TERNARY COMPLEX WITH A DOUBLE STRANDED DNA AND AN INCOMING DATP 提交 2016-11-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
600–1153（554 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：A62V, V75I, F77L, F116Y, Q151M, Q258C, C280S, D498N 突变：C280S | MG MAGNESIUM ION × 2 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；PEG 8000, AMMONIUM SULFATE, MGCL2, GLYCEROL, SUCROSE
|
分辨率 2.55 Å R-free 0.228 |
| 5TXO STRUCTURE OF Q151M complex (A62V, V75I, F77L, F116Y, Q151M) mutant HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE (RT) TERNARY COMPLEX WITH A DOUBLE STRANDED DNA AND AN INCOMING DATP 提交 2016-11-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 C
600–1153（554 aa）
链 D
600–1027（428 aa）
|
突变：A62V, V75I, F77L, F116Y, Q151M, Q258C, C280S, D498N 突变：C280S | MG MAGNESIUM ION × 2 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；PEG 8000, AMMONIUM SULFATE, MGCL2, GLYCEROL, SUCROSE
|
分辨率 2.55 Å R-free 0.228 |
| 5TXP STRUCTURE OF Q151M complex (A62V, V75I, F77L, F116Y, Q151M) mutant HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE (RT) TERNARY COMPLEX WITH A DOUBLE STRANDED DNA AND AN INCOMING DDATP 提交 2016-11-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
600–1153（554 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：A62V, V75I, F77L, F116Y, Q151M, Q258C, C280S, D498N 突变：C280S | MG MAGNESIUM ION × 2 DDS 2',3'-dideoxyadenosine triphosphate × 1 SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；PEG 8000, AMMONIUM SULFATE, MGCL2, GLYCEROL, SUCROSE
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.239 |
| 5TXP STRUCTURE OF Q151M complex (A62V, V75I, F77L, F116Y, Q151M) mutant HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE (RT) TERNARY COMPLEX WITH A DOUBLE STRANDED DNA AND AN INCOMING DDATP 提交 2016-11-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 C
600–1153（554 aa）
链 D
600–1027（428 aa）
|
突变：A62V, V75I, F77L, F116Y, Q151M, Q258C, C280S, D498N 突变：C280S | MG MAGNESIUM ION × 2 DDS 2',3'-dideoxyadenosine triphosphate × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；PEG 8000, AMMONIUM SULFATE, MGCL2, GLYCEROL, SUCROSE
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.239 |
| 5UV5 Crystal Structure of a 2-Hydroxyisoquinoline-1,3-dione RNase H Active Site Inhibitor with Multiple Binding Modes to HIV Reverse Transcriptase 提交 2017-02-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：p66 domain residues 600-1154
链 B
600–1027（428 aa）
片段：p51 domain residues 600-1027
|
突变：C280S 突变：C280S | MN MANGANESE (II) ION × 2 Y55 7-(furan-2-yl)-2-hydroxyisoquinoline-1,3(2H,4H)-dione × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；PEG 3350, SODIUM POTASSIUM PHOSPHATE, ETHYLENE GLYCOL, TRIS
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.287 |
| 5UV5 Crystal Structure of a 2-Hydroxyisoquinoline-1,3-dione RNase H Active Site Inhibitor with Multiple Binding Modes to HIV Reverse Transcriptase 提交 2017-02-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
600–1154（555 aa）
片段：p66 domain residues 600-1154
链 D
600–1027（428 aa）
片段：p51 domain residues 600-1027
|
突变：C280S 突变：C280S | MN MANGANESE (II) ION × 2 Y55 7-(furan-2-yl)-2-hydroxyisoquinoline-1,3(2H,4H)-dione × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；PEG 3350, SODIUM POTASSIUM PHOSPHATE, ETHYLENE GLYCOL, TRIS
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.287 |
| 5VQQ Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with N-(6-cyano-3-(2-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenoxy)-4-methylnaphthalen-1-yl)-2-fluoro-N-methylacetamide (JLJ683), a Non-nucleoside Inhibitor 提交 2017-05-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C280S, K172A, K173A 突变：C280S | 9JP N-(6-cyano-3-{2-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]phenoxy}-4-methylnaphthalen-1-yl)-2-fluoro-N-methylacetamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；50 mM imidazole pH 6.5, 20% PEG 8,000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.55 Å R-free 0.255 |
| 5VQR Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with N-(6-cyano-3-(2-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenoxy)-4-methylnaphthalen-1-yl)-N-methylacrylamide (JLJ684), a Non-nucleoside Inhibitor 提交 2017-05-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C280S, K172A, K173A 突变：C280S | 9KG N-(6-cyano-3-{2-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]phenoxy}-4-methylnaphthalen-1-yl)-N-methylprop-2-enamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；50 mM imidazole pH 6.8, 14% PEG 8,000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.55 Å R-free 0.250 |
| 5VQS Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with N-(6-cyano-3-(2-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenoxy)-4-methylnaphthalen-1-yl)acrylamide (JLJ685), a Non-nucleoside Inhibitor 提交 2017-05-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C280S, K172A, K173A 突变：C280S | 9KD N-(6-cyano-3-{2-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]phenoxy}-4-methylnaphthalen-1-yl)prop-2-enamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；50 mM MES pH 6.0, 14% PEG 8,000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.242 |
| 5VQT Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with 2-chloro-N-(6-cyano-3-(2-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenoxy)-4-methylnaphthalen-1-yl)-N-methylacetamide (JLJ686), a Non-nucleoside Inhibitor 提交 2017-05-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C280S, K172A, K173A 突变：C280S | 9K7 2-chloro-N-(6-cyano-3-{2-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]phenoxy}-4-methylnaphthalen-1-yl)-N-methylacetamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；50 mM imidazole pH 7.0, 16% PEG 8,000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.56 Å R-free 0.241 |
| 5VQU Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase (Y181C) Variant in Complex with N-(6-cyano-3-(2-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenoxy)-4-methylnaphthalen-1-yl)-2-fluoro-N-methylacetamide (JLJ683), a Non-nucleoside Inhibitor 提交 2017-05-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：p66
链 B
600–1027（428 aa）
片段：p51
|
突变：C280S, K172A, K173A, Y181C 突变：C280S | 9JP N-(6-cyano-3-{2-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]phenoxy}-4-methylnaphthalen-1-yl)-2-fluoro-N-methylacetamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；50 mM imidazole pH 6.5, 18% PEG 8,000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.263 |
| 5VQV Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase (Y181C) Variant in Complex with N-(6-cyano-3-(2-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenoxy)-4-methylnaphthalen-1-yl)-N-methylacrylamide (JLJ684), a Non-nucleoside Inhibitor 提交 2017-05-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：p66
链 B
600–1027（428 aa）
片段：p51
|
突变：C280S, K172A, K173A, Y181C 突变：C280S | 9J1 N-(6-cyano-3-{2-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]phenoxy}-4-methylnaphthalen-1-yl)-N-methylpropanamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；50 mM imidazole pH 6.5, 16% PEG 8,000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.58 Å R-free 0.258 |
| 5VQW Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase (Y181C) Variant in Complex with N-(6-cyano-3-(2-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenoxy)-4-methylnaphthalen-1-yl)acrylamide (JLJ685), a Non-nucleoside Inhibitor 提交 2017-05-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C280S, K172A, K173A, Y181C 突变：C280S | 9KD N-(6-cyano-3-{2-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]phenoxy}-4-methylnaphthalen-1-yl)prop-2-enamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；50 mM HEPES pH 7.0, 16% PEG 8,000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.257 |
| 5VQX Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase (Y181C) Variant in Complex with 2-chloro-N-(6-cyano-3-(2-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenoxy)-4-methylnaphthalen-1-yl)-N-methylacetamide (JLJ686), a Non-nucleoside Inhibitor 提交 2017-05-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：p66
链 B
600–1027（428 aa）
片段：p51
|
突变：C280S, K172A, K173A, Y181C 突变：C280S | 9HY N-(6-cyano-3-{2-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]phenoxy}-4-methylnaphthalen-1-yl)-N-methylacetamide × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；50 mM imidazole pH 6.8, 16% PEG 8,000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.262 |
| 5VQY Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase (K103N, Y181C) Variant in Complex with N-(6-cyano-3-(2-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenoxy)-4-methylnaphthalen-1-yl)-N-methylacrylamide (JLJ684), a Non-nucleoside Inhibitor 提交 2017-05-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C280S, K172A, K173A, K103N, Y181C 突变：C280S | 9J1 N-(6-cyano-3-{2-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]phenoxy}-4-methylnaphthalen-1-yl)-N-methylpropanamide × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；50 mM imidazole pH 6.8, 16% PEG 8,000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.256 |
| 5VQZ Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase (K103N, Y181C) Variant in Complex with 2-chloro-N-(6-cyano-3-(2-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenoxy)-4-methylnaphthalen-1-yl)-N-methylacetamide (JLJ686), a Non-nucleoside Inhibitor 提交 2017-05-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C280S, K172A, K173A, K103N, Y181C 突变：C280S | 9HY N-(6-cyano-3-{2-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]phenoxy}-4-methylnaphthalen-1-yl)-N-methylacetamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；50 mM imidazole pH 6.8, 18% PEG 8,000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.23 Å R-free 0.259 |
| 6AMO STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE (RT) TERNARY COMPLEX WITH A DOUBLE STRANDED DNA AND AN INCOMING D4TTP AT PH 7.0 提交 2017-08-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
600–1153（554 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：I63C, C280S 突变：C879S | MG MAGNESIUM ION × 2 D4T 2',3'-DEHYDRO-2',3'-DEOXY-THYMIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；277 K；PEG 8000, NaCl, CHES (N-Cyclohexyl-2-aminoethanesulfonic acid), TRIS (tris(hydroxymethyl)aminomethane), MgCl2, d4T triphosphate
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.217 |
| 6AMO STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE (RT) TERNARY COMPLEX WITH A DOUBLE STRANDED DNA AND AN INCOMING D4TTP AT PH 7.0 提交 2017-08-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 C
600–1153（554 aa）
链 D
600–1027（428 aa）
|
突变：I63C, C280S 突变：C879S | MG MAGNESIUM ION × 2 D4T 2',3'-DEHYDRO-2',3'-DEOXY-THYMIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 7 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；277 K；PEG 8000, NaCl, CHES (N-Cyclohexyl-2-aminoethanesulfonic acid), TRIS (tris(hydroxymethyl)aminomethane), MgCl2, d4T triphosphate
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.217 |
| 6AN2 STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE (RT) TERNARY COMPLEX WITH A DOUBLE STRANDED DNA AND AN INCOMING D4TTP AT PH 7.5 提交 2017-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
600–1153（554 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C280S, I63C 突变：C879S | MG MAGNESIUM ION × 2 D4T 2',3'-DEHYDRO-2',3'-DEOXY-THYMIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 8 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；277 K；PEG 8000, NaCl, CHES (N-Cyclohexyl-2-aminoethanesulfonic acid), TRIS, MgCl2, d4T triphosphate
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.216 |
| 6AN2 STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE (RT) TERNARY COMPLEX WITH A DOUBLE STRANDED DNA AND AN INCOMING D4TTP AT PH 7.5 提交 2017-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 C
600–1153（554 aa）
链 D
600–1027（428 aa）
|
突变：C280S, I63C 突变：C879S | MG MAGNESIUM ION × 2 D4T 2',3'-DEHYDRO-2',3'-DEOXY-THYMIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；277 K；PEG 8000, NaCl, CHES (N-Cyclohexyl-2-aminoethanesulfonic acid), TRIS, MgCl2, d4T triphosphate
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.216 |
| 6AN8 STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE (RT) TERNARY COMPLEX WITH A DOUBLE STRANDED DNA AND AN INCOMING D4TTP AT PH 8.0 提交 2017-08-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
600–1153（554 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C280S, I63C 突变：C879S | MG MAGNESIUM ION × 2 D4T 2',3'-DEHYDRO-2',3'-DEOXY-THYMIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 7 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；277 K；PEG 8000, NaCl, CHES (N-Cyclohexyl-2-aminoethanesulfonic acid), TRIS, MgCl2, d4T triphosphate
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.217 |
| 6AN8 STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE (RT) TERNARY COMPLEX WITH A DOUBLE STRANDED DNA AND AN INCOMING D4TTP AT PH 8.0 提交 2017-08-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 C
600–1153（554 aa）
链 D
600–1027（428 aa）
|
突变：C280S, I63C 突变：C879S | MG MAGNESIUM ION × 2 D4T 2',3'-DEHYDRO-2',3'-DEOXY-THYMIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；277 K；PEG 8000, NaCl, CHES (N-Cyclohexyl-2-aminoethanesulfonic acid), TRIS, MgCl2, d4T triphosphate
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.217 |
| 6ANQ STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE (RT) TERNARY COMPLEX WITH A DOUBLE STRANDED DNA AND AN INCOMING D4TTP AT PH 8.5 提交 2017-08-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
600–1153（554 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C280S, I63C 突变：C879S | MG MAGNESIUM ION × 2 D4T 2',3'-DEHYDRO-2',3'-DEOXY-THYMIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 7 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；277 K；PEG 8000, NaCl, CHES (N-Cyclohexyl-2-aminoethanesulfonic acid), TRIS, MgCl2, d4T triphosphate
|
分辨率 2.59 Å R-free 0.219 |
| 6ANQ STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE (RT) TERNARY COMPLEX WITH A DOUBLE STRANDED DNA AND AN INCOMING D4TTP AT PH 8.5 提交 2017-08-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 C
600–1153（554 aa）
链 D
600–1027（428 aa）
|
突变：C280S, I63C 突变：C879S | MG MAGNESIUM ION × 2 D4T 2',3'-DEHYDRO-2',3'-DEOXY-THYMIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；277 K；PEG 8000, NaCl, CHES (N-Cyclohexyl-2-aminoethanesulfonic acid), TRIS, MgCl2, d4T triphosphate
|
分辨率 2.59 Å R-free 0.219 |
| 6AOC Crystal Structure of an N-Hydroxythienopyrimidine-2,4-dione RNase H Active Site Inhibitor with Multiple Binding Modes to HIV Reverse Transcriptase 提交 2017-08-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：p66 domain residues 168-722
链 B
600–1027（428 aa）
片段：p51 domain residues 168-595
|
突变：C280S 突变：C280S | MN MANGANESE (II) ION × 2 ZW2 6-benzyl-3-hydroxythieno[2,3-d]pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 33 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；PEG 3350, SODIUM POTASSIUM PHOSPHATE, ETHYLENE GLYCOL, TRIS
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.226 |
| 6AOC Crystal Structure of an N-Hydroxythienopyrimidine-2,4-dione RNase H Active Site Inhibitor with Multiple Binding Modes to HIV Reverse Transcriptase 提交 2017-08-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
600–1154（555 aa）
片段：p66 domain residues 168-722
链 D
600–1027（428 aa）
片段：p51 domain residues 168-595
|
突变：C280S 突变：C280S | MN MANGANESE (II) ION × 2 ZW2 6-benzyl-3-hydroxythieno[2,3-d]pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 35 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；PEG 3350, SODIUM POTASSIUM PHOSPHATE, ETHYLENE GLYCOL, TRIS
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.226 |
| 6ASW STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE (RT) TERNARY COMPLEX WITH A DOUBLE STRANDED DNA AND AN INCOMING D4TTP AT PH 9.0 提交 2017-08-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
600–1153（554 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C280S, I63C 突变：C879S | MG MAGNESIUM ION × 2 D4T 2',3'-DEHYDRO-2',3'-DEOXY-THYMIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 7 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；277 K；PEG 8000, NaCl, CHES (N-Cyclohexyl-2-aminoethanesulfonic acid), TRIS, MgCl2, d4T triphosphate
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.220 |
| 6ASW STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE (RT) TERNARY COMPLEX WITH A DOUBLE STRANDED DNA AND AN INCOMING D4TTP AT PH 9.0 提交 2017-08-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 C
600–1153（554 aa）
链 D
600–1027（428 aa）
|
突变：C280S, I63C 突变：C879S | MG MAGNESIUM ION × 2 D4T 2',3'-DEHYDRO-2',3'-DEOXY-THYMIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；277 K；PEG 8000, NaCl, CHES (N-Cyclohexyl-2-aminoethanesulfonic acid), TRIS, MgCl2, d4T triphosphate
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.220 |
| 6AVM STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE (RT) TERNARY COMPLEX WITH A DOUBLE STRANDED DNA AND AN INCOMING D4TTP AT PH 9.5 WITH CROSS-LINKING TO SECOND BASE TEMPLATE OVERHANG 提交 2017-09-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
600–1153（554 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C280S, I63C 突变：C879S | MG MAGNESIUM ION × 2 D4T 2',3'-DEHYDRO-2',3'-DEOXY-THYMIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 7 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；277 K；PEG 8000, NaCl, CHES (N-Cyclohexyl-2-aminoethanesulfonic acid), TRIS, MgCl2, d4T triphosphate
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.229 |
| 6AVM STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE (RT) TERNARY COMPLEX WITH A DOUBLE STRANDED DNA AND AN INCOMING D4TTP AT PH 9.5 WITH CROSS-LINKING TO SECOND BASE TEMPLATE OVERHANG 提交 2017-09-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 C
600–1153（554 aa）
链 D
600–1027（428 aa）
|
突变：C280S, I63C 突变：C879S | MG MAGNESIUM ION × 2 D4T 2',3'-DEHYDRO-2',3'-DEOXY-THYMIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；277 K；PEG 8000, NaCl, CHES (N-Cyclohexyl-2-aminoethanesulfonic acid), TRIS, MgCl2, d4T triphosphate
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.229 |
| 6AVT STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE (RT) TERNARY COMPLEX WITH A DOUBLE STRANDED DNA AND AN INCOMING D4TTP AT PH 9.5 WITH CROSS-LINKING TO FIRST BASE TEMPLATE OVERHANG 提交 2017-09-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
600–1153（554 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C280S, I63C 突变：C879S | MG MAGNESIUM ION × 2 D4T 2',3'-DEHYDRO-2',3'-DEOXY-THYMIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 7 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；277 K；PEG 8000, NaCl, CHES (N-Cyclohexyl-2-aminoethanesulfonic acid), TRIS, MgCl2, d4T triphosphate
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.211 |
| 6AVT STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE (RT) TERNARY COMPLEX WITH A DOUBLE STRANDED DNA AND AN INCOMING D4TTP AT PH 9.5 WITH CROSS-LINKING TO FIRST BASE TEMPLATE OVERHANG 提交 2017-09-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 C
600–1153（554 aa）
链 D
600–1027（428 aa）
|
突变：C280S, I63C 突变：C879S | MG MAGNESIUM ION × 2 D4T 2',3'-DEHYDRO-2',3'-DEOXY-THYMIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；277 K；PEG 8000, NaCl, CHES (N-Cyclohexyl-2-aminoethanesulfonic acid), TRIS, MgCl2, d4T triphosphate
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.211 |
| 6B19 Architecture of HIV-1 reverse transcriptase initiation complex core 提交 2017-09-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
600–1159（560 aa）
片段：UNP residues 600-1159
链 B
600–1039（440 aa）
片段：UNP residues 600-1039
|
突变：Q260C, C282S, E480Q 突变：C282S | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；Beta-OG was added just prior to freezing.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blotted for 3.5 sec before plunging into liquid ethane.
|
分辨率 4.50 Å |
| 6C0J Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase in complex with non-nucleoside inhibitor K-5a2 提交 2018-01-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：K172A, K173A, C280S 突变：C280S | K5A 4-[(4-{[4-(4-cyano-2,6-dimethylphenoxy)thieno[3,2-d]pyrimidin-2-yl]amino}piperidin-1-yl)methyl]benzene-1-sulfonamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 7 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 23 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；50 mM MES buffer (pH 6.0-6.6), 10% (v/v) polyethylene glycol (PEG) 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 10 mM spermine
|
分辨率 1.92 Å R-free 0.226 |
| 6C0K Crystal structure of HIV-1 K103N mutant reverse transcriptase in complex with non-nucleoside inhibitor K-5a2 提交 2018-01-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：K103N, K172A, K173A, C280S 突变：C280S | K5A 4-[(4-{[4-(4-cyano-2,6-dimethylphenoxy)thieno[3,2-d]pyrimidin-2-yl]amino}piperidin-1-yl)methyl]benzene-1-sulfonamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 SO4 SULFATE ION × 10 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 30 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；50 mM MES buffer (pH 6.0-6.6), 10% (v/v) polyethylene glycol (PEG) 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 10 mM spermine
|
分辨率 1.96 Å R-free 0.219 |
| 6C0L Crystal structure of HIV-1 E138K mutant reverse transcriptase in complex with non-nucleoside inhibitor K-5a2 提交 2018-01-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：K172A, K173A, C280S 突变：E138K, C280S | K5A 4-[(4-{[4-(4-cyano-2,6-dimethylphenoxy)thieno[3,2-d]pyrimidin-2-yl]amino}piperidin-1-yl)methyl]benzene-1-sulfonamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 26 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；50 mM MES buffer (pH 6.0-6.6), 10% (v/v) polyethylene glycol (PEG) 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 10 mM spermine
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.219 |
| 6C0N Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase in complex with non-nucleoside inhibitor 25a 提交 2018-01-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：K172A, K173A, C280S 突变：C280S | K5C 4-({4-[(4-{4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenoxy}thieno[3,2-d]pyrimidin-2-yl)amino]piperidin-1-yl}methyl)benzene-1-sulfonamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 22 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；50 mM MES buffer (pH 6.0-6.6), 10% (v/v) polyethylene glycol (PEG) 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 10 mM spermine
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.222 |
| 6C0O Crystal structure of HIV-1 K103N mutant reverse transcriptase in complex with non-nucleoside inhibitor 25a 提交 2018-01-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：K103N, K172A, K173A, C280S 突变：C280S | K5C 4-({4-[(4-{4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenoxy}thieno[3,2-d]pyrimidin-2-yl)amino]piperidin-1-yl}methyl)benzene-1-sulfonamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 10 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 14 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；50 mM MES buffer (pH 6.0-6.6), 10% (v/v) polyethylene glycol (PEG) 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 10 mM spermine
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.209 |
| 6C0P Crystal structure of HIV-1 E138K mutant reverse transcriptase in complex with non-nucleoside inhibitor 25a 提交 2018-01-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：K172A, K173A, C280S 突变：E138K, C280S | K5C 4-({4-[(4-{4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenoxy}thieno[3,2-d]pyrimidin-2-yl)amino]piperidin-1-yl}methyl)benzene-1-sulfonamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 9 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 27 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；50 mM MES buffer (pH 6.0-6.6), 10% (v/v) polyethylene glycol (PEG) 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 10 mM spermine
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.215 |
| 6C0R Crystal structure of HIV-1 K103N/Y181C mutant reverse transcriptase in complex with non-nucleoside inhibitor 25a 提交 2018-01-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：K103N, K172A, K173A, Y181C, C280S 突变：C280S | K5C 4-({4-[(4-{4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenoxy}thieno[3,2-d]pyrimidin-2-yl)amino]piperidin-1-yl}methyl)benzene-1-sulfonamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 31 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；50 mM MES buffer (pH 6.0-6.6), 10% (v/v) polyethylene glycol (PEG) 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 10 mM spermine
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.212 |
| 6CGF Crystal structure of HIV-1 Y188L mutant reverse transcriptase in complex with non-nucleoside inhibitor K-5a2 提交 2018-02-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：p66 subunit, residues 600-1154
链 B
600–1027（428 aa）
片段：p51 subunit, residues 600-1027
|
突变：K172A, K173A, Y188L, C280S 突变：C280S | K5A 4-[(4-{[4-(4-cyano-2,6-dimethylphenoxy)thieno[3,2-d]pyrimidin-2-yl]amino}piperidin-1-yl)methyl]benzene-1-sulfonamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 7 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 23 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；50 mM MES buffer (pH 6.0-6.6), 10% (v/v) polyethylene glycol (PEG) 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 10 mM spermine
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.232 |
| 6DTW HIV-1 Reverse Transcriptase Y181C Mutant in complex with JLJ 578 提交 2018-06-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C282S, K175A, K174A, Y181C 突变：C280S | H9Y 8-{2-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]-4-fluorophenoxy}-6-fluoroindolizine-2-carbonitrile × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；MES, PEG 8000, spermine, magnesium sulfate, ammonium sulfate, rilpivirine
|
分辨率 2.74 Å R-free 0.284 |
| 6DTX Wildtype HIV-1 Reverse Transcriptase in complex with JLJ 578 提交 2018-06-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：K175A, K174A, Y181C 突变：C280S | H9Y 8-{2-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]-4-fluorophenoxy}-6-fluoroindolizine-2-carbonitrile × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；PEG 8000, ammonium sulfate, magnesium sulfate, spermine, MES (pH 6), rilpivirine.
|
分辨率 3.33 Å R-free 0.237 |
| 6DUF Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase V106A/F227L mutant in complex with non-nucleoside inhibitor 25a 提交 2018-06-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：residues 600-1154
链 B
600–1027（428 aa）
片段：residues 600-1027
|
突变：V106A, K172A, K173A, F227L, C280S 突变：C280S | K5C 4-({4-[(4-{4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenoxy}thieno[3,2-d]pyrimidin-2-yl)amino]piperidin-1-yl}methyl)benzene-1-sulfonamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 9 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 18 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；50 mM MES buffer (pH 6.0-6.6), 10% (v/v) polyethylene glycol (PEG) 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 10 mM spermine
|
分辨率 1.96 Å R-free 0.228 |
| 6DUG Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase K101P mutant in complex with non-nucleoside inhibitor 25a 提交 2018-06-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：residues 600-1154
链 B
600–1027（428 aa）
片段：residues 600-1027
|
突变：K101P, K172A, K173A, C280S 突变：C280S | K5C 4-({4-[(4-{4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenoxy}thieno[3,2-d]pyrimidin-2-yl)amino]piperidin-1-yl}methyl)benzene-1-sulfonamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 9 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 24 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；50 mM MES buffer (pH 6.0-6.6), 10% (v/v) polyethylene glycol (PEG) 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 10 mM spermine
|
分辨率 2.23 Å R-free 0.233 |
| 6DUH Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase Y181I mutant in complex with non-nucleoside inhibitor 25a 提交 2018-06-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：residues 168-722
链 B
600–1027（428 aa）
片段：residues 600-1027
|
突变：K172A, K173A, Y181I, C280S 突变：C280S | K5C 4-({4-[(4-{4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenoxy}thieno[3,2-d]pyrimidin-2-yl)amino]piperidin-1-yl}methyl)benzene-1-sulfonamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 28 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；50 mM MES buffer (pH 6.0-6.6), 10% (v/v) polyethylene glycol (PEG) 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 10 mM spermine
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.223 |
| 6ECL Crystal Structure of a 1,2,4-Triazole Allosteric RNase H Inhibitor in Complex with HIV Reverse Transcriptase 提交 2018-08-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：p66 domain
链 B
600–1027（428 aa）
片段：p51 domain
|
突变：C879S 突变：C879S | MN MANGANESE (II) ION × 2 T90 1-[4-methoxy-3-[[5-methyl-4-(phenylmethyl)-1,2,4-triazol-3-yl]sulfanylmethyl]phenyl]ethanone × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；277 K；PEG 3350, SODIUM POTASSIUM PHOSPHATE, BIS TRIS PROPANE
|
分辨率 2.38 Å R-free 0.229 |
| 6ELI Structure of HIV-1 reverse transcriptase (RT) in complex with rilpivirine and an RNase H inhibitor XZ462 提交 2017-09-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
未记录 | T27 4-{[4-({4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}benzonitrile × 1 BA5 methyl 4-azanyl-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-1,8-naphthyridine-3-carboxylate × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；277 K；PEG 8000, AMMONIUM SULFATE, MGCL2,
IMIDAZOLE
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.221 |
| 6HAK Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase (RT) in complex with a double stranded RNA represents the RT transcription initiation complex prior to nucleotide incorporation 提交 2018-08-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
600–1153（554 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：Q258C, C280S, D498N 突变：C280S | MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；PEG 8000, AMMONIUM SULFATE, MGCL2,
GLYCEROL, SUCROSE
|
分辨率 3.95 Å R-free 0.329 |
| 6HAK Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase (RT) in complex with a double stranded RNA represents the RT transcription initiation complex prior to nucleotide incorporation 提交 2018-08-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 C
600–1153（554 aa）
链 D
600–1027（428 aa）
|
突变：Q258C, C280S, D498N 突变：C280S | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；PEG 8000, AMMONIUM SULFATE, MGCL2,
GLYCEROL, SUCROSE
|
分辨率 3.95 Å R-free 0.329 |
| 6O9E Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in complex with DNA and INDOPY-1 提交 2019-03-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C280S, D498N 突变：C280S | SO4 SULFATE ION × 4 NH4 AMMONIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 IY1 5-methyl-1-(4-nitrophenyl)-2-oxo-2,5-dihydro-1H-pyrido[3,2-b]indole-3-carbonitrile × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；277 K；10-12% PEG 8000, 50 MM BISTRIS-PROPANE PH 7.2, 50 MM AMMONIUM SULFATE, 5% GLYCEROL, 5% SUCROSE
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.242 |
| 6O9E Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in complex with DNA and INDOPY-1 提交 2019-03-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 C
600–1154（555 aa）
链 D
600–1027（428 aa）
|
突变：C280S, D498N 突变：C280S | SO4 SULFATE ION × 2 NH4 AMMONIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 IY1 5-methyl-1-(4-nitrophenyl)-2-oxo-2,5-dihydro-1H-pyrido[3,2-b]indole-3-carbonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；277 K；10-12% PEG 8000, 50 MM BISTRIS-PROPANE PH 7.2, 50 MM AMMONIUM SULFATE, 5% GLYCEROL, 5% SUCROSE
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.242 |
| 6OE3 Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with 5-(2-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenoxy)-7-fluoro-2-naphthonitrile (JLJ635), a Non-nucleoside Inhibitor 提交 2019-03-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：K172A, K173A, C280S, C258Q 突变：C280S | M9A 5-{2-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]phenoxy}-7-fluoronaphthalene-2-carbonitrile × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；50 mM MES pH 6.0, 18% PEG 8,000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.273 |
| 6OUN Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase (RT) in complex with dsDNA and (-)3TC-TP 提交 2019-05-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
600–1157（558 aa）
链 B
600–1039（440 aa）
|
突变：C280S, Q258C 突变：C280S | MG MAGNESIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 3 1RZ Lamivudine Triphosphate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；3-6% (w/v) PEG 8000, 15 mM magnesium sulfate, and 50 mM MES adjusted at pH 6.0
|
分辨率 2.66 Å R-free 0.259 |
| 6PRF HIV-1 Protease multiple drug resistant clinical isolate mutant PR20 with GRL-14213A 提交 2019-07-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
501–599（99 aa）
链 B
501–599（99 aa）
|
突变：Q7K, L10F, I13V, I15V, D30N, V32I, L33F, E35D, M36I, S37N, I47V, I54L, Q58E, I62V, L63P, C67A, A71V, I84V, N88D, L89T, L90M, C95A 突变：Q7K, L10F, I13V, I15V, D30N, V32I, L33F, E35D, M36I, S37N, I47V, I54L, Q58E, I62V, L63P, C67A, A71V, I84V, N88D, L89T, L90M, C95A | Y1 YTTRIUM ION × 9 7OA (3S,3aR,5R,7aS,8S)-hexahydro-4H-3,5-methanofuro[2,3-b]pyran-8-yl [(2S,3R)-4-[{[2-(cyclopropylamino)-1,3-benzothiazol-6-yl]sulfonyl}(2-methylpropyl)amino]-1-(3,5-difluorophenyl)-3-hydroxybutan-2-yl]carbamate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；1.8 M sodium chloride, 0.1 M sodium acetate pH 5.5, 0.01M yittrium chloride
|
分辨率 1.21 Å R-free 0.190 |
| 6UL5 Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase (RT) in complex with 4-[(4-{4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenoxy}thieno[3,2-d]pyrimidin-2-yl)amino]-2-fluorobenzonitrile (24b), a non-nucleoside RT inhibitor 提交 2019-10-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：K172A, K173A, C280S 突变：C280S | QAG 4-[(4-{4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenoxy}thieno[3,2-d]pyrimidin-2-yl)amino]-2-fluorobenzonitrile × 1 SO4 SULFATE ION × 7 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；277 K；10%(v/v) PEG 8000, 4%(v/v) PEG 400, 100 mM MES pH 6.3, 10 mM spermine, 15 mM MgSO4, 100 mM ammonium sulfate, and 5 mM tris(2-carboxyethyl)phosphine
|
分辨率 2.23 Å R-free 0.245 |
| 6VUG Diabody bound to a Reverse Transcriptase Aptamer Complex 提交 2020-02-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：p66 subunit, residues 600-1154
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 11 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.4 M Ammonium Sulfate
0.1 M HEPES pH 7.8
0.1 M NaCl
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.255 |
| 6WAZ +1 extended HIV-1 reverse transcriptase initiation complex core (pre-translocation state) 提交 2020-03-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
600–1159（560 aa）
链 B
600–1039（440 aa）
|
突变：Q258C, E478Q | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；Full complex was prepared 5-8 hours before freezing. Beta-OG was added just prior to freezing.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 microliters applied, 2s pre-blot, 1.5s blot.
|
分辨率 4.10 Å |
| 6WB0 +3 extended HIV-1 reverse transcriptase initiation complex core (pre-translocation state) 提交 2020-03-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
600–1159（560 aa）
链 B
600–1039（440 aa）
|
突变：Q258C, E478Q 突变：C879S | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；Full complex was prepared 5-8 hours before freezing. Beta-OG was added just prior to freezing.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 microliters applied, 2s pre-blot, 2.5s blot.
|
分辨率 4.20 Å |
| 6WB1 +3 extended HIV-1 reverse transcriptase initiation complex core (intermediate state) 提交 2020-03-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
600–1159（560 aa）
链 B
600–1039（440 aa）
|
突变：Q258C, E478Q | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；Full complex was prepared 5-8 hours before freezing. Beta-OG was added just prior to freezing.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 microliters applied, 2s pre-blot, 2.5s blot.
|
分辨率 4.70 Å |
| 6WB2 +3 extended HIV-1 reverse transcriptase initiation complex core (displaced state) 提交 2020-03-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
600–1159（560 aa）
链 B
600–1039（440 aa）
|
突变：Q258C, E478Q 突变：C879S | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；Full complex was prepared 5-8 hours before freezing. Beta-OG was added just prior to freezing.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 microliters applied, 2s pre-blot, 2.5s blot.
|
分辨率 4.50 Å |
| 6X47 Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with 7-(2-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenoxy)-2-naphthonitrile (JLJ649), a Non-nucleoside Inhibitor 提交 2020-05-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C280S, K172A, K173A 突变：C280S | 7AX 7-(2-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenoxy)-2-naphthonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；50 mM imidazole pH 6.5, 18% PEG 8,000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.77 Å R-free 0.267 |
| 6X49 Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase (Y181C) Variant in Complex with 7-(2-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenoxy)-2-naphthonitrile (JLJ649), a Non-nucleoside Inhibitor 提交 2020-05-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C280S, K172A, K173A, Y181C 突变：C280S | 7AX 7-(2-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenoxy)-2-naphthonitrile × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；50 mM imidazole pH 6.5, 18% PEG 8,000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.251 |
| 6X4A Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase (Y181C) Variant in Complex with 5-chloro-7-(2-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenoxy)-8-methyl-2-naphthonitrile (JLJ651), a Non-nucleoside Inhibitor 提交 2020-05-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C280S, K172A, K173A, Y181C 突变：C280S | 7AY 5-chloro-7-(2-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenoxy)-8-methyl-2-naphthonitrile × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；50 mM imidazole pH 6.5, 18% PEG 8,000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.54 Å R-free 0.269 |
| 6X4B Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with 7-(2-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenoxy)-5-fluoro-8-methyl-2-naphthonitrile (JLJ655), a Non-nucleoside Inhibitor 提交 2020-05-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C280S, K172A, K173A 突变：C280S | UMY 7-{2-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]phenoxy}-5-fluoro-8-methylnaphthalene-2-carbonitrile × 1 SO4 SULFATE ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；50 mM imidazole pH 6.5, 18% PEG 8,000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.259 |
| 6X4C Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with 7-(2-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)-4-fluorophenoxy)-5,8-dimethyl-2-naphthonitrile (JLJ658), a Non-nucleoside Inhibitor 提交 2020-05-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C280S, K172A, K173A 突变：C280S | UNS 7-{2-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]-4-fluorophenoxy}-5,8-dimethylnaphthalene-2-carbonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；50 mM imidazole pH 6.5, 18% PEG 8,000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.86 Å R-free 0.258 |
| 6X4D Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with 5-(cyclopropylmethyl)-7-(2-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenoxy)-8-methyl-2-naphthonitrile (JLJ678), a Non-nucleoside Inhibitor 提交 2020-05-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C280S, K172A, K173A 突变：C280S | UO4 5-(cyclopropylmethyl)-7-{2-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]phenoxy}-8-methylnaphthalene-2-carbonitrile × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；50 mM imidazole pH 6.5, 18% PEG 8,000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.258 |
| 6X4E Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with methyl 2-(6-cyano-3-(2-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenoxy)-4-methylnaphthalen-1-yl)acetate (JLJ681), a Non-nucleoside Inhibitor 提交 2020-05-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C280S, K172A, K173A 突变：C280S | UMV methyl (6-cyano-3-{2-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]phenoxy}-4-methylnaphthalen-1-yl)acetate × 1 SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；50 mM imidazole pH 6.5, 18% PEG 8,000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.259 |
| 6X4F Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase (Y181C) Variant in Complex with methyl 2-(6-cyano-3-(2-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenoxy)-4-methylnaphthalen-1-yl)acetate (JLJ681), a Non-nucleoside Inhibitor 提交 2020-05-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C280S, K172A, K173A, Y181C 突变：C280S | UMV methyl (6-cyano-3-{2-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]phenoxy}-4-methylnaphthalen-1-yl)acetate × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；50 mM imidazole pH 6.5, 18% PEG 8,000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.72 Å R-free 0.252 |
| 7AHX HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEX WITH DNA AND D-ASPARTATE TENOFOVIR WITH BOUND MANGANESE 提交 2020-09-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
600–1153（554 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：Q258C, C280S 突变：C280S | MN MANGANESE (II) ION × 2 REK D-Aspartate Tenofovir × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；16-19.5% v/v PEG Smear Broad,
0.2 M (NH4)2SO4,
0.1 M Tris-HCl
|
分辨率 2.73 Å R-free 0.254 |
| 7AHX HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEX WITH DNA AND D-ASPARTATE TENOFOVIR WITH BOUND MANGANESE 提交 2020-09-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 C
600–1153（554 aa）
链 D
600–1027（428 aa）
|
突变：Q258C, C280S 突变：C280S | MN MANGANESE (II) ION × 2 REK D-Aspartate Tenofovir × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；16-19.5% v/v PEG Smear Broad,
0.2 M (NH4)2SO4,
0.1 M Tris-HCl
|
分辨率 2.73 Å R-free 0.254 |
| 7AID HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEX WITH DNA AND D-ASPARTATE TENOFOVIR 提交 2020-09-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
600–1153（554 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：Q258C, C280S 突变：C280S | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；16-19.5% v/v PEG Smear Broad,
0.2 M (NH4)2SO4,
0.1 M Tris-HCl
|
分辨率 3.15 Å R-free 0.250 |
| 7AID HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEX WITH DNA AND D-ASPARTATE TENOFOVIR 提交 2020-09-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 C
600–1153（554 aa）
链 D
600–1027（428 aa）
|
突变：Q258C, C280S 突变：C280S | REK D-Aspartate Tenofovir × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；16-19.5% v/v PEG Smear Broad,
0.2 M (NH4)2SO4,
0.1 M Tris-HCl
|
分辨率 3.15 Å R-free 0.250 |
| 7AIF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEX WITH DNA AND L-GLUTAMATE TENOFOVIR WITH BOUND MANGANESE 提交 2020-09-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
600–1153（554 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：Q258C, C280S 突变：C280S | MN MANGANESE (II) ION × 2 RE5 L-Glutamate Tenofovir × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；16-19.5% v/v PEG Smear Broad,
0.2 M (NH4)2SO4,
0.1 M Tris-HCl
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.249 |
| 7AIF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEX WITH DNA AND L-GLUTAMATE TENOFOVIR WITH BOUND MANGANESE 提交 2020-09-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 C
600–1153（554 aa）
链 D
600–1027（428 aa）
|
突变：Q258C, C280S 突变：C280S | MN MANGANESE (II) ION × 2 RE5 L-Glutamate Tenofovir × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；16-19.5% v/v PEG Smear Broad,
0.2 M (NH4)2SO4,
0.1 M Tris-HCl
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.249 |
| 7AIG HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEX WITH DNA AND L-GLUTAMATE TENOFOVIR 提交 2020-09-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
600–1153（554 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：Q258C, C280S 突变：C280S | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；16-19.5% v/v PEG Smear Broad,
0.2 M (NH4)2SO4,
0.1 M Tris-HCl
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.257 |
| 7AIG HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEX WITH DNA AND L-GLUTAMATE TENOFOVIR 提交 2020-09-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 C
600–1153（554 aa）
链 D
600–1027（428 aa）
|
突变：Q258C, C280S 突变：C280S | RE5 L-Glutamate Tenofovir × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；16-19.5% v/v PEG Smear Broad,
0.2 M (NH4)2SO4,
0.1 M Tris-HCl
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.257 |
| 7AII HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEX WITH DNA AND L-METHIONINE TENOFOVIR WITH BOUND MANGANESE 提交 2020-09-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
600–1153（554 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：Q258C, C280S 突变：C280S | MN MANGANESE (II) ION × 2 RFE L-Methionine Tenofovir × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；16-19.5% v/v PEG Smear Broad,
0.2 M (NH4)2SO4,
0.1 M Tris-HCl
|
分辨率 2.62 Å R-free 0.255 |
| 7AII HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEX WITH DNA AND L-METHIONINE TENOFOVIR WITH BOUND MANGANESE 提交 2020-09-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 C
600–1153（554 aa）
链 D
600–1027（428 aa）
|
突变：Q258C, C280S 突变：C280S | MN MANGANESE (II) ION × 2 RFE L-Methionine Tenofovir × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；16-19.5% v/v PEG Smear Broad,
0.2 M (NH4)2SO4,
0.1 M Tris-HCl
|
分辨率 2.62 Å R-free 0.255 |
| 7AIJ HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEX WITH DNA AND L-METHIONINE TENOFOVIR 提交 2020-09-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
600–1153（554 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：Q258C, C280S 突变：C280S | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；16-19.5% v/v PEG Smear Broad,
0.2 M (NH4)2SO4,
0.1 M Tris-HCl
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.263 |
| 7AIJ HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEX WITH DNA AND L-METHIONINE TENOFOVIR 提交 2020-09-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 C
600–1153（554 aa）
链 D
600–1027（428 aa）
|
突变：Q258C, C280S 突变：C280S | RFE L-Methionine Tenofovir × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；16-19.5% v/v PEG Smear Broad,
0.2 M (NH4)2SO4,
0.1 M Tris-HCl
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.263 |
| 7KJV Structure of HIV-1 reverse transcriptase initiation complex core 提交 2020-10-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
600–1159（560 aa）
链 B
600–1039（440 aa）
|
突变：Q258C, E478Q | MG MAGNESIUM ION × 1 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 7KJW Structure of HIV-1 reverse transcriptase initiation complex core with efavirenz 提交 2020-10-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
600–1159（560 aa）
链 B
600–1039（440 aa）
|
突变：Q258C, E478Q | MG MAGNESIUM ION × 1 EFZ (-)-6-CHLORO-4-CYCLOPROPYLETHYNYL-4-TRIFLUOROMETHYL-1,4-DIHYDRO-2H-3,1-BENZOXAZIN-2-ONE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 7KJX Structure of HIV-1 reverse transcriptase initiation complex core with nevirapine 提交 2020-10-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
600–1159（560 aa）
链 B
600–1039（440 aa）
|
突变：Q258C, E478Q | MG MAGNESIUM ION × 1 NVP 11-CYCLOPROPYL-5,11-DIHYDRO-4-METHYL-6H-DIPYRIDO[3,2-B:2',3'-E][1,4]DIAZEPIN-6-ONE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7KRC Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with (E)-4-(3-chloro-5-(2-cyanovinyl)phenoxy)-3-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenyl sulfurofluoridate (JLJ709) 提交 2020-11-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
未记录 | X2J 4-{3-chloro-5-[(E)-2-cyanoethenyl]phenoxy}-3-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]phenyl sulfurofluoridate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；50 mM imidazole pH 6.5, 18% PEG 8,000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.265 |
| 7KRD Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with 4-(3-chloro-5-cyanophenoxy)-3-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenyl sulfurofluoridate (JLJ702) 提交 2020-11-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
未记录 | X2S 4-(3-chloro-5-cyanophenoxy)-3-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]phenyl sulfurofluoridate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；50 mM imidazole pH 6.5, 18% PEG 8,000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.268 |
| 7KRE Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with 4-((6-cyanonaphthalen-1-yl)oxy)-3-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenyl sulfurofluoridate (JLJ704) 提交 2020-11-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
未记录 | X2V 4-[(6-cyanonaphthalen-1-yl)oxy]-3-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]phenyl sulfurofluoridate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；50 mM imidazole pH 6.5, 18% PEG 8,000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.73 Å R-free 0.261 |
| 7KRF Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with (E)-4-(3-(2-cyanovinyl)-5-fluorophenoxy)-3-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenyl sulfurofluoridate (JLJ710) 提交 2020-11-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
未记录 | X2G 4-{3-[(E)-2-cyanoethenyl]-5-fluorophenoxy}-3-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]phenyl sulfurofluoridate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；50 mM imidazole pH 6.5, 18% PEG 8,000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.265 |
| 7KWU Crystal Structure of HIV-1 RT in Complex with 16c (K07-15) 提交 2020-12-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：K172A, K173A, C280S 突变：C280S | SO4 SULFATE ION × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 MG MAGNESIUM ION × 1 K7F 4-[(4-{[4-(4-cyano-2,6-dimethylphenoxy)-5-(pyridin-4-yl)pyrimidin-2-yl]amino}piperidin-1-yl)methyl]benzamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；10%(v/v) PEG 8000, 4%(v/v) PEG 400, 100 mM MES pH 6.3-6.6, 10 mM spermine, 15 mM MgSO4, 100 mM ammonium sulfate, and 5 mM tris(2-carboxyethyl)phosphine
|
分辨率 2.02 Å R-free 0.259 |
| 7LPW Crystal Structure of HIV-1 RT in Complex with NBD-14189 提交 2021-02-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：K172A, K173A, C280S 突变：C280S | SO4 SULFATE ION × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 YBA ~{N}-[(1~{S})-2-azanyl-1-[4-(hydroxymethyl)-1,3-thiazol-2-yl]ethyl]-5-[3-fluoranyl-4-(trifluoromethyl)phenyl]-1~{H}-pyrrole-2-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；277 K；10% PEG 8,000, 4% PEG 400, 100 mM imidazole pH 6.6,10 mM spermine, 15 mM MgSO4,100 mM (NH4)2SO4, and 5 mM tris(2-carboxyethyl)phosphine(TCEP)
|
分辨率 2.32 Å R-free 0.248 |
| 7LPX Crystal Structure of HIV-1 RT in Complex with NBD-14270 提交 2021-02-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：K172A, K173A, C280S 突变：C280S | SO4 SULFATE ION × 4 YB7 ~{N}-[(1~{S})-2-azanyl-1-[5-(hydroxymethyl)-1,3-thiazol-2-yl]ethyl]-3-methyl-5-[5-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]-1~{H}-pyrrole-2-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；277 K；10% PEG 8,000, 4% PEG 400, 100 mM imidazole pH 6.6,10 mM spermine, 15 mM MgSO4,100 mM (NH4)2SO4, and 5 mM tris(2-carboxyethyl)phosphine(TCEP)
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.250 |
| 7LQU Crystal Structure of HIV-1 RT in Complex with NBD-14075 提交 2021-02-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：K172A, K173A, C280S 突变：C280S | YBD ~{N}-[(1~{R})-2-azanyl-1-[5-(hydroxymethyl)-1,3-thiazol-2-yl]ethyl]-5-(4-chloranyl-3-fluoranyl-phenyl)-1~{H}-pyrrole-2-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；277 K；10% PEG 8,000, 4% PEG 400, 100 mM imidazole pH 6.6,10 mM spermine, 15 mM MgSO4,100 mM (NH4)2SO4, and 5 mM tris(2-carboxyethyl)phosphine(TCEP)
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.310 |
| 7LRI Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in complex with DNA, dTTP, and CA(2+) ion 提交 2021-02-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C280S, D498N 突变：C280S | TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 5 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；277 K；10-12% PEG 8000, 50 MM BISTRIS-PROPANE PH 7.2, 50 MM AMMONIUM SULFATE, 5% GLYCEROL, 5% SUCROSE
|
分辨率 3.05 Å R-free 0.244 |
| 7LRI Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in complex with DNA, dTTP, and CA(2+) ion 提交 2021-02-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 C
600–1154（555 aa）
链 D
600–1027（428 aa）
|
突变：C280S, D498N 突变：C280S | TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；277 K；10-12% PEG 8000, 50 MM BISTRIS-PROPANE PH 7.2, 50 MM AMMONIUM SULFATE, 5% GLYCEROL, 5% SUCROSE
|
分辨率 3.05 Å R-free 0.244 |
| 7LRM Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in complex with DNA, dCTP, and CA(2+) ion 提交 2021-02-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C280S, D498N 突变：C280S | SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 6 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；277 K；10-12% PEG 8000, 50 MM BISTRIS-PROPANE PH 7.2, 50 MM AMMONIUM SULFATE, 5% GLYCEROL, 5% SUCROSE
|
分辨率 3.14 Å R-free 0.244 |
| 7LRM Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in complex with DNA, dCTP, and CA(2+) ion 提交 2021-02-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 C
600–1154（555 aa）
链 D
600–1027（428 aa）
|
突变：C280S, D498N 突变：C280S | SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 6 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；277 K；10-12% PEG 8000, 50 MM BISTRIS-PROPANE PH 7.2, 50 MM AMMONIUM SULFATE, 5% GLYCEROL, 5% SUCROSE
|
分辨率 3.14 Å R-free 0.244 |
| 7LRX Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in complex with DNA, L-dCTP, and CA(2+) ion 提交 2021-02-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C280S, D498N 突变：C280S | SO4 SULFATE ION × 1 1S0 4-amino-1-{2-deoxy-5-O-[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-L-erythro-pentofuranosyl}pyrimidin-2(1H)-one × 1 CA CALCIUM ION × 1 NH4 AMMONIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；277 K；10-12% PEG 8000, 50 MM BISTRIS-PROPANE PH 7.2, 50 MM AMMONIUM SULFATE, 5% GLYCEROL, 5% SUCROSE
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.247 |
| 7LRX Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in complex with DNA, L-dCTP, and CA(2+) ion 提交 2021-02-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 C
600–1154（555 aa）
链 D
600–1027（428 aa）
|
突变：C280S, D498N 突变：C280S | SO4 SULFATE ION × 1 1S0 4-amino-1-{2-deoxy-5-O-[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-L-erythro-pentofuranosyl}pyrimidin-2(1H)-one × 1 CA CALCIUM ION × 1 NH4 AMMONIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；277 K；10-12% PEG 8000, 50 MM BISTRIS-PROPANE PH 7.2, 50 MM AMMONIUM SULFATE, 5% GLYCEROL, 5% SUCROSE
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.247 |
| 7LRY Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in complex with DNA, (-)FTC-TP, and CA(2+) ion 提交 2021-02-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C280S, D498N 突变：C280S | SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 7 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 NH4 AMMONIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 1RY [[(2R,5S)-5-(4-azanyl-5-fluoranyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-1,3-oxathiolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；277 K；10-12% PEG 8000, 50 MM BISTRIS-PROPANE PH 7.2, 50 MM AMMONIUM SULFATE, 5% GLYCEROL, 5% SUCROSE
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.222 |
| 7LRY Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in complex with DNA, (-)FTC-TP, and CA(2+) ion 提交 2021-02-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 C
600–1154（555 aa）
链 D
600–1027（428 aa）
|
突变：C280S, D498N 突变：C280S | SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 5 NH4 AMMONIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 1RY [[(2R,5S)-5-(4-azanyl-5-fluoranyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-1,3-oxathiolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；277 K；10-12% PEG 8000, 50 MM BISTRIS-PROPANE PH 7.2, 50 MM AMMONIUM SULFATE, 5% GLYCEROL, 5% SUCROSE
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.222 |
| 7LSK Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in complex with DNA, L-dTTP, and CA(2+) ion 提交 2021-02-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C280S, D498N 突变：C280S | CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 XRF 1-{2-deoxy-5-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-L-erythro-pentofuranosyl}-5-methylpyrimidine-2,4(1H,3H)-dione × 1 NH4 AMMONIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；277 K；10-12% PEG 8000, 50 MM BISTRIS-PROPANE PH 7.2, 50 MM AMMONIUM SULFATE, 5% GLYCEROL, 5% SUCROSE
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.253 |
| 7LSK Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in complex with DNA, L-dTTP, and CA(2+) ion 提交 2021-02-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 C
600–1154（555 aa）
链 D
600–1027（428 aa）
|
突变：C280S, D498N 突变：C280S | CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 XRF 1-{2-deoxy-5-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-L-erythro-pentofuranosyl}-5-methylpyrimidine-2,4(1H,3H)-dione × 1 NH4 AMMONIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；277 K；10-12% PEG 8000, 50 MM BISTRIS-PROPANE PH 7.2, 50 MM AMMONIUM SULFATE, 5% GLYCEROL, 5% SUCROSE
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.253 |
| 7OT6 HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEX WITH DNA AND inhibitor RMC-282 提交 2021-06-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 C
600–1153（554 aa）
链 D
600–1027（428 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；16-19.5% V/V PEG SMEAR BROAD, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M TRIS-HCL
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.258 |
| 7OT6 HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEX WITH DNA AND inhibitor RMC-282 提交 2021-06-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
600–1153（554 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 1I4 (R)-N-(1-(6-amino-9H-purin-9-yl)propan-2-yl)-N-(2-phosphonoethyl)glycine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；16-19.5% V/V PEG SMEAR BROAD, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M TRIS-HCL
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.258 |
| 7OTA HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEX WITH DNA AND INHIBITOR RMC-230 提交 2021-06-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 C
600–1153（554 aa）
链 D
600–1027（428 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；16-19% V/V PEG SMEAR BROAD, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M TRIS-HCL
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.269 |
| 7OTA HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEX WITH DNA AND INHIBITOR RMC-230 提交 2021-06-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
600–1153（554 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 1I1 ((2-(6-amino-9H-purin-9-yl)ethyl)-L-seryl)phosphoramidic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；16-19% V/V PEG SMEAR BROAD, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M TRIS-HCL
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.269 |
| 7OTK HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEX WITH DNA AND INHIBITOR RMC-233 提交 2021-06-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 C
600–1153（554 aa）
链 D
600–1027（428 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；16-19% V/V PEG SMEAR BROAD, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M TRIS-HCL
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.271 |
| 7OTK HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEX WITH DNA AND INHIBITOR RMC-233 提交 2021-06-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
600–1153（554 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 1IA (2~{R})-2-[2-(6-aminopurin-9-yl)ethylamino]-3-phosphono-propanoic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；16-19% V/V PEG SMEAR BROAD, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M TRIS-HCL
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.271 |
| 7OTN HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEX WITH DNA AND INHIBITOR RMC-247 提交 2021-06-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 C
600–1153（554 aa）
链 D
600–1027（428 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 1 1IH (S)-2-((2-(6-amino-9H-purin-9-yl)ethyl)amino)-3-phosphonopropanoic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；16-19% V/V PEG SMEAR BROAD, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M TRIS-HCL
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.254 |
| 7OTN HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEX WITH DNA AND INHIBITOR RMC-247 提交 2021-06-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
600–1153（554 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 1 1IH (S)-2-((2-(6-amino-9H-purin-9-yl)ethyl)amino)-3-phosphonopropanoic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；16-19% V/V PEG SMEAR BROAD, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M TRIS-HCL
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.254 |
| 7OTX HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEX WITH DNA AND INHIBITOR RMC-257 提交 2021-06-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 C
600–1153（554 aa）
链 D
600–1027（428 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；16-19% V/V PEG SMEAR BROAD, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M TRIS-HCL
|
分辨率 3.45 Å R-free 0.251 |
| 7OTX HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEX WITH DNA AND INHIBITOR RMC-257 提交 2021-06-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
600–1153（554 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 1IK (S)-2-((3-(6-amino-9H-purin-9-yl)propyl)amino)-3-phosphonopropanoic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；16-19% V/V PEG SMEAR BROAD, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M TRIS-HCL
|
分辨率 3.45 Å R-free 0.251 |
| 7OTZ HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEX WITH DNA AND INHIBITOR RMC-259 提交 2021-06-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 C
600–1153（554 aa）
链 D
600–1027（428 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；16-19% V/V PEG SMEAR BROAD, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M TRIS-HCL
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.257 |
| 7OTZ HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEX WITH DNA AND INHIBITOR RMC-259 提交 2021-06-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
600–1153（554 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 1IO (S)-2-(2-(6-amino-9H-purin-9-yl)ethoxy)-3-phosphonopropanoic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；16-19% V/V PEG SMEAR BROAD, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M TRIS-HCL
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.257 |
| 7OUT HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEX WITH DNA AND INHIBITOR RMC-264 提交 2021-06-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 C
600–1153（554 aa）
链 D
600–1027（428 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；16-19% V/V PEG SMEAR BROAD, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M TRIS-HCL
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.265 |
| 7OUT HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEX WITH DNA AND INHIBITOR RMC-264 提交 2021-06-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
600–1153（554 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 1KK (S)-2-(3-(6-amino-9H-purin-9-yl)propoxy)-3-phosphonopropanoic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；16-19% V/V PEG SMEAR BROAD, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M TRIS-HCL
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.265 |
| 7OXQ Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase with a double stranded DNA in complex with fragment 048 at the transient P-pocket. 提交 2021-06-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
600–1153（554 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
未记录 | CD CADMIUM ION × 9 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；11-12% v/v PEG Smear Broad, 10% w/v sucrose, 50 mM PIPES-NaOH pH 6.5, 0.1 M (NH4)2SO4, 5 mM MgCl2, 5 mM CdCl2
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.296 |
| 7OXQ Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase with a double stranded DNA in complex with fragment 048 at the transient P-pocket. 提交 2021-06-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 C
600–1153（554 aa）
链 D
600–1027（428 aa）
|
未记录 | CD CADMIUM ION × 12 2NU 2-(4-bromanylpyrazol-1-yl)-~{N}-cyclopropyl-~{N}-methyl-ethanamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；11-12% v/v PEG Smear Broad, 10% w/v sucrose, 50 mM PIPES-NaOH pH 6.5, 0.1 M (NH4)2SO4, 5 mM MgCl2, 5 mM CdCl2
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.296 |
| 7OZ2 Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase with a double stranded DNA showing a transient P-pocket 提交 2021-06-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
600–1153（554 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
未记录 | CD CADMIUM ION × 16 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；11-12% v/v PEG Smear Broad, 10% w/v sucrose, 50 mM PIPES-NaOH pH 6.5, 0.1 M (NH4)2SO4, 5 mM MgCl2, 5 mM CdCl2
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.257 |
| 7OZ2 Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase with a double stranded DNA showing a transient P-pocket 提交 2021-06-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 C
600–1153（554 aa）
链 D
600–1027（428 aa）
|
未记录 | CD CADMIUM ION × 11 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；11-12% v/v PEG Smear Broad, 10% w/v sucrose, 50 mM PIPES-NaOH pH 6.5, 0.1 M (NH4)2SO4, 5 mM MgCl2, 5 mM CdCl2
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.257 |
| 7OZ5 Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase with a double stranded DNA in complex with fragment 166 at the transient P-pocket. 提交 2021-06-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
600–1153（554 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
未记录 | CD CADMIUM ION × 9 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；11-12% v/v PEG Smear Broad, 10% w/v sucrose, 50 mM PIPES-NaOH pH 6.5, 0.1 M (NH4)2SO4, 5 mM MgCl2, 5 mM CdCl2
|
分辨率 3.37 Å R-free 0.265 |
| 7OZ5 Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase with a double stranded DNA in complex with fragment 166 at the transient P-pocket. 提交 2021-06-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 C
600–1153（554 aa）
链 D
600–1027（428 aa）
|
未记录 | CD CADMIUM ION × 9 3IR (1~{R},2~{R})-2-phenyl-~{N}-(1,3-thiazol-2-yl)cyclopropane-1-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；11-12% v/v PEG Smear Broad, 10% w/v sucrose, 50 mM PIPES-NaOH pH 6.5, 0.1 M (NH4)2SO4, 5 mM MgCl2, 5 mM CdCl2
|
分辨率 3.37 Å R-free 0.265 |
| 7OZW Cryo-EM structure of HIV-1 reverse transcriptase with a DNA aptamer in complex with fragment 166 at the transient P-pocket 提交 2021-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 A
600–1153（554 aa）
片段：P66 subunit
链 B
600–1027（428 aa）
片段：P51 subunit
|
未记录 | 3IR (1~{R},2~{R})-2-phenyl-~{N}-(1,3-thiazol-2-yl)cyclopropane-1-carboxamide × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.38 Å |
| 7P15 Cryo-EM structure of HIV-1 reverse transcriptase with a DNA aptamer in complex with fragment F04 at the transient P-pocket 提交 2021-07-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 A
600–1153（554 aa）
片段：P66 subunit
链 B
600–1027（428 aa）
片段：P51 subunit
|
未记录 | 4OI (1~{R},2~{R})-~{N}-(1~{H}-pyrazol-4-yl)-2-pyridin-3-yl-cyclopropane-1-carboxamide × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.58 Å |
| 7SEP Cryo-EM Structure of the RT component of the HIV-1 Pol Polyprotein 提交 2021-10-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
479–1447（969 aa）
片段：PR-RT portion, residues 479-1447
链 B
479–1447（969 aa）
片段：PR-RT portion, residues 479-1447
|
突变：D131A, L765D, F766D 突变：D131A, L765D, F766D | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7SIF Crystal Structure of HLA B*3505 in complex with NPDIVIYQY, an 9-mer epitope from HIV-I 提交 2021-10-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
774–782（9 aa）
片段：UNP residues 774-782
|
未记录 | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 BTB 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M BIS-TRIS, 25% PEG3350
|
分辨率 1.73 Å R-free 0.230 |
| 7SIG Crystal Structure of HLA B*3501 in complex with NPDIVIYQY, an 9-mer epitope from HIV-I 提交 2021-10-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
774–782（9 aa）
片段：UNP residues 774-782
|
未记录 | FLC CITRATE ANION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.2M Ammonium Acetate, 20% PEG4000
|
分辨率 1.74 Å R-free 0.216 |
| 7SIH Crystal Structure of HLA B*3503 in complex with NPDIVIYQY, an 9-mer epitope from HIV-I 提交 2021-10-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
774–782（9 aa）
片段：UNP residues 774-782
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M HEPES, 20% PEG8000
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.232 |
| 7SJX Cryo-EM Structure of the PR-RT components of the HIV-1 Pol Polyprotein 提交 2021-10-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
479–1447（969 aa）
片段：PR-RT portion, residues 479-1447
链 B
479–1447（969 aa）
片段：PR-RT portion, residues 479-1447
|
突变：D131A, L765D, F766D 突变：D131A, L765D, F766D | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 8.20 Å |
| 7SNL Disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer in complex with capsid inhibitor N-(1-(3-(4-chloro-1-methyl-3-(methylsulfonamido)-1H-indazol-7-yl)-4-oxo-3,4-dihydropyrido[2,3-d]pyrimidin-2-yl)-2-(3,5-difluorophenyl)ethyl)-2-(3-(trifluoromethyl)-4,5,6,7-tetrahydro-1H-indazol-1-yl)acetamide 提交 2021-10-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
133–363（231 aa）
|
突变：A14C, E45C, W184A, M185A | 9VI N-[(1S)-1-(3-{4-chloro-3-[(methanesulfonyl)amino]-1-methyl-1H-indazol-7-yl}-4-oxo-3,4-dihydropyrido[2,3-d]pyrimidin-2-yl)-2-(3,5-difluorophenyl)ethyl]-2-[3-(trifluoromethyl)-6,7-dihydro-1H-indazol-1-yl]acetamide × 6 IOD IODIDE ION × 24 CL CHLORIDE ION × 42 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；0.2M NaI, 9% peg 3350, 6% glycerol, 0.1M sodium cacodylate trihydrate pH 6.5
|
分辨率 2.39 Å R-free 0.261 |
| 7SNN Disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer in complex with capsid inhibitor N-(1-(3-(4-chloro-1-methyl-3-(methylsulfonamido)-1H-indazol-7-yl)-4-oxo-3,4-dihydropyrido[2,3-d]pyrimidin-2-yl)-2-(3,5-difluorophenyl)ethyl)-2-(3-(difluoromethyl)-5,6-dihydrocyclopenta[c]pyrazol-1(4H)-yl)acetamide 提交 2021-10-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
133–363（231 aa）
|
突变：A14C, E45C, W184A, M185A | IOD IODIDE ION × 18 9WW N-[(1S)-1-(3-{4-chloro-3-[(methanesulfonyl)amino]-1-methyl-1H-indazol-7-yl}-4-oxo-3,4-dihydroquinazolin-2-yl)-2-(3,5-difluorophenyl)ethyl]-2-[(3aM)-3-(difluoromethyl)cyclopenta[c]pyrazol-1(2H)-yl]acetamide × 6 CL CHLORIDE ION × 42 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；0.275M NaI, 7.5% peg 3350, 6% glycerol, 0.1M sodium cacodylate trihydrate pH 6.5
|
分辨率 2.37 Å R-free 0.233 |
| 7SNP Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with (E)-3-(3-chloro-5-(2-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)-4-(2-morpholinoethoxy)phenoxy)phenyl)acrylonitrile (JLJ530) 提交 2021-10-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
未记录 | 9UV (2E)-3-(3-chloro-5-{2-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]-4-[2-(morpholin-4-yl)ethoxy]phenoxy}phenyl)prop-2-enenitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；18% (w/v) PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, 5 mM spermine, and 50 mM citric acid, pH 7.5
|
分辨率 2.89 Å R-free 0.272 |
| 7SNZ Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with 6-((2-((4-cyanophenyl)amino)pyrimidin-4-yl)amino)-5,7-dimethylindolizine-2-carbonitrile (JLJ604) 提交 2021-10-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
未记录 | 9WI (4R)-6-{[2-(4-cyanoanilino)pyrimidin-4-yl]amino}-5,7-dimethylindolizine-2-carbonitrile × 1 SO4 SULFATE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；18% (w/v) PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, 5 mM spermine, and 50 mM citric acid, pH 7.5
|
分辨率 2.37 Å R-free 0.245 |
| 7SO1 Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with (E)-4-((4-((4-(2-cyanovinyl)-2,6-dimethylphenyl)amino)-6-(3-morpholinopropoxy)-1,3,5-triazin-2-yl)amino)benzonitrile (JLJ564) 提交 2021-10-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
未记录 | 9W3 4-[(4-{4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylanilino}-6-[3-(morpholin-4-yl)propoxy]-1,3,5-triazin-2-yl)amino]benzonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；18% (w/v) PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, 5 mM spermine, and 50 mM citric acid, pH 7.5
|
分辨率 2.73 Å R-free 0.264 |
| 7SO2 Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase Y181C Variant in Complex with (E)-4-((4-((4-(2-cyanovinyl)-2,6-dimethylphenyl)amino)-6-(3-morpholinopropoxy)-1,3,5-triazin-2-yl)amino)benzonitrile (JLJ564) 提交 2021-10-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：Y181C | 9W3 4-[(4-{4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylanilino}-6-[3-(morpholin-4-yl)propoxy]-1,3,5-triazin-2-yl)amino]benzonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；18% (w/v) PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, 5 mM spermine, and 50 mM citric acid, pH 7.5
|
分辨率 3.09 Å R-free 0.282 |
| 7SO3 Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase K103N/Y181C Variant in Complex with (E)-4-((4-((4-(2-cyanovinyl)-2,6-dimethylphenyl)amino)-6-(3-morpholinopropoxy)-1,3,5-triazin-2-yl)amino)benzonitrile (JLJ564) 提交 2021-10-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：K103N, Y181C | 9W3 4-[(4-{4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylanilino}-6-[3-(morpholin-4-yl)propoxy]-1,3,5-triazin-2-yl)amino]benzonitrile × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；18% (w/v) PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, 5 mM spermine, and 50 mM citric acid, pH 7.5
|
分辨率 2.77 Å R-free 0.272 |
| 7SO4 Crystal Structure of HIV-1 Y181C mutant Reverse Transcriptase in Complex with 5-(2-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenoxy)-7-fluoro-2-naphthonitrile (JLJ635), a Non-nucleoside Inhibitor 提交 2021-10-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：Y181C | M9A 5-{2-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]phenoxy}-7-fluoronaphthalene-2-carbonitrile × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；50 mM MES pH 6.0, 18% PEG 8,000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.274 |
| 7SO6 Crystal Structure of HIV-1 K103N, Y181C mutant Reverse Transcriptase in Complex with 5-(2-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenoxy)-7-fluoro-2-naphthonitrile (JLJ635), a Non-nucleoside Inhibitor 提交 2021-10-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
未记录 | M9A 5-{2-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]phenoxy}-7-fluoronaphthalene-2-carbonitrile × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0 mM MES pH 6.0, 18% PEG 8,000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.79 Å R-free 0.275 |
| 7TAZ Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase (RT) in complex with VM-1500A, a non-nucleoside RT inhibitor 提交 2021-12-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：K172A, K173A, C180S 突变：C280S | VM5 2-[4-bromo-3-(3-chloro-5-cyanophenoxy)-2-fluorophenyl]-N-(2-chloro-4-sulfamoylphenyl)acetamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；277 K；PEG 8,000, ammonium sulfate, Bis tris propane, ethylene glycol
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.279 |
| 7U5Z Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with JLJ353 提交 2022-03-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C879S 突变：C879S | LE8 2-chloro-4-({5-[(2,6-difluorophenyl)methyl]-1,3-oxazol-2-yl}amino)benzonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；277.15 K；50 mM imidazole pH 6.4, 20% PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.280 |
| 7Z24 Cryo-EM structure of HIV-1 reverse transcriptase with a DNA aptamer in complex with nevirapine 提交 2022-02-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 A
600–1153（554 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
片段：P51 subunit
|
未记录 | NVP 11-CYCLOPROPYL-5,11-DIHYDRO-4-METHYL-6H-DIPYRIDO[3,2-B:2',3'-E][1,4]DIAZEPIN-6-ONE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.32 Å |
| 7Z29 Cryo-EM structure of NNRTI resistant M184I/E138K mutant HIV-1 reverse transcriptase with a DNA aptamer in complex with nevirapine 提交 2022-02-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 A
600–1153（554 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：M184I 突变：E138K | NVP 11-CYCLOPROPYL-5,11-DIHYDRO-4-METHYL-6H-DIPYRIDO[3,2-B:2',3'-E][1,4]DIAZEPIN-6-ONE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.38 Å |
| 7Z2D Cryo-EM structure of HIV-1 reverse transcriptase with a DNA aptamer in complex with rilpivirine 提交 2022-02-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 A
600–1153（554 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
片段：P51 subunit
|
未记录 | T27 4-{[4-({4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}benzonitrile × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.38 Å |
| 7Z2E Cryo-EM structure of NNRTI resistant M184I/E138K mutant HIV-1 reverse transcriptase with a DNA aptamer in complex with rilpivirine 提交 2022-02-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 A
600–1153（554 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：M184I 突变：E138K | T27 4-{[4-({4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}benzonitrile × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.45 Å |
| 7Z2G Cryo-EM structure of HIV-1 reverse transcriptase with a DNA aptamer in complex with doravirine 提交 2022-02-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 A
600–1153（554 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
片段：P51 subunit
|
未记录 | 2KW 3-chloro-5-({1-[(4-methyl-5-oxo-4,5-dihydro-1H-1,2,4-triazol-3-yl)methyl]-2-oxo-4-(trifluoromethyl)-1,2-dihydropyridin-3-yl}oxy)benzonitrile × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.65 Å |
| 7Z2H Cryo-EM structure of NNRTI resistant M184I/E138K mutant HIV-1 reverse transcriptase with a DNA aptamer in complex with doravirine 提交 2022-02-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 A
600–1153（554 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：M184I 突变：E138K | 2KW 3-chloro-5-({1-[(4-methyl-5-oxo-4,5-dihydro-1H-1,2,4-triazol-3-yl)methyl]-2-oxo-4-(trifluoromethyl)-1,2-dihydropyridin-3-yl}oxy)benzonitrile × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.58 Å |
| 8DX2 HIV-1 reverse transcriptase/rilpivirine with bound fragment 4-amino-3-bromopyridine at multiple sites 提交 2022-08-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：K172A, K173A, C280S 突变：C280S | T27 4-{[4-({4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}benzonitrile × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 V06 3-bromopyridin-4-amine × 4 SO4 SULFATE ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；10-12% PEG 8000, 4% PEG 400, 100 mM imidazole pH 6.4-6.6, 15 mM MgSO4, 100 mM amm sulfate, 5 mM TCEP
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.243 |
| 8DX3 HIV-1 reverse transcriptase/rilpivirine with bound fragment 3-bromobenzylamine in the thumb subdomain 提交 2022-08-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：K172A, K173A, C280S 突变：C280S | 4JH 1-(3-bromophenyl)methanamine × 1 T27 4-{[4-({4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}benzonitrile × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 9 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；10-12% PEG 8000, 4% PEG 400, 100 mM imidazole pH 6.4-6.6, 15 mM MgSO4, 100 mM amm sulfate, 5 mM TCEP
|
分辨率 2.06 Å R-free 0.228 |
| 8DX8 HIV-1 reverse transcriptase/rilpivirine with bound fragment 2-chloro-6-fluorophenethylamine at the 415 site 提交 2022-08-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：K172A, K173A, C280S 突变：C280S | W15 2-(2-chloro-6-fluorophenyl)ethan-1-amine × 1 T27 4-{[4-({4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}benzonitrile × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 7 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；10-12% PEG 8000, 4% PEG 400, 100 mM imidazole pH 6.4-6.6, 15 mM MgSO4, 100 mM amm sulfate, 5 mM TCEP
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.223 |
| 8DXB HIV-1 reverse transcriptase/rilpivirine with bound fragment 5-fluoroindole-2-carboxylic acid at the NNRTI Adjacent site 提交 2022-08-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：K174A, K175A, C282S 突变：C280S | FIC 5-fluoroindole-2-carboxylic acid × 2 T27 4-{[4-({4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}benzonitrile × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 9 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；PISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFREL
NKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIF
QSSMTKILEPFKKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGLTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWT
VQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVRQLSKLLRGTKALTEVIPLTEEAELELAENREILKEPVHGVYYD
PSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTEAVQKITTESIVIWGKTPKFKLPIQKETWET
WWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQ
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.235 |
| 8DXE HIV-1 reverse transcriptase/rilpivirine with bound fragment 2-amino-6-fluorobenzonitrile at the NNRTI adjacent site 提交 2022-08-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：K172A, K173A, C280S 突变：C280S | 0IF 2-amino-6-fluorobenzonitrile × 1 T27 4-{[4-({4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}benzonitrile × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 7 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；10-12% PEG 8000, 4% PEG 400, 100 mM imidazole pH 6.4-6.6, 15 mM MgSO4, 100 mM amm sulfate, 5 mM TCEP
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.217 |
| 8DXG HIV-1 reverse transcriptase/rilpivirine with bound fragment 5-(trifluoromethyl)pyridin-2-ol at W24 site 提交 2022-08-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：K172A, K173A, C280S 突变：C280S | U4D 5-(trifluoromethyl)pyridin-2-one × 1 T27 4-{[4-({4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}benzonitrile × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 9 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；10-12% PEG 8000, 4% PEG 400, 100 mM imidazole pH 6.4-6.6, 15 mM MgSO4, 100 mM amm sulfate, 5 mM TCEP
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.225 |
| 8DXH HIV-1 reverse transcriptase/rilpivirine with bound fragment 5-fluoroquinazolin-4-ol at W266 site 提交 2022-08-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：K172A, K173A, C280S 突变：C280S | JBQ 5-fluoranyl-3,4-dihydroquinazolin-4-ol × 1 T27 4-{[4-({4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}benzonitrile × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 12 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；10-12% PEG 8000, 4% PEG 400, 100 mM imidazole pH 6.4-6.6, 15 mM MgSO4, 100 mM amm sulfate, 5 mM TCEP
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.213 |
| 8DXI HIV-1 reverse transcriptase/rilpivirine with bound fragment [1-(4-fluorophenyl)-5-methyl-1H-pyrazol-4-yl]methanol at multiple sites 提交 2022-08-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：K174A, K175A, C282S 突变：C280S | T27 4-{[4-({4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}benzonitrile × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 7 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 FMQ [1-(4-fluorophenyl)-5-methyl-1H-pyrazol-4-yl]methanol × 2 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；10-12% PEG 8000, 4% PEG 400, 100 mM imidazole pH 6.4-6.6, 15 mM MgSO4, 100 mM amm sulfate, 5 mM TCEP
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.218 |
| 8DXJ HIV-1 reverse transcriptase/rilpivirine with bound fragment 1-N-methyl-4-(trifluoromethyl)benzene-1,2-diamine at the NNRTI adjacent site 提交 2022-08-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：K172A, K173A, C280S 突变：C280S | T27 4-{[4-({4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}benzonitrile × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 U43 N~1~-methyl-4-(trifluoromethyl)benzene-1,2-diamine × 1 SO4 SULFATE ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；10-12% PEG 8000, 4% PEG 400, 100 mM imidazole pH 6.4-6.6, 15 mM MgSO4, 100 mM amm sulfate, 5 mM TCEP
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.207 |
| 8DXK HIV-1 reverse transcriptase/rilpivirine with bound fragment 4-bromopyrazole at multiple sites 提交 2022-08-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：K172A, K173A, C280S 突变：C280S | T27 4-{[4-({4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}benzonitrile × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 BYZ 4-bromo-1H-pyrazole × 8 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；10-12% PEG 8000, 4% PEG 400, 100 mM imidazole pH 6.4-6.6, 15 mM MgSO4, 100 mM amm sulfate, 5 mM TCEP
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.215 |
| 8DXL HIV-1 reverse transcriptase/rilpivirine with bound fragment 4-iodopyrazole at multiple sites 提交 2022-08-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：K172A, K173A, C280S 突变：C280S | T27 4-{[4-({4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}benzonitrile × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 PYZ 4-IODOPYRAZOLE × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；10-12% PEG 8000, 4% PEG 400, 100 mM imidazole pH 6.4-6.6, 15 mM MgSO4, 100 mM amm sulfate, 5 mM TCEP
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.208 |
| 8DXM HIV-1 reverse transcriptase/rilpivirine with bound fragment 4-bromophenol at the Knuckles site 提交 2022-08-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：K172A, K173A, C280S 突变：C280S | BML 4-BROMOPHENOL × 1 T27 4-{[4-({4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}benzonitrile × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；10-12% PEG 8000, 4% PEG 400, 100 mM imidazole pH 6.4-6.6, 15 mM MgSO4, 100 mM amm sulfate, 5 mM TCEP
|
分辨率 1.99 Å R-free 0.208 |
| 8FE8 Crystal Structure of HIV-1 RT in Complex with the non-nucleoside inhibitor 18b1 提交 2022-12-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：K172A, K173A, C280S 突变：C280S | XRB 5-[(4-{4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenoxy}pyrimidin-2-yl)amino]-2-[4-(methanesulfonyl)piperazin-1-yl]benzonitrile × 1 SO4 SULFATE ION × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；10%(v/v) PEG 8000, 4%(v/v) PEG 400, 100 mM MES pH 6.3-6.6, 10 mM spermine, 15 mM MgSO4, 100 mM ammonium sulfate, and 5 mM tris(2-carboxyethyl)phosphine
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.277 |
| 8FFX Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase in complex with non-nucleoside inhibitor 19980 提交 2022-12-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：K172A, K173A, C280S 突变：C280S | DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 XU9 ethyl (8S)-4-(cyclopropylethynyl)pyrazolo[1,5-a]pyridine-3-carboxylate × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；10%(v/v) PEG 8000, 4%(v/v) PEG 400, 100 mM imidazole pH 6.6, 10 mM spermine, 15 mM MgSO4, 100 mM ammonium sulfate, and 5 mM tris(2-carboxyethyl)phosphine
|
分辨率 2.42 Å R-free 0.266 |
| 8STP Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase (Y181C) varient in Complex with 8-(2-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenoxy)indolizine-2-carbonitrile (JLJ555), a non-nucleoside inhibitor 提交 2023-05-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C280S, Y181C, K172A, K173A | 29T 8-{2-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]phenoxy}indolizine-2-carbonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；50 mM HEPES pH 7.5, 12% PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 3.09 Å R-free 0.252 |
| 8STQ Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase (Y181C) varient in Complex with 5-(2-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenoxy)-2-naphthonitrile (JLJ600), a non-nucleoside inhibitor 提交 2023-05-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：Y181C, C280S, K172A, K173A 突变：C280S | 3LQ 5-{2-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]phenoxy}naphthalene-2-carbonitrile × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；50 mM MES pH 7.0, 20% PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.96 Å R-free 0.278 |
| 8STR Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase (Y181C) varient in Complex with 5-(2-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)-4-fluorophenoxy)-7-fluoro-2-naphthonitrile (JLJ636), a non-nucleoside inhibitor 提交 2023-05-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：Y181C, C280S, K172A, K173A 突变：C280S | 7N1 5-{2-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]-4-fluorophenoxy}-7-fluoronaphthalene-2-carbonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；50 mM MES/Imidazole/HEPES pH 6.0-7.0, 16-20% PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.77 Å R-free 0.268 |
| 8STS Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase (Y181C, V106A) varient in Complex with 5-(2-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)-4-fluorophenoxy)-7-fluoro-2-naphthonitrile (JLJ636), a non-nucleoside inhibitor 提交 2023-05-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
600–1155（556 aa）
链 D
600–1027（428 aa）
|
突变：Y181C, V106A, C280S, K172A, K173A 突变：C280S | 7N1 5-{2-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]-4-fluorophenoxy}-7-fluoronaphthalene-2-carbonitrile × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；50 mM HEPES pH 7.0, 20% PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 3.02 Å R-free 0.285 |
| 8STS Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase (Y181C, V106A) varient in Complex with 5-(2-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)-4-fluorophenoxy)-7-fluoro-2-naphthonitrile (JLJ636), a non-nucleoside inhibitor 提交 2023-05-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1155（556 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：Y181C, V106A, C280S, K172A, K173A 突变：C280S | 7N1 5-{2-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]-4-fluorophenoxy}-7-fluoronaphthalene-2-carbonitrile × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；50 mM HEPES pH 7.0, 20% PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 3.02 Å R-free 0.285 |
| 8STT Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase (Y181C, V106A) varient in Complex with 8-(2-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenoxy)indolizine-2-carbonitrile (JLJ555), a non-nucleoside inhibitor 提交 2023-05-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1155（556 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C879S, Y181C, V106A, K172A, K173A 突变：C879S | MG MAGNESIUM ION × 1 29T 8-{2-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]phenoxy}indolizine-2-carbonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；50 mM MES pH 6.0, 14% PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.62 Å R-free 0.291 |
| 8STT Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase (Y181C, V106A) varient in Complex with 8-(2-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenoxy)indolizine-2-carbonitrile (JLJ555), a non-nucleoside inhibitor 提交 2023-05-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
600–1155（556 aa）
链 D
600–1027（428 aa）
|
突变：C879S, Y181C, V106A, K172A, K173A 突变：C879S | MG MAGNESIUM ION × 1 29T 8-{2-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]phenoxy}indolizine-2-carbonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；50 mM MES pH 6.0, 14% PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.62 Å R-free 0.291 |
| 8STU Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase (Y181C, V106A) variant in Complex with 8-(2-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)-4-fluorophenoxy)-6-fluoroindolizine-2-carbonitrile (JLJ578), a non-nucleoside inhibitor 提交 2023-05-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：Y181C, V106A, C280S, K172A, K173A 突变：C280S | MG MAGNESIUM ION × 1 H9Y 8-{2-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]-4-fluorophenoxy}-6-fluoroindolizine-2-carbonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；277 K；50 mM MES pH 6.0, 14% PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.76 Å R-free 0.280 |
| 8STV Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase (Y181C, V106A) variant in Complex with 5-(2-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenoxy)-2-naphthonitrile (JLJ600), a non-nucleoside inhibitor 提交 2023-05-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1155（556 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：Y181C, V106A, C280S, K172A, K173A 突变：C280S | SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 3LQ 5-{2-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]phenoxy}naphthalene-2-carbonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；50 mM MES pH 6.0, 16% PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.78 Å R-free 0.276 |
| 8STV Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase (Y181C, V106A) variant in Complex with 5-(2-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenoxy)-2-naphthonitrile (JLJ600), a non-nucleoside inhibitor 提交 2023-05-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
600–1155（556 aa）
链 D
600–1027（428 aa）
|
突变：Y181C, V106A, C280S, K172A, K173A 突变：C280S | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 3LQ 5-{2-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]phenoxy}naphthalene-2-carbonitrile × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；50 mM MES pH 6.0, 16% PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.78 Å R-free 0.276 |
| 8U69 Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with 3-chloro-5-(4-chloro-2-(2-(5-chloro-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenoxy)benzonitrile (JLJ334), a non-nucleoside inhibitor 提交 2023-09-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C879S, K172A, K173A 突变：C879S | VQ0 3-chloro-5-{4-chloro-2-[2-(5-chloro-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]phenoxy}benzonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；50 mM MES pH 5.5, 17.5% PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.260 |
| 8U6A Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with (JLJ729), a non-nucleoside inhibitor 提交 2023-09-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C879S, K172A, K173A 突变：C879S | VQK N-(3-{2-[5-chloro-2-(3-chloro-5-cyanophenoxy)phenoxy]ethyl}phenyl)prop-2-enamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；50 mM MES pH 5.0, 15% PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.37 Å R-free 0.271 |
| 8U6B Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with N-(4-chloro-3-(3-chloro-5-cyanophenoxy)phenethyl)acrylamide (JLJ731), a non-nucleoside inhibitor 提交 2023-09-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C879S, K172A, K173A | VTN N-{2-[4-chloro-3-(3-chloro-5-cyanophenoxy)phenyl]ethyl}prop-2-enamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；50 mM MES pH 5.5, 21.5% PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.264 |
| 8U6C Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with 2-chloro-N-(4-chloro-3-(3-chloro-5-cyanophenoxy)phenethyl)acetamide (JLJ732), a non-nucleoside inhibitor 提交 2023-09-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C879S, K172A, K173A 突变：C879S | VWU 2-chloro-N-{2-[4-chloro-3-(3-chloro-5-cyanophenoxy)phenyl]ethyl}acetamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；50 mM MES pH 5.0, 14% PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.268 |
| 8U6D Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with N-(2-(4-chloro-3-(3-chloro-5-cyanophenoxy)phenoxy)ethyl)-N-methylacrylamide (JLJ736), a non-nucleoside inhibitor 提交 2023-09-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C879S, K172A, K173A 突变：C879S | VTS N-{2-[4-chloro-3-(3-chloro-5-cyanophenoxy)phenoxy]ethyl}-N-methylprop-2-enamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；50 mM MES pH 5.0, 20% PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.33 Å R-free 0.266 |
| 8U6E Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with N-(4-chloro-3-(3-chloro-5-cyanophenoxy)phenethyl)-N-methylacrylamide (JLJ738), a non-nucleoside inhibitor 提交 2023-09-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C879S, K172A, K173A 突变：C879S | VTV N-{2-[4-chloro-3-(3-chloro-5-cyanophenoxy)phenyl]ethyl}-N-methylprop-2-enamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；50 mM Imidazole pH 6.0, 17.5% PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.31 Å R-free 0.293 |
| 8U6F Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with N-(2-(5-chloro-2-(3-chloro-5-cyanophenoxy)phenoxy)ethyl)-N-methylacrylamide (JLJ742), a non-nucleoside inhibitor 提交 2023-09-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1151（552 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C879S, K172A, K173A 突变：C879S | VU8 N-{2-[5-chloro-2-(3-chloro-5-cyanophenoxy)phenoxy]ethyl}-N-methylprop-2-enamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；50 mM Imidazole pH 6.5, 15% PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.69 Å R-free 0.284 |
| 8U6G Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with 3-(2-(2-(3-acryloyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-benzo[d]imidazol-1-yl)ethoxy)-4-chlorophenoxy)-5-chlorobenzonitrile (JLJ744), a non-nucleoside inhibitor 提交 2023-09-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1152（553 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C879S, K172A, K173A 突变：C879S | VVE 3-chloro-5-{4-chloro-2-[2-(2-oxo-3-propanoyl-2,3-dihydro-1H-benzimidazol-1-yl)ethoxy]phenoxy}benzonitrile × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；50 mM Imidazole pH 6.8, 14% PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.77 Å R-free 0.270 |
| 8U6H Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with 3-(2-(2-(3-acryloyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-benzo[d]imidazol-1-yl)ethoxy)-4-chlorophenoxy)-5-chlorobenzonitrile (JLJ744), a non-nucleoside inhibitor 提交 2023-09-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1153（554 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C879S, K172A, K173A 突变：C879S | VVE 3-chloro-5-{4-chloro-2-[2-(2-oxo-3-propanoyl-2,3-dihydro-1H-benzimidazol-1-yl)ethoxy]phenoxy}benzonitrile × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；277 K；50 mM Imidazole pH 6.3, 14% PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.99 Å R-free 0.279 |
| 8U6H Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with 3-(2-(2-(3-acryloyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-benzo[d]imidazol-1-yl)ethoxy)-4-chlorophenoxy)-5-chlorobenzonitrile (JLJ744), a non-nucleoside inhibitor 提交 2023-09-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
600–1153（554 aa）
链 D
600–1027（428 aa）
|
突变：C879S, K172A, K173A 突变：C879S | VVE 3-chloro-5-{4-chloro-2-[2-(2-oxo-3-propanoyl-2,3-dihydro-1H-benzimidazol-1-yl)ethoxy]phenoxy}benzonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；277 K；50 mM Imidazole pH 6.3, 14% PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.99 Å R-free 0.279 |
| 8U6I Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with N-(2-(2-((2-cyanoindolizin-8-yl)oxy)phenoxy)ethyl)-N-methylacrylamide (JLJ745), a non-nucleoside inhibitor 提交 2023-09-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1153（554 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C879S, K172A, K173A 突变：C879S | VVN N-[2-(2-{[(4R)-2-cyanoindolizin-8-yl]oxy}phenoxy)ethyl]-N-methylpropanamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；277 K；50 mM Imidazole pH 6.3, 17.5% PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.46 Å R-free 0.278 |
| 8U6J Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with N-(2-(5-chloro-2-((2-cyanoindolizin-8-yl)oxy)phenoxy)ethyl)-N-methylacrylamide (JLJ746), a non-nucleoside inhibitor 提交 2023-09-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C879S, K172A, K173A 突变：C879S | VR9 N-[2-(5-chloro-2-{[(4R)-2-cyanoindolizin-8-yl]oxy}phenoxy)ethyl]-N-methylpropanamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；50 mM HEPES pH 7.0, 17.5% PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.64 Å R-free 0.274 |
| 8U6K Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with N-(2-(2-((6-cyanonaphthalen-1-yl)oxy)phenoxy)ethyl)-N-methylacrylamide (JLJ747), a non-nucleoside inhibitor 提交 2023-09-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C879S, K172A, K173A 突变：C879S | VRF N-(2-{2-[(6-cyanonaphthalen-1-yl)oxy]phenoxy}ethyl)-N-methylprop-2-enamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；50 mM MES pH 5.0, 11% PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.72 Å R-free 0.276 |
| 8U6L Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with N-(2-(5-chloro-2-((6-cyanonaphthalen-1-yl)oxy)phenoxy)ethyl)-N-methylacrylamide (JLJ748), a non-nucleoside inhibitor 提交 2023-09-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C879S, K172A, K173A 突变：C879S | VRQ N-(2-{5-chloro-2-[(6-cyanonaphthalen-1-yl)oxy]phenoxy}ethyl)-N-methylprop-2-enamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；50 mM MES pH 5.5, 11% PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.49 Å R-free 0.267 |
| 8U6M Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with N-(2-(2-((6-chloro-2-cyanoindolizin-8-yl)oxy)phenoxy)ethyl)-N-methylacrylamide (JLJ751), a non-nucleoside inhibitor 提交 2023-09-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C879S, K172A, K173A 突变：C879S | VW2 N-[2-(2-{[(4R)-6-chloro-2-cyanoindolizin-8-yl]oxy}phenoxy)ethyl]-N-methylpropanamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；277 K；50 mM HEPES pH 7.0, 22.5% PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.62 Å R-free 0.266 |
| 8U6N Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with 3-(2-((6-cyanonaphthalen-1-yl)oxy)phenoxy)-N,N-dimethylpropanamide (JLJ752), a non-nucleoside inhibitor 提交 2023-09-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1136（537 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C879S, K172A, K173A 突变：C879S | VWK 3-{2-[(6-cyanonaphthalen-1-yl)oxy]phenoxy}-N,N-dimethylpropanamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；50 mM Tris pH 7.5, 15% PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.74 Å R-free 0.291 |
| 8U6O Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with5-(2-(3-oxo-3-(pyrrolidin-1-yl)propoxy)phenoxy)-2-naphthonitrile (JLJ753), a non-nucleoside inhibitor 提交 2023-09-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1153（554 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C879S, K172A, K173A 突变：C879S | VWB 5-{2-[3-oxo-3-(pyrrolidin-1-yl)propoxy]phenoxy}naphthalene-2-carbonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；50 mM MES pH 6.0, 15% PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.48 Å R-free 0.269 |
| 8U6P Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with 3-(2-((2-cyanoindolizin-8-yl)oxy)phenoxy)-N,N-dimethylpropanamide (JLJ754), a non-nucleoside inhibitor 提交 2023-09-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C879S, K172A, K173A 突变：C879S | VOI 3-(2-{[(4S)-2-cyanoindolizin-8-yl]oxy}phenoxy)-N,N-dimethylpropanamide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；50 mM MES pH 5.5, 17.5% PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.81 Å R-free 0.260 |
| 8U6Q Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with 8-(2-(3-oxo-3-(pyrrolidin-1-yl)propoxy)phenoxy)indolizine-2-carbonitrile (JLJ755), a non-nucleoside inhibitor 提交 2023-09-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C879S, K172A, K173A 突变：C879S | VOU (4S)-8-{2-[3-oxo-3-(pyrrolidin-1-yl)propoxy]phenoxy}indolizine-2-carbonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；277 K；50 mM Imidazole pH 6.3, 20% PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.55 Å R-free 0.270 |
| 8U6R Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with 3-(2-((2-cyanoindolizin-8-yl)oxy)phenoxy)-N-(2,2-difluoroethyl)propanamide (JLJ756), a non-nucleoside inhibitor 提交 2023-09-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1151（552 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C879S, K172A, K173A 突变：C879S | VP2 3-(2-{[(4R)-2-cyanoindolizin-8-yl]oxy}phenoxy)-N-(2,2-difluoroethyl)propanamide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；50 mM Imidazole pH 6.5, 17.5% PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.87 Å R-free 0.261 |
| 8U6S Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with 8-(2-(3-morpholino-3-oxopropoxy)phenoxy)indolizine-2-carbonitrile (JLJ757), a non-nucleoside inhibitor 提交 2023-09-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1151（552 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C879S, K172A, K173A 突变：C879S | VPB (4S)-8-{2-[3-(morpholin-4-yl)-3-oxopropoxy]phenoxy}indolizine-2-carbonitrile × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；50 mM Imidazole pH 6.8, 15% PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.99 Å R-free 0.299 |
| 8U6T Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with 5-(2-(2-(3-acryloyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-benzo[d]imidazol-1-yl)ethoxy)phenoxy)-2-naphthonitrile (JLJ758), a non-nucleoside inhibitor 提交 2023-09-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1153（554 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：C879S, K172A, K173A 突变：C879S | VO8 5-(2-{2-[2-oxo-3-(prop-2-enoyl)-2,3-dihydro-1H-benzimidazol-1-yl]ethoxy}phenoxy)naphthalene-2-carbonitrile × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；50 mM MES pH 5.5, 17.5% PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.287 |
| 8VB6 Kinetic intermediate states of HIV-1 RT DNA synthesis captured by cryo-EM 提交 2023-12-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：UNP residues 600-1154
链 B
600–1027（428 aa）
片段：UNP residues 600-1027
|
突变：C280S D498N | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 8VB7 Kinetic intermediate states of HIV-1 RT DNA synthesis captured by cryo-EM 提交 2023-12-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：UNP residues 600-1154
链 B
600–1027（428 aa）
片段：UNP residues 600-1027
|
突变：C280S D498N | MG MAGNESIUM ION × 1 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å |
| 8VB8 Kinetic intermediate states of HIV-1 RT DNA synthesis captured by cryo-EM 提交 2023-12-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：UNP residues 600-1154
链 B
600–1027（428 aa）
片段：UNP residues 600-1027
|
突变：C280S D498N | DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8VB9 Kinetic intermediate states of HIV-1 RT DNA synthesis captured by cryo-EM 提交 2023-12-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：UNP residues 600-1154
链 B
600–1027（428 aa）
片段：UNP residues 600-1027
|
突变：C280S D498N | MG MAGNESIUM ION × 2 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 8VBC Kinetic intermediate states of HIV-1 RT DNA synthesis captured by cryo-EM 提交 2023-12-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：UNP residues 600-1154
链 B
600–1027（428 aa）
片段：UNP residues 600-1027
|
突变：C280S D498N | MG MAGNESIUM ION × 2 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 8VBD Kinetic intermediate states of HIV-1 RT DNA synthesis captured by cryo-EM 提交 2023-12-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：UNP residues 600-1154
链 B
600–1027（428 aa）
片段：UNP residues 600-1027
|
突变：C280S D498N | MG MAGNESIUM ION × 2 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 8VBE Kinetic intermediate states of HIV-1 RT DNA synthesis captured by cryo-EM 提交 2023-12-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：UNP residues 600-1154
链 B
600–1027（428 aa）
片段：UNP residues 600-1027
|
突变：C280S D498N | DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 8VBF Kinetic intermediate states of HIV-1 RT DNA synthesis captured by cryo-EM 提交 2023-12-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：UNP residues 600-1154
链 B
600–1027（428 aa）
片段：UNP residues 600-1027
|
突变：C280S D498N | DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 8VBG Kinetic intermediate states of HIV-1 RT DNA synthesis captured by cryo-EM 提交 2023-12-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：UNP residues 600-1154
链 B
600–1027（428 aa）
片段：UNP residues 600-1027
|
突变：C280S D498N | F2A 2'-deoxy-5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}phosphoryl]adenosine × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.40 Å |
| 8VBH Kinetic intermediate states of HIV-1 RT DNA synthesis captured by cryo-EM 提交 2023-12-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：UNP residues 600-1154
链 B
600–1027（428 aa）
片段：UNP residues 600-1027
|
突变：C280S D498N | DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.20 Å |
| 8VBI Kinetic intermediate states of HIV-1 RT DNA synthesis captured by cryo-EM 提交 2023-12-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
片段：UNP residues 600-1154
链 B
600–1027（428 aa）
片段：UNP residues 600-1027
|
突变：C280S D498N | DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.30 Å |
| 8VU9 Crystal structure of wild-type HIV-1 reverse transcriptase in complex with non-nucleoside inhibitor 5i3 提交 2024-01-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1153（554 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：K172A, K173A, C280S 突变：C280S | WB3 (2E)-3-[4-({2-[(1-{[4-(methanesulfonyl)phenyl]methyl}piperidin-4-yl)amino]pyrido[2,3-d]pyrimidin-4-yl}oxy)-3,5-dimethylphenyl]prop-2-enenitrile × 1 SO4 SULFATE ION × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；10% (v/v) poly(ethylene glycol) (PEG) 8000, 4% (v/v) PEG 400, 100 mM MES, pH 6.3, 10 mM spermine, 15 mM MgSO4, 100 mM ammonium sulfate, and 5 mM tris(2-carboxyethyl)phosphine
|
分辨率 1.99 Å R-free 0.244 |
| 8VUB Crystal structure of wild-type HIV-1 reverse transcriptase in complex with non-nucleoside inhibitor 5e2 提交 2024-01-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：K172A, K173A, C280S 突变：C280S | PKX 4-[(4-{[4-(4-cyano-2,6-dimethylphenoxy)-6,7-dimethoxyquinazolin-2-yl]amino}piperidin-1-yl)methyl]benzamide × 1 SO4 SULFATE ION × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；10% (v/v) poly(ethylene glycol) (PEG) 8000, 4% (v/v) PEG 400, 100 mM MES pH 6.3, 10 mM spermine, 15 mM MgSO4, 100 mM ammonium sulfate, and 5 mM tris(2-carboxyethyl)phosphine
|
分辨率 2.18 Å R-free 0.242 |
| 8VUF Crystal structure of GH9 (K101P, K103N, V108I) HIV-1 reverse transcriptase in complex with non-nucleoside inhibitor 5i3 提交 2024-01-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：K172A, K173A, C280S, K101P, K103N, V108I 突变：C280S | SO4 SULFATE ION × 8 WB3 (2E)-3-[4-({2-[(1-{[4-(methanesulfonyl)phenyl]methyl}piperidin-4-yl)amino]pyrido[2,3-d]pyrimidin-4-yl}oxy)-3,5-dimethylphenyl]prop-2-enenitrile × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；10% (v/v) poly(ethylene glycol) (PEG) 8000, 4% (v/v) PEG 400, 100 mM MES pH 6.3, 10 mM spermine, 15 mM MgSO4, 100 mM ammonium sulfate, and 5 mM tris(2-carboxyethyl)phosphine
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.247 |
| 8VUM Crystal structure of GH9 (K101P, K103N, V108I) HIV-1 reverse transcriptase in complex with non-nucleoside inhibitor 5e2 提交 2024-01-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
突变：K172A, K173A, C280S, K101P, K103N, V108I 突变：C280S | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 SO4 SULFATE ION × 7 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 PKX 4-[(4-{[4-(4-cyano-2,6-dimethylphenoxy)-6,7-dimethoxyquinazolin-2-yl]amino}piperidin-1-yl)methyl]benzamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；10% (v/v) poly(ethylene glycol) (PEG) 8000, 4% (v/v) PEG 400, 100 mM MES pH 6.3, 10 mM spermine, 15 mM MgSO4, 100 mM ammonium sulfate, and 5 mM tris(2-carboxyethyl)phosphine
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.265 |
| 9MXB Crystal Structure of WT HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with 5-{2-[2-(2-oxo-4-sulfanylidene-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy] phenoxy}naphthalene-2-carbonitrile (JLJ648), a non-nucleoside inhibitor 提交 2025-01-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1027（428 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CL CHLORIDE ION × 3 SO4 SULFATE ION × 2 A1BTU 5-{2-[2-(2-oxo-4-sulfanylidene-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]phenoxy}naphthalene-2-carbonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；50 mM Citric Acid pH 5.5, 15% PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine
|
分辨率 2.37 Å R-free 0.275 |
| 9MXQ Cryo-EM Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase p66 Homodimer 提交 2025-01-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1154（555 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7；50mM Tris pH 7.0, 25mM NaCl, 5% Glycerol, 1mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.85 Å |
| 9MXR Cryo-EM Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase p66 Homodimer in Complex with 5-{2-[2-(2-oxo-4-sulfanylidene-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy] phenoxy}naphthalene-2-carbonitrile (JLJ648), a Non-nucleoside Inhibitor 提交 2025-01-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1154（555 aa）
|
未记录 | A1BTU 5-{2-[2-(2-oxo-4-sulfanylidene-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]phenoxy}naphthalene-2-carbonitrile × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7；50mM Tris pH 7.0, 25mM NaCl, 5% Glycerol, 1mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.05 Å |
| 9MXS Cryo-EM Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase p66 Homodimer in Complex with 5-{2-[2-(2-oxo-4-sulfanylidene-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy] phenoxy}naphthalene-2-carbonitrile, a Non-nucleoside Inhibitor, with an Additional Pocket of Density 提交 2025-01-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1154（555 aa）
|
未记录 | A1BTU 5-{2-[2-(2-oxo-4-sulfanylidene-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]phenoxy}naphthalene-2-carbonitrile × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7；50mM Tris pH 7.0, 25mM NaCl, 5% Glycerol, 1mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.09 Å |
| 9MXT Cryo-EM Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase p66 tetramer in Complex with 5-{2-[2-(2-oxo-4-sulfanylidene-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]phenoxy}naphthalene-2-carbonitrile (JLJ648), a Non-nucleoside Inhibitor 提交 2025-01-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
600–1154（555 aa）
链 B
600–1154（555 aa）
链 C
600–1154（555 aa）
链 D
600–1154（555 aa）
|
未记录 | A1BTU 5-{2-[2-(2-oxo-4-sulfanylidene-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]phenoxy}naphthalene-2-carbonitrile × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7；50mM Tris pH 7.0, 25mM NaCl, 5% Glycerol, 1mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.43 Å |
| 9NW9 CA117v2v8 Fab bound to HLA-E-RL9HIV 提交 2025-03-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 P
275–283（9 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M magnesium chloride, 20% PEG 3350
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分辨率 2.30 Å R-free 0.239 |
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| UniProt名称 | POL_HV1B1 |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 1–231； UniProt 133–363 作者链 B； PDB构建体 1–231； UniProt 133–363 作者链 C； PDB构建体 1–231； UniProt 133–363 作者链 D； PDB构建体 1–231； UniProt 133–363 作者链 E； PDB构建体 1–231； UniProt 133–363 作者链 F； PDB构建体 1–231； UniProt 133–363 作者链 G； PDB构建体 1–231； UniProt 133–363 作者链 H； PDB构建体 1–231； UniProt 133–363 作者链 I； PDB构建体 1–231； UniProt 133–363 作者链 J； PDB构建体 1–231； UniProt 133–363 作者链 K； PDB构建体 1–231； UniProt 133–363 作者链 L； PDB构建体 1–231； UniProt 133–363 |
