SAXSdb — 7vrt

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Major capsid protein

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 955	Capsid vertex protein × 55 （P19896）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 191	Capsid vertex protein × 11 （P19896）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 191	Capsid vertex protein × 11 （P19896）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CAPSH_BPT4
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 aa； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 ab； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 ac； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 ad； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 ae； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 af； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 ag； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 ah； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 ai； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 aj； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 ak； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 al； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 am； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 an； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 ao； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 ap； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 aq； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 ar； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 as； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 at； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 au； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 av； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 aw； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 ax； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 ay； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 az； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 ba； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 bb； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 bc； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 bd； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 be； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 bf； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 bg； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 bh； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 bi； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 bj； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 bk； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 bl； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 bm； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 bn； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 bo； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 bp； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 bq； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 br； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 bs； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 bt； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 bu； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 bv； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 bw； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 bx； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 by； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 bz； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 ca； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 cb； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 cc； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 cd； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 ce； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 cf； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 cg； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 ch； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 ci； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 cj； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 ck； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 cl； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 cm； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 cn； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 co； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 cp； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 cq； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 cr； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 cs； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 ct； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 cu； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 cv； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 cw； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 cx； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 cy； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 cz； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 da； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 db； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 dc； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 dd； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 de； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 df； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 dg； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 dh； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 di； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 dj； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 dk； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 dl； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 dm； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 dn； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 do； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 dp； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 dq； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 dr； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 dy； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 dz； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 ea； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 eb； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 ec； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 ed； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 ee； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 ef； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 eg； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 eh； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 ei； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 ej； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 ek； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 el； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 em； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 en； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 eo； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 ep； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 eq； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 er； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 es； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 et； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 eu； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 ev； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 ew； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 ex； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 ey； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 ez； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 fa； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 fb； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 fc； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 fd； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 fe； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 ff； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 fg； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 fh； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 fi； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 fj； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 fk； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 fl； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 fm； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 fn； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 fo； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 fp； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 fq； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 fr； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 fs； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 ft； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 fu； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 fv； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 fw； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 fx； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 fy； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 fz； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 ga； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 gb； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 gc； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 gd； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 ge； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 gf； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 gg； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 gh； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 gi； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 gj； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 gk； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 gl； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 gm； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 gn； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 go； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 gp； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 gq； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 gr； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 gs； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 gt； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 gu； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 gv； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 gw； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 gx； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 gy； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 gz； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 ha； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 hb； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 hc； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 hd； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521

Capsid vertex protein

物种未注明

UniProt P19896

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 955	Major capsid protein × 900 （P04535）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 191	Major capsid protein × 180 （P04535）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 191	Major capsid protein × 180 （P04535）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CAPSP_BPT4
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 he； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 hf； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 hg； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 hh； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 hi； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 hj； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 hk； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 hl； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 hm； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 hn； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 ho； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7vrt
沉积日期 deposition_date	2021-10-24
结构标题 title	The unexpanded head structure of phage T4
关键词 keywords	;virus assembly, capsid expansion, capsid length control, prolate virus structure, virus decoration proteins, capsid stabilization, VIRUS ;; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7vrt__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7vrt__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7vrt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	399.90 Å
总 Rg	399.90 Å
原子数	2706125
残基数	353280
排除体积	48253000 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7vrt__assembly_1__model_1`	955-meric （955）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`7vrt__assembly_2__model_1`	191-meric （191）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`7vrt__assembly_3__model_1`	191-meric （191）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Major capsid protein
分子量 formula_weight	56074.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	180

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	;aa,ab,ac,ad,ae,af,ag,ah,ai,aj,ak,al,am,an,ao,ap,aq,ar,as,at,au,av,aw,ax,ay,az,ba,bb,bc,bd,be,bf,bg,bh,bi,bj,bk,bl,bm,bn,bo,bp,bq,br,bs,bt,bu,bv,bw,bx,by,bz,ca,cb,cc,cd,ce,cf,cg,ch,ci,cj,ck,cl,cm,cn,co,cp,cq,cr,cs,ct,cu,cv,cw,cx,cy,cz,da,db,dc,dd,de,df,dg,dh,di,dj,dk,dl,dm,dn,do,dp,dq,dr,dy,dz,ea,eb,ec,ed,ee,ef,eg,eh,ei,ej,ek,el,em,en,eo,ep,eq,er,es,et,eu,ev,ew,ex,ey,ez,fa,fb,fc,fd,fe,ff,fg,fh,fi,fj,fk,fl,fm,fn,fo,fp,fq,fr,fs,ft,fu,fv,fw,fx,fy,fz,ga,gb,gc,gd,ge,gf,gg,gh,gi,gj,gk,gl,gm,gn,go,gp,gq,gr,gs,gt,gu,gv,gw,gx,gy,gz,ha,hb,hc,hd ;
原子数 atom_count	541225

MTIKTKAELLNKWKPLLEGEGLPEIANSKQAIIAKIFENQEKDFQTAPEYKDEKIAQAFGSFLTEAEIGGDHGYNATNIAAGQTSGAVTQIGPAVMGMVRRAIPNLIAFDICGVQPMNSPTGQVFALRAVYGKDPVAAGAKEAFHPMYGPDAMFSGQGAAKKFPALAASTQTTVGDIYTHFFQETGTVYLQASVQVTIDAGATDAAKLDAEIKKQMEAGALVEIAEGMATSIAELQEGFNGSTDNPWNEMGFRIDKQVIEAKSRQLKAAYSIELAQDLRAVHGMDADAELSGILATEIMLEINREVVDWINYSAQVGKSGMTLTPGSKAGVFDFQDPIDIRGARWAGESFKALLFQIDKEAVEIARQTGRGEGNFIIASRNVVNVLASVDTGISYAAQGLATGFSTDTTKSVFAGVLGGKYRVYIDQYAKQDYFTVGYKGPNEMDAGIYYAPYVALTPLRGSDPKNFQPVMGFKTRYGIGINPFAESAAQAPASRIQSGMPSILNSLGKNAYFRRVYVKGI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Capsid vertex protein
分子量 formula_weight	47039.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	11

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	he,hf,hg,hh,hi,hj,hk,hl,hm,hn,ho

MAKINELLRESTTTNSNSIGRPNLVALTRATTKLIYSDIVATQRTNQPVAAFYGIKYLNPDNEFTFKTGATYAGEAGYVDREQITELTEESKLTLNKGDLFKYNNIVYKVLEDTPFATIEESDLELALQIAIVLLKVRLFSDAASTSKFESSDSEIADARFQINKWQTAVKSRKLKTGITVELAQDLEANGFDAPNFLEDLLATEMADEINKDILQSLITVSKRYKVTGITDSGFIDLSYASAPEAGRSLYRMVCEMVSHIQKESTYTATFCVASARAAAILAASGWLKHKPEDDKYLSQNAYGFLANGLPLYCDTNSPLDYVIVGVVENIGEKEIVGSIFYAPYTEGLDLDDPEHVGAFKVVVDPESLQPSIGLLVRYALSANPYTVAKDEKEARIIDGGDMDKMAGRSDLSVLLGVKLPKIIIDE

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	5.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	28706

The unexpanded head structure of phage T4

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Major capsid protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Capsid vertex protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7vrt__assembly_1__model_1

7vrt__assembly_1__model_1 | I(q)

7vrt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)

The unexpanded head structure of phage T4

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Major capsid protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Capsid vertex protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7vrt__assembly_1__model_1

7vrt__assembly_1__model_1 | I(q)

7vrt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)