SAXSdb — 7vdp

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cyclin-dependent-like kinase 5

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–292	未记录	Cyclin-dependent kinase 5 activator 1, p25 × 1 （Q15078） 65L [1-[3-fluoranyl-4-[(2-piperidin-4-yloxy-1,6-naphthyridin-7-yl)amino]phenyl]pyrazol-3-yl]methanol × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 CL CHLORIDE ION × 7 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；0.1M MES pH 5.5, 0.3M MgCl2, 20% PEG3350	分辨率 2.09 Å R-free 0.229
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 2–292	未记录	Cyclin-dependent kinase 5 activator 1, p25 × 1 （Q15078） 65L [1-[3-fluoranyl-4-[(2-piperidin-4-yloxy-1,6-naphthyridin-7-yl)amino]phenyl]pyrazol-3-yl]methanol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；0.1M MES pH 5.5, 0.3M MgCl2, 20% PEG3350	分辨率 2.09 Å R-free 0.229

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7VDP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1H4L Structure and regulation of the CDK5-p25(nck5a) complex 提交 2001-05-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–292（292 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；293 K；MICROSEEDING - PEG3350, 100 MM TRIS PH 7.6, 200 MM KI, 10 MM DTT, PROTEIN CONC.:7 MG/ML HANGING DROP 2+2 UL. TEMPERATURE 293K.	分辨率 2.65 Å R-free 0.287
1H4L Structure and regulation of the CDK5-p25(nck5a) complex 提交 2001-05-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–292（292 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；293 K；MICROSEEDING - PEG3350, 100 MM TRIS PH 7.6, 200 MM KI, 10 MM DTT, PROTEIN CONC.:7 MG/ML HANGING DROP 2+2 UL. TEMPERATURE 293K.	分辨率 2.65 Å R-free 0.287
1UNG Structural mechanism for the inhibition of CDK5-p25 by roscovitine, aloisine and indirubin. 提交 2003-09-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–292（292 aa）	突变：YES	ALH 6-PHENYL[5H]PYRROLO[2,3-B]PYRAZINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；13% PEG 3350, 0.1M KI, 0.1M BISTRISPROPANE PH 7.0, 10MM DTT	分辨率 2.30 Å R-free 0.225
1UNG Structural mechanism for the inhibition of CDK5-p25 by roscovitine, aloisine and indirubin. 提交 2003-09-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–292（292 aa）	突变：YES	ALH 6-PHENYL[5H]PYRROLO[2,3-B]PYRAZINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；13% PEG 3350, 0.1M KI, 0.1M BISTRISPROPANE PH 7.0, 10MM DTT	分辨率 2.30 Å R-free 0.225
1UNH Structural mechanism for the inhibition of CDK5-p25 by roscovitine, aloisine and indirubin. 提交 2003-09-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–292（292 aa）	突变：YES	IXM (Z)-1H,1'H-[2,3']BIINDOLYLIDENE-3,2'-DIONE-3-OXIME × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；13% PEG 3350, 0.1 M KI 0.1 M BISTRISPROPANE PH 7.0, 10 MM DTT	分辨率 2.35 Å R-free 0.230
1UNH Structural mechanism for the inhibition of CDK5-p25 by roscovitine, aloisine and indirubin. 提交 2003-09-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–292（292 aa）	突变：YES	IXM (Z)-1H,1'H-[2,3']BIINDOLYLIDENE-3,2'-DIONE-3-OXIME × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；13% PEG 3350, 0.1 M KI 0.1 M BISTRISPROPANE PH 7.0, 10 MM DTT	分辨率 2.35 Å R-free 0.230
1UNL Structural mechanism for the inhibition of CD5-p25 from the roscovitine, aloisine and indirubin. 提交 2003-09-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–292（292 aa）	突变：YES	RRC R-ROSCOVITINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；13% PEG 3350, 0.1 M KI, 0.1 M BISTRISPROPANE PH 7.0, 10 MM DTT	分辨率 2.20 Å R-free 0.219
1UNL Structural mechanism for the inhibition of CD5-p25 from the roscovitine, aloisine and indirubin. 提交 2003-09-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–292（292 aa）	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；13% PEG 3350, 0.1 M KI, 0.1 M BISTRISPROPANE PH 7.0, 10 MM DTT	分辨率 2.20 Å R-free 0.219
3O0G Crystal Structure of Cdk5:p25 in complex with an ATP analogue 提交 2010-07-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–292（292 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；293 K；PEG 3350, KI, Bis-Tris Propane, pH 7, vapor diffusion, temperature 293K	分辨率 1.95 Å R-free 0.256
3O0G Crystal Structure of Cdk5:p25 in complex with an ATP analogue 提交 2010-07-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–292（292 aa）	未记录	3O0 {4-amino-2-[(4-chlorophenyl)amino]-1,3-thiazol-5-yl}(3-nitrophenyl)methanone × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；293 K；PEG 3350, KI, Bis-Tris Propane, pH 7, vapor diffusion, temperature 293K	分辨率 1.95 Å R-free 0.256
4AU8 Crystal structure of compound 4a in complex with cdk5, showing an unusual binding mode to the hinge region via a water molecule 提交 2012-05-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–292（291 aa）片段：RESIDUES 2-292	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 Z3R 4-(1,3-benzothiazol-2-yl)thiophene-2-sulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.4；pH 5.4	分辨率 1.90 Å R-free 0.234
4AU8 Crystal structure of compound 4a in complex with cdk5, showing an unusual binding mode to the hinge region via a water molecule 提交 2012-05-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–292（291 aa）片段：RESIDUES 2-292	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 Z3R 4-(1,3-benzothiazol-2-yl)thiophene-2-sulfonamide × 1 IMD IMIDAZOLE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.4；pH 5.4	分辨率 1.90 Å R-free 0.234
4AU8 Crystal structure of compound 4a in complex with cdk5, showing an unusual binding mode to the hinge region via a water molecule 提交 2012-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–292（291 aa）片段：RESIDUES 2-292 链 B 2–292（291 aa）片段：RESIDUES 2-292	未记录	SO4 SULFATE ION × 6 Z3R 4-(1,3-benzothiazol-2-yl)thiophene-2-sulfonamide × 2 IMD IMIDAZOLE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.4；pH 5.4	分辨率 1.90 Å R-free 0.234
7VDQ The structure of cyclin-dependent kinase 5 (CDK5) in complex with p25 and Compound 7 提交 2021-09-07	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–292（291 aa）	未记录	64V 2-[[7-[[2-fluoranyl-4-[3-(hydroxymethyl)pyrazol-1-yl]phenyl]amino]-1,6-naphthyridin-2-yl]-(1-methylpiperidin-4-yl)amino]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；0.1M MES pH 5.5, 0.3M MgCl2, 20% PEG3350	分辨率 2.91 Å R-free 0.284
7VDQ The structure of cyclin-dependent kinase 5 (CDK5) in complex with p25 and Compound 7 提交 2021-09-07	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–292（291 aa）	未记录	64V 2-[[7-[[2-fluoranyl-4-[3-(hydroxymethyl)pyrazol-1-yl]phenyl]amino]-1,6-naphthyridin-2-yl]-(1-methylpiperidin-4-yl)amino]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；0.1M MES pH 5.5, 0.3M MgCl2, 20% PEG3350	分辨率 2.91 Å R-free 0.284
7VDR The structure of cyclin-dependent kinase 5 (CDK5) in complex with p25 and Compound 13 提交 2021-09-07	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–292（291 aa）	未记录	63I (1R)-1-[7-[(2-fluoranyl-4-pyrazol-1-yl-phenyl)amino]-1,6-naphthyridin-2-yl]-1-(1-methylpiperidin-4-yl)ethanol × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.5；291 K；0.1M MES pH 5.5, 0.3M MgCl2, 20% PEG3350	分辨率 2.55 Å R-free 0.256
7VDR The structure of cyclin-dependent kinase 5 (CDK5) in complex with p25 and Compound 13 提交 2021-09-07	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–292（291 aa）	未记录	63I (1R)-1-[7-[(2-fluoranyl-4-pyrazol-1-yl-phenyl)amino]-1,6-naphthyridin-2-yl]-1-(1-methylpiperidin-4-yl)ethanol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.5；291 K；0.1M MES pH 5.5, 0.3M MgCl2, 20% PEG3350	分辨率 2.55 Å R-free 0.256
7VDS The structure of cyclin-dependent kinase 5 (CDK5) in complex with p25 and Compound 24 提交 2021-09-07	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–292（291 aa）	未记录	61U 5-fluoranyl-4-[[2-[(1R)-1-(1-methylpiperidin-4-yl)-1-oxidanyl-ethyl]-1,6-naphthyridin-7-yl]amino]-2-morpholin-4-yl-benzenecarbonitrile × 1 GOL GLYCEROL × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 17 CL CHLORIDE ION × 19	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；0.1M MES pH 5.5, 0.3M MgCl2, 20% PEG3350	分辨率 3.05 Å R-free 0.272
7VDS The structure of cyclin-dependent kinase 5 (CDK5) in complex with p25 and Compound 24 提交 2021-09-07	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–292（291 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；0.1M MES pH 5.5, 0.3M MgCl2, 20% PEG3350	分辨率 3.05 Å R-free 0.272

共 9 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CDK5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–292； UniProt 2–292 作者链 B； PDB构建体 2–292； UniProt 2–292

Cyclin-dependent kinase 5 activator 1, p25

Homo sapiens

UniProt Q15078

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 100–307	未记录	Cyclin-dependent-like kinase 5 × 1 （Q00535） 65L [1-[3-fluoranyl-4-[(2-piperidin-4-yloxy-1,6-naphthyridin-7-yl)amino]phenyl]pyrazol-3-yl]methanol × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 CL CHLORIDE ION × 7 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；0.1M MES pH 5.5, 0.3M MgCl2, 20% PEG3350	分辨率 2.09 Å R-free 0.229
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 100–307	未记录	Cyclin-dependent-like kinase 5 × 1 （Q00535） 65L [1-[3-fluoranyl-4-[(2-piperidin-4-yloxy-1,6-naphthyridin-7-yl)amino]phenyl]pyrazol-3-yl]methanol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；0.1M MES pH 5.5, 0.3M MgCl2, 20% PEG3350	分辨率 2.09 Å R-free 0.229

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7VDP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1H4L Structure and regulation of the CDK5-p25(nck5a) complex 提交 2001-05-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 147–293（147 aa）片段：RESIDUES 147-293	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；293 K；MICROSEEDING - PEG3350, 100 MM TRIS PH 7.6, 200 MM KI, 10 MM DTT, PROTEIN CONC.:7 MG/ML HANGING DROP 2+2 UL. TEMPERATURE 293K.	分辨率 2.65 Å R-free 0.287
1H4L Structure and regulation of the CDK5-p25(nck5a) complex 提交 2001-05-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 147–293（147 aa）片段：RESIDUES 147-293	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；293 K；MICROSEEDING - PEG3350, 100 MM TRIS PH 7.6, 200 MM KI, 10 MM DTT, PROTEIN CONC.:7 MG/ML HANGING DROP 2+2 UL. TEMPERATURE 293K.	分辨率 2.65 Å R-free 0.287
1UNG Structural mechanism for the inhibition of CDK5-p25 by roscovitine, aloisine and indirubin. 提交 2003-09-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 100–307（208 aa）片段：RESIDUES 100-307	未记录	ALH 6-PHENYL[5H]PYRROLO[2,3-B]PYRAZINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；13% PEG 3350, 0.1M KI, 0.1M BISTRISPROPANE PH 7.0, 10MM DTT	分辨率 2.30 Å R-free 0.225
1UNG Structural mechanism for the inhibition of CDK5-p25 by roscovitine, aloisine and indirubin. 提交 2003-09-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 100–307（208 aa）片段：RESIDUES 100-307	未记录	ALH 6-PHENYL[5H]PYRROLO[2,3-B]PYRAZINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；13% PEG 3350, 0.1M KI, 0.1M BISTRISPROPANE PH 7.0, 10MM DTT	分辨率 2.30 Å R-free 0.225
1UNH Structural mechanism for the inhibition of CDK5-p25 by roscovitine, aloisine and indirubin. 提交 2003-09-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 100–307（208 aa）片段：RESIDUES 100-307	未记录	IXM (Z)-1H,1'H-[2,3']BIINDOLYLIDENE-3,2'-DIONE-3-OXIME × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；13% PEG 3350, 0.1 M KI 0.1 M BISTRISPROPANE PH 7.0, 10 MM DTT	分辨率 2.35 Å R-free 0.230
1UNH Structural mechanism for the inhibition of CDK5-p25 by roscovitine, aloisine and indirubin. 提交 2003-09-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 100–307（208 aa）片段：RESIDUES 100-307	未记录	IXM (Z)-1H,1'H-[2,3']BIINDOLYLIDENE-3,2'-DIONE-3-OXIME × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；13% PEG 3350, 0.1 M KI 0.1 M BISTRISPROPANE PH 7.0, 10 MM DTT	分辨率 2.35 Å R-free 0.230
1UNL Structural mechanism for the inhibition of CD5-p25 from the roscovitine, aloisine and indirubin. 提交 2003-09-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 100–307（208 aa）片段：RESIDUES 100-307	突变：YES	RRC R-ROSCOVITINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；13% PEG 3350, 0.1 M KI, 0.1 M BISTRISPROPANE PH 7.0, 10 MM DTT	分辨率 2.20 Å R-free 0.219
1UNL Structural mechanism for the inhibition of CD5-p25 from the roscovitine, aloisine and indirubin. 提交 2003-09-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 100–307（208 aa）片段：RESIDUES 100-307	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；13% PEG 3350, 0.1 M KI, 0.1 M BISTRISPROPANE PH 7.0, 10 MM DTT	分辨率 2.20 Å R-free 0.219
3O0G Crystal Structure of Cdk5:p25 in complex with an ATP analogue 提交 2010-07-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 145–293（149 aa）片段：UNP residues 146-293	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；293 K；PEG 3350, KI, Bis-Tris Propane, pH 7, vapor diffusion, temperature 293K	分辨率 1.95 Å R-free 0.256
3O0G Crystal Structure of Cdk5:p25 in complex with an ATP analogue 提交 2010-07-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 145–293（149 aa）片段：UNP residues 146-293	未记录	3O0 {4-amino-2-[(4-chlorophenyl)amino]-1,3-thiazol-5-yl}(3-nitrophenyl)methanone × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；293 K；PEG 3350, KI, Bis-Tris Propane, pH 7, vapor diffusion, temperature 293K	分辨率 1.95 Å R-free 0.256
6LDP Structure of CDK5R1-bound FEM1C 提交 2019-11-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 298–307（10 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Lithium sulfate, 0.1M Tris-Hcl pH 7.9	分辨率 2.35 Å R-free 0.258
6LDP Structure of CDK5R1-bound FEM1C 提交 2019-11-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 298–307（10 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Lithium sulfate, 0.1M Tris-Hcl pH 7.9	分辨率 2.35 Å R-free 0.258
7CNG Structure of CDK5R1 bound FEM1B 提交 2020-07-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 298–307（10 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；1.6M Magnesium sulfate hydrate, 0.1M BIS-TRIS propane pH 6.7	分辨率 3.49 Å R-free 0.267
7CNG Structure of CDK5R1 bound FEM1B 提交 2020-07-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 298–307（10 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；1.6M Magnesium sulfate hydrate, 0.1M BIS-TRIS propane pH 6.7	分辨率 3.49 Å R-free 0.267
7VDQ The structure of cyclin-dependent kinase 5 (CDK5) in complex with p25 and Compound 7 提交 2021-09-07	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 100–307（208 aa）	未记录	64V 2-[[7-[[2-fluoranyl-4-[3-(hydroxymethyl)pyrazol-1-yl]phenyl]amino]-1,6-naphthyridin-2-yl]-(1-methylpiperidin-4-yl)amino]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；0.1M MES pH 5.5, 0.3M MgCl2, 20% PEG3350	分辨率 2.91 Å R-free 0.284
7VDQ The structure of cyclin-dependent kinase 5 (CDK5) in complex with p25 and Compound 7 提交 2021-09-07	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 100–307（208 aa）	未记录	64V 2-[[7-[[2-fluoranyl-4-[3-(hydroxymethyl)pyrazol-1-yl]phenyl]amino]-1,6-naphthyridin-2-yl]-(1-methylpiperidin-4-yl)amino]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；0.1M MES pH 5.5, 0.3M MgCl2, 20% PEG3350	分辨率 2.91 Å R-free 0.284
7VDR The structure of cyclin-dependent kinase 5 (CDK5) in complex with p25 and Compound 13 提交 2021-09-07	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 100–307（208 aa）	未记录	63I (1R)-1-[7-[(2-fluoranyl-4-pyrazol-1-yl-phenyl)amino]-1,6-naphthyridin-2-yl]-1-(1-methylpiperidin-4-yl)ethanol × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.5；291 K；0.1M MES pH 5.5, 0.3M MgCl2, 20% PEG3350	分辨率 2.55 Å R-free 0.256
7VDR The structure of cyclin-dependent kinase 5 (CDK5) in complex with p25 and Compound 13 提交 2021-09-07	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 100–307（208 aa）	未记录	63I (1R)-1-[7-[(2-fluoranyl-4-pyrazol-1-yl-phenyl)amino]-1,6-naphthyridin-2-yl]-1-(1-methylpiperidin-4-yl)ethanol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.5；291 K；0.1M MES pH 5.5, 0.3M MgCl2, 20% PEG3350	分辨率 2.55 Å R-free 0.256
7VDS The structure of cyclin-dependent kinase 5 (CDK5) in complex with p25 and Compound 24 提交 2021-09-07	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 100–307（208 aa）	未记录	61U 5-fluoranyl-4-[[2-[(1R)-1-(1-methylpiperidin-4-yl)-1-oxidanyl-ethyl]-1,6-naphthyridin-7-yl]amino]-2-morpholin-4-yl-benzenecarbonitrile × 1 GOL GLYCEROL × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 17 CL CHLORIDE ION × 19	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；0.1M MES pH 5.5, 0.3M MgCl2, 20% PEG3350	分辨率 3.05 Å R-free 0.272
7VDS The structure of cyclin-dependent kinase 5 (CDK5) in complex with p25 and Compound 24 提交 2021-09-07	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 100–307（208 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；0.1M MES pH 5.5, 0.3M MgCl2, 20% PEG3350	分辨率 3.05 Å R-free 0.272

共 10 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CD5R1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 2–209； UniProt 100–307 作者链 D； PDB构建体 2–209； UniProt 100–307

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7vdp
沉积日期 deposition_date	2021-09-07
结构标题 title	The structure of cyclin-dependent kinase 5 (CDK5) in complex with p25 and Compound 1
关键词 keywords	CDK5, p25, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.36 Å
零角强度 I(0) i0	146535000.00
分子量 molecular_weight	98896.0 kDa
排除体积 excluded_volume	124930 Å³
包络体积 envelope_volume	155160 Å³
水化壳体积 shell_volume	42356 Å³
包络直径 envelope_diameter	105.2 Å
壳层 Rg shell_rg	37.69 Å
包络 Rg envelope_rg	30.42 Å
形状 Rg shape_rg	30.34 Å
总 Rg total_rg	31.09 Å
总原子数 total_atoms	6949
残基数 n_residues	845
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	100.0 Å
Rg (实空间) rg_real	31.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.70 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4650e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4240e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	146500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8980
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	37.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.282
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.400
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	41270000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.911; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.939

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cyclin-dependent-like kinase 5
分子量 formula_weight	33306.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7321

SQKYEKLEKIGEGTYGTVFKAKNRETHEIVALKRVRLDDDDEGVPSSALREICLLKELKHKNIVRLHDVLHSDKKLTLVFEFCDQDLKKYFDSCNGDLDPEIVKSFLFQLLKGLGFCHSRNVLHRDLKPQNLLINRNGELKLADFGLARAFGIPVRCYSAEVVTLWYRPPDVLFGAKLYSTSIDMWSAGCIFAELANAGRPLFPGNDVDDQLKRIFRLLGTPTEEQWPSMTKLPDYKPYPMYPATTSLVNVVPKLNATGRDLLQNLLKCNPVQRISAEEALQHPYFSDFCPP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cyclin-dependent kinase 5 activator 1, p25
分子量 formula_weight	23331.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MQPPPAQPPAPPASQLSGSQTGGSSSVKKAPHPAVTSAGTPKRVIVQASTSELLRCLGEFLCRRCYRLKHLSPTDPVLWLRSVDRSLLLQGWQDQGFITPANVVFLYMLCRDVISSEVGSDHELQAVLLTCLYLSYSYMGNEISYPLKPFLVESCKEAFWDRCLSVINLMSSKMLQINADPHYFTQVFSDLKNESGQEDKKRLLLGLDR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	[1-[3-fluoranyl-4-[(2-piperidin-4-yloxy-1,6-naphthyridin-7-yl)amino]phenyl]pyrazol-3-yl]methanol
分子量 formula_weight	434.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	372

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	7vdpA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	7vdpA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	7vdpB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	7vdpB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	118.370 Å
晶胞边长 b length_b	118.370 Å
晶胞边长 c length_c	155.370 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.090 Å
最低分辨率 resolution_low	51.790 Å
R 因子 r_factor	0.2022
R_work r_work	0.2009
R_free r_free	0.2287

fit	/app/data/saxs_computation/vd/7vdp/7vdp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vd/7vdp/7vdp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vd/7vdp/7vdp.dat

The structure of cyclin-dependent kinase 5 (CDK5) in complex with p25 and Compound 1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cyclin-dependent-like kinase 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cyclin-dependent kinase 5 activator 1, p25

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)