SAXSdb — 7une

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

V-type proton ATPase catalytic subunit A

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric（14）与蛋白拷贝数一致	链 L； UniProt 1–617 链 M； UniProt 1–617 链 N； UniProt 1–617	未记录	V-type proton ATPase subunit D × 1 （A0A3Q1M4W9） KIAA1609 protein, isoform CRA_a × 1 （D3DUL8） V-type proton ATPase subunit E 1 × 3 （P11019） V-type proton ATPase subunit B, brain isoform × 3 （P31408） V-type proton ATPase subunit G × 3 （Q0VCV6）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.73 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7UNE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6XBW Cryo-EM structure of V-ATPase from bovine brain, state 1 提交 2020-06-07	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 A 1–617（617 aa）链 B 1–617（617 aa）链 C 1–617（617 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 9 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 OLA OLEIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å
6XBY Cryo-EM structure of V-ATPase from bovine brain, state 2 提交 2020-06-07	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 A 1–617（617 aa）链 B 1–617（617 aa）链 C 1–617（617 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 7 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.79 Å
7KHR Cryo-EM structure of bafilomycin A1-bound intact V-ATPase from bovine brain 提交 2020-10-21	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 A 1–617（617 aa）链 B 1–617（617 aa）链 C 1–617（617 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 WJP methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 8 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 OLA OLEIC ACID × 1 WEV (5R)-2,4-dideoxy-1-C-{(2S,3R,4S)-3-hydroxy-4-[(2R,3S,4E,6E,9R,10S,11R,12E,14Z)-10-hydroxy-3,15-dimethoxy-7,9,11,13-tetramethyl-16-oxo-1-oxacyclohexadeca-4,6,12,14-tetraen-2-yl]pentan-2-yl}-4-methyl-5-propan-2-yl-alpha-D-threo-pentopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.62 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VATA_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–617； UniProt 1–617 作者链 M； PDB构建体 1–617； UniProt 1–617 作者链 N； PDB构建体 1–617； UniProt 1–617

V-type proton ATPase subunit D

物种未注明

UniProt A0A3Q1M4W9

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric（14）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–247	未记录	V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 （P31404） KIAA1609 protein, isoform CRA_a × 1 （D3DUL8） V-type proton ATPase subunit E 1 × 3 （P11019） V-type proton ATPase subunit B, brain isoform × 3 （P31408） V-type proton ATPase subunit G × 3 （Q0VCV6）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.73 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7UNE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6XBW Cryo-EM structure of V-ATPase from bovine brain, state 1 提交 2020-06-07	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 H 1–247（247 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 9 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 OLA OLEIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å
6XBY Cryo-EM structure of V-ATPase from bovine brain, state 2 提交 2020-06-07	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 H 1–247（247 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 7 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.79 Å
7KHR Cryo-EM structure of bafilomycin A1-bound intact V-ATPase from bovine brain 提交 2020-10-21	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 H 1–247（247 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 WJP methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 8 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 OLA OLEIC ACID × 1 WEV (5R)-2,4-dideoxy-1-C-{(2S,3R,4S)-3-hydroxy-4-[(2R,3S,4E,6E,9R,10S,11R,12E,14Z)-10-hydroxy-3,15-dimethoxy-7,9,11,13-tetramethyl-16-oxo-1-oxacyclohexadeca-4,6,12,14-tetraen-2-yl]pentan-2-yl}-4-methyl-5-propan-2-yl-alpha-D-threo-pentopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.62 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A3Q1M4W9_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–247； UniProt 1–247

KIAA1609 protein, isoform CRA_a

Homo sapiens

UniProt D3DUL8

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric（14）与蛋白拷贝数一致	链 U； UniProt 2–456	未记录	V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 （P31404） V-type proton ATPase subunit D × 1 （A0A3Q1M4W9） V-type proton ATPase subunit E 1 × 3 （P11019） V-type proton ATPase subunit B, brain isoform × 3 （P31408） V-type proton ATPase subunit G × 3 （Q0VCV6）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.73 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7UNE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7UNF CryoEM structure of a mEAK7 bound human V-ATPase complex 提交 2022-04-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 U 1–456（456 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.08 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	D3DUL8_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 U； PDB构建体 9–463； UniProt 2–456

V-type proton ATPase subunit E 1

物种未注明

UniProt P11019

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric（14）与蛋白拷贝数一致	链 b； UniProt 1–226 链 c； UniProt 1–226 链 d； UniProt 1–226	未记录	V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 （P31404） V-type proton ATPase subunit D × 1 （A0A3Q1M4W9） KIAA1609 protein, isoform CRA_a × 1 （D3DUL8） V-type proton ATPase subunit B, brain isoform × 3 （P31408） V-type proton ATPase subunit G × 3 （Q0VCV6）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.73 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7UNE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6XBW Cryo-EM structure of V-ATPase from bovine brain, state 1 提交 2020-06-07	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 I 1–226（226 aa）链 J 1–226（226 aa）链 K 1–226（226 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 9 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 OLA OLEIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å
6XBY Cryo-EM structure of V-ATPase from bovine brain, state 2 提交 2020-06-07	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 I 1–226（226 aa）链 J 1–226（226 aa）链 K 1–226（226 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 7 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.79 Å
7KHR Cryo-EM structure of bafilomycin A1-bound intact V-ATPase from bovine brain 提交 2020-10-21	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 I 1–226（226 aa）链 J 1–226（226 aa）链 K 1–226（226 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 WJP methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 8 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 OLA OLEIC ACID × 1 WEV (5R)-2,4-dideoxy-1-C-{(2S,3R,4S)-3-hydroxy-4-[(2R,3S,4E,6E,9R,10S,11R,12E,14Z)-10-hydroxy-3,15-dimethoxy-7,9,11,13-tetramethyl-16-oxo-1-oxacyclohexadeca-4,6,12,14-tetraen-2-yl]pentan-2-yl}-4-methyl-5-propan-2-yl-alpha-D-threo-pentopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.62 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VATE1_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 b； PDB构建体 1–226； UniProt 1–226 作者链 c； PDB构建体 1–226； UniProt 1–226 作者链 d； PDB构建体 1–226； UniProt 1–226

V-type proton ATPase subunit B, brain isoform

物种未注明

UniProt P31408

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric（14）与蛋白拷贝数一致	链 O； UniProt 1–511 链 P； UniProt 1–511 链 Q； UniProt 1–511	未记录	V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 （P31404） V-type proton ATPase subunit D × 1 （A0A3Q1M4W9） KIAA1609 protein, isoform CRA_a × 1 （D3DUL8） V-type proton ATPase subunit E 1 × 3 （P11019） V-type proton ATPase subunit G × 3 （Q0VCV6）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.73 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7UNE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6XBW Cryo-EM structure of V-ATPase from bovine brain, state 1 提交 2020-06-07	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 D 1–511（511 aa）链 E 1–511（511 aa）链 F 1–511（511 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 9 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 OLA OLEIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å
6XBY Cryo-EM structure of V-ATPase from bovine brain, state 2 提交 2020-06-07	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 D 1–511（511 aa）链 E 1–511（511 aa）链 F 1–511（511 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 7 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.79 Å
7KHR Cryo-EM structure of bafilomycin A1-bound intact V-ATPase from bovine brain 提交 2020-10-21	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 D 1–511（511 aa）链 E 1–511（511 aa）链 F 1–511（511 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 WJP methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 8 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 OLA OLEIC ACID × 1 WEV (5R)-2,4-dideoxy-1-C-{(2S,3R,4S)-3-hydroxy-4-[(2R,3S,4E,6E,9R,10S,11R,12E,14Z)-10-hydroxy-3,15-dimethoxy-7,9,11,13-tetramethyl-16-oxo-1-oxacyclohexadeca-4,6,12,14-tetraen-2-yl]pentan-2-yl}-4-methyl-5-propan-2-yl-alpha-D-threo-pentopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.62 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VATB2_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 O； PDB构建体 1–511； UniProt 1–511 作者链 P； PDB构建体 1–511； UniProt 1–511 作者链 Q； PDB构建体 1–511； UniProt 1–511

V-type proton ATPase subunit G

物种未注明

UniProt Q0VCV6

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric（14）与蛋白拷贝数一致	链 e； UniProt 1–118 链 f； UniProt 1–118 链 g； UniProt 1–118	未记录	V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 （P31404） V-type proton ATPase subunit D × 1 （A0A3Q1M4W9） KIAA1609 protein, isoform CRA_a × 1 （D3DUL8） V-type proton ATPase subunit E 1 × 3 （P11019） V-type proton ATPase subunit B, brain isoform × 3 （P31408）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.73 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7UNE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6XBW Cryo-EM structure of V-ATPase from bovine brain, state 1 提交 2020-06-07	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 M 1–118（118 aa）链 N 1–118（118 aa）链 O 1–118（118 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 9 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 OLA OLEIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å
6XBY Cryo-EM structure of V-ATPase from bovine brain, state 2 提交 2020-06-07	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 M 1–118（118 aa）链 N 1–118（118 aa）链 O 1–118（118 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 7 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.79 Å
7KHR Cryo-EM structure of bafilomycin A1-bound intact V-ATPase from bovine brain 提交 2020-10-21	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 M 1–118（118 aa）链 N 1–118（118 aa）链 O 1–118（118 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 WJP methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 8 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 OLA OLEIC ACID × 1 WEV (5R)-2,4-dideoxy-1-C-{(2S,3R,4S)-3-hydroxy-4-[(2R,3S,4E,6E,9R,10S,11R,12E,14Z)-10-hydroxy-3,15-dimethoxy-7,9,11,13-tetramethyl-16-oxo-1-oxacyclohexadeca-4,6,12,14-tetraen-2-yl]pentan-2-yl}-4-methyl-5-propan-2-yl-alpha-D-threo-pentopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.62 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q0VCV6_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 e； PDB构建体 1–118； UniProt 1–118 作者链 f； PDB构建体 1–118； UniProt 1–118 作者链 g； PDB构建体 1–118； UniProt 1–118

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7une
沉积日期 deposition_date	2022-04-10
结构标题 title	The V1 region of bovine V-ATPase in complex with human mEAK7 (focused refinement)
关键词 keywords	proton transport, mTOR signaling; PROTON TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	54.68 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	54.15 Å
零角强度 I(0) i0	3769140000.00
分子量 molecular_weight	515390.0 kDa
排除体积 excluded_volume	645420 Å³
包络体积 envelope_volume	931410 Å³
水化壳体积 shell_volume	136890 Å³
包络直径 envelope_diameter	202.2 Å
壳层 Rg shell_rg	61.51 Å
包络 Rg envelope_rg	54.53 Å
形状 Rg shape_rg	54.15 Å
总 Rg total_rg	54.36 Å
总原子数 total_atoms	36209
残基数 n_residues	4663
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	185.8 Å
Rg (实空间) rg_real	54.59 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.69 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7690e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.6450e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	54.74 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3770000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8490
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	64.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.388
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.005
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	677400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.750; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.969; Smooth: 0.815

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	V-type proton ATPase catalytic subunit A
分子量 formula_weight	68420.9 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.2.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,M,N
原子数 atom_count	36209

MDFSKLPKIRDEDKESTFGYVHGVSGPVVTACDMAGAAMYELVRVGHSELVGEIIRLEGDMATIQVYEETSGVSVGDPVLRTGKPLSVELGPGIMGAIFDGIQRPLSDISSQTQSIYIPRGVNVSALSRDVKWDFTPCKNLRVGSHITGGDIYGIVNENSLIKHKIMLPPRNRGTVTYIAPPGNYDTSDVVLELEFEGIKEKFSMVQVWPVRQVRPVTEKLPANHPLLTGQRVLDALFPCVQGGTTAIPGAFGCGKTVISQSLSKYSNSDVIIYVGCGERGNEMSEVLRDFPELTMEVDGKVESIMKRTALVANTSNMPVAAREASIYTGITLSEYFRDMGYHVSMMADSTSRWAEALREISGRLAEMPADSGYPAYLGARLASFYERAGRVKCLGNPEREGSVSIVGAVSPPGGDFSDPVTSATLGIVQVFWGLDKKLAQRKHFPSVNWLISYSKYMRALDEYYDKHFTEFVPLRTKAKEILQEEEDLAEIVQLVGKASLAETDKITLEVAKLIKDDFLQQNGYTPYDRFCPFYKTVGMLSNMIAFYDMARRAVETTAQSDNKITWSIIREHMGEILYKLSSMKFKDPVKDGEAKIKADYAQLLEDMQNAFRSLED

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit D
分子量 formula_weight	28297.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MSGKDRIEIFPSRMAQTIMKARLKGAQTGRNLLKKKSDALTLRFRQILKKIIETKMLMGEVMREAAFSLAEAKFTAGDFSTTVIQNVNKAQVKIRAKKDNVAGVTLPVFEHYHEGTDSYELTGLARGGEQLAKLKRNYAKAVELLVELASLQTSFVTLDEAIKITNRRVNAIEHVIIPRIERTLAYIITELDEREREEFYRLKKIQEKKKILKEKSDKDLEQRRAAGEVIEPANLLAEEKDEDLLFE

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	KIAA1609 protein, isoform CRA_a
分子量 formula_weight	51982.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U

MGHHHHHHGNSRSRVGRSFCSQFLPEEQAEIDQLFDALSSDKNSPNVSSKSFSLKALQNHVGEALPPEMVTRLYDGMRRVDLTGKAKGPSENVSQEQFTASMSHLLKGNSEEKSLMIMKMISATEGPVKAREVQKFTEDLVGSVVHVLSHRQELRGWTGKEAPGPNPRVQVLAAQLLSDMKLQDGKRLLGPQWLDYDCDRAVIEDWVFRVPHVAIFLSVVICKGFLVLCSSLDLTTLVPERQVDQGRGFESILDVLSVMYINAQLPREQRHRWRLLFSSELHGHSFSQLCGHITHRGPCVAVLEDHDKHVFGGFASCSWEVKPQFQGDNRCFLFSICPSMAVYTHTGYNDHYMYLNHGQQTIPNGLGMGGQHNYFGLWVDVDFGKGHSRAKPTCTTYNSPQLSAQENFQFDKMEVWAVGDPSEEQLAKGNKSILDADPEAQALLEISGHSRHSEGLREVPDDE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit E 1
分子量 formula_weight	26178.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	d,b,c

MALSDADVQKQIKHMMAFIEQEANEKAEEIDAKAEEEFNIEKGRLVQTQRLKIMEYYEKKEKQIEQQKKIQMSNLMNQARLKVLRARDDLITDLLNEAKQRLSKVVKDTTRYQVLLDGLVLQGLYQLLEPRMIVRCRKQDFPLVKAAVQKAIPVYKVATKRDVDVQIDQEAYLPEEIAGGVEIYNGDRKIKVSNTLESRLDLIAQQMMPEVRGALFGANANRKFLD

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit B, brain isoform
分子量 formula_weight	56637.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q,O,P

MALRAMRGIVNGAAPELPVPTSGPLAGSREQALAVSRNYLSQPRLTYKTVSGVNGPLVILDHVKFPRYAEIVHLTLPDGTKRSGQVLEVSGSKAVVQVFEGTSGIDAKKTSCEFTGDILRTPVSEDMLGRVFNGSGKPIDRGPVVLAEDFLDIMGQPINPQCRIYPEEMIQTGISAIDGMNSIARGQKIPIFSAAGLPHNEIAAQICRQAGLVKKSKDVVDYSEENFAIVFAAMGVNMETARFFKSDFEENGSMDNVCLFLNLANDPTIERIITPRLALTTAEFLAYQCEKHVLVILTDMSSYAEALREVSAAREEVPGRRGFPGYMYTDLATIYERAGRVEGRNGSITQIPILTMPNDDITHPIPDLTGYITEGQIYVDRQLHNRQIYPPINVLPSLSRLMKSAIGEGMTRKDHADVSNQLYACYAIGKDVQAMKAVVGEEALTSDDLLYLEFLQKFERNFIAQGPYENRTVYETLDIGWQLLRIFPKEMLKRIPQSTLSEFYPRDSAKH

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit G
分子量 formula_weight	13588.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	g,e,f

MASQSQGIQQLLQAEKRAAEKVADARKRKARRLKQAKEEAQMEVDQYRREREQEFQSKQQAAMGSQGNLSAEVEQATRRQVQGMQSSQQRNRERVLAQLLGMVCDVRPQVHPNYRIAA

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8. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.73 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	13841

fit	/app/data/saxs_computation/un/7une/7une.fit
pddf	/app/data/pr_computation/un/7une/7une.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/un/7une/7une.dat

The V1 region of bovine V-ATPase in complex with human mEAK7 (focused refinement)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

V-type proton ATPase catalytic subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

V-type proton ATPase subunit D

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

KIAA1609 protein, isoform CRA_a

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

V-type proton ATPase subunit E 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

V-type proton ATPase subunit B, brain isoform

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

V-type proton ATPase subunit G

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)