8fkj

Yeast ATP Synthase in conformation-3, at pH 6

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 225.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8fkj
沉积日期 deposition_date	2022-12-21
结构标题 title	Yeast ATP Synthase in conformation-3, at pH 6
关键词 keywords	F-type, ATP Synthase, yeast, mitochondrial, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	63.37 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	63.89 Å
零角强度 I(0) i0	2629920000.00
分子量 molecular_weight	350080.0 kDa
排除体积 excluded_volume	402150 Å³
包络体积 envelope_volume	860080 Å³
水化壳体积 shell_volume	117210 Å³
包络直径 envelope_diameter	225.0 Å
壳层 Rg shell_rg	62.63 Å
包络 Rg envelope_rg	60.80 Å
形状 Rg shape_rg	63.87 Å
总 Rg total_rg	63.90 Å
总原子数 total_atoms	25001
残基数 n_residues	5088
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	225.2 Å
Rg (实空间) rg_real	63.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	3.20 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6300e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.3610e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	62.95 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2626000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8298
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	63.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.462
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.458
角度范围 angular_range	— – 0.1250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	305600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	26
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.692; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.717

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (14)

Entity 1 polymer

描述 description	ATP synthase subunit 5, mitochondrial
分子量 formula_weight	17826.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y
原子数 atom_count	25001

PPPVRLFGVEGTYATALYQAAAKNSSIDAAFQSLQKVESTVKKNPKLGHLLLNPALSLKDRNSVIDAIVETHKNLDGYVVNLLKVLSENNRLGCFEKIASDFGVLNDAHNGLLKGTVTSAEPLDPKSFKRIEKALSASKLVGQGKSLKLENVVKPEIKGGLIVELG

Entity 2 polymer

描述 description	ATP synthase subunit alpha
分子量 formula_weight	54748.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C

KAQPTEVSSILEERIKGVSDEANLNETGRVLAVGDGIARVFGLNNIQAEELVEFSSGVKGMALNLEPGQVGIVLFGSDRLVKEGELVKRTGNIVDVPVGPGLLGRVVDALGNPIDGKGPIDAAGRSRAQVKAPGILPRRSVHEPVQTGLKAVDALVPIGRGQRELIIGDRQTGKTAVALDTILNQKRWNNGSDESKKLYCVYVAVGQKRSTVAQLVQTLEQHDAMKYSIIVAATASEAAPLQYLAPFTAASIGEWFRDNGKHALIVYDDLSKQAVAYRQLSLLLRRPPGREAYPGDVFYLHSRLLERAAKLSEKEGSGSLTALPVIETQGGDVSAYIPTNVISITDGQIFLEAELFYKGIRPAINVGLSVSRVGSAAQVKALKQVAGSLKLFLAQYREVAAFAQFGSDLDASTKQTLVRGERLTQLLKQNQYSPLATEEQVPLIYAGVNGHLDGIELSRIGEFESSFLSYLKSNHNELLTEIREKGELSKELLASLKSATESFVATF

Entity 3 polymer

描述 description	ATP synthase subunit beta
分子量 formula_weight	50752.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

STPITGKVTAVIGAIVDVHFEQSELPAILNALEIKTPQGKLVLEVAQHLGENTVRTIAMDGTEGLVRGEKVLDTGGPISVPVGRETLGRIINVIGEPIDERGPIKSKLRKPIHADPPSFAEQSTSAEILETGIKVVDLLAPYARGGKIGLFGGAGVGKTVFIQELINNIAKAHGGFSVFTGVGERTREGNDLYREMKETGVINLEGESKVALVFGQMNEPPGARARVALTGLTIAEYFRDEEGQDVLLFIDNIFRFTQAGSEVSALLGRIPSAVGYQPTLATDMGLLQERITTTKKGSVTSVQAVYVPADDLTDPAPATTFAHLDATTVLSRGISELGIYPAVDPLDSKSRLLDAAVVGQEHYDVASKVQETLQTYKSLQDIIAILGMDELSEQDKLTVERARKIQRFLSQPFAVAEVFTGIPGKLVRLKDTVASFKAVLEGKYDNIPEHAFYMVGGIEDVVAKAEKLAAEAN

Entity 4 polymer

描述 description	ATP synthase subunit 9, mitochondrial
分子量 formula_weight	7532.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	10

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R,S,T,K,L,M,N,O,P,Q

QLVLAAKYIGAGISTIGLLGAGIGIAIVFAALINGVSRNPSIKDTVFPMAILGFALSEATGLFCLMVSFLLLFG

Entity 5 polymer

描述 description	ATP synthase subunit 4, mitochondrial
分子量 formula_weight	17576.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Z

NDESILLLTFLGFTGLVAKYLAPAYKDFADARMKKVSDVLNASRNKHVEAVKDRIDSVSQLQNVAETTKVLFDVSKETVELESEAFELKQKVELAHEAKAVLDSWVRYEASLRQLEQRQLAKSVISRVQSELGNPKFQEKVLQQSISEIEQLLSK

Entity 6 polymer

描述 description	ATP synthase subunit d, mitochondrial
分子量 formula_weight	19509.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	7

AKSAANKLDWAKVISSLRITGSTATQLSSFKKRNDEARRQLLELQSQPTEVDFSHYRSVLKNTSVIDKIESYVKQYKPVKIDASKQLQVIESFEKHAMTNAKETESLVSKELKDLQSTLDNIQSARPFDELTVDDLTKIKPEIDAKVEEMVKKGKWDVPGYKDRFGNLNVM

Entity 7 polymer

描述 description	ATP synthase subunit H, mitochondrial
分子量 formula_weight	10090.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	6

QDLYLRELKDTKLAPSTLQDAEGNVKPWNPPQKPNLPELELQGPEALKAYTEQNVETAHVAKESEEGESEPIEEDWLVLDDAEETKESH

Entity 8 polymer

描述 description	ATP synthase subunit f, mitochondrial
分子量 formula_weight	9383.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U

VSTLIPPKVVSSKNIGSAPNAKRIANVVHFYKSLPQGPAPAIKANTRLARYKAKYFDGDNASGKPLWHFALGIIAFGYSMEYYFH

Entity 9 polymer

描述 description	ATP synthase protein 8
分子量 formula_weight	5046.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	8

FYFMNQLTYGFLLMITLLILFSQFFLPMILRLYVSRLFISK

Entity 10 polymer

描述 description	ATP synthase subunit a
分子量 formula_weight	25073.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X

LTTFSLYTIIVLLVITSLYTLTNNNNKIIGSRWLISQEAIYDTIMNMTKGQIGGKNWGLYFPMIFTLFMFIFIANLISMIPYSFALSAHLVFIISLSIVIWLGNTILGLYKHGWVFFSLFVPAGTPLPLVPLLVIIETLSYFARAISLGLRLGSNILAGHLLMVILAGLTFNFMLINLFTLVFGFVPLAMILAIMMLEFAIGIIQGYVWAILTASYLKDAVYLH

Entity 11 polymer

描述 description	ATP18 isoform 1
分子量 formula_weight	4145.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MLKRFPTPILKVYWPFFVAGAAVYYGMSKAADLSSNT

Entity 12 polymer

描述 description	ATP synthase subunit gamma
分子量 formula_weight	29898.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

EVEMRLKSIKNIEKITKTMKIVASTRLSKAEKAKISAKKMDEAEQLFYKNAETKNLDVEATETGAPKELIVAITSDKGLCGSIHSQLAKAVRRHLNDQPNADIVTIGDKIKMQLLRTHPNNIKLSINGIGKDAPTFQESALIADKLLSVMKAGTYPKISIFYNDPVSSLSFEPSEKPIFNAKTIEQSPSFGKFEIDTDANVPRDLFEYTLANQMLTAMAQGYAAEISARRNAMDNASKNAGDMINRYSILYNRTRQAVITNELVDIITGA

Entity 13 polymer

描述 description	ATP synthase subunit delta, mitochondrial
分子量 formula_weight	14080.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

SSGLKLQFALPHETLYSGSEVTQVNLPAKSGRIGVLANHVPTVEQLLPGVVEVMEGSNSKKFFISGGFATVQPDSQLCVTAIEAFPLESFSQENIKNLLAEAKKNVSSSDAREAAEAAIQVEVLENLQSVLK

Entity 14 polymer

描述 description	ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial
分子量 formula_weight	6388.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

SAWRKAGISYAAYLNVAAQAIRSSLKTELQTASVLNRSQTDAFYTQYKNGTAASEPTPI

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	15189

fit	/app/data/saxs_computation/fk/8fkj/8fkj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fk/8fkj/8fkj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fk/8fkj/8fkj.dat

Yeast ATP Synthase in conformation-3, at pH 6

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (14)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

Entity 13 polymer

聚合体 Polymer

Entity 14 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)