SAXSdb — 7v5k

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spike glycoprotein

Human betacoronavirus 2c EMC/2012

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 18–1206 链 B； UniProt 18–1206 链 C； UniProt 18–1206	未记录	0722 L × 3 0722 H × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7V5K	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4KQZ structure of the receptor binding domain (RBD) of MERS-CoV spike 提交 2013-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 367–606（240 aa）片段：UNP RESIDUES 367-606	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；0.1M ammonium tartrate dibasic pH7.0, 12% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.51 Å R-free 0.251
4KQZ structure of the receptor binding domain (RBD) of MERS-CoV spike 提交 2013-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 367–606（240 aa）片段：UNP RESIDUES 367-606	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；0.1M ammonium tartrate dibasic pH7.0, 12% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.51 Å R-free 0.251
4KR0 Complex structure of MERS-CoV spike RBD bound to CD26 提交 2013-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 367–606（240 aa）片段：UNP RESIDUES 367-606	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；291 K；6% v/v 2-propanol, 0.1M sodium acetate pH4.5, 26% PEG 550, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.70 Å R-free 0.232
4MOD Structure of the MERS-CoV fusion core 提交 2013-09-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 992–1054（63 aa）链 A 1252–1286（35 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1M BIS-TRIS, 25%(w/v) Polyethylene glycol 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 1.90 Å R-free 0.213
4MOD Structure of the MERS-CoV fusion core 提交 2013-09-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 992–1054（63 aa）链 B 1252–1286（35 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1M BIS-TRIS, 25%(w/v) Polyethylene glycol 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 1.90 Å R-free 0.213
6Q04 MERS-CoV S structure in complex with 5-N-acetyl neuraminic acid 提交 2019-08-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 19–1294（1276 aa）链 B 19–1294（1276 aa）链 C 19–1294（1276 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 FOL FOLIC ACID × 3 SIA N-acetyl-alpha-neuraminic acid × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.50 Å
6Q05 MERS-CoV S structure in complex with sialyl-lewisX 提交 2019-08-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 19–1294（1276 aa）链 B 19–1294（1276 aa）链 C 19–1294（1276 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 FOL FOLIC ACID × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
6Q06 MERS-CoV S structure in complex with 2,3-sialyl-N-acetyl-lactosamine 提交 2019-08-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 19–1294（1276 aa）链 B 19–1294（1276 aa）链 C 19–1294（1276 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 FOL FOLIC ACID × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
6Q07 MERS-CoV S structure in complex with 2,6-sialyl-N-acetyl-lactosamine 提交 2019-08-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 19–1294（1276 aa）链 B 19–1294（1276 aa）链 C 19–1294（1276 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 FOL FOLIC ACID × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
7V3L MERS S ectodomain trimer in complex with neutralizing antibody 6516 提交 2021-08-10	构建体不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–1290（1290 aa）链 B 1–1290（1290 aa）链 C 1–1290（1290 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.47 Å
7V5J MERS S ectodomain trimer in complex with neutralizing antibody 0722(state 2) 提交 2021-08-17	当前字段一致	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 18–1206（1189 aa）链 B 18–1206（1189 aa）链 C 18–1206（1189 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
7V6N MERS S ectodomain trimer in complex with neutralizing antibody 111 state1 提交 2021-08-20	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 18–1206（1189 aa）链 B 18–1206（1189 aa）链 C 18–1206（1189 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.99 Å
7V6O MERS S ectodomain trimer in complex with neutralizing antibody 111 (state 2) 提交 2021-08-20	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 18–1206（1189 aa）链 B 18–1206（1189 aa）链 C 18–1206（1189 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.56 Å
7X25 MERS-CoV spike complex with S41 neutralizing antibody Fab Class4 (2u1d RBD with 3Fab) 提交 2022-02-25	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 G 1–1290（1290 aa）链 I 1–1290（1290 aa）链 J 1–1290（1290 aa）	突变：V1060P, L1061P 突变：V1060P, L1061P 突变：V1060P, L1061P	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.49 Å
7X28 MERS-CoV spike complex with S41 neutralizing antibody Fab Class3 (2u1d RBD with 2Fab) 提交 2022-02-25	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 F 1–1290（1290 aa）链 G 1–1290（1290 aa）链 I 1–1290（1290 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.49 Å
7X29 MERS-CoV spike complex with S41 neutralizing antibody Fab Class2 (1u2d RBD with 2Fab) 提交 2022-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 1–1290（1290 aa）链 B 1–1290（1290 aa）链 C 1–1290（1290 aa）	突变：V1060P, l1061P 突变：V1060P, l1061P 突变：V1060P, l1061P	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.49 Å
7X2A MERS-CoV spike complex with S41 neutralizing antibody Fab Class1 (1u2d RBD with 1Fab) 提交 2022-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–1290（1290 aa）链 B 1–1290（1290 aa）链 C 1–1290（1290 aa）	突变：V1060P, l1061P 突变：V1060P, l1061P 突变：V1060P, l1061P	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.49 Å
7YMT Cryo-EM structure of MERS-CoV spike protein, Two RBD-up conformation 2 提交 2022-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 17–1291（1275 aa）链 B 17–1291（1275 aa）链 C 17–1291（1275 aa）	突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P 突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P 突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 17	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: -1; waiting time: 30s.	分辨率 6.55 Å
7YMV Cryo-EM structure of MERS-CoV spike protein, Two RBD-up conformation 1 提交 2022-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 17–1291（1275 aa）链 B 17–1291（1275 aa）链 C 17–1291（1275 aa）	突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P 突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P 突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: -1; waiting time: 30s.	分辨率 6.74 Å
7YMW Cryo-EM structure of MERS-CoV spike protein, One RBD-up conformation 4 提交 2022-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 17–1291（1275 aa）链 B 17–1291（1275 aa）链 C 17–1291（1275 aa）	突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P 突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P 突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: -1; waiting time: 30s.	分辨率 6.05 Å
7YMX Cryo-EM structure of MERS-CoV spike protein, One RBD-up conformation 2 提交 2022-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 17–1291（1275 aa）链 B 17–1291（1275 aa）链 C 17–1291（1275 aa）	突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P 突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P 突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: -1; waiting time: 30s.	分辨率 4.44 Å
7YMY Cryo-EM structure of MERS-CoV spike protein, One RBD-up conformation 1 提交 2022-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 17–1291（1275 aa）链 B 17–1291（1275 aa）链 C 17–1291（1275 aa）	突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P 突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P 突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 19	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: -1; waiting time: 30s.	分辨率 4.96 Å
7YMZ Cryo-EM structure of MERS-CoV spike protein, intermediate conformation 提交 2022-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 17–1291（1275 aa）链 B 17–1291（1275 aa）链 C 17–1291（1275 aa）	突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P 突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P 突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: -1; waiting time: 30s.	分辨率 4.39 Å
7YN0 Cryo-EM structure of MERS-CoV spike protein, all RBD-down conformation 提交 2022-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 17–1291（1275 aa）链 B 17–1291（1275 aa）链 C 17–1291（1275 aa）	突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P 突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P 突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: -1; waiting time: 30s.	分辨率 4.10 Å

共 22 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	K0BRG7_MERS
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1189； UniProt 18–1206 作者链 B； PDB构建体 1–1189； UniProt 18–1206 作者链 C； PDB构建体 1–1189； UniProt 18–1206

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7v5k
沉积日期 deposition_date	2021-08-17
结构标题 title	MERS S ectodomain trimer in complex with neutralizing antibody 0722 (state 1)
关键词 keywords	MERS spike antibody, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	67.76 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	67.74 Å
零角强度 I(0) i0	3768380000.00
分子量 molecular_weight	516590.0 kDa
排除体积 excluded_volume	645530 Å³
包络体积 envelope_volume	1027200 Å³
水化壳体积 shell_volume	133500 Å³
包络直径 envelope_diameter	219.0 Å
壳层 Rg shell_rg	62.95 Å
包络 Rg envelope_rg	66.48 Å
形状 Rg shape_rg	67.74 Å
总 Rg total_rg	67.65 Å
总原子数 total_atoms	36363
残基数 n_residues	4725
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	219.6 Å
Rg (实空间) rg_real	67.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.10 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7680e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.1340e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	67.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3768000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6203
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	76.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.239
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.585
角度范围 angular_range	— – 0.1150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	205100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	24
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.955; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.002; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.192

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Spike glycoprotein
分子量 formula_weight	130718.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	36369

YVDVGPDSVKSACIEVDIQQTFFDKTWPRPIDVSKADGIIYPQGRTYSNITITYQGLFPYQGDHGDMYVYSAGHATGTTPQKLFVANYSQDVKQFANGFVVRIGAAANSTGTVIISPSTSATIRKIYPAFMLGSSVGNFSDGKMGRFFNHTLVLLPDGCGTLLRAFYCILEPRSGNHCPAGNSYTSFATYHTPATDCSDGNYNRNASLNSFKEYFNLRNCTFMYTYNITEDEILEWFGITQTAQGVHLFSSRYVDLYGGNMFQFATLPVYDTIKYYSIIPHSIRSIQSDRKAWAAFYVYKLQPLTFLLDFSVDGYIRRAIDCGFNDLSQLHCSYESFDVESGVYSVSSFEAKPSGSVVEQAEGVECDFSPLLSGTPPQVYNFKRLVFTNCNYNLTKLLSLFSVNDFTCSQISPAAIASNCYSSLILDYFSYPLSMKSDLSVSSAGPISQFNYKQSFSNPTCLILATVPHNLTTITKPLKYSYINKCSRLLSDDRTEVPQLVNANQYSPCVSIVPSTVWEDGDYYRKQLSPLEGGGWLVASGSTVAMTEQLQMGFGITVQYGTDTNSVCPKLEFANDTKIASQLGNCVEYSLYGVSGRGVFQNCTAVGVRQQRFVYDAYQNLVGYYSDDGNYYCLRACVSVPVSVIYDKETKTHATLFGSVACEHISSTMSQYSRSTRSMLKRRDSTYGPLQTPVGCVLGLVNSSLFVEDCKLPLGQSLCALPDTPSTLTPRSVRSVPGEMRLASIAFNHPIQVDQLNSSYFKLSIPTNFSFGVTQEYIQTTIQKVTVDCKQYVCNGFQKCEQLLREYGQFCSKINQALHGANLRQDDSVRNLFASVKSSQSSPIIPGFGGDFNLTLLEPVSISTGSRSARSAIEDLLFDKVTIADPGYMQGYDDCMQQGPASARDLICAQYVAGYKVLPPLMDVNMEAAYTSSLLGSIAGVGWTAGLSSFAAIPFAQSIFYRLNGVGITQQVLSENQKLIANKFNQALGAMQTGFTTTNEAFQKVQDAVNNNAQALSKLASELSNTFGAISASIGDIIQRLDVLEQDAQIDRLINGRLTTLNAFVAQQLVRSESAALSAQLAKDKVNECVKAQSKRSGFCGQGTHIVSFVVNAPNGLYFMHVGYYPSNHIEVVSAYGLCDAANPTNCIAPVNGYFIKTNNTRIVDEWSYTGSSFYAPEPITSLNTKYVA

来源 Source

来源生物 organism	Human betacoronavirus 2c EMC/2012
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1235996
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	0722 L
分子量 formula_weight	23029.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,F,H

DIVMTQTPSSLSASVGDRVTITCRASEDITSYLNWYQLKPGKAPMFLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYSTPPTFGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	0722 H
分子量 formula_weight	23690.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,G,I

QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGGTFSIYAISWVRQAPGQGLEWMGGIIPIFGTANYAQQFQGRVTITADESTTTAYMELSRLTSEDTAVYYCARQMTAYDYWNPSFDYWGQGTLVTVSSAWSTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	7v5kD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7v5kD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7v5kE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7v5kE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7v5kF01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7v5kF02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7v5kG01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7v5kG02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7v5kH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7v5kH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7v5kI01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7v5kI02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	1463548

fit	/app/data/saxs_computation/v5/7v5k/7v5k.fit
pddf	/app/data/pr_computation/v5/7v5k/7v5k.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/v5/7v5k/7v5k.dat

MERS S ectodomain trimer in complex with neutralizing antibody 0722 (state 1)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spike glycoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)