SAXSdb — 7uml

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleoprotein

Vesicular stomatitis Indiana virus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 6 RNA 1	Matrix protein × 3 （P03519） ;RNA (5'-R(PUPUPUPUPUPUPUPUPUPUPUPUP*U)-3') ; × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NCAP_VSIVA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–422； UniProt 1–422 作者链 D； PDB构建体 1–422； UniProt 1–422 作者链 E； PDB构建体 1–422； UniProt 1–422

Matrix protein

Vesicular stomatitis Indiana virus

UniProt P03519

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 6 RNA 1	Nucleoprotein × 3 （P03521） ;RNA (5'-R(PUPUPUPUPUPUPUPUPUPUPUPUP*U)-3') ; × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MATRX_VSIVA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–229； UniProt 1–229 作者链 C； PDB构建体 1–229； UniProt 1–229 作者链 F； PDB构建体 1–229； UniProt 1–229

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7uml
沉积日期 deposition_date	2022-04-07
结构标题 title	Structure of vesicular stomatitis virus (local reconstruction, 3.5 A resolution)
关键词 keywords	;Vesicular stomatitis virus, bullet-shaped particle, Rhrabdovirus, nucleocapsid, helical reconstruction, cryo electron microscopy, nucleoprotein, matrix protein, RNA, assembly, VIRAL PROTEIN-RNA complex ;; VIRAL PROTEIN/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7uml__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7uml__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7uml__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	41.90 Å
Rg（电子密度）	42.40 Å
总 Rg	42.36 Å
原子数	13227
残基数	825
排除体积	119380 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7uml__assembly_1__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Nucleoprotein
分子量 formula_weight	47463.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,E
原子数 atom_count	13227

MSVTVKRIIDNTVIVPKLPANEDPVEYPADYFRKSKEIPLYINTTKSLSDLRGYVYQGLKSGNVSIIHVNSYLYGALKDIRGKLDKDWSSFGINIGKAGDTIGIFDLVSLKALDGVLPDGVSDASRTSADDKWLPLYLLGLYRVGRTQMPEYRKKLMDGLTNQCKMINEQFEPLVPEGRDIFDVWGNDSNYTKIVAAVDMFFHMFKKHECASFRYGTIVSRFKDCAALATFGHLCKITGMSTEDVTTWILNREVADEMVQMMLPGQEIDKADSYMPYLIDFGLSSKSPYSSVKNPAFHFWGQLTALLLRSTRARNARQPDDIEYTSLTTAGLLYAYAVGSSADLAQQFCVGDNKYTPDDSTGGLTTNAPPQGRDVVEWLGWFEDQNRKPTPDMMQYAKRAVMSLQGLREKTIGKYAKSEFDK

来源 Source

来源生物 organism	Vesicular stomatitis Indiana virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11277
宿主生物 host_organism	Mesocricetus auratus

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Matrix protein
分子量 formula_weight	26103.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,F

MSSLKKILGLKGKGKKSKKLGIAPPPYEEDTSMEYAPSAPIDKSYFGVDEMDTYDPNQLRYEKFFFTVKMTVRSNRPFRTYSDVAAAVSHWDHMYIGMAGKRPFYKILAFLGSSNLKATPAVLADQGQPEYHAHCEGRAYLPHRMGKTPPMLNVPEHFRRPFNIGLYKGTIELTMTIYDDESLEAAPMIWDHFNSSKFSDFREKALMFGLIVEKKASGAWVLDSISHFK

来源 Source

来源生物 organism	Vesicular stomatitis Indiana virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11277
宿主生物 host_organism	Mesocricetus auratus

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PUPUPUPUPUPUPUPUPUPUPUPUP*U)-3') ;
分子量 formula_weight	3935.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	R

UUUUUUUUUUUUU

来源 Source

来源生物 organism	Vesicular stomatitis Indiana virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11277
宿主生物 host_organism	Mesocricetus auratus

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	7umlA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3570 — Rhabdovirus nucleoprotein-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rhabdovirus nucleocapsid protein like domain

结构域编号 domain_id	7umlA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3610 — Rhabdovirus nucleoprotein-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nucleoprotein

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	2985175

Structure of vesicular stomatitis virus (local reconstruction, 3.5 A resolution)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Matrix protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7uml__assembly_1__model_1

7uml__assembly_1__model_1 | I(q)

7uml__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (2)

Structure of vesicular stomatitis virus (local reconstruction, 3.5 A resolution)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Matrix protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7uml__assembly_1__model_1

7uml__assembly_1__model_1 | I(q)

7uml__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (2)