7w14

Coxsackievirus B3 at pH7.4 (VP3-234E) incubation with coxsackievirus and adenovirus receptor for 20min

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 99.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Coxsackievirus and adenovirus receptor

Homo sapiens

UniProt P78310

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 300 PDB 声明:300-meric(300) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 21–236 未记录 Capsid protein VP1 × 60 Capsid protein VP2 × 60 Capsid protein VP3 × 60 Capsid protein VP4 × 60 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.20 Å
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 21–236 未记录 Capsid protein VP1 × 1 Capsid protein VP2 × 1 Capsid protein VP3 × 1 Capsid protein VP4 × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.20 Å
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 25 PDB 声明:25-meric(25) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 21–236 未记录 Capsid protein VP1 × 5 Capsid protein VP2 × 5 Capsid protein VP3 × 5 Capsid protein VP4 × 5 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.20 Å
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 30 PDB 声明:30-meric(30) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 21–236 未记录 Capsid protein VP1 × 6 Capsid protein VP2 × 6 Capsid protein VP3 × 6 Capsid protein VP4 × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.20 Å
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 21–236 未记录 Capsid protein VP1 × 1 Capsid protein VP2 × 1 Capsid protein VP3 × 1 Capsid protein VP4 × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 20 个其他 PDB 条目、63 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CXAR_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 2–217; UniProt 21–236

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7w14

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7w14
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7w14
沉积日期 deposition_date2021-11-19
结构标题 titleCoxsackievirus B3 at pH7.4 (VP3-234E) incubation with coxsackievirus and adenovirus receptor for 20min
关键词 keywordsCVB3, VP3-234E, coxsackievirus and adenovirus receptor, 20min, VIRUS; VIRUS
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.83
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.88
零角强度 I(0) i0174304000.00
分子量 molecular_weight104440.0 kDa
排除体积 excluded_volume130290 ų
包络体积 envelope_volume168230 ų
水化壳体积 shell_volume44443 ų
包络直径 envelope_diameter107.7
壳层 Rg shell_rg38.82
包络 Rg envelope_rg31.32
形状 Rg shape_rg30.86
总 Rg total_rg31.61
总原子数 total_atoms7346
残基数 n_residues946
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax99.5
Rg (实空间) rg_real31.72
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.58
I(0) (实空间) i0_real1.7430e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.5980e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.77
I(0) (倒空间) i0_reciprocal174300000.0000
解质量估计 total_estimate0.8997
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary37.8
偏度 Skewness skewness0.256
峰度 Kurtosis kurtosis-0.438
角度范围 angular_range— – 0.2500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha30720000.0000
实空间数据点数 n_real_points51
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.937; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.887

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id7w14B01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)