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7tjs

Yeast ATP synthase F1 region State 1-3catalytic beta_tight closed without exogenous ATP

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 128.7 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP synthase subunit alpha

物种未注明

UniProt A0A6A5Q4L9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 36–545 链 B； UniProt 36–545 链 C； UniProt 36–545 未记录 ATP synthase subunit beta × 3 （A0A6A5PX46） ATP synthase subunit gamma × 1 （A0A6A5Q493） ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7TJS Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7MD2 The F1 region of ammocidin-bound Saccharomyces cerevisiae ATP synthase 提交 2021-04-03 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 36–545（510 aa）
链 B 36–545（510 aa）
链 C 36–545（510 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ZHD (3~{E},5~{Z},7~{E},9~{R},10~{S},11~{E},13~{E},15~{E},17~{R},18~{S},20~{S})-20-[(1~{R})-1-[(2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-5-[(2~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-5-[(2~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-4,6-dimethyl-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-6-methyl-4-oxidanyl-oxan-2-yl]oxy-3-methoxy-6-(3-methoxypropyl)-5-methyl-2,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]ethyl]-5,18-dimethoxy-3,7,9,11,13,15-hexamethyl-10-[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{S})-6-methyl-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-17-oxidanyl-1-oxacycloicosa-3,5,7,11,13,15-hexaen-2-one × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.10 Å
7MD3 The F1 region of apoptolidin-bound Saccharomyces cerevisiae ATP synthase 提交 2021-04-03 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 36–545（510 aa）
链 B 36–545（510 aa）
链 C 36–545（510 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ZH7 (3~{E},5~{E},7~{E},9~{R},10~{R},11~{E},13~{E},17~{S},18~{S},20~{S})-18-methoxy-20-[(~{R})-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-6-[(2~{R})-3-methoxy-2-[(2~{R},4~{S},5~{S},6~{S})-5-[(2~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-4-methoxy-6-methyl-5-oxidanyl-oxan-2-yl]oxy-4,6-dimethyl-4-oxidanyl-oxan-2-yl]oxy-propyl]-3,5-dimethyl-2,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]-oxidanyl-methyl]-10-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{R},6~{S})-5-methoxy-6-methyl-3,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3,5,7,9,13-pentamethyl-17-oxidanyl-1-oxacycloicosa-3,5,7,11,13-pentaen-2-one × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.30 Å
8F2K Structure of yeast F1-ATPase determined with 100 micromolar cruentaren A 提交 2022-11-08 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 61–545（485 aa）
链 B 61–545（485 aa）
链 C 61–545（485 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 XBC Cruentaren A × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 2.90 Å
8FKJ Yeast ATP Synthase in conformation-3, at pH 6 提交 2022-12-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：27-meric
链 A 39–545（507 aa）
链 B 39–545（507 aa）
链 C 39–545（507 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
8FL8 Yeast ATP Synthase structure in presence of MgATP 提交 2022-12-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：27-meric
链 A 39–545（507 aa）
链 B 39–545（507 aa）
链 C 39–545（507 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6A5Q4L9_YEASX
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–510； UniProt 36–545 作者链 B； PDB构建体 1–510； UniProt 36–545 作者链 C； PDB构建体 1–510； UniProt 36–545

ATP synthase subunit beta

物种未注明

UniProt A0A6A5PX46

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 34–511 链 E； UniProt 34–511 链 F； UniProt 34–511 未记录 ATP synthase subunit alpha × 3 （A0A6A5Q4L9） ATP synthase subunit gamma × 1 （A0A6A5Q493） ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7TJS Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7MD2 The F1 region of ammocidin-bound Saccharomyces cerevisiae ATP synthase 提交 2021-04-03 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 D 34–511（478 aa）
链 E 34–511（478 aa）
链 F 34–511（478 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ZHD (3~{E},5~{Z},7~{E},9~{R},10~{S},11~{E},13~{E},15~{E},17~{R},18~{S},20~{S})-20-[(1~{R})-1-[(2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-5-[(2~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-5-[(2~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-4,6-dimethyl-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-6-methyl-4-oxidanyl-oxan-2-yl]oxy-3-methoxy-6-(3-methoxypropyl)-5-methyl-2,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]ethyl]-5,18-dimethoxy-3,7,9,11,13,15-hexamethyl-10-[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{S})-6-methyl-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-17-oxidanyl-1-oxacycloicosa-3,5,7,11,13,15-hexaen-2-one × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.10 Å
7MD3 The F1 region of apoptolidin-bound Saccharomyces cerevisiae ATP synthase 提交 2021-04-03 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 D 34–511（478 aa）
链 E 34–511（478 aa）
链 F 34–511（478 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ZH7 (3~{E},5~{E},7~{E},9~{R},10~{R},11~{E},13~{E},17~{S},18~{S},20~{S})-18-methoxy-20-[(~{R})-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-6-[(2~{R})-3-methoxy-2-[(2~{R},4~{S},5~{S},6~{S})-5-[(2~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-4-methoxy-6-methyl-5-oxidanyl-oxan-2-yl]oxy-4,6-dimethyl-4-oxidanyl-oxan-2-yl]oxy-propyl]-3,5-dimethyl-2,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]-oxidanyl-methyl]-10-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{R},6~{S})-5-methoxy-6-methyl-3,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3,5,7,9,13-pentamethyl-17-oxidanyl-1-oxacycloicosa-3,5,7,11,13-pentaen-2-one × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.30 Å
8F2K Structure of yeast F1-ATPase determined with 100 micromolar cruentaren A 提交 2022-11-08 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 D 41–509（469 aa）
链 E 41–509（469 aa）
链 F 41–509（469 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 XBC Cruentaren A × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 2.90 Å
8FKJ Yeast ATP Synthase in conformation-3, at pH 6 提交 2022-12-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：27-meric
链 D 39–511（473 aa）
链 E 39–511（473 aa）
链 F 39–511（473 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
8FL8 Yeast ATP Synthase structure in presence of MgATP 提交 2022-12-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：27-meric
链 D 39–511（473 aa）
链 E 39–511（473 aa）
链 F 39–511（473 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6A5PX46_YEASX
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 D； PDB构建体 1–478； UniProt 34–511 作者链 E； PDB构建体 1–478； UniProt 34–511 作者链 F； PDB构建体 1–478； UniProt 34–511

ATP synthase subunit gamma

物种未注明

UniProt A0A6A5Q493

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白拷贝数一致 链 G； UniProt 34–311 未记录 ATP synthase subunit alpha × 3 （A0A6A5Q4L9） ATP synthase subunit beta × 3 （A0A6A5PX46） ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7TJS Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7MD2 The F1 region of ammocidin-bound Saccharomyces cerevisiae ATP synthase 提交 2021-04-03 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 G 34–311（278 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ZHD (3~{E},5~{Z},7~{E},9~{R},10~{S},11~{E},13~{E},15~{E},17~{R},18~{S},20~{S})-20-[(1~{R})-1-[(2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-5-[(2~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-5-[(2~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-4,6-dimethyl-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-6-methyl-4-oxidanyl-oxan-2-yl]oxy-3-methoxy-6-(3-methoxypropyl)-5-methyl-2,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]ethyl]-5,18-dimethoxy-3,7,9,11,13,15-hexamethyl-10-[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{S})-6-methyl-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-17-oxidanyl-1-oxacycloicosa-3,5,7,11,13,15-hexaen-2-one × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.10 Å
7MD3 The F1 region of apoptolidin-bound Saccharomyces cerevisiae ATP synthase 提交 2021-04-03 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 G 34–311（278 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ZH7 (3~{E},5~{E},7~{E},9~{R},10~{R},11~{E},13~{E},17~{S},18~{S},20~{S})-18-methoxy-20-[(~{R})-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-6-[(2~{R})-3-methoxy-2-[(2~{R},4~{S},5~{S},6~{S})-5-[(2~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-4-methoxy-6-methyl-5-oxidanyl-oxan-2-yl]oxy-4,6-dimethyl-4-oxidanyl-oxan-2-yl]oxy-propyl]-3,5-dimethyl-2,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]-oxidanyl-methyl]-10-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{R},6~{S})-5-methoxy-6-methyl-3,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3,5,7,9,13-pentamethyl-17-oxidanyl-1-oxacycloicosa-3,5,7,11,13-pentaen-2-one × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.30 Å
8F2K Structure of yeast F1-ATPase determined with 100 micromolar cruentaren A 提交 2022-11-08 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 G 34–308（275 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 XBC Cruentaren A × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 2.90 Å
8FKJ Yeast ATP Synthase in conformation-3, at pH 6 提交 2022-12-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：27-meric
链 G 38–307（270 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6A5Q493_YEASX
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 G； PDB构建体 1–278； UniProt 34–311

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7tjs

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7tjs
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7tjs
沉积日期 deposition_date2022-01-17
结构标题 titleYeast ATP synthase F1 region State 1-3catalytic beta_tight closed without exogenous ATP
关键词 keywordsF1-ATPase, ATP Synthase, Hydrolase, Nanomotor, Complex; HYDROLASE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier42.90 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron42.03 Å
零角强度 I(0) i01586600000.00
分子量 molecular_weight334180.0 kDa
排除体积 excluded_volume420570 ų
包络体积 envelope_volume541960 ų
水化壳体积 shell_volume99578 ų
包络直径 envelope_diameter139.4 Å
壳层 Rg shell_rg52.75 Å
包络 Rg envelope_rg41.55 Å
形状 Rg shape_rg42.05 Å
总 Rg total_rg42.43 Å
总原子数 total_atoms23539
残基数 n_residues3102
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax128.7 Å
Rg (实空间) rg_real42.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.86 Å
I(0) (实空间) i0_real1.5870e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.6280e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal42.90 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1587000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8928
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary121.7 Å
偏度 Skewness skewness0.043
峰度 Kurtosis kurtosis-0.513
角度范围 angular_range— – 0.1850 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha369700000.0000
实空间数据点数 n_real_points38
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.919; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.947; Smooth: 0.900
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)