SAXSdb — 7uai

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Meprin A subunit alpha

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 6 其他聚合物 15 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 22–600 链 C； UniProt 22–600 链 D； UniProt 22–600 链 E； UniProt 22–600	未记录	Fetuin-B × 2 （Q9UGM5） ;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 4 CA CALCIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；3 s blot, -3 force	分辨率 2.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7UAI	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7UAB Human pro-meprin alpha (zymogen state) 提交 2022-03-12	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 22–600（579 aa）链 D 22–600（579 aa）链 E 22–600（579 aa）链 H 22–600（579 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 CA CALCIUM ION × 7 ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 s blot, -3 force	分辨率 3.70 Å
7UAC Human pro-meprin alpha (zymogen state) 提交 2022-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 H 22–600（579 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 s blot, -3 force	分辨率 2.70 Å
7UAE Human meprin alpha (active state) 提交 2022-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–600（579 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 s blot, -3 force	分辨率 2.60 Å
7UAF Human meprin alpha inhibitory complex with compound 10d (N~3~,N~3~-bis[(2H-1,3-benzodioxol-5-yl)methyl]-N-hydroxy-beta-alaninamide) 提交 2022-03-12	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 22–600（579 aa）链 B 22–600（579 aa）链 C 22–600（579 aa）链 D 22–600（579 aa）	未记录	M6X N~3~,N~3~-bis[(2H-1,3-benzodioxol-5-yl)methyl]-N-hydroxy-beta-alaninamide × 4 CA CALCIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 s blot, -3 force	分辨率 2.40 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MEP1A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 9–587； UniProt 22–600 作者链 C； PDB构建体 9–587； UniProt 22–600 作者链 D； PDB构建体 9–587； UniProt 22–600 作者链 E； PDB构建体 9–587； UniProt 22–600

Fetuin-B

Homo sapiens

UniProt Q9UGM5

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 6 其他聚合物 15 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–382 链 H； UniProt 1–382	未记录	Meprin A subunit alpha × 4 （Q16819） ;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 4 CA CALCIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；3 s blot, -3 force	分辨率 2.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7UAI	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6SAZ Cleaved human fetuin-b in complex with crayfish astacin 提交 2019-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–382（382 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Crystallization assays were set up following the sitting-drop vapor diffusion method at the joint IBMB/IRB Automated Crystallography Platform of Barcelona Science Park. A Tecan robot (Tecan Trading) was used to prepare reservoir solutions, and a Cartesian Microsys 4000 XL robot (Genomic Solutions) or a Phoenix nanodrop robot (Art Robbins Instruments) dispensed nanocrystallization drops on 96x2-well Swissci Polystyrene MRC Crystallization Plates (Molecular Dimensions). Plates were stored at 4 or 20 degrees in thermostatic crystal farms (Bruker AXS). The astacin-hFB complex only crystallized after incubating the inhibitor (at 7.5 mg/mL) with six-fold molar excess of the peptidase in 10 mM Tris-HCl, 140 mM sodium chloride, pH 6.8. Crystals were obtained at 20 degrees in 200 nL:100 nL drops with protein complex solution and 20 percent (w/v) polyethylene glycol 3,350, 0.2 M sodium tartrate dibasic as reservoir solution.	分辨率 3.00 Å R-free 0.247
6SAZ Cleaved human fetuin-b in complex with crayfish astacin 提交 2019-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–382（382 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Crystallization assays were set up following the sitting-drop vapor diffusion method at the joint IBMB/IRB Automated Crystallography Platform of Barcelona Science Park. A Tecan robot (Tecan Trading) was used to prepare reservoir solutions, and a Cartesian Microsys 4000 XL robot (Genomic Solutions) or a Phoenix nanodrop robot (Art Robbins Instruments) dispensed nanocrystallization drops on 96x2-well Swissci Polystyrene MRC Crystallization Plates (Molecular Dimensions). Plates were stored at 4 or 20 degrees in thermostatic crystal farms (Bruker AXS). The astacin-hFB complex only crystallized after incubating the inhibitor (at 7.5 mg/mL) with six-fold molar excess of the peptidase in 10 mM Tris-HCl, 140 mM sodium chloride, pH 6.8. Crystals were obtained at 20 degrees in 200 nL:100 nL drops with protein complex solution and 20 percent (w/v) polyethylene glycol 3,350, 0.2 M sodium tartrate dibasic as reservoir solution.	分辨率 3.00 Å R-free 0.247

共 1 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FETUB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–382； UniProt 1–382 作者链 H； PDB构建体 1–382； UniProt 1–382

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7uai
沉积日期 deposition_date	2022-03-13
结构标题 title	Meprin alpha helix in complex with fetuin-B
关键词 keywords	Metalloprotease, complex, helical, extracellular, ONCOPROTEIN; ONCOPROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	50.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	50.34 Å
零角强度 I(0) i0	1447860000.00
分子量 molecular_weight	311730.0 kDa
排除体积 excluded_volume	386980 Å³
包络体积 envelope_volume	542750 Å³
水化壳体积 shell_volume	89231 Å³
包络直径 envelope_diameter	190.1 Å
壳层 Rg shell_rg	53.70 Å
包络 Rg envelope_rg	50.19 Å
形状 Rg shape_rg	50.36 Å
总 Rg total_rg	50.39 Å
总原子数 total_atoms	21936
残基数 n_residues	2690
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	171.9 Å
Rg (实空间) rg_real	50.68 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.44 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4480e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1330e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	50.70 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1448000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8757
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	61.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.311
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.337
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	148100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.867; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.784

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Meprin A subunit alpha
分子量 formula_weight	67285.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.24.18
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,B,C,D
原子数 atom_count	21936

WSHPQFEKVPIKYLPEENVHDADFGEQKDISEINLAAGLDLFQGDILLQKSRNGLRDPNTRWTFPIPYILADNLGLNAKGAILYAFEMFRLKSCVDFKPYEGESSYIIFQQFDGCWSEVGDQHVGQNISIGQGCAYKAIIEHEILHALGFYHEQSRTDRDDYVNIWWDQILSGYQHNFDTYDDSLITDLNTPYDYESLMHYQPFSFNKNASVPTITAKIPEFNSIIGQRLDFSAIDLERLNRMYNCTTTHTLLDHCTFEKANICGMIQGTRDDTDWAHQDSAQAGEVDHTLLGQCTGAGYFMQFSTSSGSAEEAALLESRILYPKRKQQCLQFFYKMTGSPSDRLVVWVRRDDSTGNVRKLVKVQTFQGDDDHNWKIAHVVLKEEQKFRYLFQGTKGDPQNSTGGIYLDDITLTETPCPTGVWTVRNFSQVLENTSKGDKLQSPRFYNSEGYGFGVTLYPNSRESSGYLRLAFHVCSGENDAILEWPVENRQVIITILDQEPDVRNRMSSSMVFTTSKSHTSPAINDTVIWDRPSRVGTYHTDCNCFRSIDLGWSGFISHQMLKRRSFLKNDDLIIFVDFEDITHLS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Fetuin-B
分子量 formula_weight	42926.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,H

MGLLLPLALCILVLCCGAMSPPQLALNPSALLSRGCNDSDVLAVAGFALRDINKDRKDGYVLRLNRVNDAQEYRRGGLGSLFYLTLDVLETDCHVLRKKAWQDCGMRIFFESVYGQCKAIFYMNNPSRVLYLAAYNCTLRPVSKKKIYMTCPDCPSSIPTDSSNHQVLEAATESLAKYNNENTSKQYSLFKVTRASSQWVVGPSYFVEYLIKESPCTKSQASSCSLQSSDSVPVGLCKGSLTRTHWEKFVSVTCDFFESQAPATGSENSAVNQKPTNLPKVEESQQKNTPPTDSPSKAGPRGSVQYLPDLDDKNSQEKGPQEAFPVHLDLTTNPQGETLDISFLFLEPMEEKLVVLPFPKEKARTAECPGPAQNASPLVLPPHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	627.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	732.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	115951

fit	/app/data/saxs_computation/ua/7uai/7uai.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ua/7uai/7uai.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ua/7uai/7uai.dat

Meprin alpha helix in complex with fetuin-B

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Meprin A subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Fetuin-B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)