7tyv

Structure of Lassa Virus glycoprotein (Josiah) bound to Fab 25.10C

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 209.2 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycoprotein G1

Lassa virus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 12 其他聚合物 12 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–259 链 B； UniProt 1–259 链 C； UniProt 1–259 链 a； UniProt 260–423 链 b； UniProt 260–423 链 c； UniProt 260–423	突变：R207C, Residues 256-259 mutated from RRLL to RRRR 突变：E329P, M332T, G360C	25.10C Fab Heavy Chain × 3 25.10C Fab Light Chain × 3 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4；pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7TYV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5FT2 Sub-tomogram averaging of Lassa virus glycoprotein spike from virus- like particles at pH 5 提交 2016-01-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 75–237（163 aa）片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, UNP RESIDUES 75-237	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50 MM BUFFER OF SUCCINIC ACID, DIHYDROGEN PHOSPHATE AND GLYCINE (SPG)；pH 5.2；50 MM BUFFER OF SUCCINIC ACID, DIHYDROGEN PHOSPHATE AND GLYCINE (SPG) cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE-PROPANE MIXTURE, HUMIDITY- 80, TEMPERATURE- 120, INSTRUMENT- GATAN CRYOPLUNGE 3, METHOD- BLOT FOR 3 SECONDS BEFORE PLUNGING.,	分辨率 16.40 Å
5VK2 Structural basis for antibody-mediated neutralization of Lassa virus 提交 2017-04-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–259（259 aa）片段：UNP residues 1-259 链 B 1–259（259 aa）片段：UNP residues 1-259 链 C 1–259（259 aa）片段：UNP residues 1-259 链 a 260–423（164 aa）片段：UNP residues 260-423 链 b 260–423（164 aa）片段：UNP residues 260-423 链 c 260–423（164 aa）片段：UNP residues 260-423	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；296 K；0.1M Tris pH 8, 15-18% PEG 3350 and 0.1M-0.3M magnesium acetate	分辨率 3.20 Å R-free 0.231
6P95 Structure of Lassa virus glycoprotein in complex with Fab 25.6A 提交 2019-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–259（259 aa）链 B 1–259（259 aa）链 C 1–259（259 aa）链 a 260–433（174 aa）链 b 260–433（174 aa）链 c 260–433（174 aa）	突变：R207C, L258R, L259RG 突变：R207C, L258R, L259RG 突变：R207C, L258R, L259RG 突变：G360P, M332T, E329C 突变：G360P, M332T, E329C 突变：G360P, M332T, E329C	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；0.1 M Tris pH 8, 15-18% PEG 3350 and 0.1 M-0.3 M magnesium acetate	分辨率 3.50 Å R-free 0.247
7PUY Structure of the membrane soluble spike complex from the Lassa virus in a C3-symmetric map 提交 2021-10-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–259（259 aa）链 B 1–259（259 aa）链 C 1–259（259 aa）链 a 260–491（232 aa）链 b 260–491（232 aa）链 c 260–491（232 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7PVD Structure of the membrane soluble spike complex from the Lassa virus in a C1-symmetric map focused on the ectodomain 提交 2021-10-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–259（259 aa）链 B 1–259（259 aa）链 C 1–259（259 aa）链 a 260–491（232 aa）链 b 260–491（232 aa）链 c 260–491（232 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
7S8H Structure of Lassa virus glycoprotein bound to Fab 18.5C and Fab 36.1F 提交 2021-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 59–259（201 aa）链 a 260–424（165 aa）	突变：G243C, Residues 256-259 mutated from RRLL to RRRR 突变：E329P, M332T, I350C	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293.15 K；0.1 M Tris, pH 8.0, 1.25 M LiCl and 15% PEG 8k	分辨率 2.70 Å R-free 0.251
7UOT Native Lassa glycoprotein in complex with neutralizing antibodies 8.9F and 37.2D 提交 2022-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 1–259（259 aa）链 B 1–259（259 aa）链 C 1–259（259 aa）链 a 260–491（232 aa）链 b 260–491（232 aa）链 c 260–491（232 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.77 Å
7UOV Native Lassa glycoprotein in complex with neutralizing antibodies 12.1F and 37.2D 提交 2022-04-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 1–259（259 aa）链 B 1–259（259 aa）链 C 1–259（259 aa）链 a 260–491（232 aa）链 b 260–491（232 aa）链 c 260–491（232 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.75 Å
8EJD Structure of lineage IV Lassa virus glycoprotein complex (strain Josiah) 提交 2022-09-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–259（259 aa）链 B 1–259（259 aa）链 C 1–259（259 aa）链 a 260–424（165 aa）链 b 260–424（165 aa）链 c 260–424（165 aa）	突变：R207C, L258R, L259R 突变：R207C, L258R, L259R 突变：R207C, L258R, L259R 突变：E329P, G360C 突变：E329P, G360C 突变：E329P, G360C	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；TBS cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Wait time 10 s; blotting time varied between 3-7 s; blotting force of 0	分辨率 3.80 Å
8EJH Lassa virus glycoprotein complex (Josiah) bound to 12.1F Fab 提交 2022-09-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–259（259 aa）链 B 1–259（259 aa）链 C 1–259（259 aa）链 a 260–424（165 aa）链 b 260–424（165 aa）链 c 260–424（165 aa）	突变：R207C, L258R, L259R 突变：R207C, L258R, L259R 突变：R207C, L258R, L259R 突变：E329P, G360C 突变：E329P, G360C 突变：E329P, G360C	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 MAN alpha-D-mannopyranose × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；TBS cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Wait time 10 s; blotting time varied between 3-7 s; blotting force of 0	分辨率 3.71 Å
8EJI Lassa virus glycoprotein complex (Josiah) bound to 19.7E Fab 提交 2022-09-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–259（259 aa）链 B 1–259（259 aa）链 C 1–259（259 aa）链 a 260–424（165 aa）链 b 260–424（165 aa）链 c 260–424（165 aa）	突变：R207C, L258R, L259R 突变：R207C, L258R, L259R 突变：R207C, L258R, L259R 突变：E328P, G359C 突变：E328P, G359C 突变：E328P, G359C	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；TBS cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Wait time 10 s; blotting time varied between 3-7 s; blotting force of 0	分辨率 3.81 Å
8T5C Lassa GPC Trimer in complex with Fab 8.11G and nanobody D5 提交 2023-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 A 59–257（199 aa）链 B 59–257（199 aa）链 C 59–257（199 aa）链 a 260–418（159 aa）链 b 260–418（159 aa）链 c 260–418（159 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 23	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；PBS cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.70 Å
8TYC Lassa GPC (strain Josiah) bound to rabbit polyclonal base-targeting antibody Base-1 提交 2023-08-24	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–259（259 aa）链 B 1–259（259 aa）链 C 1–259（259 aa）链 a 260–423（164 aa）链 b 260–423（164 aa）链 c 260–423（164 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8TYE Lassa GPC (strain Josiah) bound to rabbit polyclonal fusion-peptide-targeting antibody FP-1 提交 2023-08-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–259（259 aa）链 B 1–259（259 aa）链 C 1–259（259 aa）链 a 260–424（165 aa）链 b 260–424（165 aa）链 c 260–424（165 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
8VCV Lineage IV Lassa virus glycoprotein (Josiah) in complex with rabbit polyclonal antibody (GPC-C epitope) 提交 2023-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–259（259 aa）链 B 1–259（259 aa）链 C 1–259（259 aa）链 a 260–424（165 aa）链 b 260–424（165 aa）链 c 260–424（165 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
8VE8 Lineage IV Lassa virus glycoprotein (Josiah) in complex with rabbit polyclonal antibody (GP1-A epitope) 提交 2023-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–259（259 aa）链 B 1–259（259 aa）链 C 1–259（259 aa）链 a 260–424（165 aa）链 b 260–424（165 aa）链 c 260–424（165 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
9CJ7 Lineage IV Lassa virus glycoprotein (Josiah) in complex with monoclonal antibody 8.9F 提交 2024-07-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–259（259 aa）链 B 1–259（259 aa）链 C 1–259（259 aa）链 a 260–424（165 aa）链 b 260–424（165 aa）链 c 260–424（165 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；TBS cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
9CJ8 Lineage IV Lassa virus glycoprotein (Josiah) in complex with rabbit polyclonal antibody (LAVA01-like epitope) 提交 2024-07-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–259（259 aa）链 B 1–259（259 aa）链 C 1–259（259 aa）链 a 260–424（165 aa）链 b 260–424（165 aa）链 c 260–424（165 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 25	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.74 Å
9CK7 Lineage IV Lassa virus glycoprotein (Josiah) in complex with polyclonal antibody (GPC-A epitope) from rabbit 187 提交 2024-07-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–259（259 aa）链 B 1–259（259 aa）链 C 1–259（259 aa）链 a 260–424（165 aa）链 b 260–424（165 aa）链 c 260–424（165 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.45 Å
9CK8 Lineage IV Lassa virus glycoprotein (Josiah) in complex with polyclonal antibody (GPC-A epitope) from rabbit 189 提交 2024-07-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–259（259 aa）链 B 1–259（259 aa）链 C 1–259（259 aa）链 a 260–424（165 aa）链 b 260–424（165 aa）链 c 260–424（165 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 17	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.04 Å
9MHE Native tagless Lassa virus spike complex bound to ARN-75039 at pH 8.0 提交 2024-12-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric	链 A 1–259（259 aa）链 B 1–259（259 aa）链 C 1–259（259 aa）链 a 260–491（232 aa）链 b 260–491（232 aa）链 c 260–491（232 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 UNX UNKNOWN LIGAND × 2 A1BK9 (4S)-3-(4-tert-butoxyphenyl)-7-methyl-6-{4-[(propan-2-yl)oxy]phenyl}imidazo[1,2-a]pyridine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.01 Å
9MIV Native tagless Lassa virus spike complex pH 6.0 提交 2024-12-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric	链 A 1–259（259 aa）链 B 1–259（259 aa）链 C 1–259（259 aa）链 a 260–491（232 aa）链 b 260–491（232 aa）链 c 260–491（232 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 UNX UNKNOWN LIGAND × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.02 Å
9MIY Focused reconstruction of the transmembrane region of the Lassa virus spike complex 提交 2024-12-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–58（58 aa）链 B 1–58（58 aa）链 C 1–58（58 aa）链 a 260–491（232 aa）链 b 260–491（232 aa）链 c 260–491（232 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.72 Å
9MJ1 Native tagless Lassa virus spike complex bound at pH 8.0 提交 2024-12-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric	链 A 1–259（259 aa）链 B 1–259（259 aa）链 C 1–259（259 aa）链 a 260–491（232 aa）链 b 260–491（232 aa）链 c 260–491（232 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 UNX UNKNOWN LIGAND × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 1.90 Å
9MJ2 Flag-tag Lassa virus spike complex at pH 6.0 提交 2024-12-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 59–259（201 aa）链 B 59–259（201 aa）链 C 59–259（201 aa）链 a 260–491（232 aa）链 b 260–491（232 aa）链 c 260–491（232 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 UNX UNKNOWN LIGAND × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.58 Å
9R8U Flag-tag LASV spike acidified to pH 5.0 and re-equilibrated to pH 8.0 提交 2025-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–259（259 aa）链 B 1–259（259 aa）链 C 1–259（259 aa）链 a 260–491（232 aa）链 b 260–491（232 aa）链 c 260–491（232 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 UNX UNKNOWN LIGAND × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å

共 26 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GLYC_LASSJ
Isoform	—
PDB实体	1, 4
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–259； UniProt 1–259 作者链 B； PDB构建体 1–259； UniProt 1–259 作者链 C； PDB构建体 1–259； UniProt 1–259 作者链 a； PDB构建体 1–164； UniProt 260–423 作者链 b； PDB构建体 1–164； UniProt 260–423 作者链 c； PDB构建体 1–164； UniProt 260–423

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7tyv
沉积日期 deposition_date	2022-02-14
结构标题 title	Structure of Lassa Virus glycoprotein (Josiah) bound to Fab 25.10C
关键词 keywords	;Surface glycoprotein, antibody Fab fragment, antibody-mediated neutralization, epitope-mapping, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex ;; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	57.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	58.35 Å
零角强度 I(0) i0	910116000.00
分子量 molecular_weight	246760.0 kDa
排除体积 excluded_volume	307530 Å³
包络体积 envelope_volume	472530 Å³
水化壳体积 shell_volume	76066 Å³
包络直径 envelope_diameter	200.5 Å
壳层 Rg shell_rg	49.74 Å
包络 Rg envelope_rg	59.83 Å
形状 Rg shape_rg	58.40 Å
总 Rg total_rg	57.86 Å
总原子数 total_atoms	17306
残基数 n_residues	2114
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	209.2 Å
Rg (实空间) rg_real	57.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.82 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.1010e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9390e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	57.14 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	909000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8073
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	46.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.436
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.501
角度范围 angular_range	— – 0.1350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	65830000.0000
实空间数据点数 n_real_points	28
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.702; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.682; Smooth: 0.704

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Glycoprotein G1
分子量 formula_weight	29098.4 kDa
突变 mutation	R207C, Residues 256-259 mutated from RRLL to RRRR
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	17306

MGQIVTFFQEVPHVIEEVMNIVLIALSVLAVLKGLYNFATCGLVGLVTFLLLCGRSCTTSLYKGVYELQTLELNMETLNMTMPLSCTKNNSHHYIMVGNETGLELTLTNTSIINHKFCNLSDAHKKNLYDHALMSIISTFHLSIPNFNQYEAMSCDFNGGKISVQYNLSHSYAGDAANHCGTVANGVLQTFMRMAWGGSYIALDSGCGNWDCIMTSYQYLIIQNTTWEDHCQFSRPSPIGYLGLLSQRTRDIYISRRRR

来源 Source

来源生物 organism	Lassa virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11622
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	25.10C Fab Heavy Chain
分子量 formula_weight	24270.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,G,H

QVQLQESGGGLVKPGGSLRLSCTASGFNFNKYNMNWVRQAPGKGLEWVSSISALSTYIYYADSLKGRFTVSRDNAKNSLFLQMNSLRDDDTAVYYCAREIRRASTWSADLWGRGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	25.10C Fab Light Chain
分子量 formula_weight	25501.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,L,K

METDTLLLWVLLLWVPGSTGDDIQMTQSPSSLSASVGDRVIITCRASQSISSSLNWYQQKPGKAPKLLIYAAVNLETGVPSRFSGSGFGTDFTLAISNVQPEDFATYYCQQSDTRTFGRGTKLDVKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Glycoprotein G2
分子量 formula_weight	19116.7 kDa
突变 mutation	E329P, M332T, G360C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a,b,c

GTFTWTLSDSEGKDTPGGYCLTRWMLIEAELKCFGNTAVAKCNEKHDEEFCDMLRLFDFNKQAIQRLKAPAQTSIQLINKAVNALINDQLIMKNHLRDIMCIPYCNYSKYWYLNHTTTGRTSLPKCWLVSNGSYLNETHFSDDIEQQADNMITEMLQKEYMERQ

来源 Source

来源生物 organism	Lassa virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11622
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	910.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

实体 7 Entity 7 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	910.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1073.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	13

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	7tyvD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7tyvD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7tyvG01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7tyvG02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7tyvH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7tyvH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	1150349

fit	/app/data/saxs_computation/ty/7tyv/7tyv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ty/7tyv/7tyv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ty/7tyv/7tyv.dat

Structure of Lassa Virus glycoprotein (Josiah) bound to Fab 25.10C

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycoprotein G1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 branched

实体 7 Entity 7 branched

实体 8 Entity 8 branched

实体 9 Entity 9 branched

实体 10 Entity 10 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)