SAXSdb — 7vn9

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spike glycoprotein S1

Human coronavirus 229E

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 3 其他聚合物 2 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 294–435	片段：receptor-binding domain	C04 Fab heavy chain × 1 C04 Fab light chain × 1 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；1.6M AmSO4, 0.1M Critic Acid pH 5.0	分辨率 4.49 Å R-free 0.288
2	其他组合异源复合物蛋白 × 3 其他聚合物 1 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 294–435	片段：receptor-binding domain	C04 Fab heavy chain × 1 C04 Fab light chain × 1 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；1.6M AmSO4, 0.1M Critic Acid pH 5.0	分辨率 4.49 Å R-free 0.288

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7VN9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5YL9 1.86 Angstrom crystal structure of human Coronavirus 229E fusion core 提交 2017-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 785–872（88 aa）片段：UNP residues 785-872 链 B 1052–1104（53 aa）片段：UNP residues 1052-1104	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；citric acid, BIS-TRIS propane, PEG3350	分辨率 1.86 Å R-free 0.206
5ZHY Structural characterization of the HCoV-229E fusion core 提交 2018-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 789–856（68 aa）片段：UNP residues 789-856. UNP residues 1053-1105 链 A 1053–1105（53 aa）片段：UNP residues 789-856. UNP residues 1053-1105 链 B 789–856（68 aa）片段：UNP residues 789-856. UNP residues 1053-1105 链 B 1053–1105（53 aa）片段：UNP residues 789-856. UNP residues 1053-1105 链 C 789–856（68 aa）片段：UNP residues 789-856. UNP residues 1053-1105 链 C 1053–1105（53 aa）片段：UNP residues 789-856. UNP residues 1053-1105	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.5 M Ammonium sulfate, 12% (v/v) Glycerol, 100 mM Tris/HCl, PH 8.5	分辨率 2.44 Å R-free 0.263
5ZHY Structural characterization of the HCoV-229E fusion core 提交 2018-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 789–856（68 aa）片段：UNP residues 789-856. UNP residues 1053-1105 链 D 1053–1105（53 aa）片段：UNP residues 789-856. UNP residues 1053-1105 链 E 789–856（68 aa）片段：UNP residues 789-856. UNP residues 1053-1105 链 E 1053–1105（53 aa）片段：UNP residues 789-856. UNP residues 1053-1105 链 F 789–856（68 aa）片段：UNP residues 789-856. UNP residues 1053-1105 链 F 1053–1105（53 aa）片段：UNP residues 789-856. UNP residues 1053-1105	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.5 M Ammonium sulfate, 12% (v/v) Glycerol, 100 mM Tris/HCl, PH 8.5	分辨率 2.44 Å R-free 0.263
5ZUV Crystal Structure of the Human Coronavirus 229E HR1 motif in complex with pan-CoVs inhibitor EK1 提交 2018-05-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 785–873（89 aa）片段：UNP residues 785-873 链 B 785–873（89 aa）片段：UNP residues 785-873 链 C 785–873（89 aa）片段：UNP residues 785-873	未记录	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.5；293 K；0.05M MgCl2, 0.1M HEPES, pH 7.5, 30% PEG550MME	分辨率 2.21 Å R-free 0.248
6ATK Crystal structure of the human coronavirus 229E spike protein receptor binding domain in complex with human aminopeptidase N 提交 2017-08-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 293–435（143 aa）片段：UNP residues 294-432	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；8% PEG 8000, 1mM GSSG, 1mM GSH, 5% Glycerol, 100mM MES, 1ug/mL endo-beta-N-acetylglucosaminidase A	分辨率 3.50 Å R-free 0.267
6ATK Crystal structure of the human coronavirus 229E spike protein receptor binding domain in complex with human aminopeptidase N 提交 2017-08-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 293–435（143 aa）片段：UNP residues 294-432	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；8% PEG 8000, 1mM GSSG, 1mM GSH, 5% Glycerol, 100mM MES, 1ug/mL endo-beta-N-acetylglucosaminidase A	分辨率 3.50 Å R-free 0.267
6ATK Crystal structure of the human coronavirus 229E spike protein receptor binding domain in complex with human aminopeptidase N 提交 2017-08-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 293–435（143 aa）片段：UNP residues 294-432	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；8% PEG 8000, 1mM GSSG, 1mM GSH, 5% Glycerol, 100mM MES, 1ug/mL endo-beta-N-acetylglucosaminidase A	分辨率 3.50 Å R-free 0.267
7CYC Cryo-EM structures of Alphacoronavirus spike glycoprotein 提交 2020-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1116（1116 aa）链 B 1–1116（1116 aa）链 C 1–1116（1116 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 48	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.21 Å
7CYD Cryo-EM structures of Alphacoronavirus spike glycoprotein 提交 2020-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1116（1116 aa）链 B 1–1116（1116 aa）链 C 1–1116（1116 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 42	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.55 Å
7VNG Crystal structure of human coronavirus 229E spike protein receptor-binding domain in complex with S11 Fab 提交 2021-10-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 294–435（142 aa）片段：receptor binding domain	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；3.6M Sodium Formate, 10% Glycerol	分辨率 3.80 Å R-free 0.318
7YI6 bnAb 3D1 in complex with 6-mer HR1 peptide from HCoV-229E S protein 提交 2022-07-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 835–841（7 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS buffer at pH 5.5 and 25% (w/v) polyethylene glycol 3350	分辨率 2.28 Å R-free 0.220
7YI6 bnAb 3D1 in complex with 6-mer HR1 peptide from HCoV-229E S protein 提交 2022-07-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 835–841（7 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS buffer at pH 5.5 and 25% (w/v) polyethylene glycol 3350	分辨率 2.28 Å R-free 0.220

共 8 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPIKE_CVH22
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–142； UniProt 294–435 作者链 E； PDB构建体 1–142； UniProt 294–435

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7vn9
沉积日期 deposition_date	2021-10-10
结构标题 title	Crystal structure of human coronavirus 229E spike protein receptor-binding domain in complex with C04 Fab
关键词 keywords	Neutralizing antibody, human coronavirus 229E, C04 Fab., IMMUNE SYSTEM, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.69 Å
零角强度 I(0) i0	221678000.00
分子量 molecular_weight	121140.0 kDa
排除体积 excluded_volume	151530 Å³
包络体积 envelope_volume	222270 Å³
水化壳体积 shell_volume	46857 Å³
包络直径 envelope_diameter	129.9 Å
壳层 Rg shell_rg	44.92 Å
包络 Rg envelope_rg	39.13 Å
形状 Rg shape_rg	39.65 Å
总 Rg total_rg	40.11 Å
总原子数 total_atoms	8541
残基数 n_residues	1113
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	124.9 Å
Rg (实空间) rg_real	39.93 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.99 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2170e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.8670e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.97 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	221700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8980
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	40.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.161
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.754
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	21900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.967; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.782

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	C04 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	24304.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,A
原子数 atom_count	8541

EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFNISSSYIHWVRQAPGKGLEWVASIYSSYGYTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARWWASVGGAGGGLDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	C04 Fab light chain
分子量 formula_weight	23343.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,B

DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSVSSAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASSLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQGYGWLITFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDSQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGECG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Spike glycoprotein S1
分子量 formula_weight	16194.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,C

PVYHKHTFIVLYVDFKPQSGGGKCFNCYPAGVNITLANFNETKGPLCVDTSHFTTKYVAVYANVGRWSASINTGNCPFSFGKVNNFVKFGSVCFSLKDIPGGCAMPIVANWAYSKYYTIGSLYVSWSDGDGITGVPQPVEGVENLYFQ

来源 Source

来源生物 organism	Human coronavirus 229E
通用名 common_name	HCoV-229E
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11137
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	183.732 Å
晶胞边长 b length_b	183.732 Å
晶胞边长 c length_c	255.988 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 62 2 2
空间群编号 int_tables_number	180
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.490 Å
最低分辨率 resolution_low	42.660 Å
R 因子 r_factor	0.2742
R_work r_work	0.2734
R_free r_free	0.2885

fit	/app/data/saxs_computation/vn/7vn9/7vn9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vn/7vn9/7vn9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vn/7vn9/7vn9.dat

Crystal structure of human coronavirus 229E spike protein receptor-binding domain in complex with C04 Fab

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spike glycoprotein S1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)