SAXSdb — 7uva

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lysine-specific demethylase 2A

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Histone H3.2 × 1 （Q71DI3） FE (III) ION × 1 N-heptanoyl-N-hydroxy-beta-alanine × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Histone H3.2 × 1 （Q71DI3） FE (III) ION × 1 N-heptanoyl-N-hydroxy-beta-alanine × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KDM2A_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–330； UniProt 36–364 作者链 D； PDB构建体 2–330； UniProt 36–364 作者链 B； PDB构建体 2–69； UniProt 450–517 作者链 E； PDB构建体 2–69； UniProt 450–517

Histone H3.2

物种未注明

UniProt Q71DI3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Lysine-specific demethylase 2A × 1 （P59997） Lysine-specific demethylase 2A × 1 （P59997） FE (III) ION × 1 N-heptanoyl-N-hydroxy-beta-alanine × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Lysine-specific demethylase 2A × 1 （P59997） Lysine-specific demethylase 2A × 1 （P59997） FE (III) ION × 1 N-heptanoyl-N-hydroxy-beta-alanine × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H32_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–13； UniProt 30–42 作者链 F； PDB构建体 1–13； UniProt 30–42

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7uva
沉积日期 deposition_date	2022-04-29
结构标题 title	Crystal structure of KDM2A histone demethylase catalytic domain in complex with an H3C36 peptide modified by UNC8015
关键词 keywords	demethylase, histone, inhibitor, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7uva__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7uva__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7uva__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.60 Å
Rg（电子密度）	21.34 Å
总 Rg	22.34 Å
原子数	3353
残基数	408
排除体积	59841 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7uva__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`7uva__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Lysine-specific demethylase 2A
分子量 formula_weight	39162.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.11.27
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	7117

MRTFDLEEKLQTNKYNANFVTFMEGKDFNVEYIQRGGLRDPLIFKNSDGLGIKMPDPDFTVNDVKMCVGSRRMVDVMDVNTQKGIEMTMAQWTRYYETPEEEREKLYNVISLEFSHTRLENMVQRPSTVDFIDWVDNMWPRHLKESQTESTNAILEMQYPKVQKYCLMSVRGCYTDFHVDFGGTSVWYHIHQGGKVFWLIPPTAHNLELYENWLLSGKQGDIFLGDRVSDCQRIELKQGYTFVIPSGWIHAVYTPTDTLVFGGNFLHSFNIPMQLKIYSIEDRTRVPNKFRYPFYYEMCWYVLERYVYCITNRSHLTKDFQKESLSMDME

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Lysine-specific demethylase 2A
分子量 formula_weight	7666.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.11.27
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

MQVHLTHFELEGLRCLVDKLESLPLHKKCVPTGIEDEDALIADVKILLEELASSDPKLALTGVPIVQWP

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Histone H3.2
分子量 formula_weight	1359.6 kDa
突变 mutation	K36C
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

APATGGVCKPHRY

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	N-heptanoyl-N-hydroxy-beta-alanine
分子量 formula_weight	217.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	429

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	7uvaA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	650 — Cupin

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晶胞边长 a length_a	54.903 Å
晶胞边长 b length_b	87.054 Å
晶胞边长 c length_c	176.177 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.980 Å
最低分辨率 resolution_low	88.090 Å
R 因子 r_factor	0.1855
R_work r_work	0.1829
R_free r_free	0.2370

Crystal structure of KDM2A histone demethylase catalytic domain in complex with an H3C36 peptide modified by UNC8015

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lysine-specific demethylase 2A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Histone H3.2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7uva__assembly_1__model_1

7uva__assembly_1__model_1 | I(q)

7uva__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of KDM2A histone demethylase catalytic domain in complex with an H3C36 peptide modified by UNC8015

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lysine-specific demethylase 2A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H3.2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7uva__assembly_1__model_1

7uva__assembly_1__model_1 | I(q)

7uva__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)