SAXSdb — 7snv

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribulose bisphosphate carboxylase large chain

Halothiobacillus neapolitanus (strain ATCC 23641 / c2)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	Ribulose bisphosphate carboxylase small chain × 8 （P45686） Carboxysome shell carbonic anhydrase × 8 （O85042） water × 24	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RBL1_HALNC
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–474； UniProt 2–473

Ribulose bisphosphate carboxylase small chain

Halothiobacillus neapolitanus (strain ATCC 23641 / c2)

UniProt P45686

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	Ribulose bisphosphate carboxylase large chain × 8 （O85040） Carboxysome shell carbonic anhydrase × 8 （O85042） water × 24	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RBS_HALNC
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–110； UniProt 1–110

Carboxysome shell carbonic anhydrase

物种未注明

UniProt O85042

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	Ribulose bisphosphate carboxylase large chain × 8 （O85040） Ribulose bisphosphate carboxylase small chain × 8 （P45686） water × 24	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CSOCA_HALNC
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–50； UniProt 1–50

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7snv
沉积日期 deposition_date	2021-10-28
结构标题 title	H. neapolitanus carboxysomal rubisco/CsoSCA-peptide (1-50)complex
关键词 keywords	rubisco, lyase, TIM-barrel, complex; LYASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7snv__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7snv__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7snv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	47.23 Å
Rg（电子密度）	46.33 Å
总 Rg	46.69 Å
原子数	35744
残基数	4568
排除体积	632470 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7snv__assembly_1__model_1`	24-meric （24）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
分子量 formula_weight	53831.7 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.1.39
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4685

MSAVKKYSAGVKEYRQTYWMPEYTPLDSDILACFKITPQPGVDREEAAAAVAAESSTGTWTTVWTDLLTDMDYYKGRAYRIEDVPGDDAAFYAFIAYPIDLFEEGSVVNVFTSLVGNVFGFKAVRGLRLEDVRFPLAYVKTCGGPPHGIQVERDKMNKYGRPLLGCTIKPKLGLSAKNYGRAVYECLRGGLDFTKDDENINSQPFMRWRDRFLFVQDATETAEAQTGERKGHYLNVTAPTPEEMYKRAEFAKEIGAPIIMHDYITGGFTANTGLAKWCQDNGVLLHIHRAMHAVIDRNPNHGIHFRVLTKILRLSGGDHLHTGTVVGKLEGDRASTLGWIDLLRESFIPEDRSRGIFFDQDWGSMPGVFAVASGGIHVWHMPALVNIFGDDSVLQFGGGTLGHPWGNAAGAAANRVALEACVEARNQGRDIEKEGKEILTAAAQHSPELKIAMETWKEIKFEFDTVDKLDTQNRWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Halothiobacillus neapolitanus (strain ATCC 23641 / c2)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	555778
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
分子量 formula_weight	12866.6 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.1.39
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MAEMQDYKQSLKYETFSYLPPMNAERIRAQIKYAIAQGWSPGIEHVEVKNSMNQYWYMWKLPFFGEQNVDNVLAEIEACRSAYPTHQVKLVAYDNYAQSLGLAFVVYRGN

来源 Source

来源生物 organism	Halothiobacillus neapolitanus (strain ATCC 23641 / c2)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	555778
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Carboxysome shell carbonic anhydrase
分子量 formula_weight	5690.5 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.1.1
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MNTRNTRSKQRAPFGVSSSVKPRLDLIEQAPNPAYDRHPACITLPERTCR

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	200

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	7snvA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — RuBisCO large subunit, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	7snvA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.07 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	52375

H. neapolitanus carboxysomal rubisco/CsoSCA-peptide (1-50)complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribulose bisphosphate carboxylase large chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ribulose bisphosphate carboxylase small chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Carboxysome shell carbonic anhydrase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7snv__assembly_1__model_1

7snv__assembly_1__model_1 | I(q)

7snv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

H. neapolitanus carboxysomal rubisco/CsoSCA-peptide (1-50)complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribulose bisphosphate carboxylase large chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ribulose bisphosphate carboxylase small chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Carboxysome shell carbonic anhydrase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7snv__assembly_1__model_1

7snv__assembly_1__model_1 | I(q)

7snv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)