7vec

Crystal structure of GABARAP complexed with the TEX264 LIR phosphorylated at Ser271 and Ser272

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	TEX264 phospho-LIR × 1	与蛋白数一致
10	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	TEX264 phospho-LIR × 1	与蛋白数一致
11	蛋白单体	单体	蛋白 1	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
12	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	TEX264 phospho-LIR × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	TEX264 phospho-LIR × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	TEX264 phospho-LIR × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	TEX264 phospho-LIR × 1	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	TEX264 phospho-LIR × 1	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	TEX264 phospho-LIR × 1	与蛋白数一致
7	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	TEX264 phospho-LIR × 1	与蛋白数一致
8	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	TEX264 phospho-LIR × 1	与蛋白数一致
9	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	TEX264 phospho-LIR × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GBRAP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–118； UniProt 1–116 作者链 B； PDB构建体 3–118； UniProt 1–116 作者链 C； PDB构建体 3–118； UniProt 1–116 作者链 D； PDB构建体 3–118； UniProt 1–116 作者链 E； PDB构建体 3–118； UniProt 1–116 作者链 F； PDB构建体 3–118； UniProt 1–116 作者链 G； PDB构建体 3–118； UniProt 1–116 作者链 H； PDB构建体 3–118； UniProt 1–116 作者链 I； PDB构建体 3–118； UniProt 1–116 作者链 J； PDB构建体 3–118； UniProt 1–116 作者链 K； PDB构建体 3–118； UniProt 1–116 作者链 L； PDB构建体 3–118； UniProt 1–116

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7vec
沉积日期 deposition_date	2021-09-08
结构标题 title	Crystal structure of GABARAP complexed with the TEX264 LIR phosphorylated at Ser271 and Ser272
关键词 keywords	Autophagy, ER-phagy, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7vec__assembly_7__model_1

Assembly 7 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7vec__assembly_7__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7vec__assembly_7__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	15.47 Å
Rg（电子密度）	13.99 Å
总 Rg	15.30 Å
原子数	1048
残基数	122
排除体积	18692 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7vec__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`7vec__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`7vec__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`7vec__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`7vec__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`7vec__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`7vec__assembly_7__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`7vec__assembly_8__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
9	1	`7vec__assembly_9__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
10	1	`7vec__assembly_10__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
11	1	`7vec__assembly_11__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
12	1	`7vec__assembly_12__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
分子量 formula_weight	13983.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	12376

GPMKFVYKEEHPFEKRRSEGEKIRKKYPDRVPVIVEKAPKARIGDLDKKKYLVPSDLTVGQFYFLIRKRIHLRAEDALFFFVNNVIPPTSATMGQLYQEHHEEDFFLYIAYSDESVYG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	TEX264 phospho-LIR
分子量 formula_weight	1262.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,X

SSFEELDLY

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	7vecA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	7vecB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	7vecC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	7vecD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	7vecE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	7vecF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	7vecG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	7vecH01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	7vecI01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	7vecJ01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	7vecK01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	7vecL01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

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晶胞边长 a length_a	200.480 Å
晶胞边长 b length_b	201.383 Å
晶胞边长 c length_c	211.816 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	192

空间群 space_group	F 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	22
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	28.890 Å
R 因子 r_factor	0.2594
R_work r_work	0.2570
R_free r_free	0.3007

Crystal structure of GABARAP complexed with the TEX264 LIR phosphorylated at Ser271 and Ser272

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7vec__assembly_7__model_1

7vec__assembly_7__model_1 | I(q)

7vec__assembly_7__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of GABARAP complexed with the TEX264 LIR phosphorylated at Ser271 and Ser272

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7vec__assembly_7__model_1

7vec__assembly_7__model_1 | I(q)

7vec__assembly_7__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)