7wrq

Structure of Human IGF1/IGFBP3/ALS Ternary Complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 110.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Insulin-like growth factor-binding protein complex acid labile subunit

Homo sapiens

UniProt P35858

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 3 其他聚合物 1 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 28–605 未记录 Insulin-like growth factor-binding protein 3 × 1 (P17936) Isoform 3 of Insulin-like growth factor I × 1 (P05019) beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot for 2 seconds before plunging 分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ALS_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–578; UniProt 28–605

Insulin-like growth factor-binding protein 3

Homo sapiens

UniProt P17936

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 3 其他聚合物 1 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 28–291 未记录 Insulin-like growth factor-binding protein complex acid labile subunit × 1 (P35858) Isoform 3 of Insulin-like growth factor I × 1 (P05019) beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot for 2 seconds before plunging 分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IBP3_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–264; UniProt 28–291

Isoform 3 of Insulin-like growth factor I

Homo sapiens

UniProt P05019

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 3 其他聚合物 1 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 33–102 未记录 Insulin-like growth factor-binding protein complex acid labile subunit × 1 (P35858) Insulin-like growth factor-binding protein 3 × 1 (P17936) beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot for 2 seconds before plunging 分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 21 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IGF1_HUMAN
Isoform P05019-3
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–70; UniProt 33–102

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7wrq

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7wrq
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7wrq
沉积日期 deposition_date2022-01-27
结构标题 titleStructure of Human IGF1/IGFBP3/ALS Ternary Complex
关键词 keywordsGrowth, Proliferation, Differentiation, Metabolism, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier33.72
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.15
零角强度 I(0) i0130185000.00
分子量 molecular_weight89004.0 kDa
排除体积 excluded_volume111060 ų
包络体积 envelope_volume161520 ų
水化壳体积 shell_volume41079 ų
包络直径 envelope_diameter114.6
壳层 Rg shell_rg39.45
包络 Rg envelope_rg32.45
形状 Rg shape_rg33.14
总 Rg total_rg33.72
总原子数 total_atoms6247
残基数 n_residues798
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax110.8
Rg (实空间) rg_real33.70
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.90
I(0) (实空间) i0_real1.3020e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.1700e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal33.72
I(0) (倒空间) i0_reciprocal130200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8919
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary40.1
偏度 Skewness skewness0.296
峰度 Kurtosis kurtosis-0.421
角度范围 angular_range— – 0.2350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha46640000.0000
实空间数据点数 n_real_points48
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.900; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.981; Smooth: 0.910

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id7wrqB01
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology40 — Omega-AgatoxinV
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)