7un0

Structure of MAP kinase phosphatase 5 in complex with 3,3-dimethyl-1-((9-chloro-5,6-dihydrobenzo[h]quinazolin-2-yl)thio)butan-2-one, an allosteric inhibitor

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 94.0 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dual specificity protein phosphatase 10

Homo sapiens

UniProt Q9Y6W6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 320–467 片段:UNP residues 320-467 NV3 1-[(9-chlorobenzo[h]quinazolin-2-yl)sulfanyl]-3,3-dimethylbutan-2-one × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;277 K;100 mM HEPES, pH 7.0, 200 mM ammonium acetate, 25% w/v PEG3350 分辨率 3.00 Å R-free 0.214
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 320–467 片段:UNP residues 320-467 NV3 1-[(9-chlorobenzo[h]quinazolin-2-yl)sulfanyl]-3,3-dimethylbutan-2-one × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;277 K;100 mM HEPES, pH 7.0, 200 mM ammonium acetate, 25% w/v PEG3350 分辨率 3.00 Å R-free 0.214
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 320–467 片段:UNP residues 320-467 NV3 1-[(9-chlorobenzo[h]quinazolin-2-yl)sulfanyl]-3,3-dimethylbutan-2-one × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;277 K;100 mM HEPES, pH 7.0, 200 mM ammonium acetate, 25% w/v PEG3350 分辨率 3.00 Å R-free 0.214
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 320–467 片段:UNP residues 320-467 NV3 1-[(9-chlorobenzo[h]quinazolin-2-yl)sulfanyl]-3,3-dimethylbutan-2-one × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;277 K;100 mM HEPES, pH 7.0, 200 mM ammonium acetate, 25% w/v PEG3350 分辨率 3.00 Å R-free 0.214
5 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 320–467 片段:UNP residues 320-467 NV3 1-[(9-chlorobenzo[h]quinazolin-2-yl)sulfanyl]-3,3-dimethylbutan-2-one × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;277 K;100 mM HEPES, pH 7.0, 200 mM ammonium acetate, 25% w/v PEG3350 分辨率 3.00 Å R-free 0.214
6 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 320–467 片段:UNP residues 320-467 NV3 1-[(9-chlorobenzo[h]quinazolin-2-yl)sulfanyl]-3,3-dimethylbutan-2-one × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;277 K;100 mM HEPES, pH 7.0, 200 mM ammonium acetate, 25% w/v PEG3350 分辨率 3.00 Å R-free 0.214

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 22 个其他 PDB 条目、96 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DUS10_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 5–152; UniProt 320–467 作者链 B; PDB构建体 5–152; UniProt 320–467 作者链 C; PDB构建体 5–152; UniProt 320–467 作者链 D; PDB构建体 5–152; UniProt 320–467 作者链 E; PDB构建体 5–152; UniProt 320–467 作者链 F; PDB构建体 5–152; UniProt 320–467

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7un0

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7un0
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7un0
沉积日期 deposition_date2022-04-08
结构标题 titleStructure of MAP kinase phosphatase 5 in complex with 3,3-dimethyl-1-((9-chloro-5,6-dihydrobenzo[h]quinazolin-2-yl)thio)butan-2-one, an allosteric inhibitor
关键词 keywords;phosphatase, protein-tyrosine phosphatase, ddual specificity phosphatase, phosphatase-inhibitor complex, HYDROLASE-INHIBITOR complex ;; HYDROLASE/INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.90
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.90
零角强度 I(0) i0161355000.00
分子量 molecular_weight103280.0 kDa
排除体积 excluded_volume130070 ų
包络体积 envelope_volume162800 ų
水化壳体积 shell_volume43189 ų
包络直径 envelope_diameter98.2
壳层 Rg shell_rg38.58
包络 Rg envelope_rg30.58
形状 Rg shape_rg30.91
总 Rg total_rg31.57
总原子数 total_atoms7266
残基数 n_residues880
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax94.0
Rg (实空间) rg_real31.66
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.80
I(0) (实空间) i0_real1.6140e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.4660e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.76
I(0) (倒空间) i0_reciprocal161400000.0000
解质量估计 total_estimate0.9079
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary43.2
偏度 Skewness skewness0.049
峰度 Kurtosis kurtosis-0.555
角度范围 angular_range— – 0.2500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha38700000.0000
实空间数据点数 n_real_points51
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.963; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.925

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)