SAXSdb — 7wjq

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable E3 ubiquitin-protein ligase ipaH7.8

Shigella flexneri

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Isoform 2 of Gasdermin-B × 1 （Q8TAX9） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IPA7_SHIFL
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–242； UniProt 23–264

Isoform 2 of Gasdermin-B

Homo sapiens

UniProt Q8TAX9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Probable E3 ubiquitin-protein ligase ipaH7.8 × 1 （P18014） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GSDMB_HUMAN
Isoform	Q8TAX9-2
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–389； UniProt 1–389

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7wjq
沉积日期 deposition_date	2022-01-07
结构标题 title	Crystal structure of GSDMB in complex with Ipah7.8
关键词 keywords	ANTIVIRAL PROTEIN; ANTIVIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7wjq__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7wjq__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7wjq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.97 Å
Rg（电子密度）	28.46 Å
总 Rg	29.07 Å
原子数	4534
残基数	568
排除体积	80985 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7wjq__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Probable E3 ubiquitin-protein ligase ipaH7.8
分子量 formula_weight	27895.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.27
突变 mutation	M262D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4555

SNEHYLRILTEWEKNSSPGEERGIAFNRLSQCFQNQEAVLNLSDLNLTSLPELPKHISALIVENNKLTSLPKLPAFLKELNADNNRLSVIPELPESLTTLSVRSNQLENLPVLPNHLTSLFVENNRLYNLPALPEKLKFLHVYYNRLTTLPDLPDKLEILCAQRNNLVTFPQFSDRNNIRQKEYYFHFNQITTLPESFSQLDSSYRINISGNPLSTRVLQSLQRLTSSPDYHGPQIYFSDSD

来源 Source

来源生物 organism	Shigella flexneri
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	623
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Isoform 2 of Gasdermin-B
分子量 formula_weight	44482.6 kDa
突变 mutation	R221S, K222A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MFSVFEEITRIVVKEMDAGGDMIAVRSLVDADRFRCFHLVGEKRTFFGCRHYTTGLTLMDILDTDGDKWLDELDSGLQGQKAEFQILDNVDSTGELIVRLPKEITISGSFQGFHHQKIKISENRISQQYLATLENRKLKRELPFSFRSINTRENLYLVTETLETVKEETLKSDRQYKFWSQISQGHLSYKHKGQREVTIPPNRVLSYRVKQLVFPNKETMSASLGSEDSRNMKEKLEDMESVLKDLTEEKRKDVLNSLAKCLGKEDIRQDLEQRVSEVLISGELHMEDPDKPLLSSLFNAAGVLVEARAKAILDFLDALLELSEEQQFVAEALEKGTLPLLKDQVKSVMEQNWDELASSPPDMDYDPEARILCALYVVVSILLELAEGP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	21

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晶胞边长 a length_a	70.471 Å
晶胞边长 b length_b	87.584 Å
晶胞边长 c length_c	102.794 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	48.430 Å
R 因子 r_factor	0.2123
R_work r_work	0.2102
R_free r_free	0.2522

Crystal structure of GSDMB in complex with Ipah7.8

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable E3 ubiquitin-protein ligase ipaH7.8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Isoform 2 of Gasdermin-B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7wjq__assembly_1__model_1

7wjq__assembly_1__model_1 | I(q)

7wjq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of GSDMB in complex with Ipah7.8

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable E3 ubiquitin-protein ligase ipaH7.8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Isoform 2 of Gasdermin-B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7wjq__assembly_1__model_1

7wjq__assembly_1__model_1 | I(q)

7wjq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 引用文献 (1)