SAXSdb — 7uzs

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein 4.2

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 X； UniProt 1–691	未记录	无其他共同聚合物	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4；Final gel filtration buffer contained 0.05% w/v digitonin, 130 mM KCl, 20 mM HEPES, pH 7.4, 1 mM ATP, 1 mM MgCl2, 1 mM PMSF. Peak fractions were concentrated to 8 mg/mL and 0.01% ( w/v glycyrrhizic acid was added immediately prior to vitrification. cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；4-6 seconds, wait time 30 seconds	分辨率 2.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7UZS	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7TVZ Cryo-EM structure of human band 3-protein 4.2 complex in diagonal conformation 提交 2022-02-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 1–691（691 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 5 CLR CHOLESTEROL × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
7TW0 Cryo-EM structure of human band 3-protein 4.2 complex in vertical conformation 提交 2022-02-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 1–691（691 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
7TW1 Cryo-EM structure of human band 3-protein 4.2 complex (B2P2vertical) 提交 2022-02-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–691（691 aa）链 F 1–691（691 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
7TW3 Cryo-EM structure of human ankyrin complex (B2P1A1) from red blood cell 提交 2022-02-06	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–691（691 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å
7TW5 Cryo-EM structure of human ankyrin complex (B2P1A2) from red blood cell 提交 2022-02-06	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 E 1–691（691 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.70 Å
7TW6 Cryo-EM structure of human ankyrin complex (B4P1A1) from red blood cell 提交 2022-02-06	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 1–691（691 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.60 Å
7V0K Consensus refinement of human erythrocyte ankyrin-1 complex (Composite map) 提交 2022-05-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 X 1–691（691 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 6 AJP Digitonin × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 PLC DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE × 2 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Final gel filtration buffer contained 0.05% w/v digitonin, 130 mM KCl, 20 mM HEPES, pH 7.4, 1 mM ATP, 1 mM MgCl2, 1 mM PMSF. Peak fractions were concentrated to 8 mg/mL, and 0.01% w/v glycyrrhizic acid was added immediately prior to vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；4-6 seconds, wait time 30 seconds	分辨率 2.40 Å
7V0Q Local refinement of protein 4.2, class 1 of erythrocyte ankyrin-1 complex 提交 2022-05-10	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 1–691（691 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Final gel filtration buffer contained 0.05% w/v digitonin, 130 mM KCl, 20 mM HEPES, pH 7.4, 1 mM ATP, 1 mM MgCl2, 1 mM PMSF. Peak fractions were concentrated to 8 mg/mL, and 0.01% w/v glycyrrhizic acid was added immediately prior to vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；4-6 seconds, wait time 30 seconds.	分辨率 2.50 Å
8CS9 Composite reconstruction of Class 1 of the erythrocyte ankyrin-1 complex 提交 2022-05-12	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 X 1–691（691 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 8 AJP Digitonin × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Final gel filtration buffer contained 0.05% w/v digitonin, 130 mM KCl, 20 mM HEPES, pH 7.4, 1 mM ATP, 1 mM MgCl2, 1 mM PMSF. Peak fractions were concentrated to 8 mg/mL, and 0.01% w/v glycyrrhizic acid was added immediately prior to vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；4-6 seconds, wait time 30 seconds	分辨率 2.74 Å
8CSL Sub-tomogram averaging of erythrocyte ankyrin-1 complex 提交 2022-05-12	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：nonadecameric	链 X 1–691（691 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；130 mM KCl, 10 mM HEPES, pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 25.00 Å
8CSW Local refinement of protein 4.2 in Class 2 of erythrocyte ankyrin-1 complex 提交 2022-05-13	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 1–691（691 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Final gel filtration buffer contained 0.05% w/v digitonin, 130 mM KCl, 20 mM HEPES, pH 7.4, 1 mM ATP, 1 mM MgCl2, 1 mM PMSF. Peak fractions were concentrated to 8 mg/mL, and 0.01% w/v glycyrrhizic acid was added immediately prior to vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；4-6 seconds, wait time 30 seconds	分辨率 2.50 Å
8CTE Class 2 of erythrocyte ankyrin-1 complex (Composite map) 提交 2022-05-14	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 X 1–691（691 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 10 AJP Digitonin × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Final gel filtration buffer contained 0.05% w/v digitonin, 130 mM KCl, 20 mM HEPES, pH 7.4, 1 mM ATP, 1 mM MgCl2, 1 mM PMSF. Peak fractions were concentrated to 8 mg/mL, and 0.01% w/v glycyrrhizic acid was added immediately prior to vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；4-6 seconds, wait time 30 seconds	分辨率 2.90 Å

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EPB42_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 X； PDB构建体 1–691； UniProt 1–691

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7uzs
沉积日期 deposition_date	2022-05-09
结构标题 title	Protein 4.2 (local refinement from consensus reconstruction of ankyrin complex classes)
关键词 keywords	Membrane Protein, Anion Exchange, Erythrocyte, Glycoprotein, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.01 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.87 Å
零角强度 I(0) i0	85846200.00
分子量 molecular_weight	73475.0 kDa
排除体积 excluded_volume	92235 Å³
包络体积 envelope_volume	114190 Å³
水化壳体积 shell_volume	33549 Å³
包络直径 envelope_diameter	116.4 Å
壳层 Rg shell_rg	35.14 Å
包络 Rg envelope_rg	30.35 Å
形状 Rg shape_rg	29.85 Å
总 Rg total_rg	30.42 Å
总原子数 total_atoms	10357
残基数 n_residues	658
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	109.5 Å
Rg (实空间) rg_real	30.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.15 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.5850e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4210e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.11 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	85840000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8333
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.589
峰度 Kurtosis kurtosis	0.155
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	24820000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.668; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.848; Smooth: 0.975

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	7uzsX01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7uzsX02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	260 — Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transglutaminase-like

结构域编号 domain_id	7uzsX03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7uzsX04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	710437

描述 description	Protein 4.2
分子量 formula_weight	77096.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X
原子数 atom_count	10550

Protein 4.2 (local refinement from consensus reconstruction of ankyrin complex classes)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein 4.2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	193

fit	/app/data/saxs_computation/uz/7uzs/7uzs.fit
pddf	/app/data/pr_computation/uz/7uzs/7uzs.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/uz/7uzs/7uzs.dat