SAXSdb — 7vea

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Allophycocyanin alpha chain

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 90	Allophycocyanin beta chain × 40 （P50031） Phycobiliprotein ApcE × 2 （Q8DGF2） Phycobilisome core component × 2 （Q8DHC5） Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core × 6 （P50036） PHYCOCYANOBILIN × 84	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PHAA_THEEB
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 aA； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 aC； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 aE； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 aG； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 aI； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 aK； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 aO； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 aQ； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 bM； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 bO； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 bQ； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 bS； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 bU； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 bW； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 cA； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 cC； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 cE； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 cG； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 cI； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 cK； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 dA； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 dC； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 dE； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 dG； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 dI； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 dK； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 dO； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 dQ； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 eM； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 eO； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 eQ； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 eS； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 eU； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 eW； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 fA； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 fC； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 fE； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 fG； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 fI； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 fK； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161

Allophycocyanin beta chain

物种未注明

UniProt P50031

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 90	Allophycocyanin alpha chain × 40 （P50030） Phycobiliprotein ApcE × 2 （Q8DGF2） Phycobilisome core component × 2 （Q8DHC5） Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core × 6 （P50036） PHYCOCYANOBILIN × 84	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	APCB_THEEB
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 aB； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 aD； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 aF； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 aH； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 aJ； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 aL； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 aN； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 aP； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 bN； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 bP； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 bR； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 bT； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 bV； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 bX； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 cB； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 cD； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 cF； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 cH； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 cJ； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 cL； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 dB； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 dD； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 dF； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 dH； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 dJ； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 dL； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 dN； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 dP； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 eN； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 eP； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 eR； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 eT； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 eV； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 eX； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 fB； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 fD； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 fF； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 fH； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 fJ； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 fL； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161

Phycobiliprotein ApcE

物种未注明

UniProt Q8DGF2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 90	Allophycocyanin alpha chain × 40 （P50030） Allophycocyanin beta chain × 40 （P50031） Phycobilisome core component × 2 （Q8DHC5） Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core × 6 （P50036） PHYCOCYANOBILIN × 84	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8DGF2_THEEB
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 aM； PDB构建体 1–1139； UniProt 1–1139 作者链 dM； PDB构建体 1–1139； UniProt 1–1139

Phycobilisome core component

物种未注明

UniProt Q8DHC5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 90	Allophycocyanin alpha chain × 40 （P50030） Allophycocyanin beta chain × 40 （P50031） Phycobiliprotein ApcE × 2 （Q8DGF2） Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core × 6 （P50036） PHYCOCYANOBILIN × 84	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8DHC5_THEEB
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 aR； PDB构建体 1–169； UniProt 1–169 作者链 dR； PDB构建体 1–169； UniProt 1–169

Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core

物种未注明

UniProt P50036

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 90	Allophycocyanin alpha chain × 40 （P50030） Allophycocyanin beta chain × 40 （P50031） Phycobiliprotein ApcE × 2 （Q8DGF2） Phycobilisome core component × 2 （Q8DHC5） PHYCOCYANOBILIN × 84	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PYC1_THEEB
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 aS； PDB构建体 1–67； UniProt 1–67 作者链 bY； PDB构建体 1–67； UniProt 1–67 作者链 cM； PDB构建体 1–67； UniProt 1–67 作者链 dS； PDB构建体 1–67； UniProt 1–67 作者链 eY； PDB构建体 1–67； UniProt 1–67 作者链 fM； PDB构建体 1–67； UniProt 1–67

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7vea
沉积日期 deposition_date	2021-09-08
结构标题 title	Pentacylindrical allophycocyanin core from Thermosynechococcus vulcanus
关键词 keywords	Light-harvesting complex, Phycobilisome, Energy transfer, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7vea__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7vea__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7vea__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	83.46 Å
Rg（电子密度）	82.08 Å
总 Rg	81.62 Å
原子数	111542
残基数	15552
排除体积	1961100 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7vea__assembly_1__model_1`	90-meric （90）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Allophycocyanin alpha chain
分子量 formula_weight	17555.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	40

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	aA,aC,aE,aG,aI,aK,aO,aQ,bM,bO,bQ,bS,bU,bW,cA,cC,cE,cG,cI,cK,dA,dC,dE,dG,dI,dK,dO,dQ,eM,eO,eQ,eS,eU,eW,fA,fC,fE,fG,fI,fK
原子数 atom_count	111542

MSVVTKSIVNADAEARYLSPGELDRIKNFVSTGERRLRIAQTLTENRERIVKQAGDQLFQKRPDVVSPGGNAYGEEMTATCLRDLDYYLRLVTYGIVAGDVTPIEEIGLVGVREMYNSLGTPIPAVAEGIRAMKNVACSLLSAEDAAEAGSYFDFVIGAMQ

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Allophycocyanin beta chain
分子量 formula_weight	17388.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	40

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	aB,aD,aF,aH,aJ,aL,aN,aP,bN,bP,bR,bT,bV,bX,cB,cD,cF,cH,cJ,cL,dB,dD,dF,dH,dJ,dL,dN,dP,eN,eP,eR,eT,eV,eX,fB,fD,fF,fH,fJ,fL

MQDAITAVINASDVQGKYLDTAAMEKLKAYFATGELRVRAASVISANAANIVKEAVAKSLLYSDITRPGGNMYTTRRYAACIRDLDYYLRYATYAMLAGDPSILDERVLNGLKETYNSLGVPIAATVQAIQAMKEVTASLVGADAGKEMGIYFDYICSGLS

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Phycobiliprotein ApcE
分子量 formula_weight	127772.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	aM,dM

MVVKASGGSSVARPQLYQTVPVSTIIQAEQQDRFLNRGELDELAVYLRSGAKRLEIATTLTRNADIIVSRAANRIFVGGSPMAFLSRPQTEEAPQFTTGARGEAIDIKEAMKLGTATYVDTRGGFLEGLRSIFSASSGGAPVGFKPINIARYGPARMEKSLRDLDWFLRYTTYAIVAGDPNILAVNTRGLREIIEAACSSDATIAALQEMRRAALSYFEKDAEAKGIVETYFDVLINEFIAPAPSDKVRQRNSTDLQGLQLPQIYFNAAERRPKFVMKPGLSAAEKNEVVKAAYRQIFERDISRAYGLGISDLESKVKNGSISMKEFIRQLAKSPLYRKNFYEPYINSRALELAFRHILGRGPSSREEVQTYFAIISKGGLPALVDALVDSKEYSDYFGEETVPYLRGLGQEAQECRNWGAQQDLFKYSAPFRKVPQFITTFAAQDQPLPDQHPYGSGNDPLEIQFGAIFPKEKKNPSARPQPFNKDTRRILIARGPGINNQVSNPGARGLTPGTLGPKVFKLDQLPSINARIGKRSIATGTDSVKFAESSTQRVIRAAYLQVFGRDVYEGQRQKVAEIKLENGEISVREFVRILAKSNLFRSLYWTPLYVTKAIEYIHRRLLGRPTYGRQEMNAYFDIASKKGLYGLVDAIIDSQEYSEAFGEDTVPYERYITPQGLALRSLRVGTIGETGVPPEKEETPRFVELGAVTELRTEPAIQFRANQGVSKRREQTKVFKLTDLNDKQNLQLVIQAAYRQVFERDVAPYIVRDEFTALESKLSNGEITLKEFIEALGCSELYQKEFYTPYPNTKVIELGTKHFLGRAPLDQAEIRRYNQILATQGLKAFVQALVSSAEYAQAFGEDTVPYRRFPTLPAANFPNTEKLHNQLTKQSDAIVVPSFAPVKPRLDNTKLPLLSRAIAEQEAKARQADPSKPRFIELGRSFRNGDGQSVEVGVGTTRRRPARIFRMTVGAPSAEVELVINAIYCQVMDVFSGQVPSQFRRPDLESRLRNGEITVREFVRTLASSEIYRNRFYTPYPNTKVIEFLFRHLLGRAPATQAEIRQYNKILADQGLKTAVETMVNSPEYSRYFGEDVVPYKRFPTLPAGNYIGSVKADADLVKQSWSSLSPSLVGIQPSHRD

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Phycobilisome core component
分子量 formula_weight	18757.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	aR,dR

MRDAVTTLIKNYDSTGRYLDRDAVDRLRSYFNSGAARVKAAAVINANAAAIVKEAASALFTEQPELIQPGGNAYTTRRYATCLRDMDYYLRYASYAIVAGDVDVLNERVLEGLRETYNSLGVPIGPTVRGIQIMKEIVRDRVAAAGIEDTGIVEQPFDYMCRQLSEVNI

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
分子量 formula_weight	7876.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	aS,bY,cM,dS,eY,fM

MRMFKITACVPSQTRIRTQRELQNTYFTKLVPYENWFREQQRIQKMGGKIVKVELFTGKPGVNTGLA

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	PHYCOCYANOBILIN
分子量 formula_weight	588.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	84

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	25532

Pentacylindrical allophycocyanin core from Thermosynechococcus vulcanus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Allophycocyanin alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Allophycocyanin beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Phycobiliprotein ApcE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Phycobilisome core component

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7vea__assembly_1__model_1

7vea__assembly_1__model_1 | I(q)

7vea__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Pentacylindrical allophycocyanin core from Thermosynechococcus vulcanus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Allophycocyanin alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Allophycocyanin beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Phycobiliprotein ApcE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Phycobilisome core component

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7vea__assembly_1__model_1

7vea__assembly_1__model_1 | I(q)

7vea__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)