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7v1n

Structure of the Clade 2 C. difficile TcdB in complex with its receptor TFPI

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 214.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Toxin B

Clostridioides difficile

UniProt Q9EXR0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–2367 未记录 Isoform Beta of Tissue factor pathway inhibitor × 1 （P10646） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TCDB2_CLODI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–2367； UniProt 1–2367

Isoform Beta of Tissue factor pathway inhibitor

Homo sapiens

UniProt P10646

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 K； UniProt 1–251 未记录 Toxin B × 1 （Q9EXR0） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7V1N Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1ADZ THE SOLUTION STRUCTURE OF THE SECOND KUNITZ DOMAIN OF TISSUE FACTOR PATHWAY INHIBITOR, NMR, 30 STRUCTURES 提交 1997-02-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 107–182（76 aa） 片段：FACTOR XA-BINDING DOMAIN (DOMAIN II)
突变：N-TERMINAL INS(DYKDDDDKL) 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4.5；310 K；压力 1
分辨率未提供
1IRH The Solution Structure of The Third Kunitz Domain of Tissue Factor Pathway Inhibitor 提交 2001-10-02 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 210–270（61 aa） 片段：the third kunitz domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient
NMR样品组成 1mM the third kunitz domain of tissue factor pathway inhibitor U-15N; 20mM Na-phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1mM the third kunitz domain of tissue factor pathway inhibitor U-15N, 13C; 20mM Na-phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
1TFX COMPLEX OF THE SECOND KUNITZ DOMAIN OF TISSUE FACTOR PATHWAY INHIBITOR WITH PORCINE TRYPSIN 提交 1997-01-21 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 121–178（58 aa） 片段：FACTOR XA-BINDING DOMAIN, DOMAIN II
未记录 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0
分辨率 2.60 Å
1TFX COMPLEX OF THE SECOND KUNITZ DOMAIN OF TISSUE FACTOR PATHWAY INHIBITOR WITH PORCINE TRYPSIN 提交 1997-01-21 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 121–178（58 aa） 片段：FACTOR XA-BINDING DOMAIN, DOMAIN II
未记录 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0
分辨率 2.60 Å
4DTG Hemostatic effect of a monoclonal antibody mAb 2021 blocking the interaction between FXa and TFPI in a rabbit hemophilia model 提交 2012-02-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 K 119–178（60 aa） 片段：Kunitz-type protease inhibitor domain 2 (UNP residues 119-178)
未记录 GOL GLYCEROL × 10 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；295 K；0.05 M CALCIUM CHLORIDE, 0.1 M MES, pH 6.0, 45% V/V PEG 200, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 1.80 Å R-free 0.236
5NMV Crystal structure of 2F22 Fab fragment against TFPI1 提交 2017-04-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 K 29–107（79 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20 % PEG 3350 200 mM Potassium formate
分辨率 1.65 Å R-free 0.202
6BX8 Human Mesotrypsin (PRSS3) Complexed with Tissue Factor Pathway Inhibitor Variant (TFPI1-KD1-K15R-I17C-I34C) 提交 2017-12-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 50–107（58 aa）
突变：K64R, M66C, I83C SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；0.2M Lithium Sulfate, 0.1M BIS-Tris-HCl pH 4.6, 25% v/v PEG 3350 (Anatrace Top96-27)
分辨率 1.98 Å R-free 0.221
6BX8 Human Mesotrypsin (PRSS3) Complexed with Tissue Factor Pathway Inhibitor Variant (TFPI1-KD1-K15R-I17C-I34C) 提交 2017-12-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 50–107（58 aa）
突变：K64R, M66C, I83C SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；0.2M Lithium Sulfate, 0.1M BIS-Tris-HCl pH 4.6, 25% v/v PEG 3350 (Anatrace Top96-27)
分辨率 1.98 Å R-free 0.221
6BX8 Human Mesotrypsin (PRSS3) Complexed with Tissue Factor Pathway Inhibitor Variant (TFPI1-KD1-K15R-I17C-I34C) 提交 2017-12-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 50–107（58 aa）
突变：K64R, M66C, I83C SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；0.2M Lithium Sulfate, 0.1M BIS-Tris-HCl pH 4.6, 25% v/v PEG 3350 (Anatrace Top96-27)
分辨率 1.98 Å R-free 0.221
6BX8 Human Mesotrypsin (PRSS3) Complexed with Tissue Factor Pathway Inhibitor Variant (TFPI1-KD1-K15R-I17C-I34C) 提交 2017-12-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 50–107（58 aa）
突变：K64R, M66C, I83C SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；0.2M Lithium Sulfate, 0.1M BIS-Tris-HCl pH 4.6, 25% v/v PEG 3350 (Anatrace Top96-27)
分辨率 1.98 Å R-free 0.221
9P0X Nanodisc-embedded human TF/FVIIa/XK1 in complex with 10H10 Fab (nanodisc-subtracted) 提交 2025-06-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 K 40–107（68 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 CA CALCIUM ION × 12 BGC beta-D-glucopyranose × 1 FUC alpha-L-fucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å

共 7 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TFPI1_HUMAN
Isoform P10646-2
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 K； PDB构建体 1–251； UniProt 1–251

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7v1n

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7v1n
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7v1n
沉积日期 deposition_date2021-08-05
结构标题 titleStructure of the Clade 2 C. difficile TcdB in complex with its receptor TFPI
关键词 keywordsTcdB4, TFPI, receptor, complex, TOXIN; TOXIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier62.32 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron63.48 Å
零角强度 I(0) i01038420000.00
分子量 molecular_weight271040.0 kDa
排除体积 excluded_volume339570 ų
包络体积 envelope_volume561390 ų
水化壳体积 shell_volume82424 ų
包络直径 envelope_diameter244.7 Å
壳层 Rg shell_rg53.42 Å
包络 Rg envelope_rg64.95 Å
形状 Rg shape_rg63.58 Å
总 Rg total_rg62.81 Å
总原子数 total_atoms19150
残基数 n_residues2403
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax214.8 Å
Rg (实空间) rg_real63.15 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.25 Å
I(0) (实空间) i0_real1.0370e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.4550e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal61.36 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1035000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8139
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary60.1 Å
偏度 Skewness skewness0.679
峰度 Kurtosis kurtosis0.019
角度范围 angular_range— – 0.1250 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0056
最高正则化参数 α highest_alpha51460000.0000
实空间数据点数 n_real_points26
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.736; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.945; Smooth: 0.424
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id7v1nA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily11050 — MARTX cysteine protease (CPD) domain
结构域编号 domain_id7v1nA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology270 — left handed beta-beta-3-solenoid
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cholin Binding
结构域编号 domain_id7v1nA03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology270 — left handed beta-beta-3-solenoid
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cholin Binding
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)